Caros, estou processadno arquivos de imagens de satélite e muitos deles vem em formto .hdf, alguns de vocês faz ideia de como abri-los (o pacote hdf5, foi testado exaustivamente e não tive bons resultados) Tito Conte
o que exatamente e' o problema? (E os seus arquivos hdf sao definitivamente no formato HDF5, ne'?) Experimente, assumindo q esteja usando a ultima versao do R: source('http://www.bioconductor.org/biocLite.R') biocLite('rhdf5') library(rhdf5) vignette('rhdf5') b Em 6 de agosto de 2013 16:26, Tito Conte <tito.conte@gmail.com> escreveu:
Caros, estou processadno arquivos de imagens de satélite e muitos deles vem em formto .hdf,
alguns de vocês faz ideia de como abri-los (o pacote hdf5, foi testado exaustivamente e não tive bons resultados)
Tito Conte
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Isso depende de que satélite e o grau de processamento da imagem. Se for do MODIS, por exemplo, você provavelmente precisará fazer um pré-processamento usando um software próprio: https://lpdaac.usgs.gov/tools/modis_reprojection_tool. Se for imagem de algum outro satélite, você terá que pesquisar na documentação como (e se é preciso) fazer o pré-processamento. Tipicamente, esses softwares reprojetam a imagem bruta, pode calibrar seus números digitais (valor de pixel) e a salvam em um formato mais popular, como .tif ou .nc. Caso você tenha certeza que a sua imagem já tenha sido processada, o pacote raster pode abri-la com facilidade (desde que o pacote rgdal, que fornece o driver gdal, também esteja instalado): install.packages('rgdal') install.packages('raster') library(raster) r <- raster('seuarquivo.hdf5') plot(r) Saudações, -- Thiago V. dos Santos PhD student Land and Atmospheric Science University of Minnesota http://www.laas.umn.edu/CurrentStudents/MeettheStudents/ThiagodosSantos/inde... Phone: (612) 323 9898 ________________________________ From: Tito Conte <tito.conte@gmail.com> To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Sent: Tuesday, August 6, 2013 2:26 PM Subject: [R-br] Arquivos hdf Caros, estou processadno arquivos de imagens de satélite e muitos deles vem em formto .hdf, alguns de vocês faz ideia de como abri-los (o pacote hdf5, foi testado exaustivamente e não tive bons resultados) Tito Conte _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Benilton, o hdf5 não abre o arquivo Thiago os arquivos são do seawifs, ao que parece não tem que processar a imagem, o problema é abri-los mesmo Tito Conte
Tito, Você pode mostrar a imagem que está tentando abrir? Idealmente, importá-la no R deveria ser tão fácil quanto isso: library(raster) r <- raster('A20072132007243.L3m_MO_CHL_chlor_a_4km') Porém, dependendo de como o hdf estiver organizado, o mais recomendado é usar o gdal_translate para converter a banda que você quer em um formato mais acessível, digamos .tif: system('gdal_translate -of GTiff HDF4_SDS:SEAWIFS_L2:"S2006365040146.L2_GAC_OC":26 /home/thiago/Downloads/seawifs.tif') library(raster) r<-raster('seawifs.tif') O comando acima converterá a banda 26 do arquivo S2006365040146.L2_GAC_OC no arquivo seawifs.tif, que depois é facilmente aberto pelo raster. Você pode ver as bandas disponíveis no HDF usando o gdalinfo ou abrindo o arquivo no QGIS. Você precisará instalar o GDAL para usar essas ferramentas. Se estiver no ubuntu, o pacote é o gdal-bin. Saudações, -- Thiago V. dos Santos PhD student Land and Atmospheric Science University of Minnesota http://www.laas.umn.edu/CurrentStudents/MeettheStudents/ThiagodosSantos/inde... Phone: (612) 323 9898 ________________________________ From: Tito Conte <tito.conte@gmail.com> To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>; Thiago V. dos Santos <thi_veloso@yahoo.com.br> Sent: Monday, August 12, 2013 8:03 PM Subject: Re: [R-br] Arquivos hdf Benilton, o hdf5 não abre o arquivo Thiago os arquivos são do seawifs, ao que parece não tem que processar a imagem, o problema é abri-los mesmo Tito Conte
Caro Tito, bom dia! Apenas cogitando... Os arquivos podem ser HDF4 e não HDF5. Não sei se foi corrigido, mas no passado o pacote hdf5() não abria arquivos HDF4 diretamente e era necessário convertê-los primeiro. No endereço que segue abaixo tem inclusive o link pra um conversor: [R] hdf files https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2010-January/225901.html -- Éder Comunello <e <comunello.eder@gmail.com>comunel@gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
Thiago, sua solução foi MUITO BOA! OBRIGADO! Tito Conte 2013/8/13 Eder Comunello <ecomunel@gmail.com>
Caro Tito, bom dia!
Apenas cogitando... Os arquivos podem ser HDF4 e não HDF5. Não sei se foi corrigido, mas no passado o pacote hdf5() não abria arquivos HDF4 diretamente e era necessário convertê-los primeiro.
No endereço que segue abaixo tem inclusive o link pra um conversor:
[R] hdf files https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2010-January/225901.html
-- Éder Comunello <e <comunello.eder@gmail.com>comunel@gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
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