Caro Tito, bom dia!Apenas cogitando... Os arquivos podem ser HDF4 e não HDF5. Não sei se foi corrigido, mas no passado o pacote hdf5() não abria arquivos HDF4 diretamente e era necessário convertê-los primeiro.No endereço que segue abaixo tem inclusive o link pra um conversor:
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https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.