Manter o R atualizado no linux mint 9.3
Pessoal não estou obtendo sucesso para manter o R atualizado no linux mint 9.3. O que estou fazendo: Adicionei o repositório deb https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ pelo synaptic Quando pedi para recarregar aconteceu o seguinte erro ##### Não foi possível baixar todos os índices de repositórios O repositório pode não estar mais disponível ou pode não ter sido possível entrar em contato com o mesmo devido a problemas de rede. Caso esteja disponível, uma versão mais antiga do índice que falhou será usada. Senão o repositório será ignorado. Verifique sua conexão de rede e certifique-se de que o endereço do repositório esteja correto nas preferências. The repository 'https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ Release' does not have a Release file. ###### Depois disso minha intenção é instalar o pacote Rcmdr, pois com a versão atual do R 3.4.4 está ocorrendo o seguinte erro: ####
install.packages("Rcmdr") Installing package into ‘/home/ecbodevan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4’ (as ‘lib’ is unspecified) Warning message: package ‘Rcmdr’ is not available (for R version 3.4.4) ####
Alguém poderia me ajudar? *Emerson*
Minha experiência com Debian me levou a manter o R atualizado, alheio ao sistema de pacotes da distribuição. Compile: ./configure --with-blas --with-lapack --with-readline --with-tcltk --with-cairo --with-libpng --with-jpeglib --with-libtiff LI64=lib --enable-R-shlib --prefix=/usr Mantenha atualizado os pacotes do sistema utilizando o R com o root: update.packages(ask = FALSE, repos="http://cran.r-project.org",checkBuilt=TRUE) Instale e mantenha os pacotes de seu usuário: install.packages('lattice', repos="http://cran.r-project.org") E atualize com o usuário utilizando o mesmo comando do root. Você vai ter seu R sempre atualizado. Infelizmente, ou felizmente, isto te leva a ter que instalar o rstudio também por fora do sistema de pacotes. Mas aqui funcionaram ambos muito bem. Atenciosamente Em 27/02/2020 15:43, Emerson Cotta Bodevan por (R-br) escreveu:
Pessoal não estou obtendo sucesso para manter o R atualizado no linux mint 9.3.
O que estou fazendo:
Adicionei o repositório
deb https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/
pelo synaptic * * Quando pedi para recarregar aconteceu o seguinte erro ##### Não foi possível baixar todos os índices de repositórios
O repositório pode não estar mais disponível ou pode não ter sido possível entrar em contato com o mesmo devido a problemas de rede. Caso esteja disponível, uma versão mais antiga do índice que falhou será usada. Senão o repositório será ignorado. Verifique sua conexão de rede e certifique-se de que o endereço do repositório esteja correto nas preferências.
The repository 'https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ Release' does not have a Release file. ######
Depois disso minha intenção é instalar o pacote Rcmdr, pois com a versão atual do R 3.4.4 está ocorrendo o seguinte erro: ####
install.packages("Rcmdr") Installing package into ‘/home/ecbodevan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4’ (as ‘lib’ is unspecified) Warning message: package ‘Rcmdr’ is not available (for R version 3.4.4) ####
Alguém poderia me ajudar? * * * * /*Emerson*/
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Uma vez, na lista de discussão do R-USER eu fui recomendado não utilizar os comandos update.packages e install.packages no modo root. Desde então, não utilizo. O amigo já tentou os repositórios oficiais do CRAN para Debian? Por exemplo: https://cran.fiocruz.br/bin/linux/ Basta inserir o item abaixo no /etc/apt/sources.list deb http://<favourite-cran-mirror>/bin/linux/debian buster-cran35/ E substituir "<favourite-cran-mirror>" por " https://cran.fiocruz.br/bin/linux" sem as aspas. Para mais detalhes, visite: https://cran.r-project.org/bin/linux/debian/#debian-buster-stable Laia ML
Adicionei o repositório
deb https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/
Misturar repositório de distros distintas (Debian -> Ubuntu -> Mint) não é uma boa idéia. Quanto ao uso do comando como root, se da na necessidade em se ter permissão de escrita no diretório /usr/lib/R/library enquanto o usuário grava apenas em ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.X/ evitando qualquer tipo de conflito, tendo dois ambientes de bibliotecas. Até então não tive problemas. Atualmente migrei de Debian para Arch e permanece funcionando satisfatoriamente. Atenciosamente Em 27/02/2020 18:11, Marcelo Laia escreveu:
Uma vez, na lista de discussão do R-USER eu fui recomendado não utilizar os comandos update.packages e install.packages no modo root. Desde então, não utilizo.
O amigo já tentou os repositórios oficiais do CRAN para Debian?
Por exemplo:
https://cran.fiocruz.br/bin/linux/
Basta inserir o item abaixo no /etc/apt/sources.list
|deb http://<favourite-cran-mirror>/bin/linux/debian buster-cran35/|
E substituir "<favourite-cran-mirror>" por "https://cran.fiocruz.br/bin/linux" sem as aspas.
Para mais detalhes, visite:
https://cran.r-project.org/bin/linux/debian/#debian-buster-stable
Laia ML
Adicionei o repositório
deb https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/
Prezados Rodolfo e Marcelo, boa tarde. Obrigado pelas dicas. Vou tentar resolver utilizando-as. Postarei aqui como consegui resolver. Obrigado mais uma vez. *Emerson* Em qui., 27 de fev. de 2020 às 20:52, Rodolfo Silva por (R-br) < r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
Misturar repositório de distros distintas (Debian -> Ubuntu -> Mint) não é uma boa idéia.
Quanto ao uso do comando como root, se da na necessidade em se ter permissão de escrita no diretório /usr/lib/R/library enquanto o usuário grava apenas em ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.X/ evitando qualquer tipo de conflito, tendo dois ambientes de bibliotecas. Até então não tive problemas. Atualmente migrei de Debian para Arch e permanece funcionando satisfatoriamente.
Atenciosamente Em 27/02/2020 18:11, Marcelo Laia escreveu:
Uma vez, na lista de discussão do R-USER eu fui recomendado não utilizar os comandos update.packages e install.packages no modo root. Desde então, não utilizo.
O amigo já tentou os repositórios oficiais do CRAN para Debian?
Por exemplo:
https://cran.fiocruz.br/bin/linux/
Basta inserir o item abaixo no /etc/apt/sources.list
deb http://<favourite-cran-mirror>/bin/linux/debian buster-cran35/
E substituir "<favourite-cran-mirror>" por " https://cran.fiocruz.br/bin/linux" sem as aspas.
Para mais detalhes, visite:
https://cran.r-project.org/bin/linux/debian/#debian-buster-stable
Laia ML
Adicionei o repositório
deb https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/
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Prezado Rodolfo... executando no terminal o comando ./configure --with-blas --with-lapack --with-readline --with-tcltk --with-cairo --with-libpng --with-jpeglib --with-libtiff LI64=lib --enable-R-shlib --prefix=/usr a resposta foi diretório inexistente. Prezado Marcelo... adicionando o repositório deb http://cran.fiocruz.br/bin/linux/debian buster-cran35/ obtive o mesmo erro anterior adicionado de uma mensagem falando sobre uma chave pública. Tentei variações como deb http://cran.fiocruz.br/bin/linux/debian bionic-cran35/ deb http://cran.fiocruz.br/bin/linux/ubuntu buster-cran35/ deb http://cran.fiocruz.br/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ deb https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu buster-cran35/ deb https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ deb https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/debian buster-cran35/ deb https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/debian bionic-cran35/ Continua com mesmo erro. Alguma idéia do que pode estar errado? Obrigado pela atenção. *Emerson* Em sex., 28 de fev. de 2020 às 17:43, Emerson Cotta Bodevan < bodevan.ec@gmail.com> escreveu:
Prezados Rodolfo e Marcelo, boa tarde.
Obrigado pelas dicas. Vou tentar resolver utilizando-as.
Postarei aqui como consegui resolver.
Obrigado mais uma vez.
*Emerson*
Em qui., 27 de fev. de 2020 às 20:52, Rodolfo Silva por (R-br) < r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
Misturar repositório de distros distintas (Debian -> Ubuntu -> Mint) não é uma boa idéia.
Quanto ao uso do comando como root, se da na necessidade em se ter permissão de escrita no diretório /usr/lib/R/library enquanto o usuário grava apenas em ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.X/ evitando qualquer tipo de conflito, tendo dois ambientes de bibliotecas. Até então não tive problemas. Atualmente migrei de Debian para Arch e permanece funcionando satisfatoriamente.
Atenciosamente Em 27/02/2020 18:11, Marcelo Laia escreveu:
Uma vez, na lista de discussão do R-USER eu fui recomendado não utilizar os comandos update.packages e install.packages no modo root. Desde então, não utilizo.
O amigo já tentou os repositórios oficiais do CRAN para Debian?
Por exemplo:
https://cran.fiocruz.br/bin/linux/
Basta inserir o item abaixo no /etc/apt/sources.list
deb http://<favourite-cran-mirror>/bin/linux/debian buster-cran35/
E substituir "<favourite-cran-mirror>" por " https://cran.fiocruz.br/bin/linux" sem as aspas.
Para mais detalhes, visite:
https://cran.r-project.org/bin/linux/debian/#debian-buster-stable
Laia ML
Adicionei o repositório
deb https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/
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Emerson, Em sex, 28 de fev de 2020 18:05, Emerson Cotta Bodevan por (R-br) < r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Prezado Marcelo... adicionando o repositório
deb http://cran.fiocruz.br/bin/linux/debian buster-cran35/
obtive o mesmo erro anterior adicionado de uma mensagem falando sobre uma chave pública.
Muito bom! Você só tem que adicionar a chave pública para o apt acreditar nela. Estou fora de casa, mas, na mensagem que eu lhe enviei tem o link para a página do CRAN com as informações e lá tem como incluir a chave pública! Assim que chegar em casa, caso ainda não tenha conseguido, lhe envio o como fazer. Laia, ML
Emerson, Para adicionar a chave, rode o seguinte comando como root (ou sudo antes do comando): apt-key adv --keyserver keys.gnupg.net --recv-key 'E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF' Tudo em uma única linha. Qualquer coisa, posta aqui! Laia, ML Em sex, 28 de fev de 2020 18:09, Marcelo Laia <marcelolaia@gmail.com> escreveu:
Emerson,
Em sex, 28 de fev de 2020 18:05, Emerson Cotta Bodevan por (R-br) < r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Prezado Marcelo... adicionando o repositório
deb http://cran.fiocruz.br/bin/linux/debian buster-cran35/
obtive o mesmo erro anterior adicionado de uma mensagem falando sobre uma chave pública.
Muito bom!
Você só tem que adicionar a chave pública para o apt acreditar nela.
Estou fora de casa, mas, na mensagem que eu lhe enviei tem o link para a página do CRAN com as informações e lá tem como incluir a chave pública!
Assim que chegar em casa, caso ainda não tenha conseguido, lhe envio o como fazer.
Laia, ML
Emerson, Esqueci de escrever que, após adicionar a chave do apt, você tem que adicionar o repositório deb http://cran.fiocruz.br/bin/linux/debian buster-cran35/ e rodar apt update e apt upgrade Laia, ML Em sex, 28 de fev de 2020 18:42, Marcelo Laia <marcelolaia@gmail.com> escreveu:
Emerson,
Para adicionar a chave, rode o seguinte comando como root (ou sudo antes do comando):
apt-key adv --keyserver keys.gnupg.net --recv-key 'E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF'
Tudo em uma única linha.
Qualquer coisa, posta aqui!
Laia, ML
Em sex, 28 de fev de 2020 18:09, Marcelo Laia <marcelolaia@gmail.com> escreveu:
Emerson,
Em sex, 28 de fev de 2020 18:05, Emerson Cotta Bodevan por (R-br) < r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Prezado Marcelo... adicionando o repositório
deb http://cran.fiocruz.br/bin/linux/debian buster-cran35/
obtive o mesmo erro anterior adicionado de uma mensagem falando sobre uma chave pública.
Muito bom!
Você só tem que adicionar a chave pública para o apt acreditar nela.
Estou fora de casa, mas, na mensagem que eu lhe enviei tem o link para a página do CRAN com as informações e lá tem como incluir a chave pública!
Assim que chegar em casa, caso ainda não tenha conseguido, lhe envio o como fazer.
Laia, ML
O repositório não é: deb https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu/bionic-cran35/ (https://link.getmailspring.com/link/8611E4AD-307A-4B24-BEA1-72CD291EB74B@get...) Acredito que está faltando a barra antes do bionic. Att On Feb 28 2020, at 7:13 pm, Marcelo Laia por (R-br) <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
Emerson,
Esqueci de escrever que, após adicionar a chave do apt, você tem que adicionar o repositório deb http://cran.fiocruz.br/bin/linux/debian (https://link.getmailspring.com/link/8611E4AD-307A-4B24-BEA1-72CD291EB74B@get...) buster-cran35/ e rodar apt update e apt upgrade
Laia, ML Em sex, 28 de fev de 2020 18:42, Marcelo Laia <marcelolaia@gmail.com (mailto:marcelolaia@gmail.com)> escreveu:
Emerson,
Para adicionar a chave, rode o seguinte comando como root (ou sudo antes do comando):
apt-key adv --keyserver keys.gnupg.net (http://keys.gnupg.net) --recv-key 'E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF' Tudo em uma única linha.
Qualquer coisa, posta aqui!
Laia, ML
Em sex, 28 de fev de 2020 18:09, Marcelo Laia <marcelolaia@gmail.com (mailto:marcelolaia@gmail.com)> escreveu:
Emerson,
Em sex, 28 de fev de 2020 18:05, Emerson Cotta Bodevan por (R-br) <r-br@listas.c3sl.ufpr.br (mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br)>
Prezado Marcelo... adicionando o repositório deb http://cran.fiocruz.br/bin/linux/debian buster-cran35/ obtive o mesmo erro anterior adicionado de uma mensagem falando sobre uma chave pública.
Muito bom!
Você só tem que adicionar a chave pública para o apt acreditar nela.
Estou fora de casa, mas, na mensagem que eu lhe enviei tem o link para a página do CRAN com as informações e lá tem como incluir a chave pública!
Assim que chegar em casa, caso ainda não tenha conseguido, lhe envio o como fazer.
Laia, ML
R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
On 01/03/20 at 07:43, Fernando Souza wrote:
O repositório não é:
deb [1]https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu/bionic-cran35/
Acredito que está faltando a barra antes do bionic.
Olá Fernando, Na primeira mensagem eu coloquei corretamente o link direto do CRAN, mas com o repositório da fiocruz devido o da UFPR estar sem certificado de segurança. Por favor, dê uma olhada e veja se esqueci ou escrevi algo errado. http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/2020-February/019958.html -- Laia, ML https://publons.com/researcher/1755871/ http://orcid.org/0000-0001-6366-4558
Olá marcelo, Acho que o repositório como está escrito no cran está incompleto. Copie e cole os dois endereços no seu browser e você verá que o segundo a página não será encontrada. tente: Correto https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu/bionic-cran35/ (https://link.getmailspring.com/link/E9698C40-2583-493D-8D8C-8A4AABCA599E@get...) Incorreto https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu (https://link.getmailspring.com/link/E9698C40-2583-493D-8D8C-8A4AABCA599E@get...) bionic-cran35/ (https://link.getmailspring.com/link/E9698C40-2583-493D-8D8C-8A4AABCA599E@get...) att On Mar 1 2020, at 8:38 pm, Marcelo Laia <marcelolaia@gmail.com> wrote:
On 01/03/20 at 07:43, Fernando Souza wrote: > O repositório não é: > > deb [1]https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu/bionic-cran35/ > > Acredito que está faltando a barra antes do bionic. Olá Fernando, Na primeira mensagem eu coloquei corretamente o link direto do CRAN, mas com o repositório da fiocruz devido o da UFPR estar sem certificado de segurança. Por favor, dê uma olhada e veja se esqueci ou escrevi algo errado. http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/2020-February/019958.html -- Laia, ML https://publons.com/researcher/1755871/ http://orcid.org/0000-0001-6366-4558
On 01/03/20 at 08:47, Fernando Souza wrote:
Copie e cole os dois endereços no seu browser e você verá que o segundo a página não será encontrada.
tente:
Correto
[1]https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu/bionic-cran35/
Incorreto
[2]https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu [3]bionic-cran35/
Fernando, para incluir um repositório no arquivo /etc/apt/sources.list o formato é diferente do formato utilizado em um navegador (browser). Eu sugeri utilizar no arquivo /etc/apt/sources.list o respositório: deb https://cran.fiocruz.br/bin/linux/debian buster-cran35/ Veja que há um espaço entre debian e buster-cran35 e um prefixo deb no início. Isso é um padrão. Mais informações aqui: https://wiki.debian.org/SourcesList Para acessar o repositório CRAN acima via navegador, tu estás correto em trocar o espaço pela barra e excluir o prefixo deb no início, assim: https://cran.fiocruz.br/bin/linux/debian/buster-cran35/ Se ainda houver erro, vamos tentar corrigir. Laia, ML
att
On Mar 1 2020, at 8:38 pm, Marcelo Laia <marcelolaia@gmail.com> wrote:
On 01/03/20 at 07:43, Fernando Souza wrote: > O repositório não é: > > deb [1]https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu/bionic-cran35/ > > Acredito que está faltando a barra antes do bionic. Olá Fernando, Na primeira mensagem eu coloquei corretamente o link direto do CRAN, mas com o repositório da fiocruz devido o da UFPR estar sem certificado de segurança. Por favor, dê uma olhada e veja se esqueci ou escrevi algo errado. http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/2020-February/019958.html -- Laia, ML https://publons.com/researcher/1755871/ http://orcid.org/0000-0001-6366-4558
Referências
1. https://link.getmailspring.com/link/E9698C40-2583-493D-8D8C-8A4AABCA599E@get... 2. https://link.getmailspring.com/link/E9698C40-2583-493D-8D8C-8A4AABCA599E@get... 3. https://link.getmailspring.com/link/E9698C40-2583-493D-8D8C-8A4AABCA599E@get...
^[ -- Marcelo
Ah é mesmo!!! Foi mal, viajei aqui. Eu também utilizo o Debian buster e para mim o endereço da forma como indicou funciona bem. Estava tentando encontrar um possível erro postado pelo Emerson. Mas não estou encontrando, possivelmente é do servido que ele utilizou. Obrigado! On Mar 1 2020, at 9:21 pm, Marcelo Laia <marcelolaia@gmail.com> wrote:
On 01/03/20 at 08:47, Fernando Souza wrote: > Copie e cole os dois endereços no seu browser e você verá que o segundo > a página não será encontrada. > > tente: > > Correto > > [1]https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu/bionic-cran35/ > > Incorreto > > [2]https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu [3]bionic-cran35/ Fernando, para incluir um repositório no arquivo /etc/apt/sources.list o formato é diferente do formato utilizado em um navegador (browser). Eu sugeri utilizar no arquivo /etc/apt/sources.list o respositório: deb https://cran.fiocruz.br/bin/linux/debian buster-cran35/ Veja que há um espaço entre debian e buster-cran35 e um prefixo deb no início. Isso é um padrão. Mais informações aqui: https://wiki.debian.org/SourcesList Para acessar o repositório CRAN acima via navegador, tu estás correto em trocar o espaço pela barra e excluir o prefixo deb no início, assim: https://cran.fiocruz.br/bin/linux/debian/buster-cran35/ Se ainda houver erro, vamos tentar corrigir. Laia, ML > > att > > On Mar 1 2020, at 8:38 pm, Marcelo Laia wrote: > > On 01/03/20 at 07:43, Fernando Souza wrote: > O repositório não é: > > > deb [1]https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu/bionic-cran35/ > > > Acredito que está faltando a barra antes do bionic. Olá Fernando, Na > primeira mensagem eu coloquei corretamente o link direto do CRAN, mas > com o repositório da fiocruz devido o da UFPR estar sem certificado de > segurança. Por favor, dê uma olhada e veja se esqueci ou escrevi algo > errado. > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/2020-February/019958.html -- > Laia, ML https://publons.com/researcher/1755871/ > http://orcid.org/0000-0001-6366-4558 > > Referências > > 1. https://link.getmailspring.com/link/E9698C40-2583-493D-8D8C-8A4AABCA599E@get... > 2. https://link.getmailspring.com/link/E9698C40-2583-493D-8D8C-8A4AABCA599E@get... > 3. https://link.getmailspring.com/link/E9698C40-2583-493D-8D8C-8A4AABCA599E@get... ^[ -- Marcelo
Fernando, Acredito que o problema dele foi somente a chave pública do apt. Laia ML Em dom., 1 de mar. de 2020 às 21:29, Fernando Souza <nandodesouza@gmail.com> escreveu:
Ah é mesmo!!! Foi mal, viajei aqui.
Eu também utilizo o Debian buster e para mim o endereço da forma como indicou funciona bem.
Estava tentando encontrar um possível erro postado pelo Emerson. Mas não estou encontrando, possivelmente é do servido que ele utilizou.
Obrigado!
On Mar 1 2020, at 9:21 pm, Marcelo Laia <marcelolaia@gmail.com> wrote:
On 01/03/20 at 08:47, Fernando Souza wrote: > Copie e cole os dois endereços no seu browser e você verá que o segundo > a página não será encontrada. > > tente: > > Correto > > [1]https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu/bionic-cran35/ > > Incorreto > > [2]https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu [3]bionic-cran35/ Fernando, para incluir um repositório no arquivo /etc/apt/sources.list o formato é diferente do formato utilizado em um navegador (browser). Eu sugeri utilizar no arquivo /etc/apt/sources.list o respositório: deb https://cran.fiocruz.br/bin/linux/debian buster-cran35/ Veja que há um espaço entre debian e buster-cran35 e um prefixo deb no início. Isso é um padrão. Mais informações aqui: https://wiki.debian.org/SourcesList Para acessar o repositório CRAN acima via navegador, tu estás correto em trocar o espaço pela barra e excluir o prefixo deb no início, assim: https://cran.fiocruz.br/bin/linux/debian/buster-cran35/ Se ainda houver erro, vamos tentar corrigir. Laia, ML > > att > > On Mar 1 2020, at 8:38 pm, Marcelo Laia wrote: > > On 01/03/20 at 07:43, Fernando Souza wrote: > O repositório não é: > > > deb [1]https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu/bionic-cran35/ > > > Acredito que está faltando a barra antes do bionic. Olá Fernando, Na > primeira mensagem eu coloquei corretamente o link direto do CRAN, mas > com o repositório da fiocruz devido o da UFPR estar sem certificado de > segurança. Por favor, dê uma olhada e veja se esqueci ou escrevi algo > errado. > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/2020-February/019958.html -- > Laia, ML https://publons.com/researcher/1755871/ > http://orcid.org/0000-0001-6366-4558 > > Referências > > 1. https://link.getmailspring.com/link/E9698C40-2583-493D-8D8C-8A4AABCA599E@get... > 2. https://link.getmailspring.com/link/E9698C40-2583-493D-8D8C-8A4AABCA599E@get... > 3. https://link.getmailspring.com/link/E9698C40-2583-493D-8D8C-8A4AABCA599E@get... ^[ -- Marcelo
-- Laia, M. L.
Prezados, boa tarde. Primeiramente, desculpem-me pela demora em responder. Tive alguns problemas com o LINUX MINT e acabei mudando (voltando na verdade) para o UBUNTU. Com isso bastou fazer o seguinte: 1) Adicionei este repositório deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ 2) No terminal do UBUNTU gpg --keyserver hkp://keyserver.ubuntu.com:80 --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 gpg -a --export E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 | sudo apt-key add - Pronto, tudo funcionou maravilhosamente bem. Muito obrigado a todos que contribuíram. Grande abraço. *Emerson* Em dom., 1 de mar. de 2020 às 21:35, Marcelo Laia por (R-br) < r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Fernando, > > Acredito que o problema dele foi somente a chave pública do apt. > > Laia ML > > Em dom., 1 de mar. de 2020 às 21:29, Fernando Souza > <nandodesouza@gmail.com> escreveu: > > > > Ah é mesmo!!! Foi mal, viajei aqui. > > > > Eu também utilizo o Debian buster e para mim o endereço da forma como > indicou funciona bem. > > > > Estava tentando encontrar um possível erro postado pelo Emerson. Mas não > estou encontrando, possivelmente é do servido que ele utilizou. > > > > Obrigado! > > > > > > On Mar 1 2020, at 9:21 pm, Marcelo Laia <marcelolaia@gmail.com> wrote: > > > > On 01/03/20 at 08:47, Fernando Souza wrote: > Copie e cole os dois > endereços no seu browser e você verá que o segundo > a página não será > encontrada. > > tente: > > Correto > > [1] > https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu/bionic-cran35/ > > Incorreto > > > [2]https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu [3]bionic-cran35/ > Fernando, para incluir um repositório no arquivo /etc/apt/sources.list o > formato é diferente do formato utilizado em um navegador (browser). Eu > sugeri utilizar no arquivo /etc/apt/sources.list o respositório: deb > https://cran.fiocruz.br/bin/linux/debian buster-cran35/ Veja que há um > espaço entre debian e buster-cran35 e um prefixo deb no início. Isso é um > padrão. Mais informações aqui: https://wiki.debian.org/SourcesList Para > acessar o repositório CRAN acima via navegador, tu estás correto em trocar > o espaço pela barra e excluir o prefixo deb no início, assim: > https://cran.fiocruz.br/bin/linux/debian/buster-cran35/ Se ainda houver > erro, vamos tentar corrigir. Laia, ML > > att > > On Mar 1 2020, at 8:38 > pm, Marcelo Laia wrote: > > On 01/03/20 at 07:43, Fernando Souza wrote: > O > repositório não é: > > > deb [1] > https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu/bionic-cran35/ > > > > Acredito que está faltando a barra antes do bionic. Olá Fernando, Na > > primeira mensagem eu coloquei corretamente o link direto do CRAN, mas > com > o repositório da fiocruz devido o da UFPR estar sem certificado de > > segurança. Por favor, dê uma olhada e veja se esqueci ou escrevi algo > > errado. > > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/2020-February/019958.html -- > > Laia, ML https://publons.com/researcher/1755871/ > > http://orcid.org/0000-0001-6366-4558 > > Referências > > 1. > https://link.getmailspring.com/link/E9698C40-2583-493D-8D8C-8A4AABCA599E@getmailspring.com/0?redirect=https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu/bionic-cran35/&recipient=bWFyY2Vsb2xhaWFAZ21haWwuY29t > > 2. > https://link.getmailspring.com/link/E9698C40-2583-493D-8D8C-8A4AABCA599E@getmailspring.com/1?redirect=https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu&recipient=bWFyY2Vsb2xhaWFAZ21haWwuY29t > > 3. > https://link.getmailspring.com/link/E9698C40-2583-493D-8D8C-8A4AABCA599E@getmailspring.com/2?redirect=https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu/bionic-cran35/&recipient=bWFyY2Vsb2xhaWFAZ21haWwuY29t > ^[ -- Marcelo > > > > -- > Laia, M. L. > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br@listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. >
https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/#installation On Fri, 28 Feb 2020, 18:05 Emerson Cotta Bodevan por (R-br), < r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
Prezado Rodolfo... executando no terminal o comando
./configure --with-blas --with-lapack --with-readline --with-tcltk --with-cairo --with-libpng --with-jpeglib --with-libtiff LI64=lib --enable-R-shlib --prefix=/usr
a resposta foi
diretório inexistente.
Prezado Marcelo... adicionando o repositório
deb http://cran.fiocruz.br/bin/linux/debian buster-cran35/
obtive o mesmo erro anterior adicionado de uma mensagem falando sobre uma chave pública.
Tentei variações como deb http://cran.fiocruz.br/bin/linux/debian bionic-cran35/ deb http://cran.fiocruz.br/bin/linux/ubuntu buster-cran35/ deb http://cran.fiocruz.br/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ deb https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu buster-cran35/ deb https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ deb https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/debian buster-cran35/ deb https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/debian bionic-cran35/
Continua com mesmo erro.
Alguma idéia do que pode estar errado?
Obrigado pela atenção.
*Emerson*
Em sex., 28 de fev. de 2020 às 17:43, Emerson Cotta Bodevan < bodevan.ec@gmail.com> escreveu:
Prezados Rodolfo e Marcelo, boa tarde.
Obrigado pelas dicas. Vou tentar resolver utilizando-as.
Postarei aqui como consegui resolver.
Obrigado mais uma vez.
*Emerson*
Em qui., 27 de fev. de 2020 às 20:52, Rodolfo Silva por (R-br) < r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
Misturar repositório de distros distintas (Debian -> Ubuntu -> Mint) não é uma boa idéia.
Quanto ao uso do comando como root, se da na necessidade em se ter permissão de escrita no diretório /usr/lib/R/library enquanto o usuário grava apenas em ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.X/ evitando qualquer tipo de conflito, tendo dois ambientes de bibliotecas. Até então não tive problemas. Atualmente migrei de Debian para Arch e permanece funcionando satisfatoriamente.
Atenciosamente Em 27/02/2020 18:11, Marcelo Laia escreveu:
Uma vez, na lista de discussão do R-USER eu fui recomendado não utilizar os comandos update.packages e install.packages no modo root. Desde então, não utilizo.
O amigo já tentou os repositórios oficiais do CRAN para Debian?
Por exemplo:
https://cran.fiocruz.br/bin/linux/
Basta inserir o item abaixo no /etc/apt/sources.list
deb http://<favourite-cran-mirror>/bin/linux/debian buster-cran35/
E substituir "<favourite-cran-mirror>" por " https://cran.fiocruz.br/bin/linux" sem as aspas.
Para mais detalhes, visite:
https://cran.r-project.org/bin/linux/debian/#debian-buster-stable
Laia ML
Adicionei o repositório
deb https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Bom, não sei o que você fez antes de iniciar a configuração dos sources, mas para compilar o caminho inteiro seria algo como: / / /wget -c https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.6.2.tar.gz/ /tar -axvf R-3.6.2.tar.gz/ /cd R-3.6.2/ /./configure --with-blas --with-lapack --with-readline --with-tcltk --with-cairo --with-libpng --with-jpeglib --with-libtiff LI64=lib --enable-R-shlib --prefix=/usr/ /make/ /make install/ Você precisa ter as bibliotecas de desenvolvimento de cada um dos itens "with" pré-instaladas se não ocorrerão novos erros. Dê uma olhada na documentação também. Atenciosamente Em 28/02/2020 17:15, Daniel Guimarães Tiezzi por (R-br) escreveu:
https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/#installation
On Fri, 28 Feb 2020, 18:05 Emerson Cotta Bodevan por (R-br), <r-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br>> wrote:
Prezado Rodolfo... executando no terminal o comando
./configure --with-blas --with-lapack --with-readline --with-tcltk --with-cairo --with-libpng --with-jpeglib --with-libtiff LI64=lib --enable-R-shlib --prefix=/usr
a resposta foi
diretório inexistente.
Prezado Marcelo... adicionando o repositório
|deb http://cran.fiocruz.br/bin/linux/debian buster-cran35/ |
obtive o mesmo erro anterior adicionado de uma mensagem falando sobre uma chave pública.
Tentei variações como deb http://cran.fiocruz.br/bin/linux/debian bionic-cran35/ deb http://cran.fiocruz.br/bin/linux/ubuntu buster-cran35/ deb http://cran.fiocruz.br/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ deb https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu buster-cran35/ deb https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ deb https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/debian buster-cran35/ deb https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/debian bionic-cran35/ * * Continua com mesmo erro.
Alguma idéia do que pode estar errado?
Obrigado pela atenção. * * /*Emerson*/
Em sex., 28 de fev. de 2020 às 17:43, Emerson Cotta Bodevan <bodevan.ec@gmail.com <mailto:bodevan.ec@gmail.com>> escreveu:
Prezados Rodolfo e Marcelo, boa tarde.
Obrigado pelas dicas. Vou tentar resolver utilizando-as.
Postarei aqui como consegui resolver.
Obrigado mais uma vez. * * /*Emerson*/
Em qui., 27 de fev. de 2020 às 20:52, Rodolfo Silva por (R-br) <r-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br>> escreveu:
Misturar repositório de distros distintas (Debian -> Ubuntu -> Mint) não é uma boa idéia.
Quanto ao uso do comando como root, se da na necessidade em se ter permissão de escrita no diretório /usr/lib/R/library enquanto o usuário grava apenas em ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.X/ evitando qualquer tipo de conflito, tendo dois ambientes de bibliotecas. Até então não tive problemas. Atualmente migrei de Debian para Arch e permanece funcionando satisfatoriamente.
Atenciosamente
Em 27/02/2020 18:11, Marcelo Laia escreveu:
Uma vez, na lista de discussão do R-USER eu fui recomendado não utilizar os comandos update.packages e install.packages no modo root. Desde então, não utilizo.
O amigo já tentou os repositórios oficiais do CRAN para Debian?
Por exemplo:
https://cran.fiocruz.br/bin/linux/
Basta inserir o item abaixo no /etc/apt/sources.list
|deb http://<favourite-cran-mirror>/bin/linux/debian buster-cran35/|
E substituir "<favourite-cran-mirror>" por "https://cran.fiocruz.br/bin/linux" sem as aspas.
Para mais detalhes, visite:
https://cran.r-project.org/bin/linux/debian/#debian-buster-stable
Laia ML
Adicionei o repositório
deb https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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Rodolfo Silva