Misturar repositório de distros distintas (Debian -> Ubuntu
-> Mint) não é uma boa idéia.
Quanto ao uso do comando como root, se da na necessidade em se ter permissão de escrita no diretório /usr/lib/R/library enquanto o usuário grava apenas em ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.X/ evitando qualquer tipo de conflito, tendo dois ambientes de bibliotecas. Até então não tive problemas. Atualmente migrei de Debian para Arch e permanece funcionando satisfatoriamente.
Atenciosamente
Uma vez, na lista de discussão do R-USER eu fui recomendado não utilizar os comandos update.packages e install.packages no modo root. Desde então, não utilizo.
O amigo já tentou os repositórios oficiais do CRAN para Debian?
Por exemplo:
Basta inserir o item abaixo no /etc/apt/sources.list
deb http://<favourite-cran-mirror>/bin/linux/debian buster-cran35/
E substituir "<favourite-cran-mirror>" por "https://cran.fiocruz.br/bin/linux" sem as aspas.
Para mais detalhes, visite:
Laia ML