Uma vez, na lista de discussão do R-USER eu fui recomendado não utilizar os comandos update.packages e install.packages no modo root. Desde então, não utilizo.

O amigo já tentou os repositórios oficiais do CRAN para Debian?

Por exemplo:

Basta inserir o item abaixo no /etc/apt/sources.list

deb http://<favourite-cran-mirror>/bin/linux/debian buster-cran35/

E substituir "<favourite-cran-mirror>" por  "https://cran.fiocruz.br/bin/linux" sem as aspas.

Para mais detalhes, visite:

Laia ML