Pessoal, Tenho lido vários livros sobre R, muitos blogs (R-bloggers) e as excelentes páginas do Wiki-Leg da UFPR e as famosas Ridículas do Walmes e em muitas delas vejo que em muitos dos tutoriais, é necessária, para a obtenção da Anova Marginal (Tipo III), setar o contraste como "contr.sum" e outros que nada falam sobre isso, ficando setado o padrão do R, o "contr. treatment". A explicação para a alteração do contraste é que a soma deste deve ser nula, o que não acontece com o "contr.treatment". Caso não seja feita a alteração, os resultados podem estar errados. O artigo que tenta por luz neste assunto é aqui indicado: http://goanna.cs.rmit.edu.au/~fscholer/anova.php Normalmente eu uso o pacote "car" para cálculos que análises de variância do tipo III, mas nos exemplos que vejo, dados que simulo etc, não vejo diferenças. Acredito que nem poderiam haver, mesmo. A ANOVA trivial (tipo I) é invariante à parametrização, mas fico muito em dúvida se a tipo III também seria. O que vocês pensam? Já observaram diferenças importantes em suas análises? Abs e muito obrigado. Olympio
Bem, seus apontamentos estão todos corretos. Tipo I, II e III são jargões do $A$. O correto, em temos de estatística, seria falar de anova sequencial e marginal, muito embora isso não seja comum entre usuários de R e até considero um ponto positivo. Quanto aos dados que você simula, sobre o que você não vê diferenças? Entre os tipos de anova, o valor do teste F? São delineamentos ortogonais? Está simulando como, sob H0, H1? Algum CMR? À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================
Walmes, obrigado por responder. Não é um caso específico, Walmes e por isso não informei um CMR. Fico somente confuso pois alguns autores insistem em modificar os contrastes padrões, (alguns usam até o "helmert", esqueci de dizer) mas outros não. Eu trato, em 90% dos casos, com dados balanceados, o que leva a SQ iguais na anova trivial e a marginal. Será por isso que não vejo diferenças? A pergunta é teórica, mesmo. Abs Neto Em 23/04/2012 19:58, Olympio Neto escreveu:
Pessoal,
Tenho lido vários livros sobre R, muitos blogs (R-bloggers) e as excelentes páginas do Wiki-Leg da UFPR e as famosas Ridículas do Walmes e em muitas delas vejo que em muitos dos tutoriais, é necessária, para a obtenção da Anova Marginal (Tipo III), setar o contraste como "contr.sum" e outros que nada falam sobre isso, ficando setado o padrão do R, o "contr. treatment". A explicação para a alteração do contraste é que a soma deste deve ser nula, o que não acontece com o "contr.treatment". Caso não seja feita a alteração, os resultados podem estar errados.
O artigo que tenta por luz neste assunto é aqui indicado: http://goanna.cs.rmit.edu.au/~fscholer/anova.php
Normalmente eu uso o pacote "car" para cálculos que análises de variância do tipo III, mas nos exemplos que vejo, dados que simulo etc, não vejo diferenças. Acredito que nem poderiam haver, mesmo. A ANOVA trivial (tipo I) é invariante à parametrização, mas fico muito em dúvida se a tipo III também seria.
O que vocês pensam? Já observaram diferenças importantes em suas análises?
Abs e muito obrigado.
Olympio
Bem, trocar o tipo de contraste é uma coisa que vai depender de como a função foi implementada. Eu conheço duas formas de obter a anova marginal, uma com car::Anova(..., type="III") e outra com o drop1(). Se não me falhe a memória, a primeira precisa de contr.sum, a segunda não. Se o delineamento é ortogonal, anova sequencial e marginal serão iguais. Na minha humilde opinião, eu considero essa distinção uma distração. Raros são os casos em que se faz sentido testar um efeito principal na presença de interação ou coisas do tipo. À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================
Concordo com vc... Os efeitos principais perdem o significado nestes casos. Normalmente eu uso o pacote car para obtenção da SQ marginal. O problema surge, na verdade, quando temos desbalanceamento, pq a anova correta é a marginal. Estou certo nisso? Abs Olympio Em 24 de abril de 2012 08:28, Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com>escreveu:
Bem, trocar o tipo de contraste é uma coisa que vai depender de como a função foi implementada. Eu conheço duas formas de obter a anova marginal, uma com car::Anova(..., type="III") e outra com o drop1(). Se não me falhe a memória, a primeira precisa de contr.sum, a segunda não. Se o delineamento é ortogonal, anova sequencial e marginal serão iguais. Na minha humilde opinião, eu considero essa distinção uma distração. Raros são os casos em que se faz sentido testar um efeito principal na presença de interação ou coisas do tipo.
À disposição. Walmes.
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Na minhã opinião não existe anova correta. Não é a marginal, nem talvez a sequêncial. Tudo depende do que você quer, das suposições que faz, etc. Em toda análise estatística existe um componente de subjetividade. Essa idéia do que é certo ou errado é muito a cara de quem acha que estatística é um conjunto de PROC, quando na verdade o que existe é algo mais ou menos adequado para determinada situação. À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================
É nessas horas que faz falta um "curti" como do FB, e não precisaria encher a caixa de vocês. Ótimo comentário! Em 24 de abril de 2012 13:48, Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com>escreveu:
Na minhã opinião não existe anova correta. Não é a marginal, nem talvez a sequêncial. Tudo depende do que você quer, das suposições que faz, etc. Em toda análise estatística existe um componente de subjetividade. Essa idéia do que é certo ou errado é muito a cara de quem acha que estatística é um conjunto de PROC, quando na verdade o que existe é algo mais ou menos adequado para determinada situação.
À disposição. Walmes.
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-- Fernando A.B. Colugnati
Lembrando ainda do efeito do balanceamento/ortogonalidade nas eventuais diferencas. Uma excelente razaõ para condução de experimentos balanceados e/ou ortogonais nos parametris de interesse é exatamente o de que tias discrepancias nao ocorrem On Tue, 24 Apr 2012, Walmes Zeviani wrote:
Na minhã opinião não existe anova correta. Não é a marginal, nem talvez a sequêncial. Tudo depende do que você quer, das suposições que faz, etc. Em toda análise estatística existe um componente de subjetividade. Essa idéia do que é certo ou errado é muito a cara de quem acha que estatística é um conjunto de PROC, quando na verdade o que existe é algo mais ou menos adequado para determinada situação.
À disposição. Walmes.
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É por isso que quis saber a opinião de vocês. Um dos grandes problemas da internet é a vastidão de informações, às vezes, nem sempre adequadas. Quem não teve acesso a um material "questionável"? Faz parte do processo de aprendizado. Só não sei se concordo com a subjetividade, mas é simples opinião. Nem saberia substanciar o motivo, mas sinto-me mais confortável acreditando na objetividade. Quanto ao conjunto de PROC's na utilização da estatística, não sou tão radical no sentido de acreditar que não se pode sair pela tangente, às vezes... basta ver o surgimento dos métodos de estatística computacional intensiva, mas existem, acredito eu, métodos melhores que outros em determinadas situações, principalmente na confiança que se tem na técnica e nos resultados que ela te mostra, ou tendem a mostrar. Espero que a discussão continue, porque é tendência ligarmos o automático e nem pensamos no que estamos fazendo. Claro que isso cansa, estressa, mas é importante. Abs Olympio
Nao se trata simplesmente de subjetivodade ou objetivodade diferentes tipos de hipoteses estao sendo testadas sob os diferentes procedimentos. testar efeitos sequenciais é diferente de testar efeitos dados que todos outros estao no modelo que por sua vez pode ser diferente de testar cada um deles marginalmente Portanto a questao é refletir sobre as hipoteses que dsao testadas em cada caso, e a conformidade com a analise pretendida (e com as interpretacoes) as coincidencias de resultados sao mais exceçoes do que regra On Tue, 24 Apr 2012, Olympio Neto wrote:
É por isso que quis saber a opinião de vocês. Um dos grandes problemas da internet é a vastidão de informações, às vezes, nem sempre adequadas. Quem não teve acesso a um material "questionável"? Faz parte do processo de aprendizado. Só não sei se concordo com a subjetividade, mas é simples opinião. Nem saberia substanciar o motivo, mas sinto-me mais confortável acreditando na objetividade. Quanto ao conjunto de PROC's na utilização da estatística, não sou tão radical no sentido de acreditar que não se pode sair pela tangente, às vezes... basta ver o surgimento dos métodos de estatística computacional intensiva, mas existem, acredito eu, métodos melhores que outros em determinadas situações, principalmente na confiança que se tem na técnica e nos resultados que ela te mostra, ou tendem a mostrar.
Espero que a discussão continue, porque é tendência ligarmos o automático e nem pensamos no que estamos fazendo. Claro que isso cansa, estressa, mas é importante.
Abs
Olympio
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Obrigado, Prof. Paulo. Acho que falta explicar isso nos tutoriais. Senão, fica mesmo o que o Walmes falou... vira um algoritmo e não mais disso. O artigo que citei me chamou a atenção e por isso coloquei este assunto. Valeu pelo comentário. Abs Olympio
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