como fazer plot de componentes principais em cores?
Oi pessoal, Eu preciso fazer um PCA que varie as cores em função dos anos. O mais antigo em vermelho e a medida que chega as datas mais recentes vai ficando roxo (uma escala de cor). eu tenho esse exemplo hipotético. mat5 <- matrix(rnorm(2000), ,4) # minha matriz mat5 ages<-seq(1, 50000, by = 100) #idades ages library(plotrix) agecol<-color.scale(ages,extremes=c("purple","red")) # encaixando a escala de cor nas idades rownames(mat5) <- c(seq ) # fazendo as idades os nomes da linhas da matriz library("vegan") test.pca<-rda(mat5) # calculando componentes principais plot(test.pca,display="sites", cex=1, type="p",scaling=-3) # plotando componentes princiapais. O problema é: Como fazer os pontos do gráfico ficarem coloridos como estabelecido em " agecol<-color.scale(ages,extremes=c("purple","red")) " Agradeço desde já a ajuda Abraços Jackson
Jackson, Eu tenho bastante experiência com ACP no R, tanto usando as funções do pacote base, como o do FactoMiner e ADE, mas não do vegan, e portanto minha observação pode ser incorreta: Você parece estar misturando duas soluções de produção de gráficos do R, o vegan usa o lattice e você quer que ele use um objeto que define cores do plotrix. Examinando seu CMR eu consegui fazer algo que *creio* seja o que você deseja desta forma:
plot(test.pca,display="sites", cex=1, type="none",scaling=-3) points(test.pca,display="sites", cex=1, scaling=-3, col=agecol)
Não consigo interpretar o resultado para ver se as cores fazem sentido 🤔. . . HTH -- Cesar Rabak 2016-05-24 11:42 GMT-03:00 Jackson Rodrigues <jacksonmrodrigues@gmail.com>:
Oi pessoal,
Eu preciso fazer um PCA que varie as cores em função dos anos. O mais antigo em vermelho e a medida que chega as datas mais recentes vai ficando roxo (uma escala de cor).
eu tenho esse exemplo hipotético.
mat5 <- matrix(rnorm(2000), ,4) # minha matriz mat5 ages<-seq(1, 50000, by = 100) #idades ages
library(plotrix) agecol<-color.scale(ages,extremes=c("purple","red")) # encaixando a escala de cor nas idades
rownames(mat5) <- c(seq ) # fazendo as idades os nomes da linhas da matriz
library("vegan") test.pca<-rda(mat5) # calculando componentes principais plot(test.pca,display="sites", cex=1, type="p",scaling=-3) # plotando componentes princiapais.
O problema é: Como fazer os pontos do gráfico ficarem coloridos como estabelecido em " agecol<-color.scale(ages,extremes=c("purple","red")) "
Agradeço desde já a ajuda
Abraços Jackson
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Jackson, Você quer classificar por uma variável quantitativa? Se for isso, segue um script abaixo. mat5 <- matrix(rnorm(2000), ,4) # minha matriz mat5 ages<-seq(1, 50000, by = 100) #idades ages library(plotrix) agecol <- color.scale(ages, extremes=c("purple","red")) # encaixando a escala de cor nas idades library("vegan") pca<-princomp(mat5) # calculando componentes principais biplot(pca, cex=1, col = agecol) # plotando componentes princiapais. plot(pca$scores[, 1L:2L], col = agecol) pca_data <- data.frame(PC1 = pca$scores[, 1], PC2 = pca$scores[, 2], ages = ages) library(ggplot2) ggplot(pca_data) + aes(x = PC1, y = PC2, colour = ages) + geom_point() + theme(legend.position="none") Att., Alisson 2016-05-24 18:21 GMT-03:00 Cesar Rabak [via R-br] < ml-node+s2285057n4666229h35@n4.nabble.com>:
Jackson,
Eu tenho bastante experiência com ACP no R, tanto usando as funções do pacote base, como o do FactoMiner e ADE, mas não do vegan, e portanto minha observação pode ser incorreta:
Você parece estar misturando duas soluções de produção de gráficos do R, o vegan usa o lattice e você quer que ele use um objeto que define cores do plotrix.
Examinando seu CMR eu consegui fazer algo que *creio* seja o que você deseja desta forma:
plot(test.pca,display="sites", cex=1, type="none",scaling=-3) points(test.pca,display="sites", cex=1, scaling=-3, col=agecol)
Não consigo interpretar o resultado para ver se as cores fazem sentido 🤔. . .
HTH -- Cesar Rabak
2016-05-24 11:42 GMT-03:00 Jackson Rodrigues <[hidden email] <http:///user/SendEmail.jtp?type=node&node=4666229&i=0>>:
Oi pessoal,
Eu preciso fazer um PCA que varie as cores em função dos anos. O mais antigo em vermelho e a medida que chega as datas mais recentes vai ficando roxo (uma escala de cor).
eu tenho esse exemplo hipotético.
mat5 <- matrix(rnorm(2000), ,4) # minha matriz mat5 ages<-seq(1, 50000, by = 100) #idades ages
library(plotrix) agecol<-color.scale(ages,extremes=c("purple","red")) # encaixando a escala de cor nas idades
rownames(mat5) <- c(seq ) # fazendo as idades os nomes da linhas da matriz
library("vegan") test.pca<-rda(mat5) # calculando componentes principais plot(test.pca,display="sites", cex=1, type="p",scaling=-3) # plotando componentes princiapais.
O problema é: Como fazer os pontos do gráfico ficarem coloridos como estabelecido em " agecol<-color.scale(ages,extremes=c("purple","red")) "
Agradeço desde já a ajuda
Abraços Jackson
_______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] <http:///user/SendEmail.jtp?type=node&node=4666229&i=1> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] <http:///user/SendEmail.jtp?type=node&node=4666229&i=2> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
------------------------------ If you reply to this email, your message will be added to the discussion below:
http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-como-fazer-plot-de-componentes-princi... To unsubscribe from R-br, click here <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscribe_by_code&node=3357982&code=YWxpc3Nvbi5sdWNyZWNpb0BnbWFpbC5jb218MzM1Nzk4MnwxMDk0NDY4OTU4> . NAML <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble%3Aemail.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble%3Aemail.naml-instant_emails%21nabble%3Aemail.naml-send_instant_email%21nabble%3Aemail.naml>
-- Alisson Lucrecio da Costa
participantes (3)
-
Alisson Lucrécio -
Cesar Rabak -
Jackson Rodrigues