Jackson,

Você quer classificar por uma variável quantitativa? Se for isso, segue um script abaixo.

mat5 <- matrix(rnorm(2000), ,4) # minha matriz
mat5
ages<-seq(1, 50000, by = 100) #idades
ages

library(plotrix)

agecol <- color.scale(ages, extremes=c("purple","red")) # encaixando a escala de cor nas idades

library("vegan")

pca<-princomp(mat5) # calculando componentes principais

biplot(pca, cex=1, col = agecol) # plotando componentes princiapais.

plot(pca$scores[, 1L:2L], col = agecol)

pca_data <- data.frame(PC1 = pca$scores[, 1],
                       PC2 = pca$scores[, 2],
                       ages = ages)

library(ggplot2)

ggplot(pca_data) +
  aes(x = PC1,
      y = PC2,
      colour = ages) +
  geom_point() +
  theme(legend.position="none")

Att.,

Alisson

2016-05-24 18:21 GMT-03:00 Cesar Rabak [via R-br] <ml-node+s2285057n4666229h35@n4.nabble.com>:
Jackson,

Eu tenho bastante experiência com ACP no R, tanto usando as funções do pacote base, como o do FactoMiner e ADE, mas não do vegan, e portanto minha observação pode ser incorreta:

Você parece estar misturando duas soluções de produção de gráficos do R, o vegan usa o lattice e você quer que ele use um objeto que define cores do plotrix.

Examinando seu CMR eu consegui fazer algo que creio seja o que você deseja desta forma:

> plot(test.pca,display="sites", cex=1, type="none",scaling=-3)
> points(test.pca,display="sites", cex=1, scaling=-3, col=agecol)

Não consigo interpretar o resultado para ver se as cores fazem sentido 🤔. . .

HTH
--
Cesar Rabak



2016-05-24 11:42 GMT-03:00 Jackson Rodrigues <[hidden email]>:

Oi pessoal,

Eu preciso fazer um PCA que varie as cores em função dos anos. O mais antigo em vermelho e a medida que chega as datas mais recentes vai ficando roxo (uma escala de cor).

eu tenho esse exemplo hipotético.

mat5 <- matrix(rnorm(2000), ,4) # minha matriz
mat5
ages<-seq(1, 50000, by = 100) #idades
ages

library(plotrix)
agecol<-color.scale(ages,extremes=c("purple","red")) # encaixando a escala de cor nas idades

rownames(mat5) <- c(seq ) # fazendo as idades os nomes da linhas da matriz

library("vegan")
test.pca<-rda(mat5) # calculando componentes principais 
plot(test.pca,display="sites", cex=1, type="p",scaling=-3) # plotando componentes princiapais.

O problema é: Como fazer os pontos do gráfico ficarem coloridos como estabelecido  em " agecol<-color.scale(ages,extremes=c("purple","red")) "

Agradeço desde já a ajuda

Abraços
Jackson


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