Jackson,

Eu tenho bastante experiência com ACP no R, tanto usando as funções do pacote base, como o do FactoMiner e ADE, mas não do vegan, e portanto minha observação pode ser incorreta:

Você parece estar misturando duas soluções de produção de gráficos do R, o vegan usa o lattice e você quer que ele use um objeto que define cores do plotrix.

Examinando seu CMR eu consegui fazer algo que creio seja o que você deseja desta forma:

> plot(test.pca,display="sites", cex=1, type="none",scaling=-3)

> points(test.pca,display="sites", cex=1, scaling=-3, col=agecol)

Não consigo interpretar o resultado para ver se as cores fazem sentido 🤔. . .

HTH

Cesar Rabak

2016-05-24 11:42 GMT-03:00 Jackson Rodrigues <jacksonmrodrigues@gmail.com>:

Oi pessoal,

Eu preciso fazer um PCA que varie as cores em função dos anos. O mais antigo em vermelho e a medida que chega as datas mais recentes vai ficando roxo (uma escala de cor).

eu tenho esse exemplo hipotético.

mat5 <- matrix(rnorm(2000), ,4) # minha matriz
mat5
ages<-seq(1, 50000, by = 100) #idades
ages

library(plotrix)
agecol<-color.scale(ages,extremes=c("purple","red")) # encaixando a escala de cor nas idades

rownames(mat5) <- c(seq ) # fazendo as idades os nomes da linhas da matriz

library("vegan")
test.pca<-rda(mat5) # calculando componentes principais
plot(test.pca,display="sites", cex=1, type="p",scaling=-3) # plotando componentes princiapais.

O problema é: Como fazer os pontos do gráfico ficarem coloridos como estabelecido em " agecol<-color.scale(ages,extremes=c("purple","red")) "

Agradeço desde já a ajuda

Abraços
Jackson

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