Dúvida contrastes glm binomial
Boa tarde pessoal, Tenho uma váriavel resposta binomial chamada Infestação (1 presença e 0 ausência de insetos) e dois fatores qualitativos que são vegetação (pastagem e floresta) e altitude (alta e baixa), além de parcelle que são as repetições no campo. Gostaria de fazer contrastes utilizando glm (family=binomial), então primeiro eu fiz:
m.full<-glm(Infestacao~Altitude*Vegetation*Parcelle, data=H.termes, family="binomial")# Modelo completo
Mensagens de aviso perdidas: In model.matrix.default(mt, mf, contrasts) : variable 'Altitude' converted to a factor Já fiquei preocupado com essa mensagem, mais de qualquer maneira Altitude é um fator mesmo, então fiz:
summary(m.full)
Call: glm(formula = Infestacao ~ Altitude * Vegetation * Parcelle, family = "binomial", data = H.termes) Deviance Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -1.0793 -0.4643 -0.4542 -0.2530 2.6296 Coefficients: Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) -3.2454 0.6030 -5.382 7.36e-08 *** Altitudebaixa 3.0243 0.6322 4.784 1.72e-06 *** Vegetationpature 0.9997 0.9678 1.033 0.30161 Parcelle 0.5115 0.2564 1.995 0.04602 * Altitudebaixa:Vegetationpature -3.0214 1.0505 -2.876 0.00403 ** Altitudebaixa:Parcelle -0.5256 0.2669 -1.969 0.04893 * Vegetationpature:Parcelle -0.9048 0.4561 -1.984 0.04729 * Altitudebaixa:Vegetationpature:Parcelle 0.9421 0.5024 1.875 0.06073 . --- Signif. codes: 0 *** 0.001 ** 0.01 * 0.05 . 0.1 1 (Dispersion parameter for binomial family taken to be 1) Null deviance: 1578.6 on 1532 degrees of freedom Residual deviance: 1317.2 on 1525 degrees of freedom AIC: 1333.2 Number of Fisher Scoring iterations: 5 Não tem superdispersão então fiz uma anova:
anova(m.full,test="Chi")
Analysis of Deviance Table Model: binomial, link: logit Response: Infestacao Terms added sequentially (first to last) Df Deviance Resid. Df Resid. Dev P(>|Chi|) NULL 1532 1578.6 Altitude 1 94.613 1531 1484.0 < 2e-16 *** Vegetation 1 154.761 1530 1329.2 < 2e-16 *** Parcelle 1 0.248 1529 1329.0 0.61866 Altitude:Vegetation 1 6.511 1528 1322.5 0.01072 * Altitude:Parcelle 1 1.195 1527 1321.3 0.27440 Vegetation:Parcelle 1 0.491 1526 1320.8 0.48328 Altitude:Vegetation:Parcelle 1 3.577 1525 1317.2 0.05857 . --- Signif. codes: 0 *** 0.001 ** 0.01 * 0.05 . 0.1 1 Mensagens de aviso perdidas: In model.matrix.default(object, data = list(Infestacao = c(0, 0, : variable 'Altitude' converted to a factor Então fui reduzindo o modelo ate restarem as variáveis significativas, sendo:
anova(m3,test="Chi")
Analysis of Deviance Table Model: binomial, link: logit Response: Infestacao Terms added sequentially (first to last) Df Deviance Resid. Df Resid. Dev P(>|Chi|) NULL 1532 1578.6 Altitude 1 94.613 1531 1484.0 < 2e-16 *** Vegetation 1 154.761 1530 1329.2 < 2e-16 *** Parcelle 1 0.248 1529 1329.0 0.61866 Altitude:Vegetation 1 6.511 1528 1322.5 0.01072 * --- Signif. codes: 0 *** 0.001 ** 0.01 * 0.05 . 0.1 1 Mensagens de aviso perdidas: In model.matrix.default(object, data = list(Infestacao = c(0, 0, : variable 'Altitude' converted to a factor
summary(m3)
Call: glm(formula = Infestacao ~ Altitude + Vegetation + Parcelle + Altitude:Vegetation, family = "binomial", data = H.termes) Deviance Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -1.0824 -0.4636 -0.4554 -0.3072 2.4807 Coefficients: Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) -2.20627 0.23768 -9.283 < 2e-16 *** Altitudebaixa 1.91926 0.21846 8.785 < 2e-16 *** Vegetationpature -0.83836 0.36768 -2.280 0.02260 * Parcelle 0.01484 0.06585 0.225 0.82173 Altitudebaixa:Vegetationpature -1.10337 0.41007 -2.691 0.00713 ** --- Signif. codes: 0 *** 0.001 ** 0.01 * 0.05 . 0.1 1 (Dispersion parameter for binomial family taken to be 1) Null deviance: 1578.6 on 1532 degrees of freedom Residual deviance: 1322.5 on 1528 degrees of freedom AIC: 1332.5 Number of Fisher Scoring iterations: 5 Então posso deduzir, se é que agora fiz tudo certo, que a variável resposta é diferente entre altitude alta e baixa e entre vegetação de pastagem e floresta, agora gostaria de comparar altitude alta com as diferentes vegetações, só que não entendi porque a análise separou Vegetationbaixa e Vegetationpaturage e também não sei que fator a análise fixou no intercepto, Alguém saberia me explicar o que posso estar fazendo de errado, Obrigado, Alexandre dos Santos Ingenieur forestier, Msc. INRA- Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP) Domaine Saint-Paul Site Agroparc 84914 - Avignon - France Tél. : +33 (0)6 87 95 16 29
Alexandre, Você precisa saber as restrições usadas para obter uma solução do sistema de equações indeterminado. Mas ao mesmo tempo você não precisa saber porque as funções estimáveis (contrastes) independem dessas restrições. Nesse caso Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) -2.20627 0.23768 -9.283 < 2e-16 *** (média de a1 e v1) Altitudebaixa 1.91926 0.21846 8.785 < 2e-16 *** (diferença p a2 e v1) Vegetationpature -0.83836 0.36768 -2.280 0.02260 * (diferença p a1 e v2) Parcelle 0.01484 0.06585 0.225 0.82173 (ef linear de parcela??) Altitudebaixa:Vegetationpature -1.10337 0.41007 -2.691 0.00713 ** (diferença pa a2 e v2) Use a contrast::contrast() para obter o valor desses contrastes, embora com 2 fatores de 2 níveis isso seja fácil na mão. Porque "parcelle" entrou como regressora/contínua? À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================
Muito Obrigado Walmes, Deixei Parcelle para saber se não haveria efeito da repetição conforme eu ia reduzindo o modelo, então , caso não tenha efeito da repetição no modelo completo, não preciso me preocupar com a repetição em níveis inferiores podendo remove-la. Alexandre dos Santos Ingenieur forestier, Msc. INRA- Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP) Domaine Saint-Paul Site Agroparc 84914 - Avignon - France Tél. : +33 (0)6 87 95 16 29 From: r-br-bounces@listas.c3sl.ufpr.br [mailto:r-br-bounces@listas.c3sl.ufpr.br] On Behalf Of Walmes Zeviani Sent: segunda-feira, 25 de abril de 2011 17:58 To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Dúvida contrastes glm binomial Alexandre, Você precisa saber as restrições usadas para obter uma solução do sistema de equações indeterminado. Mas ao mesmo tempo você não precisa saber porque as funções estimáveis (contrastes) independem dessas restrições. Nesse caso Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) -2.20627 0.23768 -9.283 < 2e-16 *** (média de a1 e v1) Altitudebaixa 1.91926 0.21846 8.785 < 2e-16 *** (diferença p a2 e v1) Vegetationpature -0.83836 0.36768 -2.280 0.02260 * (diferença p a1 e v2) Parcelle 0.01484 0.06585 0.225 0.82173 (ef linear de parcela??) Altitudebaixa:Vegetationpature -1.10337 0.41007 -2.691 0.00713 ** (diferença pa a2 e v2) Use a contrast::contrast() para obter o valor desses contrastes, embora com 2 fatores de 2 níveis isso seja fácil na mão. Porque "parcelle" entrou como regressora/contínua? À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes <http://www.leg.ufpr.br/%7Ewalmes> linux user number: 531218 ==========================================================================
Walmes, Agora a dúvida é com o uso da função contrast(), apesar de serem 2 fatores e 2 níveis gostaria de aprender a usar a função para ocasiões futuras, então após a escolha do modelo reduzido fiz:
##Fazendo os contrastes
require(contrast)
contr<-contrast(m4, list(Altitude=levels(as.factor(H.termes$Altitude)),
+ group="pature"),list(Altitude=levels(as.factor(H.termes$Altitude)),group="fo ret")) Erro em gendata.default(fit = list(coefficients = c(-2.17718382645277, : factor(s) not in design: group Esta dando esse que não estou compreendendo o significado, poderia me ajudar, Obrigado, Alexandre dos Santos Ingenieur forestier, Msc. INRA- Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP) Domaine Saint-Paul Site Agroparc 84914 - Avignon - France Tél. : +33 (0)6 87 95 16 29 From: r-br-bounces@listas.c3sl.ufpr.br [mailto:r-br-bounces@listas.c3sl.ufpr.br] On Behalf Of Walmes Zeviani Sent: segunda-feira, 25 de abril de 2011 17:58 To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Dúvida contrastes glm binomial Alexandre, Você precisa saber as restrições usadas para obter uma solução do sistema de equações indeterminado. Mas ao mesmo tempo você não precisa saber porque as funções estimáveis (contrastes) independem dessas restrições. Nesse caso Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) -2.20627 0.23768 -9.283 < 2e-16 *** (média de a1 e v1) Altitudebaixa 1.91926 0.21846 8.785 < 2e-16 *** (diferença p a2 e v1) Vegetationpature -0.83836 0.36768 -2.280 0.02260 * (diferença p a1 e v2) Parcelle 0.01484 0.06585 0.225 0.82173 (ef linear de parcela??) Altitudebaixa:Vegetationpature -1.10337 0.41007 -2.691 0.00713 ** (diferença pa a2 e v2) Use a contrast::contrast() para obter o valor desses contrastes, embora com 2 fatores de 2 níveis isso seja fácil na mão. Porque "parcelle" entrou como regressora/contínua? À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes <http://www.leg.ufpr.br/%7Ewalmes> linux user number: 531218 ==========================================================================
Veja a mensagem de erro... Voce está passando uma string para o argumento group e nao um objeto com um fator On Tue, 26 Apr 2011, Alexandre dos Santos wrote:
Walmes,
Agora a dúvida é com o uso da função contrast(), apesar de serem 2 fatores e 2 níveis gostaria de aprender a usar a função para ocasiões futuras, então após a escolha do modelo reduzido fiz:
##Fazendo os contrastes
> require(contrast)
> contr<-contrast(m4, list(Altitude=levels(as.factor(H.termes$Altitude)),
+
group="pature"),list(Altitude=levels(as.factor(H.termes$Altitude)),group="foret"))
Erro em gendata.default(fit = list(coefficients = c(-2.17718382645277, :
factor(s) not in design: group
Esta dando esse que não estou compreendendo o significado, poderia me ajudar,
Obrigado,
Alexandre dos Santos
Ingenieur forestier, Msc.
INRA- Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP)
Domaine Saint-Paul Site Agroparc 84914 - Avignon - France Tél. : +33 (0)6 87 95 16 29
From: r-br-bounces@listas.c3sl.ufpr.br [mailto:r-br-bounces@listas.c3sl.ufpr.br] On Behalf Of Walmes Zeviani Sent: segunda-feira, 25 de abril de 2011 17:58 To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Dúvida contrastes glm binomial
Alexandre,
Você precisa saber as restrições usadas para obter uma solução do sistema de equações indeterminado. Mas ao mesmo tempo você não precisa saber porque as funções estimáveis (contrastes) independem dessas restrições. Nesse caso
Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
(Intercept) -2.20627 0.23768 -9.283 < 2e-16 *** (média de a1 e v1)
Altitudebaixa 1.91926 0.21846 8.785 < 2e-16 *** (diferença p a2 e v1)
Vegetationpature -0.83836 0.36768 -2.280 0.02260 * (diferença p a1 e v2)
Parcelle 0.01484 0.06585 0.225 0.82173 (ef linear de parcela??)
Altitudebaixa:Vegetationpature -1.10337 0.41007 -2.691 0.00713 ** (diferença pa a2 e v2)
Use a contrast::contrast() para obter o valor desses contrastes, embora com 2 fatores de 2 níveis isso seja fácil na mão. Porque "parcelle" entrou como regressora/contínua?
À disposição.
Walmes.
========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================
Alexandre, Recomendo que passe as variáveis para fator antes da glm(), isso para evitar que elas sejam convertidas para fator dentro da função e você tenha que ficar usando as.factor() dentro da contrast(). O fator "group" não existe nas análises que você postou o summary aqui, então por isso que a função retorna "group não faz parte do delineamento", porque ela não é termo declarado na formula do modelo, apenas foi declarado "Altitute", "Vegetation" e "Parcelle". Parcelle não é uma variável categórica? Você usou ela como variável regressora (contínua) no modelo. Isso está correto? À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================
Obrigado Prof. Paulo e Walmes deu certo, Respondendo a pergunta Walmes, já tinha retirado a Parcelle do modelo esta errado mesmo, e agora declarei as.factor() para as variáveis antes da glm, obrigado facilitou bem as coisas, ficando:
m4
Call: glm(formula = Infestacao ~ Altitude + Vegetation + Altitude:Vegetation, family = "binomial", data = H.termes) Coefficients: (Intercept) Altitudebaixa Vegetationpature -2.1772 1.9240 -0.8366 Altitudebaixa:Vegetationpature -1.1144 Degrees of Freedom: 1532 Total (i.e. Null); 1529 Residual Null Deviance: 1579 Residual Deviance: 1323 AIC: 1331
##Fazendo os contrastes
require(contrast)
contr<-contrast(m4,
list(Altitude=levels(H.termes$Altitude),Vegetation="pature"), + list(Altitude=levels(H.termes$Altitude), Vegetation="foret"),type="average")
print(contr,X=TRUE)
glm model parameter contrast Contrast S.E. Lower Upper t df Pr(>|t|) 1 -1.393758 0.2035796 -1.793083 -0.9944332 -6.85 1529 0 Contrast coefficients: (Intercept) Altitudebaixa Vegetationpature Altitudebaixa:Vegetationpature 1 0 0 1 0.5
Obrigado, Alexandre dos Santos Ingenieur forestier, Msc. INRA- Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP) Domaine Saint-Paul Site Agroparc 84914 - Avignon - France Tél. : +33 (0)6 87 95 16 29 From: r-br-bounces@listas.c3sl.ufpr.br [mailto:r-br-bounces@listas.c3sl.ufpr.br] On Behalf Of Walmes Zeviani Sent: terça-feira, 26 de abril de 2011 09:11 To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Dúvida contrast() glm binomial Alexandre, Recomendo que passe as variáveis para fator antes da glm(), isso para evitar que elas sejam convertidas para fator dentro da função e você tenha que ficar usando as.factor() dentro da contrast(). O fator "group" não existe nas análises que você postou o summary aqui, então por isso que a função retorna "group não faz parte do delineamento", porque ela não é termo declarado na formula do modelo, apenas foi declarado "Altitute", "Vegetation" e "Parcelle". Parcelle não é uma variável categórica? Você usou ela como variável regressora (contínua) no modelo. Isso está correto? À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes <http://www.leg.ufpr.br/%7Ewalmes> linux user number: 531218 ==========================================================================
Os contrastes (as diferenças) são diferenças de proporções (frequências relativas ou absolutas)? Quando uso a função contrast no desdobramento de uma interação o que exatamente são os contrastes entre níveis dos fatores da minha análise??? O que a opção type="average" muda na análise??? Marcelo. --- Em seg, 25/4/11, Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com> escreveu: De: Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com> Assunto: Re: [R-br] Dúvida contrastes glm binomial Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Data: Segunda-feira, 25 de Abril de 2011, 20:58 Alexandre, Você precisa saber as restrições usadas para obter uma solução do sistema de equações indeterminado. Mas ao mesmo tempo você não precisa saber porque as funções estimáveis (contrastes) independem dessas restrições. Nesse caso Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) -2.20627 0.23768 -9.283 < 2e-16 *** (média de a1 e v1) Altitudebaixa 1.91926 0.21846 8.785 < 2e-16 *** (diferença p a2 e v1) Vegetationpature -0.83836 0.36768 -2.280 0.02260 * (diferença p a1 e v2) Parcelle 0.01484 0.06585 0.225 0.82173 (ef linear de parcela??) Altitudebaixa:Vegetationpature -1.10337 0.41007 -2.691 0.00713 ** (diferença pa a2 e v2) Use a contrast::contrast() para obter o valor desses contrastes, embora com 2 fatores de 2 níveis isso seja fácil na mão. Porque "parcelle" entrou como regressora/contínua? À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== -----Anexo incorporado----- _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Marcelo, Tem um exemplo muito bem explicado passo a passo em: http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/download?doi=10.1.1.168.697&rep=rep1&ty... Abraço, Alexandre --- Em sex, 29/4/11, Marcelo Cardoso mello <marcelo_cm32@yahoo.com.br> escreveu: De: Marcelo Cardoso mello <marcelo_cm32@yahoo.com.br> Assunto: Re: [R-br] Dúvida contrastes glm binomial Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Data: Sexta-feira, 29 de Abril de 2011, 11:42 Os contrastes (as diferenças) são diferenças de proporções (frequências relativas ou absolutas)? Quando uso a função contrast no desdobramento de uma interação o que exatamente são os contrastes entre níveis dos fatores da minha análise??? O que a opção type="average" muda na análise??? Marcelo. --- Em seg, 25/4/11, Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com> escreveu: De: Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com> Assunto: Re: [R-br] Dúvida contrastes glm binomial Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Data: Segunda-feira, 25 de Abril de 2011, 20:58 Alexandre, Você precisa saber as restrições usadas para obter uma solução do sistema de equações indeterminado. Mas ao mesmo tempo você não precisa saber porque as funções estimáveis (contrastes) independem dessas restrições. Nesse caso Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) -2.20627 0.23768 -9.283 < 2e-16 *** (média de a1 e v1) Altitudebaixa 1.91926 0.21846 8.785 < 2e-16 *** (diferença p a2 e v1) Vegetationpature -0.83836 0.36768 -2.280 0.02260 * (diferença p a1 e v2) Parcelle 0.01484 0.06585 0.225 0.82173 (ef linear de parcela??) Altitudebaixa:Vegetationpature -1.10337 0.41007 -2.691 0.00713 ** (diferença pa a2 e v2) Use a contrast::contrast() para obter o valor desses contrastes, embora com 2 fatores de 2 níveis isso seja fácil na mão. Porque "parcelle" entrou como regressora/contínua? À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== -----Anexo incorporado----- _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br -----Anexo incorporado----- _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Obrigado Alexandre. --- Em sex, 29/4/11, Alexandre Santos <alexandresantosbr@yahoo.com.br> escreveu: De: Alexandre Santos <alexandresantosbr@yahoo.com.br> Assunto: Re: [R-br] Dúvida contrastes glm binomial Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Data: Sexta-feira, 29 de Abril de 2011, 15:22 Marcelo, Tem um exemplo muito bem explicado passo a passo em: http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/download?doi=10.1.1.168.697&rep=rep1&ty... Abraço, Alexandre --- Em sex, 29/4/11, Marcelo Cardoso mello <marcelo_cm32@yahoo.com.br> escreveu: De: Marcelo Cardoso mello <marcelo_cm32@yahoo.com.br> Assunto: Re: [R-br] Dúvida contrastes glm binomial Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Data: Sexta-feira, 29 de Abril de 2011, 11:42 Os contrastes (as diferenças) são diferenças de proporções (frequências relativas ou absolutas)? Quando uso a função contrast no desdobramento de uma interação o que exatamente são os contrastes entre níveis dos fatores da minha análise??? O que a opção type="average" muda na análise??? Marcelo. --- Em seg, 25/4/11, Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com> escreveu: De: Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com> Assunto: Re: [R-br] Dúvida contrastes glm binomial Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Data: Segunda-feira, 25 de Abril de 2011, 20:58 Alexandre, Você precisa saber as restrições usadas para obter uma solução do sistema de equações indeterminado. Mas ao mesmo tempo você não precisa saber porque as funções estimáveis (contrastes) independem dessas restrições. Nesse caso Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) -2.20627 0.23768 -9.283 < 2e-16 *** (média de a1 e v1) Altitudebaixa 1.91926 0.21846 8.785 < 2e-16 *** (diferença p a2 e v1) Vegetationpature -0.83836 0.36768 -2.280 0.02260 * (diferença p a1 e v2) Parcelle 0.01484 0.06585 0.225 0.82173 (ef linear de parcela??) Altitudebaixa:Vegetationpature -1.10337 0.41007 -2.691 0.00713 ** (diferença pa a2 e v2) Use a contrast::contrast() para obter o valor desses contrastes, embora com 2 fatores de 2 níveis isso seja fácil na mão. Porque "parcelle" entrou como regressora/contínua? À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== -----Anexo incorporado----- _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br -----Anexo incorporado----- _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br -----Anexo incorporado----- _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Marcelo, Os contrastes são na escala do preditor linear e não na escala da resposta. Contrastes entre níveis do fator é por exemplo, se um fator A tem níveis a1, a2 e a3, você vai fazer contrastes envolvendo esses níveis. O procedimento chama de comparação múltipla de médias é um caso particular de aplicação de contrastes quando você faz todos os contrastes 2 à 2 possíveis entre os níveis. A opção type="average" faz com você compare níveis do fator A na média dos níveis do fator B, coisa que só faz sentido na ausência de interação, lógico. Veja o vignette do pacote http://cran.r-project.org/web/packages/contrast/vignettes/contrast.pdf. À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================
participantes (5)
-
Alexandre dos Santos -
Alexandre Santos
-
Marcelo Cardoso mello -
Paulo Justiniano -
Walmes Zeviani