Problemas com a atualização e instalação de pacotes no R no UBUNTU 13.04
28 Out
2013
28 Out
'13
23:41
Prezados, Sou novo no uso do OS linux e estou com problemas na atualização do R (versão 3.0.2) e na instalação de qualquer pacote no R. Meu sistema operacional é o UBUNTU 13.04, 32-bit. Se alguém puder dar uma força serei grato. Abraços, Luciano -- *Luciano F. Sgarbi * * Currículo Lattes <http://lattes.cnpq.br/9788198135883354> **Dep. Ecologia, Instituto de Ciências Biológicas I** * *Universidade Federal de Goiás, campus II, Goiânia-GO, Brasil*
29 Out
29 Out
00:01
Novo assunto: [R-br] Problemas com a atualização e instalação de pacotes no R no UBUNTU 13.04
Qual o problema? O que aparece? 2013/10/28 Luciano F. Sgarbi <luciano.f.sgarbi@gmail.com>
Prezados, Sou novo no uso do OS linux e estou com problemas na atualização do R (versão 3.0.2) e na instalação de qualquer pacote no R. Meu sistema operacional é o UBUNTU 13.04, 32-bit. Se alguém puder dar uma força serei grato. Abraços, Luciano
--
*Luciano F. Sgarbi * * Currículo Lattes <http://lattes.cnpq.br/9788198135883354> **Dep. Ecologia, Instituto de Ciências Biológicas I** * *Universidade Federal de Goiás, campus II, Goiânia-GO, Brasil*
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
00:21
Novo assunto: [R-br] Problemas com a atualização e instalação de pacotes no R no UBUNTU 13.04
Quando uso o Atualizador de programas para atualizar o R ele me retorna a
seguinte mensagem:
"Verifique se você está utilizando repositórios de terceiros. Se estiver,
desabilite-os, já que normalmente são fonte de problemas.
Além disso, execute o seguinte comando em um Terminal: apt-get install -f"
Rodo o comando 'apt-get install -f' no terminal e ele retorna o seguinte:
"luciano@luciano:~$ apt-get install -f
E: Não foi possível abrir arquivo de trava /var/lib/dpkg/lock - open (13:
Permissão negada)
E: Não foi possível criar acesso exclusivo ao directório de administração
(/var/lib/dpkg/), é root?"
já quando eu tento instalar o pacote 'vegan'
Veja o que acontece:
> install.packages('vegan')Installing package into ‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0’
(as ‘lib’ is unspecified)tentando a URL
'http://cran.rstudio.com/src/contrib/vegan_2.0-9.tar.gz'Content type
'application/x-gzip' length 1939696 bytes (1.8 Mb)URL
aberta==================================================downloaded 1.8
Mb
* installing *source* package ‘vegan’ ...** package ‘vegan’
successfully unpacked and MD5 sums checked** libsgfortran -fpic -O3
-pipe -g -c cepin.f -o cepin.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O3 -pipe
-g -c data2hill.c -o data2hill.o
gfortran -fpic -O3 -pipe -g -c decorana.f -o decorana.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O3 -pipe
-g -c goffactor.c -o goffactor.o
gfortran -fpic -O3 -pipe -g -c monoMDS.f -o monoMDS.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O3 -pipe
-g -c nestedness.c -o nestedness.o
gfortran -fpic -O3 -pipe -g -c ordering.f -o ordering.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O3 -pipe
-g -c pnpoly.c -o pnpoly.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O3 -pipe
-g -c stepacross.c -o stepacross.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O3 -pipe
-g -c vegdist.c -o vegdist.o
gcc -std=gnu99 -shared -o vegan.so cepin.o data2hill.o decorana.o
goffactor.o monoMDS.o nestedness.o ordering.o pnpoly.o stepacross.o
vegdist.o -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib/R/lib -lRinstalling to
/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/vegan/libs** R** data**
inst** preparing package for lazy loadingError : package ‘lattice’ was
built before R 3.0.0: please re-install itERROR: lazy loading failed
for package ‘vegan’* removing
‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/vegan’Warning in
install.packages :
installation of package ‘vegan’ had non-zero exit status
The downloaded source packages are in
‘/tmp/RtmpBQbvDv/downloaded_packages’
ok, tento instalar o lattice e mas o erro continua.
Instalando o pacote lme4 o erro final é o seguinte:
installing to /home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/Rcpp/libs**
R** inst** preparing package for lazy loadingError : package
‘codetools’ was built before R 3.0.0: please re-install itError :
unable to load R code in package ‘Rcpp’ERROR: lazy loading failed for
package ‘Rcpp’* removing
‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/Rcpp’Warning in
install.packages :
installation of package ‘Rcpp’ had non-zero exit statusERROR:
dependency ‘Rcpp’ is not available for package ‘minqa’* removing
‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/minqa’Warning in
install.packages :
installation of package ‘minqa’ had non-zero exit statusERROR:
dependency ‘Rcpp’ is not available for package ‘RcppEigen’* removing
‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/RcppEigen’Warning in
install.packages :
installation of package ‘RcppEigen’ had non-zero exit statusERROR:
dependencies ‘minqa’, ‘Rcpp’, ‘RcppEigen’ are not available for
package ‘lme4’* removing
‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/lme4’Warning in
install.packages :
installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status
The downloaded source packages are in
‘/tmp/RtmpBQbvDv/downloaded_packages’
Abraços,
Luciano
Em 28 de outubro de 2013 22:01, Daniel C Bezerra
<danielcbezerra@gmail.com>escreveu:
> Qual o problema? O que aparece?
>
>
> 2013/10/28 Luciano F. Sgarbi <luciano.f.sgarbi@gmail.com>
>
>> Prezados,
>> Sou novo no uso do OS linux e estou com problemas na atualização do R
>> (versão 3.0.2) e na instalação de qualquer pacote no R. Meu sistema
>> operacional é o UBUNTU 13.04, 32-bit.
>> Se alguém puder dar uma força serei grato.
>> Abraços,
>> Luciano
>>
>> --
>>
>> *Luciano F. Sgarbi
>> *
>> * Currículo Lattes <http://lattes.cnpq.br/9788198135883354>
>> **Dep. Ecologia, Instituto de Ciências Biológicas I**
>> *
>> *Universidade Federal de Goiás, campus II, Goiânia-GO, Brasil*
>>
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>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>>
>
>
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> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
>
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*Luciano F. Sgarbi
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**Dep. Ecologia, Instituto de Ciências Biológicas I**
*
*Universidade Federal de Goiás, campus II, Goiânia-GO, Brasil*
00:41
Novo assunto: [R-br] Problemas com a atualização e instalação de pacotes no R no UBUNTU 13.04
Para resolver o primeiro problema vc pode apagar os arquivos lock:
sudo rm /var/lib/apt/lists/lock
sudo rm /var/cache/apt/archives/lock
Este tipo de problema acontece quando vc tenta usar o apt-get por dois
lugares diferentes (exemplo: pelo terminal e pelo Synaptic). O Ubuntu tende
a travar ("lock") o que vc está usando para evitar problemas na instalação.
Pelo que vc escreveu acima me parece que vc não rodou o "apt-get install
-f" como administrador. Assim, vc poderia também usar como alternativa o
comando:
"sudo apt-get install -f".
Para resolver o problema com os pacotes vc deve ter que apagar a biblioteca
lattice e instalá-la novamente. Para isso verifique onde ela está e depois
apague. Faz assim:
Rode o R e use o comando:
library()
Vc terá a descrição da localização de cada biblioteca do R no seu
computador. O lattice usualmente está instalado em "/usr/lib/R/library"
então para apagar rode no terminal (fora do R):
sudo rm -R /usr/lib/R/library/lattice
Depois sugiro rodar o R como sudo ("sudo R") e instalar os pacotes que vc
precisa. Para usar o R no dia a dia execute-o sem privilégios de
administrador (sem o "sudo", ou seja, apenas usando "R" no terminal).
Abs,
Daniel
2013/10/28 Luciano F. Sgarbi <luciano.f.sgarbi@gmail.com>
> Quando uso o Atualizador de programas para atualizar o R ele me retorna a
> seguinte mensagem:
>
> "Verifique se você está utilizando repositórios de terceiros. Se estiver,
> desabilite-os, já que normalmente são fonte de problemas.
> Além disso, execute o seguinte comando em um Terminal: apt-get install -f"
>
> Rodo o comando 'apt-get install -f' no terminal e ele retorna o seguinte:
> "luciano@luciano:~$ apt-get install -f
> E: Não foi possível abrir arquivo de trava /var/lib/dpkg/lock - open (13:
> Permissão negada)
> E: Não foi possível criar acesso exclusivo ao directório de administração
> (/var/lib/dpkg/), é root?"
>
>
> já quando eu tento instalar o pacote 'vegan'
>
> Veja o que acontece:
>
>
> > install.packages('vegan')Installing package into ‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0’
> (as ‘lib’ is unspecified)tentando a URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/vegan_2.0-9.tar.gz'Content type 'application/x-gzip' length 1939696 bytes (1.8 Mb)URL aberta==================================================downloaded 1.8 Mb
> * installing *source* package ‘vegan’ ...** package ‘vegan’ successfully unpacked and MD5 sums checked** libsgfortran -fpic -O3 -pipe -g -c cepin.f -o cepin.o
> gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O3 -pipe -g -c data2hill.c -o data2hill.o
> gfortran -fpic -O3 -pipe -g -c decorana.f -o decorana.o
> gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O3 -pipe -g -c goffactor.c -o goffactor.o
> gfortran -fpic -O3 -pipe -g -c monoMDS.f -o monoMDS.o
> gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O3 -pipe -g -c nestedness.c -o nestedness.o
> gfortran -fpic -O3 -pipe -g -c ordering.f -o ordering.o
> gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O3 -pipe -g -c pnpoly.c -o pnpoly.o
> gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O3 -pipe -g -c stepacross.c -o stepacross.o
> gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O3 -pipe -g -c vegdist.c -o vegdist.o
> gcc -std=gnu99 -shared -o vegan.so cepin.o data2hill.o decorana.o goffactor.o monoMDS.o nestedness.o ordering.o pnpoly.o stepacross.o vegdist.o -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib/R/lib -lRinstalling to /home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/vegan/libs** R** data** inst** preparing package for lazy loadingError : package ‘lattice’ was built before R 3.0.0: please re-install itERROR: lazy loading failed for package ‘vegan’* removing ‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/vegan’Warning in install.packages :
> installation of package ‘vegan’ had non-zero exit status
>
> The downloaded source packages are in
> ‘/tmp/RtmpBQbvDv/downloaded_packages’
>
>
>
> ok, tento instalar o lattice e mas o erro continua.
>
>
> Instalando o pacote lme4 o erro final é o seguinte:
>
>
> installing to /home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/Rcpp/libs** R** inst** preparing package for lazy loadingError : package ‘codetools’ was built before R 3.0.0: please re-install itError : unable to load R code in package ‘Rcpp’ERROR: lazy loading failed for package ‘Rcpp’* removing ‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/Rcpp’Warning in install.packages :
> installation of package ‘Rcpp’ had non-zero exit statusERROR: dependency ‘Rcpp’ is not available for package ‘minqa’* removing ‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/minqa’Warning in install.packages :
> installation of package ‘minqa’ had non-zero exit statusERROR: dependency ‘Rcpp’ is not available for package ‘RcppEigen’* removing ‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/RcppEigen’Warning in install.packages :
> installation of package ‘RcppEigen’ had non-zero exit statusERROR: dependencies ‘minqa’, ‘Rcpp’, ‘RcppEigen’ are not available for package ‘lme4’* removing ‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/lme4’Warning in install.packages :
> installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status
>
> The downloaded source packages are in
> ‘/tmp/RtmpBQbvDv/downloaded_packages’
>
>
> Abraços,
> Luciano
>
>
> Em 28 de outubro de 2013 22:01, Daniel C Bezerra <danielcbezerra@gmail.com
> > escreveu:
>
> Qual o problema? O que aparece?
>>
>>
>> 2013/10/28 Luciano F. Sgarbi <luciano.f.sgarbi@gmail.com>
>>
>>> Prezados,
>>> Sou novo no uso do OS linux e estou com problemas na atualização do R
>>> (versão 3.0.2) e na instalação de qualquer pacote no R. Meu sistema
>>> operacional é o UBUNTU 13.04, 32-bit.
>>> Se alguém puder dar uma força serei grato.
>>> Abraços,
>>> Luciano
>>>
>>> --
>>>
>>> *Luciano F. Sgarbi
>>> *
>>> * Currículo Lattes <http://lattes.cnpq.br/9788198135883354>
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>>> código mínimo reproduzível.
>>>
>>
>>
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>>
>
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> código mínimo reproduzível.
>
00:58
Novo assunto: [R-br] Problemas com a atualização e instalação de pacotes no R no UBUNTU 13.04
Daniel, muito obrigado pela atenção!
Valeu por todas essas dicas. Vou fazer tudo que você falou e depois posto
aqui se funcionou.
Mais uma vez, obrigado.
Abraços,
Luciano
Em 28 de outubro de 2013 22:41, Daniel C Bezerra
<danielcbezerra@gmail.com>escreveu:
> Para resolver o primeiro problema vc pode apagar os arquivos lock:
>
> sudo rm /var/lib/apt/lists/lock
>
> sudo rm /var/cache/apt/archives/lock
>
> Este tipo de problema acontece quando vc tenta usar o apt-get por dois
> lugares diferentes (exemplo: pelo terminal e pelo Synaptic). O Ubuntu tende
> a travar ("lock") o que vc está usando para evitar problemas na instalação.
>
> Pelo que vc escreveu acima me parece que vc não rodou o "apt-get install
> -f" como administrador. Assim, vc poderia também usar como alternativa o
> comando:
> "sudo apt-get install -f".
>
> Para resolver o problema com os pacotes vc deve ter que apagar a
> biblioteca lattice e instalá-la novamente. Para isso verifique onde ela
> está e depois apague. Faz assim:
> Rode o R e use o comando:
>
> library()
>
> Vc terá a descrição da localização de cada biblioteca do R no seu
> computador. O lattice usualmente está instalado em "/usr/lib/R/library"
> então para apagar rode no terminal (fora do R):
>
> sudo rm -R /usr/lib/R/library/lattice
>
> Depois sugiro rodar o R como sudo ("sudo R") e instalar os pacotes que vc
> precisa. Para usar o R no dia a dia execute-o sem privilégios de
> administrador (sem o "sudo", ou seja, apenas usando "R" no terminal).
>
> Abs,
>
> Daniel
>
>
>
> 2013/10/28 Luciano F. Sgarbi <luciano.f.sgarbi@gmail.com>
>
>> Quando uso o Atualizador de programas para atualizar o R ele me retorna a
>> seguinte mensagem:
>>
>> "Verifique se você está utilizando repositórios de terceiros. Se estiver,
>> desabilite-os, já que normalmente são fonte de problemas.
>> Além disso, execute o seguinte comando em um Terminal: apt-get install -f"
>>
>> Rodo o comando 'apt-get install -f' no terminal e ele retorna o seguinte:
>> "luciano@luciano:~$ apt-get install -f
>> E: Não foi possível abrir arquivo de trava /var/lib/dpkg/lock - open (13:
>> Permissão negada)
>> E: Não foi possível criar acesso exclusivo ao directório de administração
>> (/var/lib/dpkg/), é root?"
>>
>>
>> já quando eu tento instalar o pacote 'vegan'
>>
>> Veja o que acontece:
>>
>>
>>
>> > install.packages('vegan')Installing package into ‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0’
>> (as ‘lib’ is unspecified)tentando a URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/vegan_2.0-9.tar.gz'Content type 'application/x-gzip' length 1939696 bytes (1.8 Mb)URL aberta==================================================downloaded 1.8 Mb
>> * installing *source* package ‘vegan’ ...** package ‘vegan’ successfully unpacked and MD5 sums checked** libsgfortran -fpic -O3 -pipe -g -c cepin.f -o cepin.o
>> gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O3 -pipe -g -c data2hill.c -o data2hill.o
>> gfortran -fpic -O3 -pipe -g -c decorana.f -o decorana.o
>> gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O3 -pipe -g -c goffactor.c -o goffactor.o
>> gfortran -fpic -O3 -pipe -g -c monoMDS.f -o monoMDS.o
>> gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O3 -pipe -g -c nestedness.c -o nestedness.o
>> gfortran -fpic -O3 -pipe -g -c ordering.f -o ordering.o
>> gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O3 -pipe -g -c pnpoly.c -o pnpoly.o
>> gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O3 -pipe -g -c stepacross.c -o stepacross.o
>> gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O3 -pipe -g -c vegdist.c -o vegdist.o
>> gcc -std=gnu99 -shared -o vegan.so cepin.o data2hill.o decorana.o goffactor.o monoMDS.o nestedness.o ordering.o pnpoly.o stepacross.o vegdist.o -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib/R/lib -lRinstalling to /home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/vegan/libs** R** data** inst** preparing package for lazy loadingError : package ‘lattice’ was built before R 3.0.0: please re-install itERROR: lazy loading failed for package ‘vegan’* removing ‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/vegan’Warning in install.packages :
>> installation of package ‘vegan’ had non-zero exit status
>>
>> The downloaded source packages are in
>> ‘/tmp/RtmpBQbvDv/downloaded_packages’
>>
>>
>>
>> ok, tento instalar o lattice e mas o erro continua.
>>
>>
>> Instalando o pacote lme4 o erro final é o seguinte:
>>
>>
>>
>> installing to /home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/Rcpp/libs** R** inst** preparing package for lazy loadingError : package ‘codetools’ was built before R 3.0.0: please re-install itError : unable to load R code in package ‘Rcpp’ERROR: lazy loading failed for package ‘Rcpp’* removing ‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/Rcpp’Warning in install.packages :
>> installation of package ‘Rcpp’ had non-zero exit statusERROR: dependency ‘Rcpp’ is not available for package ‘minqa’* removing ‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/minqa’Warning in install.packages :
>> installation of package ‘minqa’ had non-zero exit statusERROR: dependency ‘Rcpp’ is not available for package ‘RcppEigen’* removing ‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/RcppEigen’Warning in install.packages :
>> installation of package ‘RcppEigen’ had non-zero exit statusERROR: dependencies ‘minqa’, ‘Rcpp’, ‘RcppEigen’ are not available for package ‘lme4’* removing ‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/lme4’Warning in install.packages :
>> installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status
>>
>> The downloaded source packages are in
>> ‘/tmp/RtmpBQbvDv/downloaded_packages’
>>
>>
>> Abraços,
>> Luciano
>>
>>
>> Em 28 de outubro de 2013 22:01, Daniel C Bezerra <
>> danielcbezerra@gmail.com> escreveu:
>>
>> Qual o problema? O que aparece?
>>>
>>>
>>> 2013/10/28 Luciano F. Sgarbi <luciano.f.sgarbi@gmail.com>
>>>
>>>> Prezados,
>>>> Sou novo no uso do OS linux e estou com problemas na atualização do R
>>>> (versão 3.0.2) e na instalação de qualquer pacote no R. Meu sistema
>>>> operacional é o UBUNTU 13.04, 32-bit.
>>>> Se alguém puder dar uma força serei grato.
>>>> Abraços,
>>>> Luciano
>>>>
>>>> --
>>>>
>>>> *Luciano F. Sgarbi
>>>> *
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>>>
>>
>>
>>
>> --
>>
>> *Luciano F. Sgarbi
>> *
>> * Currículo Lattes <http://lattes.cnpq.br/9788198135883354>
>> **Dep. Ecologia, Instituto de Ciências Biológicas I**
>> *
>> *Universidade Federal de Goiás, campus II, Goiânia-GO, Brasil*
>>
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>>
>
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>
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02:02
Novo assunto: [R-br] Problemas com a atualização e instalação de pacotes no R no UBUNTU 13.04
Olá Daniel.
Está tudo funcionando tudo corretamente.
Eu fiz o seguinte:
Rodei o comando 'sudo apt-get install -f' no terminal, fiz todas
atualizações (pelo atualizador de programas) e reiniciei o computador.
Depois disso tentei instalar os pacotes que não estavam instalando antes
(vegan e nlm4) e tudo deu certo.
Mais uma vez, obrigado pelas dicas.
Abraços,
Luciano
Em 28 de outubro de 2013 22:41, Daniel C Bezerra
<danielcbezerra@gmail.com>escreveu:
> Para resolver o primeiro problema vc pode apagar os arquivos lock:
>
> sudo rm /var/lib/apt/lists/lock
>
> sudo rm /var/cache/apt/archives/lock
>
> Este tipo de problema acontece quando vc tenta usar o apt-get por dois
> lugares diferentes (exemplo: pelo terminal e pelo Synaptic). O Ubuntu tende
> a travar ("lock") o que vc está usando para evitar problemas na instalação.
>
> Pelo que vc escreveu acima me parece que vc não rodou o "apt-get install
> -f" como administrador. Assim, vc poderia também usar como alternativa o
> comando:
> "sudo apt-get install -f".
>
> Para resolver o problema com os pacotes vc deve ter que apagar a
> biblioteca lattice e instalá-la novamente. Para isso verifique onde ela
> está e depois apague. Faz assim:
> Rode o R e use o comando:
>
> library()
>
> Vc terá a descrição da localização de cada biblioteca do R no seu
> computador. O lattice usualmente está instalado em "/usr/lib/R/library"
> então para apagar rode no terminal (fora do R):
>
> sudo rm -R /usr/lib/R/library/lattice
>
> Depois sugiro rodar o R como sudo ("sudo R") e instalar os pacotes que vc
> precisa. Para usar o R no dia a dia execute-o sem privilégios de
> administrador (sem o "sudo", ou seja, apenas usando "R" no terminal).
>
> Abs,
>
> Daniel
>
>
>
> 2013/10/28 Luciano F. Sgarbi <luciano.f.sgarbi@gmail.com>
>
>> Quando uso o Atualizador de programas para atualizar o R ele me retorna a
>> seguinte mensagem:
>>
>> "Verifique se você está utilizando repositórios de terceiros. Se estiver,
>> desabilite-os, já que normalmente são fonte de problemas.
>> Além disso, execute o seguinte comando em um Terminal: apt-get install -f"
>>
>> Rodo o comando 'apt-get install -f' no terminal e ele retorna o seguinte:
>> "luciano@luciano:~$ apt-get install -f
>> E: Não foi possível abrir arquivo de trava /var/lib/dpkg/lock - open (13:
>> Permissão negada)
>> E: Não foi possível criar acesso exclusivo ao directório de administração
>> (/var/lib/dpkg/), é root?"
>>
>>
>> já quando eu tento instalar o pacote 'vegan'
>>
>> Veja o que acontece:
>>
>>
>>
>> > install.packages('vegan')Installing package into ‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0’
>> (as ‘lib’ is unspecified)tentando a URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/vegan_2.0-9.tar.gz'Content type 'application/x-gzip' length 1939696 bytes (1.8 Mb)URL aberta==================================================downloaded 1.8 Mb
>> * installing *source* package ‘vegan’ ...** package ‘vegan’ successfully unpacked and MD5 sums checked** libsgfortran -fpic -O3 -pipe -g -c cepin.f -o cepin.o
>> gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O3 -pipe -g -c data2hill.c -o data2hill.o
>> gfortran -fpic -O3 -pipe -g -c decorana.f -o decorana.o
>> gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O3 -pipe -g -c goffactor.c -o goffactor.o
>> gfortran -fpic -O3 -pipe -g -c monoMDS.f -o monoMDS.o
>> gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O3 -pipe -g -c nestedness.c -o nestedness.o
>> gfortran -fpic -O3 -pipe -g -c ordering.f -o ordering.o
>> gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O3 -pipe -g -c pnpoly.c -o pnpoly.o
>> gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O3 -pipe -g -c stepacross.c -o stepacross.o
>> gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O3 -pipe -g -c vegdist.c -o vegdist.o
>> gcc -std=gnu99 -shared -o vegan.so cepin.o data2hill.o decorana.o goffactor.o monoMDS.o nestedness.o ordering.o pnpoly.o stepacross.o vegdist.o -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib/R/lib -lRinstalling to /home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/vegan/libs** R** data** inst** preparing package for lazy loadingError : package ‘lattice’ was built before R 3.0.0: please re-install itERROR: lazy loading failed for package ‘vegan’* removing ‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/vegan’Warning in install.packages :
>> installation of package ‘vegan’ had non-zero exit status
>>
>> The downloaded source packages are in
>> ‘/tmp/RtmpBQbvDv/downloaded_packages’
>>
>>
>>
>> ok, tento instalar o lattice e mas o erro continua.
>>
>>
>> Instalando o pacote lme4 o erro final é o seguinte:
>>
>>
>>
>> installing to /home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/Rcpp/libs** R** inst** preparing package for lazy loadingError : package ‘codetools’ was built before R 3.0.0: please re-install itError : unable to load R code in package ‘Rcpp’ERROR: lazy loading failed for package ‘Rcpp’* removing ‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/Rcpp’Warning in install.packages :
>> installation of package ‘Rcpp’ had non-zero exit statusERROR: dependency ‘Rcpp’ is not available for package ‘minqa’* removing ‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/minqa’Warning in install.packages :
>> installation of package ‘minqa’ had non-zero exit statusERROR: dependency ‘Rcpp’ is not available for package ‘RcppEigen’* removing ‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/RcppEigen’Warning in install.packages :
>> installation of package ‘RcppEigen’ had non-zero exit statusERROR: dependencies ‘minqa’, ‘Rcpp’, ‘RcppEigen’ are not available for package ‘lme4’* removing ‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/lme4’Warning in install.packages :
>> installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status
>>
>> The downloaded source packages are in
>> ‘/tmp/RtmpBQbvDv/downloaded_packages’
>>
>>
>> Abraços,
>> Luciano
>>
>>
>> Em 28 de outubro de 2013 22:01, Daniel C Bezerra <
>> danielcbezerra@gmail.com> escreveu:
>>
>> Qual o problema? O que aparece?
>>>
>>>
>>> 2013/10/28 Luciano F. Sgarbi <luciano.f.sgarbi@gmail.com>
>>>
>>>> Prezados,
>>>> Sou novo no uso do OS linux e estou com problemas na atualização do R
>>>> (versão 3.0.2) e na instalação de qualquer pacote no R. Meu sistema
>>>> operacional é o UBUNTU 13.04, 32-bit.
>>>> Se alguém puder dar uma força serei grato.
>>>> Abraços,
>>>> Luciano
>>>>
>>>> --
>>>>
>>>> *Luciano F. Sgarbi
>>>> *
>>>> * Currículo Lattes <http://lattes.cnpq.br/9788198135883354>
>>>> **Dep. Ecologia, Instituto de Ciências Biológicas I**
>>>> *
>>>> *Universidade Federal de Goiás, campus II, Goiânia-GO, Brasil*
>>>>
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>>>> R-br mailing list
>>>> R-br@listas.c3sl.ufpr.br
>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>>>> código mínimo reproduzível.
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