Obtenção de matriz completa
Boa tarde. Estou tentando obter uma matriz de dissimilaridade genética, a partir de dados qualitativos e quantitativos, de 208 linhagens de mamoneira. Entretanto só consigo visualizar parte da matriz. Como obter a matriz completa e salvá-la em planilha Excel? Obrigado Maurício Silva Enviado do Outlook Mobile On Tue, Feb 9, 2016 at 6:00 AM -0800, <r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br> wrote: Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br@listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner@listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Re: Bug report (Thiago V. dos Santos) 2. Re: Função com vários if e else if que não é SpatialGridDataFrame (Éder Comunello) 3. Re: Número máximo de variáveis (Éder Comunello) 4. Re: Função com vários if e else if que não é SpatialGridDataFrame [RESOLVIDO] (ASANTOS) 5. Re: Número máximo de variáveis (Alexandre Loures) 6. Re: Bug report (Leonard Assis) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Mon, 8 Feb 2016 14:42:22 +0000 (UTC) From: "Thiago V. dos Santos" <thi_veloso@yahoo.com.br> To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Bug report Message-ID: <1313169499.699118.1454942542137.JavaMail.yahoo@mail.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Se você já tem certeza que é bug, o primeiro passo que eu daria seria contatar os autores e/ou mantenedores do pacote: https://cran.r-project.org/web/packages/neuralnet/index.html Greetings, -- Thiago V. dos Santos PhD studentLand and Atmospheric ScienceUniversity of Minnesota On Monday, February 8, 2016 6:56 AM, Leonard de Assis <assis.leonard@gmail.com> wrote: <!--#yiv2394202994 _filtered #yiv2394202994 {font-family:"Cambria Math";panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;} _filtered #yiv2394202994 {font-family:Calibri;panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}#yiv2394202994 #yiv2394202994 p.yiv2394202994MsoNormal, #yiv2394202994 li.yiv2394202994MsoNormal, #yiv2394202994 div.yiv2394202994MsoNormal {margin:0cm;margin-bottom:.0001pt;font-size:11.0pt;font-family:"Calibri", sans-serif;}#yiv2394202994 a:link, #yiv2394202994 span.yiv2394202994MsoHyperlink {color:#0563C1;text-decoration:underline;}#yiv2394202994 a:visited, #yiv2394202994 span.yiv2394202994MsoHyperlinkFollowed {color:#954F72;text-decoration:underline;}#yiv2394202994 span.yiv2394202994EstiloDeEmail17 {font-family:"Calibri", sans-serif;color:windowtext;}#yiv2394202994 .yiv2394202994MsoChpDefault {font-family:"Calibri", sans-serif;} _filtered #yiv2394202994 {margin:70.85pt 3.0cm 70.85pt 3.0cm;}#yiv2394202994 div.yiv2394202994WordSection1 {}-->Bom dia a todos Eu estava (na verdade, ainda estou) com um problema no pacote neuralnet. O fato é que se descobriu que o problema é bug do pacote, a pergunta então fica: como devo fazer para reportar este problema? _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne� c�igo m�imo reproduz�el. -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/f9835033/attachment-0001.html> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: não disponível Tipo: image/png Tamanho: 7861 bytes Descrição: não disponível URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/f9835033/attachment-0001.png> ------------------------------ Message: 2 Date: Mon, 8 Feb 2016 12:14:38 -0300 From: Éder Comunello <comunello.eder@gmail.com> To: ASANTOS <alexandresantosbr@yahoo.com.br> Cc: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Função com vários if e else if que não é SpatialGridDataFrame Message-ID: <CABmC8gnHfswFsZPumokW-e563HRQY1mqGpzmNyCz52-NoJbDpQ@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Alexandre, bom dia! Fiz apenas uma pequena alteração indicada no código. ### <code r> require(raster) require(sp) # RasterLayer inventado r <- raster(nrows=10, ncols=10) r <- setValues(r, 1:ncell(r)) plot(r) band2<- as(r, 'SpatialGridDataFrame') ### transforma em SpatialGridDataFrame ##Função para conversão DN para radiância - LISS III --------------------------- radconvL<-function(x, band = 2) { Lmax <- switch(as.character(band), "2" = 120.64, "3" = 151.31, "4" = 157.57, "5" = 69.03, NA) if (is.na(Lmax)) stop("invalid band") Lmin = 0 Qmax = 127 x <- as.vector(as.matrix(x)) results <- band2 ### <==== alterado aqui!!! x <- Lmin + ((Lmax-Lmin)*x)/Qmax if (class(results) == "SpatialGridDataFrame") results@data[, 1] <- x else if (is.data.frame(x)) results <- data.frame(matrix(x, nrow = nrow(results), ncol = ncol(results))) else results <- x print(paste(band, Lmax)) print(results) results } ######-- teste2<-radconvL(band2, band = 2) spplot(teste2) teste3<-radconvL(band2, band = 3) teste1<-radconvL(band2, band = 1) ### </code> ================================================ Éder Comunello PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/09d04cf3/attachment-0001.html> ------------------------------ Message: 3 Date: Mon, 8 Feb 2016 13:53:55 -0300 From: Éder Comunello <comunello.eder@gmail.com> To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Número máximo de variáveis Message-ID: <CABmC8gmDnz4f0E2FdoQ=c7_hYF7ab4GigVZr2FMN5J2FRi24Bg@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Alexandre, boa tarde! Acredito que o que esteja dando problemas não é o número de colunas, mas sim o tamanho dos objetos. Verifique com memory.size() antes da operação e veja se há espaço suficiente para alocar object.size() do último objeto. Pra funcionar, além de quantidade, é necessário que o espaço de memória esteja em um bloco de endereço contínuo. Abaixo fiz um teste com cbind, trabalhando com 1000x mais colunas e rodou legal. Só que o tamanho dos objetos é pequeno... ### <code r> n <- c(30, 217, 181, 4123, 3439) n <- n*1000 for (i in 1:5) assign(letters[i], t(cbind(rnorm(n[i]), runif(n[i])))) ls() # [1] "a" "b" "c" "d" "e" "i" "n" for (i in 1:5) print(object.size(get(letters[i])), units="Mb") # 0.5 Mb # 3.3 Mb # 2.8 Mb # 62.9 Mb # 52.5 Mb x <- cbind(a, b, c, d, e) str(x) # num [1:2, 1:7990000] 0.675 0.15 -0.979 0.681 -0.944 ... print(object.size(x), units="Mb") # 121.9 Mb gc() ### </code> ================================================ Éder Comunello PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] Em 7 de fevereiro de 2016 14:12, Alexandre Loures < alexandre.loures@ymail.com> escreveu:
Boa tarde pessoal!
Estou tentando fazer um cbind em cinco objetos (a, b, c, d, e). Porém no último (fiz separado para ter certeza quando apareceria o erro) aparece a seguinte mensagem de erro:
Erro: não é possível alocar vetor de tamanho 2.0 Mb
Tenho a seguinte quantidade de variáveis em cada um dos objetos:
a = 30 b = 217 c = 181 d = 4123 e = 3439
Total = 7990
Minha dúvida é: há limite de variáveis no R e por isso está reportando o erro supracitado.
Desde já muito obrigado!
-- *Alexandre Rodrigues Loures* Doutorando em Economia Aplicada Universidade Federal da Paraíba - UFPB Centro de Ciências Sociais Aplicadas - CCSA Programa de Pós-Graduação em Economia - PPGE Site: www.ccsa.ufpb.br/ppge [image: orcid] www.orcid.org/0000-0002-1288-0135
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/93ba6dcb/attachment-0001.html> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: iD icon.gif Tipo: image/gif Tamanho: 1221 bytes Descrição: não disponível URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/93ba6dcb/attachment-0001.gif> ------------------------------ Message: 4 Date: Mon, 8 Feb 2016 17:36:23 -0300 From: ASANTOS <alexandresantosbr@yahoo.com.br> To: comunello.eder@gmail.com Cc: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Função com vários if e else if que não é SpatialGridDataFrame [RESOLVIDO] Message-ID: <56B8FC47.6010309@yahoo.com.br> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; Format="flowed" Muito obrigado Éder, funcionou perfeitamente!!!!!! Também tem outra alteração que resolve o meu problema e aumenta a velocidade de processamento, uma vez que tenho rasters muito grandes, sendo: radconvL <- function(x, band = 2) { Lmax <- switch(band, "2" = 120.64, "3" = 151.31, "4" = 157.57, "5" = 69.03, NA) if (is.na(Lmax)) stop("invalid band") Lmin = 0 Qmax = 127 setValues(x, Lmin + ((Lmax-Lmin)*values(x))/Qmax) } library(raster) b <- brick(system.file("external/rlogo.grd", package="raster")) test <- radconvL(b[[2]], band = 2) Abraços, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos@cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 Researchgate: https://www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn: https://br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 ====================================================================== Em 08/02/2016 12:14, Éder Comunello escreveu:
Alexandre, bom dia!
Fiz apenas uma pequena alteração indicada no código.
### <code r> require(raster) require(sp)
# RasterLayer inventado r <- raster(nrows=10, ncols=10) r <- setValues(r, 1:ncell(r)) plot(r)
band2<- as(r, 'SpatialGridDataFrame') ### transforma em SpatialGridDataFrame
##Função para conversão DN para radiância - LISS III --------------------------- radconvL<-function(x, band = 2) { Lmax <- switch(as.character(band), "2" = 120.64, "3" = 151.31, "4" = 157.57, "5" = 69.03, NA)
if (is.na <http://is.na>(Lmax)) stop("invalid band")
Lmin = 0 Qmax = 127 x <- as.vector(as.matrix(x)) results <- band2 ### <==== alterado aqui!!!
x <- Lmin + ((Lmax-Lmin)*x)/Qmax if (class(results) == "SpatialGridDataFrame") results@data[, 1] <- x else if (is.data.frame(x)) results <- data.frame(matrix(x, nrow = nrow(results), ncol = ncol(results))) else results <- x print(paste(band, Lmax)) print(results) results } ######--
teste2<-radconvL(band2, band = 2) spplot(teste2)
teste3<-radconvL(band2, band = 3) teste1<-radconvL(band2, band = 1)
### </code>
================================================ Éder Comunello PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W]
-------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/319620ad/attachment-0001.html> ------------------------------ Message: 5 Date: Mon, 8 Feb 2016 20:03:47 -0300 From: Alexandre Loures <alexandre.loures@ymail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br, comunello.eder@gmail.com Subject: Re: [R-br] Número máximo de variáveis Message-ID: <56B91ED3.4040107@ymail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; Format="flowed" Boa noite Éder! Muito obrigado pelo retorno! Meus objetos possuem: 72.7 Mb 455.6 Mb 382.4 Mb 8401.1 Mb 7009.7 Mb Mas defini o uso da memória em 36Gb. Logo não estou entendo porque não consigo fazer o cbind dos cinco objetos. Em 08/02/2016 13:53, Éder Comunello escreveu:
Alexandre, boa tarde!
Acredito que o que esteja dando problemas não é o número de colunas, mas sim o tamanho dos objetos. Verifique com memory.size() antes da operação e veja se há espaço suficiente para alocar object.size() do último objeto. Pra funcionar, além de quantidade, é necessário que o espaço de memória esteja em um bloco de endereço contínuo.
Abaixo fiz um teste com cbind, trabalhando com 1000x mais colunas e rodou legal. Só que o tamanho dos objetos é pequeno...
### <code r> n <- c(30, 217, 181, 4123, 3439) n <- n*1000
for (i in 1:5) assign(letters[i], t(cbind(rnorm(n[i]), runif(n[i])))) ls() # [1] "a" "b" "c" "d" "e" "i" "n"
for (i in 1:5) print(object.size(get(letters[i])), units="Mb") # 0.5 Mb # 3.3 Mb # 2.8 Mb # 62.9 Mb # 52.5 Mb
x <- cbind(a, b, c, d, e) str(x) # num [1:2, 1:7990000] 0.675 0.15 -0.979 0.681 -0.944 ...
print(object.size(x), units="Mb") # 121.9 Mb
gc() ### </code>
================================================ Éder Comunello PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W]
Em 7 de fevereiro de 2016 14:12, Alexandre Loures <alexandre.loures@ymail.com <mailto:alexandre.loures@ymail.com>> escreveu:
Boa tarde pessoal!
Estou tentando fazer um cbind em cinco objetos (a, b, c, d, e). Porém no último (fiz separado para ter certeza quando apareceria o erro) aparece a seguinte mensagem de erro:
Erro: não é possível alocar vetor de tamanho 2.0 Mb
Tenho a seguinte quantidade de variáveis em cada um dos objetos:
a = 30 b = 217 c = 181 d = 4123 e = 3439
Total = 7990
Minha dúvida é: há limite de variáveis no R e por isso está reportando o erro supracitado.
Desde já muito obrigado!
-- *Alexandre Rodrigues Loures* Doutorando em Economia Aplicada Universidade Federal da Paraíba - UFPB Centro de Ciências Sociais Aplicadas - CCSA Programa de Pós-Graduação em Economia - PPGE Site: www.ccsa.ufpb.br/ppge <http://www.ccsa.ufpb.br/ppge> orcid www.orcid.org/0000-0002-1288-0135 <http://www.orcid.org/0000-0002-1288-0135>
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
-- *Alexandre Rodrigues Loures* Doutorando em Economia Aplicada Universidade Federal da Paraíba - UFPB Centro de Ciências Sociais Aplicadas - CCSA Programa de Pós-Graduação em Economia - PPGE Site: www.ccsa.ufpb.br/ppge orcid www.orcid.org/0000-0002-1288-0135 -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/2b057d21/attachment-0001.html> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: não disponível Tipo: image/gif Tamanho: 1221 bytes Descrição: não disponível URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/2b057d21/attachment-0002.gif> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: iD icon.gif Tipo: image/gif Tamanho: 1221 bytes Descrição: não disponível URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/2b057d21/attachment-0003.gif> ------------------------------ Message: 6 Date: Tue, 9 Feb 2016 10:33:43 -0200 From: Leonard Assis <assis.leonard@gmail.com> To: "Thiago V. dos Santos" <thi_veloso@yahoo.com.br>, r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Bug report Message-ID: <CAEG0FK8CG0H+4u5ZyS0uazg3hcG+w6GqaGDpwCxtf8-shgjF5A@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" É bug Já até sei como corrige (e já corrigi nos fontes deles). É um erro louco no plot.nn que não gera o plot no rmarkdown Em 8 de fev de 2016 12:42 PM, "Thiago V. dos Santos" < thi_veloso@yahoo.com.br> escreveu:
Se você já tem certeza que é bug, o primeiro passo que eu daria seria contatar os autores e/ou mantenedores do pacote: https://cran.r-project.org/web/packages/neuralnet/index.html
Greetings, -- Thiago V. dos Santos
PhD student Land and Atmospheric Science University of Minnesota
On Monday, February 8, 2016 6:56 AM, Leonard de Assis < assis.leonard@gmail.com> wrote:
Bom dia a todos
Eu estava (na verdade, ainda estou) com um problema no pacote neuralnet.
O fato é que se descobriu que o problema é bug do pacote, a pergunta então fica: como devo fazer para reportar este problema?
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne� c�igo m�imo reproduz�el.
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-------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160209/133a879d/attachment-0001.html> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: não disponível Tipo: image/png Tamanho: 7861 bytes Descrição: não disponível URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160209/133a879d/attachment-0001.png> ------------------------------ Subject: Legenda do Digest _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ------------------------------ Fim da Digest R-br, volume 62, assunto 9 ****************************************
Mauricio, 1) Penso que seja apropriado que um tema novo seja encaminhado por meio de e-mail específico. Fica mais fácil o acompanhamento da discussão e os e-mails ficam menos poluídos. 2) Estou interessado na geração de matriz de dissimilaridade com dados qualitativos e quantitativos. Qual é a função que você está utilizando? Ou, que tipo de distancia está utilizando? Luiz Roberto. Luiz Roberto Martins Pinto Prof. Pleno/DCET/UESC Laboratório de Estatística Computacional Universidade Estadual de Santa Cruz Ilhéus-Bahia-Brasil luizroberto.uesc@gmail.com skype: lrmpinto http://lattes.cnpq.br/2732314327604831 Em 9 de fevereiro de 2016 14:55, <mau.gm@hotmail.com> escreveu:
Boa tarde. Estou tentando obter uma matriz de dissimilaridade genética, a partir de dados qualitativos e quantitativos, de 208 linhagens de mamoneira. Entretanto só consigo visualizar parte da matriz. Como obter a matriz completa e salvá-la em planilha Excel?
Obrigado
Maurício Silva
Enviado do Outlook Mobile <https://aka.ms/blhgte>
On Tue, Feb 9, 2016 at 6:00 AM -0800, <r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br
Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner@listas.c3sl.ufpr.br
Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."
Tópicos de Hoje:
1. Re: Bug report (Thiago V. dos Santos) 2. Re: Função com vários if e else if que não é SpatialGridDataFrame (Éder Comunello) 3. Re: Número máximo de variáveis (Éder Comunello) 4. Re: Função com vários if e else if que não é SpatialGridDataFrame [RESOLVIDO] (ASANTOS) 5. Re: Número máximo de variáveis (Alexandre Loures) 6. Re: Bug report (Leonard Assis)
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Message: 1 Date: Mon, 8 Feb 2016 14:42:22 +0000 (UTC) From: "Thiago V. dos Santos" <thi_veloso@yahoo.com.br> To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Bug report Message-ID: <1313169499.699118.1454942542137.JavaMail.yahoo@mail.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
Se você já tem certeza que é bug, o primeiro passo que eu daria seria contatar os autores e/ou mantenedores do pacote: https://cran.r-project.org/web/packages/neuralnet/index.html Greetings, -- Thiago V. dos Santos PhD studentLand and Atmospheric ScienceUniversity of Minnesota
On Monday, February 8, 2016 6:56 AM, Leonard de Assis < assis.leonard@gmail.com> wrote:
<!--#yiv2394202994 _filtered #yiv2394202994 {font-family:"Cambria Math";panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;} _filtered #yiv2394202994 {font-family:Calibri;panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}#yiv2394202994 #yiv2394202994 p.yiv2394202994MsoNormal, #yiv2394202994 li.yiv2394202994MsoNormal, #yiv2394202994 div.yiv2394202994MsoNormal {margin:0cm;margin-bottom:.0001pt;font-size:11.0pt;font-family:"Calibri", sans-serif;}#yiv2394202994 a:link, #yiv2394202994 span.yiv2394202994MsoHyperlink {color:#0563C1;text-decoration:underline;}#yiv2394202994 a:visited, #yiv2394202994 span.yiv2394202994MsoHyperlinkFollowed {color:#954F72;text-decoration:underline;}#yiv2394202994 span.yiv2394202994EstiloDeEmail17 {font-family:"Calibri", sans-serif;color:windowtext;}#yiv2394202994 .yiv2394202994MsoChpDefault {font-family:"Calibri", sans-serif;} _filtered #yiv2394202994 {margin:70.85pt 3.0cm 70.85pt 3.0cm;}#yiv2394202994 div.yiv2394202994WordSection1 {}-->Bom dia a todos Eu estava (na verdade, ainda estou) com um problema no pacote neuralnet. O fato é que se descobriu que o problema é bug do pacote, a pergunta então fica: como devo fazer para reportar este problema? _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne� c�igo m�imo reproduz�el.
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Message: 2 Date: Mon, 8 Feb 2016 12:14:38 -0300 From: Éder Comunello <comunello.eder@gmail.com> To: ASANTOS <alexandresantosbr@yahoo.com.br> Cc: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Função com vários if e else if que não é SpatialGridDataFrame Message-ID: < CABmC8gnHfswFsZPumokW-e563HRQY1mqGpzmNyCz52-NoJbDpQ@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
Alexandre, bom dia!
Fiz apenas uma pequena alteração indicada no código.
### <code r> require(raster) require(sp)
# RasterLayer inventado r <- raster(nrows=10, ncols=10) r <- setValues(r, 1:ncell(r)) plot(r)
band2<- as(r, 'SpatialGridDataFrame') ### transforma em SpatialGridDataFrame
##Função para conversão DN para radiância - LISS III --------------------------- radconvL<-function(x, band = 2) { Lmax <- switch(as.character(band), "2" = 120.64, "3" = 151.31, "4" = 157.57, "5" = 69.03, NA)
if (is.na(Lmax)) stop("invalid band")
Lmin = 0 Qmax = 127 x <- as.vector(as.matrix(x)) results <- band2 ### <==== alterado aqui!!!
x <- Lmin + ((Lmax-Lmin)*x)/Qmax if (class(results) == "SpatialGridDataFrame") results@data[, 1] <- x else if (is.data.frame(x)) results <- data.frame(matrix(x, nrow = nrow(results), ncol = ncol(results))) else results <- x print(paste(band, Lmax)) print(results) results } ######--
teste2<-radconvL(band2, band = 2) spplot(teste2)
teste3<-radconvL(band2, band = 3) teste1<-radconvL(band2, band = 1)
### </code>
================================================ Éder Comunello PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: < http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/09d04cf3/attac...
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Message: 3 Date: Mon, 8 Feb 2016 13:53:55 -0300 From: Éder Comunello <comunello.eder@gmail.com> To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Número máximo de variáveis Message-ID: <CABmC8gmDnz4f0E2FdoQ= c7_hYF7ab4GigVZr2FMN5J2FRi24Bg@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
Alexandre, boa tarde!
Acredito que o que esteja dando problemas não é o número de colunas, mas sim o tamanho dos objetos. Verifique com memory.size() antes da operação e veja se há espaço suficiente para alocar object.size() do último objeto. Pra funcionar, além de quantidade, é necessário que o espaço de memória esteja em um bloco de endereço contínuo.
Abaixo fiz um teste com cbind, trabalhando com 1000x mais colunas e rodou legal. Só que o tamanho dos objetos é pequeno...
### <code r> n <- c(30, 217, 181, 4123, 3439) n <- n*1000
for (i in 1:5) assign(letters[i], t(cbind(rnorm(n[i]), runif(n[i])))) ls() # [1] "a" "b" "c" "d" "e" "i" "n"
for (i in 1:5) print(object.size(get(letters[i])), units="Mb") # 0.5 Mb # 3.3 Mb # 2.8 Mb # 62.9 Mb # 52.5 Mb
x <- cbind(a, b, c, d, e) str(x) # num [1:2, 1:7990000] 0.675 0.15 -0.979 0.681 -0.944 ...
print(object.size(x), units="Mb") # 121.9 Mb
gc() ### </code>
================================================ Éder Comunello PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W]
Em 7 de fevereiro de 2016 14:12, Alexandre Loures < alexandre.loures@ymail.com> escreveu:
Boa tarde pessoal!
Estou tentando fazer um cbind em cinco objetos (a, b, c, d, e). Porém no último (fiz separado para ter certeza quando apareceria o erro) aparece a seguinte mensagem de erro:
Erro: não é possível alocar vetor de tamanho 2.0 Mb
Tenho a seguinte quantidade de variáveis em cada um dos objetos:
a = 30 b = 217 c = 181 d = 4123 e = 3439
Total = 7990
Minha dúvida é: há limite de variáveis no R e por isso está reportando o erro supracitado.
Desde já muito obrigado!
-- *Alexandre Rodrigues Loures* Doutorando em Economia Aplicada Universidade Federal da Paraíba - UFPB Centro de Ciências Sociais Aplicadas - CCSA Programa de Pós-Graduação em Economia - PPGE Site: www.ccsa.ufpb.br/ppge [image: orcid] www.orcid.org/0000-0002-1288-0135
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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Message: 4 Date: Mon, 8 Feb 2016 17:36:23 -0300 From: ASANTOS <alexandresantosbr@yahoo.com.br> To: comunello.eder@gmail.com Cc: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Função com vários if e else if que não é SpatialGridDataFrame [RESOLVIDO] Message-ID: <56B8FC47.6010309@yahoo.com.br> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; Format="flowed"
Muito obrigado Éder, funcionou perfeitamente!!!!!!
Também tem outra alteração que resolve o meu problema e aumenta a velocidade de processamento, uma vez que tenho rasters muito grandes, sendo:
radconvL <- function(x, band = 2) { Lmax <- switch(band, "2" = 120.64, "3" = 151.31, "4" = 157.57, "5" = 69.03, NA)
if (is.na(Lmax)) stop("invalid band") Lmin = 0 Qmax = 127 setValues(x, Lmin + ((Lmax-Lmin)*values(x))/Qmax) }
library(raster) b <- brick(system.file("external/rlogo.grd", package="raster")) test <- radconvL(b[[2]], band = 2)
Abraços,
-- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos@cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 Researchgate: https://www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn: https://br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 ======================================================================
Em 08/02/2016 12:14, Éder Comunello escreveu:
Alexandre, bom dia!
Fiz apenas uma pequena alteração indicada no código.
### <code r> require(raster) require(sp)
# RasterLayer inventado r <- raster(nrows=10, ncols=10) r <- setValues(r, 1:ncell(r)) plot(r)
band2<- as(r, 'SpatialGridDataFrame') ### transforma em SpatialGridDataFrame
##Função para conversão DN para radiância - LISS III --------------------------- radconvL<-function(x, band = 2) { Lmax <- switch(as.character(band), "2" = 120.64, "3" = 151.31, "4" = 157.57, "5" = 69.03, NA)
if (is.na <http://is.na>(Lmax)) stop("invalid band")
Lmin = 0 Qmax = 127 x <- as.vector(as.matrix(x)) results <- band2 ### <==== alterado aqui!!!
x <- Lmin + ((Lmax-Lmin)*x)/Qmax if (class(results) == "SpatialGridDataFrame") results@data[, 1] <- x else if (is.data.frame(x)) results <- data.frame(matrix(x, nrow = nrow(results), ncol = ncol(results))) else results <- x print(paste(band, Lmax)) print(results) results } ######--
teste2<-radconvL(band2, band = 2) spplot(teste2)
teste3<-radconvL(band2, band = 3) teste1<-radconvL(band2, band = 1)
### </code>
================================================ Éder Comunello PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W]
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Message: 5 Date: Mon, 8 Feb 2016 20:03:47 -0300 From: Alexandre Loures <alexandre.loures@ymail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br, comunello.eder@gmail.com Subject: Re: [R-br] Número máximo de variáveis Message-ID: <56B91ED3.4040107@ymail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; Format="flowed"
Boa noite Éder! Muito obrigado pelo retorno!
Meus objetos possuem:
72.7 Mb 455.6 Mb 382.4 Mb 8401.1 Mb 7009.7 Mb
Mas defini o uso da memória em 36Gb. Logo não estou entendo porque não consigo fazer o cbind dos cinco objetos.
Em 08/02/2016 13:53, Éder Comunello escreveu:
Alexandre, boa tarde!
Acredito que o que esteja dando problemas não é o número de colunas, mas sim o tamanho dos objetos. Verifique com memory.size() antes da operação e veja se há espaço suficiente para alocar object.size() do último objeto. Pra funcionar, além de quantidade, é necessário que o espaço de memória esteja em um bloco de endereço contínuo.
Abaixo fiz um teste com cbind, trabalhando com 1000x mais colunas e rodou legal. Só que o tamanho dos objetos é pequeno...
### <code r> n <- c(30, 217, 181, 4123, 3439) n <- n*1000
for (i in 1:5) assign(letters[i], t(cbind(rnorm(n[i]), runif(n[i])))) ls() # [1] "a" "b" "c" "d" "e" "i" "n"
for (i in 1:5) print(object.size(get(letters[i])), units="Mb") # 0.5 Mb # 3.3 Mb # 2.8 Mb # 62.9 Mb # 52.5 Mb
x <- cbind(a, b, c, d, e) str(x) # num [1:2, 1:7990000] 0.675 0.15 -0.979 0.681 -0.944 ...
print(object.size(x), units="Mb") # 121.9 Mb
gc() ### </code>
================================================ Éder Comunello PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W]
Em 7 de fevereiro de 2016 14:12, Alexandre Loures <alexandre.loures@ymail.com <mailto:alexandre.loures@ymail.com <alexandre.loures@ymail.com>>> escreveu:
Boa tarde pessoal!
Estou tentando fazer um cbind em cinco objetos (a, b, c, d, e). Porém no último (fiz separado para ter certeza quando apareceria o erro) aparece a seguinte mensagem de erro:
Erro: não é possível alocar vetor de tamanho 2.0 Mb
Tenho a seguinte quantidade de variáveis em cada um dos objetos:
a = 30 b = 217 c = 181 d = 4123 e = 3439
Total = 7990
Minha dúvida é: há limite de variáveis no R e por isso está reportando o erro supracitado.
Desde já muito obrigado!
-- *Alexandre Rodrigues Loures* Doutorando em Economia Aplicada Universidade Federal da Paraíba - UFPB Centro de Ciências Sociais Aplicadas - CCSA Programa de Pós-Graduação em Economia - PPGE Site: www.ccsa.ufpb.br/ppge <http://www.ccsa.ufpb.br/ppge> orcid www.orcid.org/0000-0002-1288-0135 <http://www.orcid.org/0000-0002-1288-0135>
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br <R-br@listas.c3sl.ufpr.br>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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-- *Alexandre Rodrigues Loures* Doutorando em Economia Aplicada Universidade Federal da Paraíba - UFPB Centro de Ciências Sociais Aplicadas - CCSA Programa de Pós-Graduação em Economia - PPGE Site: www.ccsa.ufpb.br/ppge orcid www.orcid.org/0000-0002-1288-0135 -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: < http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/2b057d21/attac...
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Message: 6 Date: Tue, 9 Feb 2016 10:33:43 -0200 From: Leonard Assis <assis.leonard@gmail.com> To: "Thiago V. dos Santos" <thi_veloso@yahoo.com.br>, r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Bug report Message-ID: < CAEG0FK8CG0H+4u5ZyS0uazg3hcG+w6GqaGDpwCxtf8-shgjF5A@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
É bug Já até sei como corrige (e já corrigi nos fontes deles). É um erro louco no plot.nn que não gera o plot no rmarkdown Em 8 de fev de 2016 12:42 PM, "Thiago V. dos Santos" < thi_veloso@yahoo.com.br> escreveu:
Se você já tem certeza que é bug, o primeiro passo que eu daria seria contatar os autores e/ou mantenedores do pacote: https://cran.r-project.org/web/packages/neuralnet/index.html
Greetings, -- Thiago V. dos Santos
PhD student Land and Atmospheric Science University of Minnesota
On Monday, February 8, 2016 6:56 AM, Leonard de Assis < assis.leonard@gmail.com> wrote:
Bom dia a todos
Eu estava (na verdade, ainda estou) com um problema no pacote neuralnet.
O fato é que se descobriu que o problema é bug do pacote, a pergunta então fica: como devo fazer para reportar este problema?
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne� c�igo m�imo reproduz�el.
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-------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: < http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160209/133a879d/attac...
-------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: não disponível Tipo: image/png Tamanho: 7861 bytes Descrição: não disponível URL: < http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160209/133a879d/attac...
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Subject: Legenda do Digest
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Fim da Digest R-br, volume 62, assunto 9 ****************************************
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Luiz Roberto Martins Pinto -
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