Re: [R-br] Digest R-br, volume 39, assunto 21
Prezados, sou biólogo e um dos objetivos da minha pesquisa é examinar os efeitos da heterogeneidade do ambiente na variabilidade genética. Para isso, eu estimei a distância genética, geodésica e ecológica e usei uma função do R - http://datadryad.org/resource/doi:10.5061/dryad.kt71r/1 - para testar a regressão múltipla dessas matrizes. O script para realizar o teste eu consegui fazer, entretanto, não encontrei uma função para fazer o gráfico da regressão linear sobre meus dados. O único gráfico que consigo fazer é entre duas variáveis é usando a função splom (matriz1, matriz2, lm=TRUE) e obtive uma resposta de erro (lm object not found). Mas, o que eu queria era fazer um gráfico de uma matriz1 x matriz2+matriz3. Alguém tem uma sugestão de função que eu possa usar? Agradeço a todos desde já. Cordialmente, Marcos Batista Marcos Roberto Dias Batista Departamento de Genética, Evolução e Bioagentes Instituto de Biologia, Unicamp Caixa Postal 6109, Campinas, São Paulo CEP 13083-970, Brasil Telefone: (19) 3521 1151 2014-03-21 12:00 GMT-03:00 <r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br>:
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1. Re: Calendário do pacote googleVis (Éder Comunello) 2. Re: Grárico de controle (Edson Lira) 3. Iteração com optim (jborssoi .) 4. Re: Iteração com optim (Diogo Ferrari) 5. Re: Grárico de controle (Éder Comunello) 6. Re: Iteração com optim (walmes .) 7. Re: Iteração com optim (Wagner Bonat) 8. Re: Iteração com optim (jborssoi .) 9. Re: Iteração com optim (Wagner Bonat) 10. Re: Grárico de controle (Edson Lira)
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Message: 1 Date: Fri, 21 Mar 2014 07:17:25 -0400 From: Éder Comunello <comunello.eder@gmail.com> To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Calendário do pacote googleVis Message-ID: <CABmC8gnNgPU2mWLFczTUrWYsqOf2A9OjKv5dpF7UnNM= aTie6A@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Olá, pessoal! Bom dia!
Tudo indica que o problema está na API do Google e não propriamente no R. O link que segue relata o mesmo problema numa aplicação fora do R, feita também por um brasileiro, reforçando que o problema está ligado ao 'Brazilian Portuguese'.
https://code.google.com/p/google-visualization-api-issues/issues/detail?id=1...
Éder Comunello <c <comunello.eder@gmail.com>omunello.eder@gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W] -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: < http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/a91fe90a/attac...
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Message: 2 Date: Fri, 21 Mar 2014 05:47:41 -0700 (PDT) From: Edson Lira <edinhoestat@yahoo.com.br> To: "ecomunel@gmail.com" <ecomunel@gmail.com>, "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Grárico de controle Message-ID: <1395406061.56210.YahooMailNeo@web160103.mail.bf1.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Eder, muito obrigado, ajudou muito, vi que tenho no mesmo dia vários grupos.
Como faço para ter um único resultado por dia? Ou seja, para cada dia um único ponto no gráfico.
[ ]'s.
Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas
Em Terça-feira, 18 de Março de 2014 12:52, Éder Comunello < comunello.eder@gmail.com> escreveu:
Edson, boa tarde!
Não sei se irá lhe atender, mas tentei alguma coisa com os dados de exemplo que você havia enviado (n=300).
### <code r> ### restaurando dados de exemplo! dat <-
data.frame(tempo=c(30.48,32.17,32.32,32.68,33.42,34.1,34.33,35.12,35.95,36.18,36.73,36.75,36.78,37.05,37.18,38.1,38.4,40.05,40.62,40.87,41.33,41.38,41.5,41.63,43.38,43.65,43.85,43.88,44.37,45.67,45.73,46.17,46.5,46.75,47.17,47.55,47.63,47.65,49.62,49.85,49.98,50.65,51.15,51.67,51.7,51.97,53.12,53.23,53.77,54.08,54.18,54.32,54.65,54.98,55.55,56.47,58.13,58.65,58.93,59.2,59.67,59.92,60.08,60.28,60.63,60.93,61.78,62.58,63.42,63.93,64.13,65.12,66.02,66.55,67.23,67.85,71.32,73.03,73.68,75.1,75.52,79.75,79.93,80.88,81.23,91.85,103.73,109.27,115.65,123.63,131.88,173.28,30.68,31.68,32.1,33.12,33.25,33.48,34.5,35.15,35.52,35.87,36.52,36.63,36.75,39.32,40.37,41.4,41.57,41.57,41.78,43.85,44.05,44.97,45.47,45.93,47.03,47.1,47.35,47.63,48.3,48.38,48.62,48.85,48.88,49,49.87,50.65,50.73,51.07,51.42,51.8,52.08,52.72,52.83,53.23,53.32,53.57,53.68,54,54.12,54.23,54.28,54.5,55.13,55.32,55.65,55.85,56.02,56.15,56.43,56.45,56.58,56.58,57.22,57.77,57.78,58.17,58.43,58.57,58 .58,59.38,59.8,59.87,60.18,60.67,61.35,61.42,61.6,62.07,62.18,62.42,63.07,63.93,64.57,65.2,65.33,65.78,65.8,66.38,66.55,66.78,67.07,67.43,67.57,68.28,68.3,68.32,68.43,68.68,68.82,69,69.55,70.22,70.58,71.42,71.6,72.13,72.17,72.55,72.57,72.67,72.7,72.8,72.8,73.38,73.38,73.67,74.28,75.05,75.4,75.53,75.75,76.6,77.75,78.22,78.42,78.47,78.63,79.27,79.58,79.78,80.18,81.53,81.78,82.17,84.87,85.07,85.2,85.77,86.37,87.25,88.78,88.93,88.98,89.68,91,92.62,93.5,93.83,95.12,97.1,97.23,97.77,98.83,101.47,107.87,108.17,109.07,112.25,112.58,113.53,113.75,119.48,121.32,132.88,139.73,31.95,32.4,35.2,35.35,36.62,36.88,37.62,38.65,39.68,40.05,41.25,41.28,42,42.03,42.23,42.63,42.67,43.02,43.32,43.32,44.23,44.27,44.7,45.08,46.42,48.17,48.25,49.55,50.13,50.85,50.97,51.85,52.28,52.85,52.9,53.13,54.23,54.98,55.45,56.28,56.53,57.33,57.75), dia_doa=rep(c(1:3), c(92,165,43)))
table(dat$dia_doa)
### (r)andom (Pos)itions (dentro de cada dia) {set.seed(765); rPos <- unlist(sapply(unique(dat$dia_doa), function(x) sample(which(dat$dia_doa==x))))}
### set.seed() é pra controle do CMR, considere removê-lo
rDat <- dat[rPos,]; head(rDat) rDat$dia_doa ### observe que não muda ordem dos dias!
dN <- unique(table(dat$dia_doa)) ### dados em cada dia! grp <- NULL; for (n in dN) grp <- c(grp, rep(1:ceiling(n/5), each=5, len=n)) ### grupos dentro de dias
DAT <- cbind(rDat, grp); row.names(DAT) <- NULL; head(DAT) DAT$id <- DAT$dia_doa*1000+DAT$grp ### cria um id/label único para grupos!
### Caso deseje remover dados/grupos incompletos... grp.i <- names(table(DAT$id))[table(DAT$id)<5];grp.i ### grupos incompletos dat.i <- unlist(sapply(grp.i, function(x) which(DAT$id==x))); dat.i ### dados pertencentes a grupos incompletos
DAT[dat.i,] ### linhas dos grupos incompletos DATCompl <- DAT[-dat.i,] ### só grupos completos table(DATCompl$dia_doa) table(DATCompl$id)
###
require(qcc) qcc(qcc.groups(DAT$tempo, DAT$id)) ### todos qcc(qcc.groups(DATCompl$tempo, DATCompl$id)) ### somente completos ### </code>
Éder Comunello <comunello.eder@gmail.com>
Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W] -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: < http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/451376a0/attac...
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Message: 3 Date: Fri, 21 Mar 2014 10:26:15 -0300 From: "jborssoi ." <joelmirb@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Iteração com optim Message-ID: < CAEFzrQsPbZ_DxKqC5w3iSYP7851UZaqqCdTUUikwBTnVeSShPA@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Caros, tenho 100 amostras e preciso fazer a estimação de parâmetros usando a função optim. Como faço para que, a cada nova estimação, o vetor com o chute inicial ("par") seja atualizado com as estimativas obtidas no passo anterior?
Grato pela ajuda Joelmir -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: < http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/85bdad8e/attac...
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Message: 4 Date: Fri, 21 Mar 2014 09:55:59 -0400 From: Diogo Ferrari <diogoferrari@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Iteração com optim Message-ID: < CAEvjS8Lwo0C5DuQUisvNfATUJ6Zy3Qcao_pa_UxM5jA5G_2eDg@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Nao sei se compreendi bem sua questao, mas acredito q optim faz exatamente isso automaticamente. On Mar 21, 2014 9:26 AM, "jborssoi ." <joelmirb@gmail.com> wrote:
Caros, tenho 100 amostras e preciso fazer a estimação de parâmetros usando a função optim. Como faço para que, a cada nova estimação, o vetor com o chute inicial ("par") seja atualizado com as estimativas obtidas no passo anterior?
Grato pela ajuda Joelmir
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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Message: 5 Date: Fri, 21 Mar 2014 10:09:24 -0400 From: Éder Comunello <comunello.eder@gmail.com> To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>, Edson Lira <edinhoestat@yahoo.com.br> Subject: Re: [R-br] Grárico de controle Message-ID: < CABmC8gkK_HxJ7wGUqsUhounM84TPkQgzd6ZHcA7O0VyPWPzqAA@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Edson, bom dia!
Um ponto por dia simplifica bastante o procedimento e você pode dispensar praticamente todo o código anteriormente enviado.
Tendo criado (ou restaurado) o objeto de dados 'dat', utilize:
### qcc.groups(data, sample) qcc.groups(dat$tempo, dat$dia_doa) qcc(qcc.groups(dat$tempo, dat$dia_doa))
Reforçando que serão amostras de tamanhos distintos.
Éder Comunello <c <comunello.eder@gmail.com>omunello.eder@gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
Em 21 de março de 2014 08:47, Edson Lira <edinhoestat@yahoo.com.br
escreveu:
Eder, muito obrigado, ajudou muito, vi que tenho no mesmo dia vários grupos.
Como faço para ter um único resultado por dia? Ou seja, para cada dia um único ponto no gráfico.
[ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas
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Message: 6 Date: Fri, 21 Mar 2014 11:15:50 -0300 From: "walmes ." <walmeszeviani@gmail.com> To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Iteração com optim Message-ID: <CAFU= EkZMw34AABsMzb9r8Ey5KkbZi6rg1UFgpmBcc0u03wfzUA@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Faça com um laço for por exemplo
chute <- ... for(...){ op <- optim(chute, ...) chute <- op$par }
À disposição. Walmes.
-------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: < http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/d078d6db/attac...
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Message: 7 Date: Fri, 21 Mar 2014 15:16:27 +0100 From: Wagner Bonat <wbonat@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Iteração com optim Message-ID: <CANt= 4MhG-eB4uOTxSCzmJrdm1aEbpmXa3LF6ax3c_OsaDAfgdw@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
O que vc quer dizer com 100 amostras ?? Vc tem 100 conjuntos de dados diferentes e quer estimar para cada um determinado modelo ... Nao consegui entender ... Que metodo vc quer usar para inferencia ??
Em 21 de março de 2014 14:55, Diogo Ferrari <diogoferrari@gmail.com
escreveu:
Nao sei se compreendi bem sua questao, mas acredito q optim faz exatamente isso automaticamente. On Mar 21, 2014 9:26 AM, "jborssoi ." <joelmirb@gmail.com> wrote:
Caros, tenho 100 amostras e preciso fazer a estimação de parâmetros usando a função optim. Como faço para que, a cada nova estimação, o vetor com o chute inicial ("par") seja atualizado com as estimativas obtidas no passo anterior?
Grato pela ajuda Joelmir
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-- Wagner Hugo Bonat LEG - Laboratório de Estatística e Geoinformação UFPR - Universidade Federal do Paraná -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: < http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/a5d6012f/attac...
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Message: 8 Date: Fri, 21 Mar 2014 11:23:04 -0300 From: "jborssoi ." <joelmirb@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Iteração com optim Message-ID: < CAEFzrQuNS+oj9FmamJJkmUtp9zp8rYhHXknMdawxnxcmRE151A@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Olá Wagner, é isso... tenho 100 conjuntos de dados. Eu preciso maximizar o vetor de parâmetros para a primeira amostra. Já para a segunda (e assim por diante) o optim deve utilizar o vetor obtido para a primeira amostra (e assim por diante). Imagino algo do tipo: for(i in 1:J){ maxL.rep <- optim(par=???, fn, gr, method="BFGS", control=list(fnscale=-1,maxit=1000),y=W1$y[,i], u=W1$u[,i], X=d[,c(1,2)], Z=Zi, sigma.e=1) }
mas não sei como fazer para que o optim atualize "par".
abraço
Em 21 de março de 2014 11:16, Wagner Bonat <wbonat@gmail.com> escreveu:
O que vc quer dizer com 100 amostras ?? Vc tem 100 conjuntos de dados diferentes e quer estimar para cada um determinado modelo ... Nao consegui entender ... Que metodo vc quer usar para inferencia ??
Em 21 de março de 2014 14:55, Diogo Ferrari <diogoferrari@gmail.com escreveu:
Nao sei se compreendi bem sua questao, mas acredito q optim faz exatamente
isso automaticamente. On Mar 21, 2014 9:26 AM, "jborssoi ." <joelmirb@gmail.com> wrote:
Caros, tenho 100 amostras e preciso fazer a estimação de parâmetros usando a função optim. Como faço para que, a cada nova estimação, o vetor com o chute inicial ("par") seja atualizado com as estimativas obtidas no passo anterior?
Grato pela ajuda Joelmir
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Message: 9 Date: Fri, 21 Mar 2014 15:36:43 +0100 From: Wagner Bonat <wbonat@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Iteração com optim Message-ID: <CANt= 4Mh5gG2QAodJvBDv+3R9vZs3_wf+qRnGZ9Bo0iV-NjjYhw@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Talvez isso ajude !
ll <- function(mu,x){-sum(dnorm(x,mean=mu, sd=1,log=TRUE))} ll(mu = 0, x = rnorm(10)) dados <- matrix(rnorm(1000), ncol=100, nrow=10) saida <- list() saida[1][[1]] <- optim(par= 0, f = ll, x = dados[,1], method="Brent", upper = 10, lower = -10) saida[1][[1]]$par for(i in 2:100){ print(saida[c(i-1)][[1]]$par) saida[i][[1]] <- optim(par= saida[c(i-1)][[1]]$par, f = ll, x = dados[,i], method="Brent", upper = 10, lower = -10) }
Em 21 de março de 2014 15:23, jborssoi . <joelmirb@gmail.com> escreveu:
Olá Wagner, é isso... tenho 100 conjuntos de dados. Eu preciso maximizar o vetor de parâmetros para a primeira amostra. Já para a segunda (e assim por diante) o optim deve utilizar o vetor obtido para a primeira amostra (e assim por diante). Imagino algo do tipo: for(i in 1:J){ maxL.rep <- optim(par=???, fn, gr, method="BFGS", control=list(fnscale=-1,maxit=1000),y=W1$y[,i], u=W1$u[,i], X=d[,c(1,2)], Z=Zi, sigma.e=1) }
mas não sei como fazer para que o optim atualize "par".
abraço
Em 21 de março de 2014 11:16, Wagner Bonat <wbonat@gmail.com> escreveu:
O que vc quer dizer com 100 amostras ?? Vc tem 100 conjuntos de dados
diferentes e quer estimar para cada um determinado modelo ... Nao consegui entender ... Que metodo vc quer usar para inferencia ??
Em 21 de março de 2014 14:55, Diogo Ferrari <diogoferrari@gmail.com escreveu:
Nao sei se compreendi bem sua questao, mas acredito q optim faz
exatamente isso automaticamente. On Mar 21, 2014 9:26 AM, "jborssoi ." <joelmirb@gmail.com> wrote:
Caros, tenho 100 amostras e preciso fazer a estimação de parâmetros usando a função optim. Como faço para que, a cada nova estimação, o vetor com o chute inicial ("par") seja atualizado com as estimativas obtidas no passo anterior?
Grato pela ajuda Joelmir
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Message: 10 Date: Fri, 21 Mar 2014 07:57:30 -0700 (PDT) From: Edson Lira <edinhoestat@yahoo.com.br> To: "ecomunel@gmail.com" <ecomunel@gmail.com>, "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Grárico de controle Message-ID: <1395413850.17732.YahooMailNeo@web160101.mail.bf1.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Era isso mesmo que precisava.
Agora tenho as seguintes perguntas:
Como faço para fixar os limites em 2 sigmas, usando o comando que vi no help não funcionou, não sei por que. Quando uso size ele fixa, mas não me permite mexer no nsigma. tem algo que não estou sabendo fazer.
Veja se você consegue alguma sugestão.
Muito obrigado pela sua atenção Eder.
[ ]'s.
Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas
Em Sexta-feira, 21 de Março de 2014 10:09, Éder Comunello < comunello.eder@gmail.com> escreveu:
Edson, bom dia!
Um ponto por dia simplifica bastante o procedimento e você pode dispensar praticamente todo o código anteriormente enviado.
Tendo criado (ou restaurado) o objeto de dados 'dat', utilize:
### qcc.groups(data, sample) qcc.groups(dat$tempo, dat$dia_doa) qcc(qcc.groups(dat$tempo, dat$dia_doa))
Reforçando que serão amostras de tamanhos distintos.
Éder Comunello <comunello.eder@gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
Em 21 de março de 2014 08:47, Edson Lira <edinhoestat@yahoo.com.br> escreveu:
Eder, muito obrigado, ajudou muito, vi que tenho no mesmo dia vários grupos.
Como faço para ter um único resultado por dia? Ou seja, para cada dia um
único ponto no gráfico.
[ ]'s.
Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas
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