
Olá Estou tentando estimar a prevalência de uma doença (True Prevalence), através de um modelo Bayesiano (Joseph L, Gyorkos TW, Coupal L Bayesian estimation of disease prevalence and the parameters of diagnostic tests in the absence of a gold standard Am J Epidemiol 1995,141:263-72.) Para isso estou usando a biblioteca (R2WinBUGS) e modelando através de distribuição Binomial Negativa ##Parameterized by p and r: model { for( i in 1 : N ) { y[i] ~ dnegbin( p , r ) } p ~ dbeta(1.001,1.001) r ~ dgamma(0.01,0.01) m <- r*(1-p)/p v <- r*(1-p)/(p*p) } Porém quando rodo o modelo: N <-nrow(dados1) y <-dados1$esqui data <- list("N", "y") inits <- function(){list(p=rbeta(N,1.001,1.001),r=rgamma(1,0.01,0.01))} esqui.sim <- bugs(data, inits, model.file = "esqui.bugs", parameters = c("p", "r"), n.chains = 2, n.iter = 1000, bugs.directory = "C:/Users/sergio/Downloads/winbugs14",debug=T) Aparece o seguinte erro no log: display(log) check(C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/esqui.bugs.txt) model is syntactically correct data(C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/data.txt) expected collection operator c compile(2) inits(1,C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/inits1.txt) command #Bugs:inits cannot be executed (is greyed out) inits(2,C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/inits2.txt) command #Bugs:inits cannot be executed (is greyed out) gen.inits() command #Bugs:gen.inits cannot be executed (is greyed out) thin.updater(1) update(500) command #Bugs:update cannot be executed (is greyed out) set(p) command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out) set(r) command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out) set(deviance) command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out) dic.set() command #Bugs:dic.set cannot be executed (is greyed out) update(500) command #Bugs:update cannot be executed (is greyed out) coda(*,C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/coda) command #Bugs:coda cannot be executed (is greyed out) stats(*) command #Bugs:stats cannot be executed (is greyed out) dic.stats() DIC history(*,C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/history.odc) command #Bugs:history cannot be executed (is greyed out) save(C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/log.odc) save(C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/log.txt) O que estou fazendo de errado? Abraços -- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 94429486/78101651 id: 123*20942

Olá Sérgio, Altere o inits para inits <- function(){list(p=rbeta(N,1.001,1.001),r=rgamma(N,0.01,0.01))} Abraço Márcio Nicolau Send from mobile Em 11/05/2012, às 11:55, Sérgio Henrique almeida da silva ju<sergio.edfisica@gmail.com> escreveu:
inits <- function(){list(p=rbeta(N,1.001,1.001),r=rgamma(1,0.01,0.01))}

Oi Márcio Mesmo fazendo essa modificação o erro persiste. Abraços Em 11 de maio de 2012 12:46, Marcio Nicolau <marcio.nicolau@gmail.com> escreveu:
Olá Sérgio,
Altere o inits para
inits <- function(){list(p=rbeta(N,1.001,1.001),r=rgamma(N,0.01,0.01))}
Abraço
Márcio Nicolau Send from mobile
Em 11/05/2012, às 11:55, Sérgio Henrique almeida da silva ju<sergio.edfisica@gmail.com> escreveu:
inits <- function(){list(p=rbeta(N,1.001,1.001),r=rgamma(1,0.01,0.01))}
R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 94429486/78101651 id: 123*20942

Olá Sérgio. Tb aconteceu comigo. Estou ajudando uma aluna da Ensp tb e usando a mesma modelagem com dados espaço-temporais. Até achei que fosse problema no pacote, e estou tentando rodar diretamente no WinBugs. Alguns modelos tive êxito. Abs. ________________________________ De: Sérgio Henrique almeida da silva ju <sergio.edfisica@gmail.com> Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Sexta-feira, 11 de Maio de 2012 11:55 Assunto: [R-br] Modelo Bayesiano Olá Estou tentando estimar a prevalência de uma doença (True Prevalence), através de um modelo Bayesiano (Joseph L, Gyorkos TW, Coupal L Bayesian estimation of disease prevalence and the parameters of diagnostic tests in the absence of a gold standard Am J Epidemiol 1995,141:263-72.) Para isso estou usando a biblioteca (R2WinBUGS) e modelando através de distribuição Binomial Negativa ##Parameterized by p and r: model { for( i in 1 : N ) { y[i] ~ dnegbin( p , r ) } p ~ dbeta(1.001,1.001) r ~ dgamma(0.01,0.01) m <- r*(1-p)/p v <- r*(1-p)/(p*p) } Porém quando rodo o modelo: N <-nrow(dados1) y <-dados1$esqui data <- list("N", "y") inits <- function(){list(p=rbeta(N,1.001,1.001),r=rgamma(1,0.01,0.01))} esqui.sim <- bugs(data, inits, model.file = "esqui.bugs", parameters = c("p", "r"), n.chains = 2, n.iter = 1000, bugs.directory = "C:/Users/sergio/Downloads/winbugs14",debug=T) Aparece o seguinte erro no log: display(log) check(C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/esqui.bugs.txt) model is syntactically correct data(C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/data.txt) expected collection operator c compile(2) inits(1,C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/inits1.txt) command #Bugs:inits cannot be executed (is greyed out) inits(2,C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/inits2.txt) command #Bugs:inits cannot be executed (is greyed out) gen.inits() command #Bugs:gen.inits cannot be executed (is greyed out) thin.updater(1) update(500) command #Bugs:update cannot be executed (is greyed out) set(p) command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out) set(r) command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out) set(deviance) command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out) dic.set() command #Bugs:dic.set cannot be executed (is greyed out) update(500) command #Bugs:update cannot be executed (is greyed out) coda(*,C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/coda) command #Bugs:coda cannot be executed (is greyed out) stats(*) command #Bugs:stats cannot be executed (is greyed out) dic.stats() DIC history(*,C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/history.odc) command #Bugs:history cannot be executed (is greyed out) save(C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/log.odc) save(C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/log.txt) O que estou fazendo de errado? Abraços -- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 94429486/78101651 id: 123*20942 _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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