Boa noite pessoal,estou trabalhando com o desenvolvimento matricial dos efeitos dialélicos dos modelos de Griffing no R.No entanto, estou tendo dificuldade para adaptar a matriz CR (mostrada abaixo) para a matriz CR1 (mostrada abaixo) que codifica os efeitos recíprocos. Qualquer sugestão é bem vinda.diall = structure(c(1L, 2L, 3L, 4L, 2L, 5L, 6L, 7L, 3L, 6L, 8L, 9L, 4L, 7L, 9L, 10L), .Label = c("1", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10"), class = "factor")mat <- model.matrix(~-1+diall)mat[,colSums(mat)==1] = 0CR = matCR1 <- structure(c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), .Dim = c(16L, 10L), .Dimnames = list(c("1", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10", "11", "12", "13", "14", "15", "16"), c("dia1", "dia2", "dia3", "dia4", "dia5", "dia6", "dia7", "dia8", "dia9", "dia10")), assign = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), contrasts = structure(list(dia = "contr.treatment"), .Names = "dia")) Att.Tiago. ################################################################# Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas #################################################################
Tendi foi nada... Atenciosamente, David Feitosa (\_(\ (=°;°) (("")("") Em 15 de outubro de 2014 19:29, Tiago Souza Marçal < tiagosouzamarcal@hotmail.com> escreveu:
Boa noite pessoal,
estou trabalhando com o desenvolvimento matricial dos efeitos dialélicos dos modelos de Griffing no R.
No entanto, estou tendo dificuldade para adaptar a matriz CR (mostrada abaixo) para a matriz CR1 (mostrada abaixo) que codifica
os efeitos recíprocos. Qualquer sugestão é bem vinda.
diall = structure(c(1L, 2L, 3L, 4L, 2L, 5L, 6L, 7L, 3L, 6L, 8L, 9L, 4L, 7L, 9L, 10L), .Label = c("1", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10"), class = "factor")
mat <- model.matrix(~-1+diall)
mat[,colSums(mat)==1] = 0
CR = mat
CR1 <- structure(c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), .Dim = c(16L, 10L), .Dimnames = list(c("1", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10", "11", "12", "13", "14", "15", "16"), c("dia1", "dia2", "dia3", "dia4", "dia5", "dia6", "dia7", "dia8", "dia9", "dia10")), assign = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), contrasts = structure(list(dia = "contr.treatment"), .Names = "dia"))
Att.
Tiago.
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Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES
Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas
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Bem, eu confesso que também não teria entendido nada se eu tivesse um tiquinho de conhecimento bem pequeno em experimento dialelo. Do pouco que sei e nas vezes que precisei, tive que gerar a matriz que você menciona e fiz isso a partir da informação dos genitores. O CMR abaixo mostra como obter uma matrix com 1 e -1 em cada linha para genitor I e genitor II (não deveria ser 0.5 e 0.5 haja visto que o genótipo resultante tem como esperado 0.5 do efeito aditivo de cada genitor? Enfim...). ## 5 genótipos. Dialelo completo. gen <- gl(5,1) ## m <- diag(nlevels(gen)) ## U <- upper.tri(m) ## cbind(col(m)[U], row(m)[U]) da <- as.data.frame(t(combn(5, 2))) ## Equivalente porém mais conveniente. names(da) <- c("genitor1","genitor2") da <- transform(da, genitor1=factor(genitor1, levels(gen)), genitor2=factor(genitor2, levels(gen))) levels(da$genitor1) levels(da$genitor2) X1 <- model.matrix(~0+genitor1, da) X2 <- model.matrix(~0+genitor2, da) X <- X1-X2 da$y <- rnorm(nrow(X)) lm(da$y~0+X) À disposição. Walmes.
Obrigado pelas considerações Walmes. A tal matriz que enviei é só parte de uma matriz maior que codifica efeitos dos cruzamentos, blocos, capacidade de combinação geral, capacidade de combinação especifica, efeito materno e efeito recíproco. A matriz de incidência para os efeitos recíprocos codifica as diferenças observadas referentes a alternância dos genitores (fêmea-macho / macho-fêmea) e no caso os efeitos codificados por ela nos informa quem deve ser o genitor feminino e quem deve ser o masculino. Tal rotina que estou trabalhando foi implementada no SAS na dissertação <http://www.cm.colpos.mx/2010/images/tesis/tesis_osval.pdf>. Agora estou implementando em R. Minha dúvida na verdade era como formar contrastes entre os cruzamentos recíprocos na matriz CR do post. Desculpe pela falta de clareza na mensagem anterior. Agradeço pela ajuda. Att. Tiago. ################################################################# Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas ################################################################# Date: Wed, 15 Oct 2014 23:56:23 -0300 From: walmeszeviani@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] ADAPTAR UMA MATRIZ NO R Bem, eu confesso que também não teria entendido nada se eu tivesse um tiquinho de conhecimento bem pequeno em experimento dialelo. Do pouco que sei e nas vezes que precisei, tive que gerar a matriz que você menciona e fiz isso a partir da informação dos genitores. O CMR abaixo mostra como obter uma matrix com 1 e -1 em cada linha para genitor I e genitor II (não deveria ser 0.5 e 0.5 haja visto que o genótipo resultante tem como esperado 0.5 do efeito aditivo de cada genitor? Enfim...). ## 5 genótipos. Dialelo completo. gen <- gl(5,1) ## m <- diag(nlevels(gen)) ## U <- upper.tri(m) ## cbind(col(m)[U], row(m)[U]) da <- as.data.frame(t(combn(5, 2))) ## Equivalente porém mais conveniente. names(da) <- c("genitor1","genitor2") da <- transform(da, genitor1=factor(genitor1, levels(gen)), genitor2=factor(genitor2, levels(gen))) levels(da$genitor1) levels(da$genitor2) X1 <- model.matrix(~0+genitor1, da) X2 <- model.matrix(~0+genitor2, da) X <- X1-X2 da$y <- rnorm(nrow(X)) lm(da$y~0+X) À disposição. Walmes. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
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