MCMCglmm - Contraste
Bom pessoal , Venho mais uma vez discutir uma duvida computacional e teorica. imaginem o seguinte modelo: require(MCMCglmm) dados <- expand.grid(LOCAL=factor(1:2), TRAT1=factor(1:2), TRAT2=LETTERS[1:4], DATA=factor(1:10), REP=1:3) head(dados) dados$RESP <- rpois(nrow(dados),5) model<-MCMCglmm(RESP~LOCAL/TRAT1/TRAT2, random=~DATA,family='poisson', data=dados, verbose=FALSE) summary(model) Dentro deste modelo meu interesse principal é o TRAT2 (4 níveis), pelo resultado mostrado a matriz de efeitos fixos X é montada contrastando os níveis B C e D com A, porem gostaria de outros constastes como por exemplo : ## Contraste (LOCAL1:TRAT11:TRAT2B) - (LOCAL1:TRAT11:TRAT2C) se tivesse a posteriori direta apenas de B e C bastaria fazer apenas uma menos a outra porem como tenho ela B-A e C-A, eu creio não poder fazer isso, ou estou equivocado? Uma das opções que tentei foi mudar o data.frame(dados) alterando a ordem de TRAT2 esperando que mudasse a configuração dos contraste mais isso não aconteceu, ou fiz errado, desta forma alguém tem uma dica de como mudar este matriz para que eu obtenhas os outros contrastes desejados? Ate mais Éder
Eder, se vc fizer post.bc <- model$Sol[,5] - model$Sol[,10] isso seria a posteriori desse contraste? Att. Elias T. Krainski ----- Mensagem original -----
De: Eder David Borges da Silva <eder@leg.ufpr.br> Para: R-br@listas.c3sl.ufpr.br Cc: Enviadas: Quarta-feira, 14 de Dezembro de 2011 9:38 Assunto: [R-br] MCMCglmm - Contraste
Bom pessoal , Venho mais uma vez discutir uma duvida computacional e teorica. imaginem o seguinte modelo: require(MCMCglmm) dados <- expand.grid(LOCAL=factor(1:2), TRAT1=factor(1:2), TRAT2=LETTERS[1:4], DATA=factor(1:10), REP=1:3) head(dados) dados$RESP <- rpois(nrow(dados),5) model<-MCMCglmm(RESP~LOCAL/TRAT1/TRAT2, random=~DATA,family='poisson', data=dados, verbose=FALSE) summary(model)
Dentro deste modelo meu interesse principal é o TRAT2 (4 níveis), pelo resultado mostrado a matriz de efeitos fixos X é montada contrastando os níveis B C e D com A, porem gostaria de outros constastes como por exemplo : ## Contraste (LOCAL1:TRAT11:TRAT2B) - (LOCAL1:TRAT11:TRAT2C) se tivesse a posteriori direta apenas de B e C bastaria fazer apenas uma menos a outra porem como tenho ela B-A e C-A, eu creio não poder fazer isso, ou estou equivocado? Uma das opções que tentei foi mudar o data.frame(dados) alterando a ordem de TRAT2 esperando que mudasse a configuração dos contraste mais isso não aconteceu, ou fiz errado, desta forma alguém tem uma dica de como mudar este matriz para que eu obtenhas os outros contrastes desejados? Ate mais Éder _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Elias, Fazendo, post.bc <- model$Sol[,5] - model$Sol[,9] estaria fazendo, (LOCAL1:TRAT11:TRAT2B) - (LOCAL1:TRAT11:TRAT2C) em resumo o contraste (B-A) - (C-A), minha duvida é se isso anula o efeito de A e tenho apenas o efeito de (B) - (C), se isso for possível de ser feito, esta resolvido o problema. Att Em 14 de dezembro de 2011 14:05, Elias T. Krainski <eliaskrainski@yahoo.com.br> escreveu:
Eder, se vc fizer
post.bc <- model$Sol[,5] - model$Sol[,10] isso seria a posteriori desse contraste?
Att.
Elias T. Krainski
----- Mensagem original -----
De: Eder David Borges da Silva <eder@leg.ufpr.br> Para: R-br@listas.c3sl.ufpr.br Cc: Enviadas: Quarta-feira, 14 de Dezembro de 2011 9:38 Assunto: [R-br] MCMCglmm - Contraste
Bom pessoal , Venho mais uma vez discutir uma duvida computacional e teorica. imaginem o seguinte modelo: require(MCMCglmm) dados <- expand.grid(LOCAL=factor(1:2), TRAT1=factor(1:2), TRAT2=LETTERS[1:4], DATA=factor(1:10), REP=1:3) head(dados) dados$RESP <- rpois(nrow(dados),5) model<-MCMCglmm(RESP~LOCAL/TRAT1/TRAT2, random=~DATA,family='poisson', data=dados, verbose=FALSE) summary(model)
Dentro deste modelo meu interesse principal é o TRAT2 (4 níveis), pelo resultado mostrado a matriz de efeitos fixos X é montada contrastando os níveis B C e D com A, porem gostaria de outros constastes como por exemplo : ## Contraste (LOCAL1:TRAT11:TRAT2B) - (LOCAL1:TRAT11:TRAT2C) se tivesse a posteriori direta apenas de B e C bastaria fazer apenas uma menos a outra porem como tenho ela B-A e C-A, eu creio não poder fazer isso, ou estou equivocado? Uma das opções que tentei foi mudar o data.frame(dados) alterando a ordem de TRAT2 esperando que mudasse a configuração dos contraste mais isso não aconteceu, ou fiz errado, desta forma alguém tem uma dica de como mudar este matriz para que eu obtenhas os outros contrastes desejados? Ate mais Éder _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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