Boa tarde pessoal, Estou tentando instalar o pacote r5r no RStudio e recebo esta mensagem de erro (Uso Ubuntu 22.04x64), como resolvo?Alguma dica? configure: error: Java Development Kit (JDK) is missing or not registered in R Make sure R is configured with full Java support (including JDK). Run R CMD javareconf as root to add Java support to R. If you don't have root privileges, run R CMD javareconf -e to set all Java-related variables and then install rJava. ERROR: configuration failed for package ‘rJava’ * removing ‘/home/analista/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.3/rJava’
Executei no terminal R CMD javareconf e recebi esta mensagem: sudo R CMD javareconf Java interpreter : /usr/lib/jvm/default-java/bin/java Java version : 11.0.22 Java home path : /usr/lib/jvm/default-java Java compiler : /usr/bin/javac Java headers gen.: Java archive tool: /usr/bin/jar trying to compile and link a JNI program detected JNI cpp flags : detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm using C compiler: ‘gcc (Ubuntu 11.4.0-1ubuntu1~22.04) 11.4.0’ gcc -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -fpic -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/r-base-14Q6vq/r-base-4.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -c conftest.c -o conftest.o conftest.c:1:10: fatal error: jni.h: Arquivo ou diretório inexistente 1 | #include <jni.h> | ^~~~~~~ compilation terminated. make: *** [/usr/lib/R/etc/Makeconf:191: conftest.o] Erro 1 Unable to compile a JNI program JAVA_HOME : /usr/lib/jvm/default-java Java library path: JNI cpp flags : JNI linker flags : Updating Java configuration in /usr/lib/R Done. Em 19/03/2024 15:35, Márcio Midon escreveu:
Boa tarde pessoal,
Estou tentando instalar o pacote r5r no RStudio e recebo esta mensagem de erro (Uso Ubuntu 22.04x64), como resolvo?Alguma dica?
configure: error: Java Development Kit (JDK) is missing or not registered in R Make sure R is configured with full Java support (including JDK). Run R CMD javareconf as root to add Java support to R. If you don't have root privileges, run R CMD javareconf -e to set all Java-related variables and then install rJava. ERROR: configuration failed for package ‘rJava’ * removing ‘/home/analista/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.3/rJava’
Java problems: Dê uma olhada aqui para um norte (ou para desistir de vez). https://stackoverflow.com/questions/42562160/r-cmd-javareconf-not-finding-jn... On 19/03/2024 14:54, Márcio Midon por (R-br) wrote:
conftest.c:1:10: fatal error: jni.h
Atenciosamente
Rodolfo... Resolvi uma parte mas tenho este log de erro ao instalar rjava e r5r. (em anexo). Att Marcio Midon. Em 19/03/2024 16:10, Rodolfo Timoteo da Silva por (R-br) escreveu:
Java problems:
Dê uma olhada aqui para um norte (ou para desistir de vez).
https://stackoverflow.com/questions/42562160/r-cmd-javareconf-not-finding-jn...
On 19/03/2024 14:54, Márcio Midon por (R-br) wrote:
conftest.c:1:10: fatal error: jni.h
Atenciosamente
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
On Tue, 19 Mar 2024, 22:35 Márcio Midon por (R-br), < r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
Rodolfo...
Resolvi uma parte mas tenho este log de erro ao instalar rjava e r5r. (em anexo).
Att
Marcio Midon.
Em 19/03/2024 16:10, Rodolfo Timoteo da Silva por (R-br) escreveu:
Java problems:
Dê uma olhada aqui para um norte (ou para desistir de vez).
https://stackoverflow.com/questions/42562160/r-cmd-javareconf-not-finding-jn...
On 19/03/2024 14:54, Márcio Midon por (R-br) wrote:
conftest.c:1:10: fatal error: jni.h
Atenciosamente
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo
reproduzível._______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
No Ubuntu, a libcurl é uma biblioteca de sistema e é usada por programas para fazer download usando URLs. Uma vez instalada essa mensagem deve sumir. On Tue, Apr 2, 2024 at 11:57 AM Daniel Guimarães Tiezzi por (R-br) < r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
On Tue, 19 Mar 2024, 22:35 Márcio Midon por (R-br), < r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
Rodolfo...
Resolvi uma parte mas tenho este log de erro ao instalar rjava e r5r. (em anexo).
Att
Marcio Midon.
Em 19/03/2024 16:10, Rodolfo Timoteo da Silva por (R-br) escreveu:
Java problems:
Dê uma olhada aqui para um norte (ou para desistir de vez).
https://stackoverflow.com/questions/42562160/r-cmd-javareconf-not-finding-jn...
On 19/03/2024 14:54, Márcio Midon por (R-br) wrote:
conftest.c:1:10: fatal error: jni.h
Atenciosamente
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reproduzível._______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Se você ler este log atentamente verificará que faltam várias coisas no seu ambiente: gfortran: not found libcurl was not found Adicionalmente: /usr/bin/ld: não foi possível localizar -lpcre2-8: Arquivo ou diretório inexistente /usr/bin/ld: não foi possível localizar -llzma: Arquivo ou diretório inexistente /usr/bin/ld: não foi possível localizar -lbz2: Arquivo ou diretório inexistente Você vai precisar pesquisar quais pacotes no seu ambiente são possíveis de corrigir estas ausências. Atenciosamente On 19/03/2024 21:35, Márcio Midon por (R-br) wrote:
Rodolfo...
Resolvi uma parte mas tenho este log de erro ao instalar rjava e r5r. (em anexo).
Att
Marcio Midon.
Em 19/03/2024 16:10, Rodolfo Timoteo da Silva por (R-br) escreveu:
Java problems:
Dê uma olhada aqui para um norte (ou para desistir de vez).
https://stackoverflow.com/questions/42562160/r-cmd-javareconf-not-finding-jn...
On 19/03/2024 14:54, Márcio Midon por (R-br) wrote:
conftest.c:1:10: fatal error: jni.h
Atenciosamente
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Ola grupo, Fiz as instalações pedidas mas a única que o app não encontra é a *llzma.* Instalei via Synaptic. Segue novo log. em anexo. Em 20/03/2024 08:20, Rodolfo Timoteo da Silva por (R-br) escreveu:
Se você ler este log atentamente verificará que faltam várias coisas no seu ambiente:
gfortran: not found
libcurl was not found
Adicionalmente:
/usr/bin/ld: não foi possível localizar -lpcre2-8: Arquivo ou diretório inexistente /usr/bin/ld: não foi possível localizar -llzma: Arquivo ou diretório inexistente /usr/bin/ld: não foi possível localizar -lbz2: Arquivo ou diretório inexistente
Você vai precisar pesquisar quais pacotes no seu ambiente são possíveis de corrigir estas ausências.
Atenciosamente
On 19/03/2024 21:35, Márcio Midon por (R-br) wrote:
Rodolfo...
Resolvi uma parte mas tenho este log de erro ao instalar rjava e r5r. (em anexo).
Att
Marcio Midon.
Em 19/03/2024 16:10, Rodolfo Timoteo da Silva por (R-br) escreveu:
Java problems:
Dê uma olhada aqui para um norte (ou para desistir de vez).
https://stackoverflow.com/questions/42562160/r-cmd-javareconf-not-finding-jn...
On 19/03/2024 14:54, Márcio Midon por (R-br) wrote:
conftest.c:1:10: fatal error: jni.h
Atenciosamente
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R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Não sou usuário da distro em questão, mas jogando algo como "ubuntu 22 lzma" apareceu os nomes lzma e lzma-dev. O melhor seria consultar a comunidade ubuntu qual o nome do pacote em questão. Atenciosamente On 20/03/2024 15:08, Márcio Midon por (R-br) wrote:
Ola grupo,
Fiz as instalações pedidas mas a única que o app não encontra é a *llzma.* Instalei via Synaptic.
Segue novo log. em anexo.
Em 20/03/2024 08:20, Rodolfo Timoteo da Silva por (R-br) escreveu:
Se você ler este log atentamente verificará que faltam várias coisas no seu ambiente:
gfortran: not found
libcurl was not found
Adicionalmente:
/usr/bin/ld: não foi possível localizar -lpcre2-8: Arquivo ou diretório inexistente /usr/bin/ld: não foi possível localizar -llzma: Arquivo ou diretório inexistente /usr/bin/ld: não foi possível localizar -lbz2: Arquivo ou diretório inexistente
Você vai precisar pesquisar quais pacotes no seu ambiente são possíveis de corrigir estas ausências.
Atenciosamente
On 19/03/2024 21:35, Márcio Midon por (R-br) wrote:
Rodolfo...
Resolvi uma parte mas tenho este log de erro ao instalar rjava e r5r. (em anexo).
Att
Marcio Midon.
Em 19/03/2024 16:10, Rodolfo Timoteo da Silva por (R-br) escreveu:
Java problems:
Dê uma olhada aqui para um norte (ou para desistir de vez).
https://stackoverflow.com/questions/42562160/r-cmd-javareconf-not-finding-jn...
On 19/03/2024 14:54, Márcio Midon por (R-br) wrote:
conftest.c:1:10: fatal error: jni.h
Atenciosamente
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instale ambas para os pacotes que veem em formato fonte apenas a lzma-dev será necessária On Wed, Mar 20, 2024 at 4:13 PM Rodolfo Timoteo da Silva por (R-br) < r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
Não sou usuário da distro em questão, mas jogando algo como "ubuntu 22 lzma" apareceu os nomes lzma e lzma-dev.
O melhor seria consultar a comunidade ubuntu qual o nome do pacote em questão.
Atenciosamente
On 20/03/2024 15:08, Márcio Midon por (R-br) wrote:
Ola grupo,
Fiz as instalações pedidas mas a única que o app não encontra é a *llzma.* Instalei via Synaptic.
Segue novo log. em anexo. Em 20/03/2024 08:20, Rodolfo Timoteo da Silva por (R-br) escreveu:
Se você ler este log atentamente verificará que faltam várias coisas no seu ambiente:
gfortran: not found
libcurl was not found
Adicionalmente:
/usr/bin/ld: não foi possível localizar -lpcre2-8: Arquivo ou diretório inexistente /usr/bin/ld: não foi possível localizar -llzma: Arquivo ou diretório inexistente /usr/bin/ld: não foi possível localizar -lbz2: Arquivo ou diretório inexistente
Você vai precisar pesquisar quais pacotes no seu ambiente são possíveis de corrigir estas ausências.
Atenciosamente
On 19/03/2024 21:35, Márcio Midon por (R-br) wrote:
Rodolfo...
Resolvi uma parte mas tenho este log de erro ao instalar rjava e r5r. (em anexo).
Att
Marcio Midon.
Em 19/03/2024 16:10, Rodolfo Timoteo da Silva por (R-br) escreveu:
Java problems:
Dê uma olhada aqui para um norte (ou para desistir de vez).
https://stackoverflow.com/questions/42562160/r-cmd-javareconf-not-finding-jn...
On 19/03/2024 14:54, Márcio Midon por (R-br) wrote:
conftest.c:1:10: fatal error: jni.h
Atenciosamente
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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Rodolfo, Instalei a dependencia em python que faltava e agora tenho este log (em anexo) com erro ao tentar instalar o rjava. Sempre seleciono instalar dependencias. Cordialmente, Marcio Midon. Em 19/03/2024 16:10, Rodolfo Timoteo da Silva por (R-br) escreveu:
Java problems:
Dê uma olhada aqui para um norte (ou para desistir de vez).
https://stackoverflow.com/questions/42562160/r-cmd-javareconf-not-finding-jn...
On 19/03/2024 14:54, Márcio Midon por (R-br) wrote:
conftest.c:1:10: fatal error: jni.h
Atenciosamente
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Tente fazer como sugerido na mensagem de erro: Como root: R CMD javareconf Ou como usuário R CMD javareconf -e Atenciosamente On 19/03/2024 14:35, Márcio Midon por (R-br) wrote:
Boa tarde pessoal,
Estou tentando instalar o pacote r5r no RStudio e recebo esta mensagem de erro (Uso Ubuntu 22.04x64), como resolvo?Alguma dica?
configure: error: Java Development Kit (JDK) is missing or not registered in R Make sure R is configured with full Java support (including JDK). Run R CMD javareconf as root to add Java support to R. If you don't have root privileges, run R CMD javareconf -e to set all Java-related variables and then install rJava. ERROR: configuration failed for package ‘rJava’ * removing ‘/home/analista/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.3/rJava’
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
participantes (4)
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Cesar Rabak -
Daniel Guimarães Tiezzi -
Márcio Midon -
Rodolfo Timoteo da Silva