Re: [R-br] Digest R-br, volume 96, assunto 8
Não funcionou a função prediction. O engraçado é quem nem mensagem de erro mostra. lixo$previsao <-predict(simples, newdata=lixo,interval = "prediction")lixo$previsao <-predict(simples, newdata=lixo,interval = "prediction", level=0.95) segue meu codigo, attach(waste)names(waste)simples <-lm(waste$wastee ~ restrnts)simplesajuste<-fitted(simples)waste$ajuste <-ajusteerro <- (waste$ajuste - waste$wastee)waste$erro<-erroprova <- waste$ajuste-waste$errowaste$prova <-provahead(waste) y<- (0.14685 + 0.01014 * waste$restrnts)waste$y<-y plot(wastee ~ ajuste) head(waste) #Prevendo em novos dados. library(readxl)lixo <- read_excel("Dieretorio/lixo.xlsx")View(lixo) attach(lixo) lixo$previsao <-predict(simples, newdata=lixo,interval="prediction",level=0.95)lixo eu consigo fazer a previsão, mas preciso do intervalo de confiança para previsão. Edmar nsegue Em segunda-feira, 10 de dezembro de 2018 12:00:18 BRST, <r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br@listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner@listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Re: IC para previsao (Elias T. Krainski) 2. Problema para plotar IC para modelo glm Gamma usando stat_smooth() no ggplot2 (ASANTOS) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Sun, 9 Dec 2018 16:54:45 +0000 (UTC) From: "Elias T. Krainski" <eliaskrainski@yahoo.com.br> To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] IC para previsao Message-ID: <815218723.1276327.1544374485235@mail.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Coloca "prediction" On Fri, Dec 7, 2018 at 22:39, Edmar Caldas por (R-br)<r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote: Preciso de uma ajuda para criar o IC para ajuste do modelo de regressão linear simples. não dá nenhuma mensagem de erro, cria somente a previsao do modelo em novos dados. lixo$previsao <-predict(simples, newdata=lixo,interval="confidence",level=0.95)lixo Edmar_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20181209/9931f2c9/attachment-0001.html> -------------- Próxima Parte ---------- Um texto embutido e sem conjunto de caracteres especificado foi limpo... Nome: Untitled Url: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20181209/9931f2c9/attachment-0001.ksh> ------------------------------ Message: 2 Date: Mon, 10 Dec 2018 01:47:12 -0300 From: ASANTOS <alexandre.santos@cas.ifmt.edu.br> To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] Problema para plotar IC para modelo glm Gamma usando stat_smooth() no ggplot2 Message-ID: <8d326872-10b9-06f7-cc1b-564caf54f3e7@cas.ifmt.edu.br> Content-Type: text/plain; charset=utf-8; format=flowed Prezados Membros do R-br, Estou tentando plotar um modelo glm Gamma com stat_smooth() no ggplot2 sem sucesso. Minha ideia é representar o intervalo de confiança para um modelo onde realizei a junção de dois níveis para o fator Feature. Segundo exemplo fictício do meu problema: #Simulação de um banco de dados, onde a variável resposta Production tem distribuição Gamma set.seed(123) d<-NULL N<-50 d$Production <- rgamma(N,10) d$Feature <- ifelse(d$Production >7 & d$Production<10, c("green"),ifelse(d$Production>11, c("red"), c("blue"))) d$Temp<-rnorm(N,20,5) d<-as.data.frame(d) # # Ajusto um modelo de Gamma completo mG<- glm(Production~ Feature + Temp, family= Gamma, data = d) summary(mG) anova(mG,test="Chi") # Comparo os níveis do fator Feature library(multcomp) PW<-summary(glht(mG, linfct = mcp(Feature= "Tukey"))) PW cld(PW) # Faço de conta que os níveis green = blue e realizo um novo ajuste Feature2<-d$Feature levels(Feature2) levels(Feature2)[1]<-"blue&green" levels(Feature2)[2]<-"blue&green" levels(Feature2) d$Feature2<-Feature2 mG2<- glm(Production~ Feature2 + Temp, family= Gamma, data = d) # Crio os valores de predição pred.data = data.frame( Feature2<-d$Feature2, Temp<-d$Temp ) pred.data$Production = predict(mG2, newdata=pred.data, type="response") #Realizo o plot library("ggplot2") ggplot(d, aes(Temp, Production, colour = Feature2)) + geom_point() + geom_line(data=pred.data) + stat_smooth(method = "glm", formula = y ~ x, family = Gamma) # E tenho uma representação errada do intervalo de confiança do meu modelo mG2 porque não consigo fazer a função stat_smooth() considerar o ajuste mG2. Como posso resolver isso? Obrigado -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 99686-6970 (VIVO) (+55) 65 3221-2674 (FIXO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos@cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 - ResearcherID: A-5790-2016 Researchgate: www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn: br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 Mendeley:www.mendeley.com/profiles/alexandre-dos-santos6/ ====================================================================== ------------------------------ Subject: Legenda do Digest _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ------------------------------ Fim da Digest R-br, volume 96, assunto 8 ****************************************
Edmar, O CMR precisa atender a cláusula *reproduzível *se você espera que a gente possa entender seu problema: R version 3.5.1 (2018-07-02) -- "Feather Spray" Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit) R é um software livre e vem sem GARANTIA ALGUMA. Você pode redistribuí-lo sob certas circunstâncias. Digite 'license()' ou 'licence()' para detalhes de distribuição. R é um projeto colaborativo com muitos contribuidores. Digite 'contributors()' para obter mais informações e 'citation()' para saber como citar o R ou pacotes do R em publicações. Digite 'demo()' para demonstrações, 'help()' para o sistema on-line de ajuda, ou 'help.start()' para abrir o sistema de ajuda em HTML no seu navegador. Digite 'q()' para sair do R.
attach(waste) Error in attach(waste) : objeto 'waste' não encontrado
Concorda que não dá para seguir daqui? On Mon, Dec 10, 2018 at 12:08 PM Edmar Caldas por (R-br) < r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
Não funcionou a função prediction. O engraçado é quem nem mensagem de erro mostra.
lixo$previsao <-predict(simples, newdata=lixo,interval = "prediction") lixo$previsao <-predict(simples, newdata=lixo,interval = "prediction", level=0.95)
segue meu codigo,
attach(waste) names(waste) simples <-lm(waste$wastee ~ restrnts) simples ajuste<-fitted(simples) waste$ajuste <-ajuste erro <- (waste$ajuste - waste$wastee) waste$erro<-erro prova <- waste$ajuste-waste$erro waste$prova <-prova head(waste)
y<- (0.14685 + 0.01014 * waste$restrnts) waste$y<-y
plot(wastee ~ ajuste)
head(waste)
#Prevendo em novos dados.
library(readxl) lixo <- read_excel("Dieretorio/lixo.xlsx") View(lixo)
attach(lixo)
lixo$previsao <-predict(simples, newdata=lixo,interval="prediction",level=0.95) lixo
eu consigo fazer a previsão, mas preciso do intervalo de confiança para previsão.
Edmar nsegue
Em segunda-feira, 10 de dezembro de 2018 12:00:18 BRST, < r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br
Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner@listas.c3sl.ufpr.br
Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."
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1. Re: IC para previsao (Elias T. Krainski) 2. Problema para plotar IC para modelo glm Gamma usando stat_smooth() no ggplot2 (ASANTOS)
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Message: 1 Date: Sun, 9 Dec 2018 16:54:45 +0000 (UTC) From: "Elias T. Krainski" <eliaskrainski@yahoo.com.br> To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] IC para previsao Message-ID: <815218723.1276327.1544374485235@mail.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
Coloca "prediction"
On Fri, Dec 7, 2018 at 22:39, Edmar Caldas por (R-br)< r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote: Preciso de uma ajuda para criar o IC para ajuste do modelo de regressão linear simples. não dá nenhuma mensagem de erro, cria somente a previsao do modelo em novos dados.
lixo$previsao <-predict(simples, newdata=lixo,interval="confidence",level=0.95)lixo
Edmar_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: < http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20181209/9931f2c9/attac...
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Message: 2 Date: Mon, 10 Dec 2018 01:47:12 -0300 From: ASANTOS <alexandre.santos@cas.ifmt.edu.br> To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] Problema para plotar IC para modelo glm Gamma usando stat_smooth() no ggplot2 Message-ID: <8d326872-10b9-06f7-cc1b-564caf54f3e7@cas.ifmt.edu.br> Content-Type: text/plain; charset=utf-8; format=flowed
Prezados Membros do R-br,
Estou tentando plotar um modelo glm Gamma com stat_smooth() no ggplot2 sem sucesso. Minha ideia é representar o intervalo de confiança para um modelo onde realizei a junção de dois níveis para o fator Feature. Segundo exemplo fictício do meu problema:
#Simulação de um banco de dados, onde a variável resposta Production tem distribuição Gamma set.seed(123) d<-NULL N<-50 d$Production <- rgamma(N,10) d$Feature <- ifelse(d$Production >7 & d$Production<10, c("green"),ifelse(d$Production>11, c("red"), c("blue"))) d$Temp<-rnorm(N,20,5) d<-as.data.frame(d) #
# Ajusto um modelo de Gamma completo mG<- glm(Production~ Feature + Temp, family= Gamma, data = d) summary(mG) anova(mG,test="Chi")
# Comparo os níveis do fator Feature library(multcomp) PW<-summary(glht(mG, linfct = mcp(Feature= "Tukey"))) PW cld(PW)
# Faço de conta que os níveis green = blue e realizo um novo ajuste Feature2<-d$Feature levels(Feature2) levels(Feature2)[1]<-"blue&green" levels(Feature2)[2]<-"blue&green" levels(Feature2) d$Feature2<-Feature2 mG2<- glm(Production~ Feature2 + Temp, family= Gamma, data = d)
# Crio os valores de predição pred.data = data.frame( Feature2<-d$Feature2, Temp<-d$Temp ) pred.data$Production = predict(mG2, newdata=pred.data, type="response")
#Realizo o plot library("ggplot2") ggplot(d, aes(Temp, Production, colour = Feature2)) + geom_point() + geom_line(data=pred.data) + stat_smooth(method = "glm", formula = y ~ x, family = Gamma) #
E tenho uma representação errada do intervalo de confiança do meu modelo mG2 porque não consigo fazer a função stat_smooth() considerar o ajuste mG2. Como posso resolver isso?
Obrigado
-- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 99686-6970 (VIVO) (+55) 65 3221-2674 (FIXO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos@cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 - ResearcherID: A-5790-2016 Researchgate: www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn: br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 Mendeley:www.mendeley.com/profiles/alexandre-dos-santos6/ ======================================================================
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Subject: Legenda do Digest
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Fim da Digest R-br, volume 96, assunto 8 **************************************** _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Olá pessoal, Estou fazendo curvas de abundância, no entanto tenho algumas espécies com sp., sp. 1 e sp. 2. Mas quando rodo o script todas as espécies ficam em itálico. Não consigo deixar os sp. em letra normal. Se alguém puder dar uma dica de como fazer essa manipulação, seria de muita ajuda! E agradeço desde já por qualquer dica. Obrigada! Tamily Santos par(las=2, mar=c(12, 5, 3, 3), family = "serif") plot(rad.auati, type="n", xaxt="n", xlab="", bty="l", ylab="Abundance") points(rad.auati, pch=21, cex=1.5) lines(rad.auati$models$Mandelbrot, lwd=2, lty=1) lines(rad.auati$models$Null, lwd=2, lty=2) axis(1, at=seq(1,length(abu.rel.auati.s),1), labels=nomes.auati, font=3, cex=0.2) legend("topright", legend=c("Mandelbrot", "Null"), lwd=2, lty=c(1,2), bty="n") rect(0.002,1,5.5,150, col=rgb(0,0,0,0.2),lwd=0) arrows(7.5,70,5.5,70, length=0.07) text(12, 65, "Hyperdominant species \n> 50% of individuals", cex=0.7)
participantes (3)
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Cesar Rabak -
Edmar Caldas -
Tamily Santos