Como gerar dados de um experimento
Prezados, Pretendo gerar dados de um Experimento em Quadrados Latinos com dependência espacial no R. Gostaria de saber como devo proceder para obter esses dados? Saudações. Edmundo Caetano "Ninguém é tão sábio que nada tenha para aprender, nem tão tolo que nada tenha para ensinar." Blaise Pascal ________________________________ De: "r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br> Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Quinta-feira, 28 de Junho de 2012 12:00 Assunto: Digest R-br, volume 16, assunto 35 Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br@listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner@listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Re: manipulação de dados (Walmes Zeviani) 2. Re: manipulação de dados (Natalia Martins) 3. Re: manipulação de dados (Marcos Silva) 4. Re: manipulação de dados (Paulo Justiniano) 5. Re: Colorir alguns municípios em um mapa estadual com cores distintas (Wirton Macedo Coutinho) 6. Re: manipulação de dados (Walmes Zeviani) 7. Unrar (Diogo Ferrari) 8. Re: Unrar (Paulo Justiniano) 9. (sem assunto) (Taynãna César Simões) 10. (sem assunto) (Taynãna César Simões) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Wed, 27 Jun 2012 12:11:48 -0300 From: Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] manipulação de dados Message-ID: <CAFU=EkazDuOZPXHiVZc8bODhEktVK3EkRGd04pq0-kQYrdOTEg@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Além da sugestão do PJ, você pode fazer isso com o comando stack(), reshape::melt() e plyr::adply(). Um exemplo disponível em http://ridiculas.wordpress.com/2011/05/22/converter-dados-em-formato-amplo-e... À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120627/b67d6eae/attachment-0001.html> ------------------------------ Message: 2 Date: Wed, 27 Jun 2012 12:41:40 -0300 From: Natalia Martins <nsmbarreto@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] manipulação de dados Message-ID: <CAGPGL2E2tR=xaBfH+njRW5Ft3Fw9ZRH9kY_5=-XvVya1nS24rQ@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Walmes mais eu nao tenho a variavel de identificação para nenhum dos casos, devo cria-la? Em 27 de junho de 2012 12:11, Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com>escreveu:
Além da sugestão do PJ, você pode fazer isso com o comando stack(), reshape::melt() e plyr::adply(). Um exemplo disponível em
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-- Natália da Silva Martins Bacharel em Estatística - Universidade Estadual de Maringá/ UEM Mestranda em Estatística e Experimentação Agronômica - ESALQ/ USP Contato: (19) 8306-4743 -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120627/3dae60da/attachment-0001.html> ------------------------------ Message: 3 Date: Wed, 27 Jun 2012 13:17:51 -0300 From: Marcos Silva <marcosfs2006@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] manipulação de dados Message-ID: <CAHKdobz_a9W8vQ_9mATPLDiHdbqcpCKcKMJ=cMuppBQLDBR9kw@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Veja se a função t() para transpor os dados te ajuda. Abs. Em 27 de junho de 2012 12:41, Natalia Martins <nsmbarreto@gmail.com>escreveu:
Walmes mais eu nao tenho a variavel de identificação para nenhum dos casos, devo cria-la?
Em 27 de junho de 2012 12:11, Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com>escreveu:
Além da sugestão do PJ, você pode fazer isso com o comando stack(), reshape::melt() e plyr::adply(). Um exemplo disponível em
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Walmes mais eu nao tenho a variavel de identificação para nenhum dos casos, devo cria-la?
Em 27 de junho de 2012 12:11, Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com> escreveu: Além da sugestão do PJ, você pode fazer isso com o comando stack(), reshape::melt() e plyr::adply(). Um exemplo disponível em
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------------------------------ Message: 5 Date: Wed, 27 Jun 2012 12:54:19 -0700 (PDT) From: Wirton Macedo Coutinho <wirton_coutinho@yahoo.com.br> To: Augusto Ribas <ribas.aca@gmail.com>, Paulo Justiniano <paulojus@leg.ufpr.br>, "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Colorir alguns municípios em um mapa estadual com cores distintas Message-ID: <1340826859.51307.YahooMailNeo@web163805.mail.gq1.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Boa tarde a todos, Com as dicas do Augusto Ribas e do prof. Paulo Justiniano, consegui, por meio de um post na internet, resolver o meu problema de colorir com cores distintas alguns municípios do Estado de Goiásem um mapa com extensão shp. O código final, a quem possa interessar, ficou assim: require(maptools) map <- readShapePoly(file.choose()) summary(map) map$Nome_Munic colors <- c("lightskyblue3", "antiquewhite1", "darksalmon", "cornflowerblue", "gray94", "darkkhaki", "darkslategray3", "bisque2") counties2 <- c("Acreúna", "Chapadão do Céu", "Cristalina", "Montividiu", "Palmeiras de Goiás", "Santa Helena de Goiás", "Silvânia") counties.all = map$Nome_Munic n.all = length(counties.all) col.map = numeric(n.all) for (i in 1:length(counties2)){ col.map[grep(counties2[i],counties.all)] = runif(1) } c2 = col.map!=0 col.map2=col.map col.map2[!c2]= gray(0.94) col.map2[c2]=colors plot(map,col=col.map2,axes=T) legend("topleft", legend=c("Acreúna", "Chapadão do Céu", "Cristalina", "Montividiu", "Palmeiras de Goiás", "Santa Helena de Goiás", "Silvânia"), cex=0.9, bty="n", fill= c("lightskyblue3", "antiquewhite1", "darksalmon", "cornflowerblue", "darkkhaki", "darkslategray3", "bisque2")) Obrigado a todos, Att., ----- Wirton Macedo Coutinho Pesquisador - Fitopatologia Embrapa Algodão Rua Oswaldo Cruz, 1143, Centenário Campina Grande, PB CEP 58429-095
________________________________ De: Augusto Ribas <ribas.aca@gmail.com> Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br; Wirton Macedo Coutinho <wirton_coutinho@yahoo.com.br> Enviadas: Segunda-feira, 25 de Junho de 2012 17:27 Assunto: Re: [R-br] Colorir alguns municípios em um mapa estadual com cores distintas
http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Apostila-de-R-Jackson-Aquino-td443517...
Olhe esse post antigo. Tem um link com uma apostila muito boa pra ter uma ideia de como mexer com mapas, o basico. Capitulo 11 mata sua duvida e muito mais. Em portugues, muito bem escrito, uma sugestão de leitura que vi na lista aqui e me ajudou muito.
Em 25 de junho de 2012 16:14, Augusto Ribas <ribas.aca@gmail.com> escreveu:
Bom, seu problema é mais ou menos isso.
#abrindo pacote pra plotar mapas, assumo que vc ta usando esse, o maptools library(maptools)
#lendo um mapa pra exemplo mapa<- readShapeSpatial(system.file("shapes/sids.shp", package="maptools")[1], IDvar="FIPSNO", proj4string=CRS("+proj=longlat +ellps=clrk66"))
#mapa summary(mapa) #informações aqui mapa@data #vamo pega o nome das cidades mapa@data$NAME
#o problema que vc ta fazendo isso plot(mapa, axes=TRUE, col=mapa@data$NAME=="Alamance") plot(mapa, col=mapa@data$NAME=="Avery", add=TRUE) plot(mapa, col=mapa@data$NAME=="Buncombe", add=TRUE)
#no col vc ta pondo essa informação mapa@data$NAME=="Alamance" #que é sempre 1, logo vc colore de preto, 1 na palleta default é preto, true é igual 1, tem 0 0 0 que é branco e 1 que é preto sum(mapa@data$NAME=="Alamance")
#vc precisa de numeros diferentes pra cores #ou o nome da cor pra cidade #ou faze uma palleta #mas assim vc tem numeros diferentes as.numeric(mapa@data$NAME)
#e vai sair cores diferentes, olha esse plot, note o que to usando no col. plot(mapa, axes=TRUE, col=as.numeric(mapa@data$NAME))
#nesse exemplo vc ta usando essas cores (numeros) pra esses lugares data.frame(cores=as.numeric(mapa@data$NAME),localidade=mapa@data$NAME)
#então faz um vetor, com o numero de cidades, e escrever "black", "blue", as cores que vc quer por cidade, ou usa numeros, ou usa uma palleta pronta, tipo as que vem no pacote Rcolorbrewer.
Bem espero ter ajudado.
Em 25 de junho de 2012 13:00, Wirton Macedo Coutinho <wirton_coutinho@yahoo.com.br> escreveu:
Boa tarde pessoal,
Gostaria de saber se alguém tem alguma dica de como colorir alguns municipios em um mapa estadual (extensão shp) com cores distintas.
Preciso colorir 7 municipios no mapa do Estado de Goiás com cores distintas (cada município com uma cor diferente), mas não estou conseguindo.
Tenho tentado, sem sucesso, da seguinte forma:
plot(mapa, axes=TRUE, col=mapa$Nome_Munic=="Santa Helena de Goiás") plot(mapa, col=mapa$Nome_Munic=="Chapadão do Céu", add=TRUE) plot(mapa, col=mapa$Nome_Munic=="Montividiu", add=TRUE) plot(mapa, col=mapa$Nome_Munic=="Acreúna", add=TRUE) plot(mapa, col=mapa$Nome_Munic=="Perolândia", add=TRUE) plot(mapa, col=mapa$Nome_Munic=="Palmeiras de Goiás", add=TRUE) plot(mapa, col=mapa$Nome_Munic=="Cristalina", add=TRUE)
Apesar de conseguir colorir todos os 7 municipios, com os comando acima, todos os 7 ficam com a mesma cor.
Certo de contar com a boa vontade de todos, agradeço antecipadamente.
Att.,
-- Wirton Macedo Coutinho Pesquisador Fitopatologia Embrapa Algodão Rua Oswaldo Cruz, 1143, Centenário Campina Grande PB CEP 28428-095
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-- Grato Augusto C. A. Ribas
Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056
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Caros, Alguem sabe como descompactar arquivos .rar usando R.
Valeu
-- Diogo Ferrari
"A vida é a arte de tirar conclusões suficientes de dados insuficientes"
------------------------------ Message: 9 Date: Wed, 27 Jun 2012 18:09:21 -0700 (PDT) From: Taynãna César Simões <tay_estatistica@yahoo.com.br> To: kosiq@msn.com, luciane.velasque@uniriotec.br, fabiodemarqui@zipmail.com.br, leolataliza@hotmail.com, r_bruniera@yahoo.com.br, r-br@listas.c3sl.ufpr.br, tay_estatistica@yahoo.com, staelhorta@terra.com.br, pattyarantes@ibest.com.br Subject: [R-br] (sem assunto) Message-ID: <1340845761.48543.YahooMailNeo@web33905.mail.mud.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" http://beacheschurch.org/xmlrpc/googlesave.html?grtyu=at.gio&wrg=te.hkml&oeo... -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120627/45500caa/attachment-0001.html> ------------------------------ Message: 10 Date: Wed, 27 Jun 2012 19:36:23 -0700 (PDT) From: Taynãna César Simões <tay_estatistica@yahoo.com.br> To: ana.paula.domingues@bancoreal.com.br, saint_clair_jr@uol.com.br, alessandracsp@gmail.com, r-br@listas.c3sl.ufpr.br, natasha_feigel@yahoo.com.br, tgpimentel@gmail.com, carolina_okumura@yahoo.com.br, juninholana@yahoo.com.br, constantino@cpqam.fiocruz.br Subject: [R-br] (sem assunto) Message-ID: <1340850983.41807.YahooMailNeo@web33905.mail.mud.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" http://huntfordbcooper.com/wp-content/themes/sandbox/googlesave.html?ees=xss... -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120627/5eba0dfb/attachment-0001.html> ------------------------------ _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Fim da Digest R-br, volume 16, assunto 35 *****************************************
Se a resposta for gaussiana, use a rmvtnorm() par gerar resíduos dados correlacionados. Para isso crie um arquivo com as coordenadas, como é um quadrado látino, no espaço elas formarão um retângulo regular, que pode ser obtido com a expand.grid(). Obtenha a matriz de distâncias com a dist(). Escolha um modelo de dependência espacial (esponencial, gaussiano, esférico). Gere a matriz de covariância, pode usar o comando outer() para gera a matriz. Passe para rmvtnorm() como argumento Sigma=. Crie o vetor de parâmetros dos efeitos dos tratamentos, crie a matriz de delinamento com model.matriz(). Obtenha os valores esperados. Some aos resíduos. Os dados foram gerados. À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================
Walmes, Aproveitando o gancho, estou trabalhando com dados com distribuição espacial e temporal. Estou pensando em um modelo com os seguintes fatores: espaço(municípios - n = 143), tempo(anos, n = 8 - 2002 a 2009 ), período(Seca e chuva). A variável observada é o número de pessoas infectadas por barbeiros por município. Tb tenho algumas variáveis ambientais, como pluviosidade, temperatura etc. Na sua opinião, seria melhor trabalhar com um DOE com aqueles fatores citados, e ver como eles influenciam na variável observada, ou seria melhor fazer uma modelagem espacial, com um modelo de regressão espacial???? Tenho tb as coordenadas dos municípios. No caso espacial, que leitura vc recomendaria???? Ahh, tb vi alguns trabalhos com modelagem bayesiana, usando o Winbugs e o R, o que vc acha??? É melhor???? Abs. Gilbert/RJ ________________________________ De: Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com> Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br; Edmundo Caetano <eddycaetano@yahoo.com.br> Enviadas: Quinta-feira, 28 de Junho de 2012 13:40 Assunto: Re: [R-br] Como gerar dados de um experimento Se a resposta for gaussiana, use a rmvtnorm() par gerar resíduos dados correlacionados. Para isso crie um arquivo com as coordenadas, como é um quadrado látino, no espaço elas formarão um retângulo regular, que pode ser obtido com a expand.grid(). Obtenha a matriz de distâncias com a dist(). Escolha um modelo de dependência espacial (esponencial, gaussiano, esférico). Gere a matriz de covariância, pode usar o comando outer() para gera a matriz. Passe para rmvtnorm() como argumento Sigma=. Crie o vetor de parâmetros dos efeitos dos tratamentos, crie a matriz de delinamento com model.matriz(). Obtenha os valores esperados. Some aos resíduos. Os dados foram gerados. À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Bem, é complicado apontar o que é melhor com uma exposição breve sobre o problema. Você pode supor independência e usar um modelo de regressão, pode só usar a informação espacial e você pode incorporar tudo em um único modelo. Dê uma olhada no Model-Based Geostatistics do PJ com o P. Diggle http://www.leg.ufpr.br/~paulojus/mbgbook/ À disposição Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================
participantes (3)
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Edmundo Caetano -
Gilbert Queiroz -
Walmes Zeviani