Extração de valor-p na função hlme do pacote lcmm
Prezados, Estou utilizando a função hlme do pacote lcmm para estimar um *Growth Mixture Model.* Um exemplo de sintaxe é : gmm2 <- hlme(Y ~ time + time2, ng = 2, mixture = Y ~ time + time2, subject = 'ID',data = x.reg) Eu queria obter o valor-p do termo quadrático para cada classe, mas não estou conseguindo. (O comando *summary* me mostra esse valor-p, mas eu consigo extraí-lo.) Desde já, agradeço. Felipe Buchbinder
Felipe, boa tarde! Para poder ajudá-lo a contento, seria necessário que você apresentasse um "Código Mínimo" que permitisse reproduzir situação (o tal CMR). Você consegue alocar a saída do summary em um objeto? Algo como res <- summary(gmm2)??? Em caso positivo, copie e cole a saída do comando str(res)em seu próximo email. Éder Comunello <c <comunello.eder@gmail.com>omunello.eder@gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
Éder, Boa tarde! Não consegui salvar a saída do output, então criei um CMR. No comando do summary, eu quero poder extrair os p-valores da seção "Fixed effects in the longitudinal model" Obrigado pela ajuda! Felipe 2014-03-11 14:51 GMT-03:00 Éder Comunello <comunello.eder@gmail.com>:
Felipe, boa tarde!
Para poder ajudá-lo a contento, seria necessário que você apresentasse um "Código Mínimo" que permitisse reproduzir situação (o tal CMR).
Você consegue alocar a saída do summary em um objeto? Algo como res <- summary(gmm2)??? Em caso positivo, copie e cole a saída do comando str(res) em seu próximo email.
Éder Comunello <c <comunello.eder@gmail.com>omunello.eder@gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
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Felipe, boa tarde! Pelo que pude avaliar, o problema é que o código da função não prevê o armazenamento da saída em objetos. Acredito que a solução mais correta seria editar o código e definir uma nova função. Você pode sugerir essas alterações ao autor do pacote. Caso seu uso seja eventual, dá pra se virar com uma solução paliativa, apresentada abaixo. Pode ser que os colegas da lista tenham uma ideia melhor... ### <code r> require(lcmm) time <- rep(seq(1,10),50) A <- as.data.frame(cbind(ID=rep(1:50, each=10),time1=time,time2=time^2,Y=rnorm(500))) gmm <- hlme(Y~time+time2, ng=3, mixture=Y~time+time2, subject='ID', data=A) summary(gmm) tmp <- summary(gmm) ### imprime na tela, mas gera objeto vazio str(tmp) ### retorna NULL dput(summary.hlme) ### lista código da função ### observe ausência de instruções de retorno (return) ### uma saída é editar o código da função e inserir as instruções... ### uma solução paliativa! ;D res <- capture.output(summary(gmm)); res ### identifique o número das linhas que interessam sel <- res[39:47]; sel ### selecione as linhas que interessam pval <- read.table(textConnection(sel), head=F)[6]; pval ### a sexta coluna refere-se ao p-valor ### <code r> Éder Comunello <c <comunello.eder@gmail.com>omunello.eder@gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
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