Selecionar vários processadores
Bom dia pessoal, Estou querendo reduzir o tempo de execução de alguns cálculos utilizando o uso de vários processadores em paralelo, uma vez que o R utiliza somente um núcleo. Pesquisei na internet e encontrei vários pacotes como: multicore, parallel, foreach, doMC e outros, no entanto, eles tem apenas algumas funções em paralelo, como por exemplo o pacote foreach e o doMC, onde você substitui o for{} dos loops por foreach{} e consegue obter especificando o numero de núcleos que deseja utilizar(registerDoMC(cores=4)), cálculos mais rápidos. No entanto, gostaria de saber se existe uma maneira de especificar o número de núcleos que deseja utilizar e o R trabalhar em paralelo para todas as funções, mesmo a for{}? Meu pc é um core i5 com 8MB de RAM com SO Ubuntu 11.04. Obrigado, Alexandre
Package dosnow Pedro Brasil via Android (:)= Em 12/02/2013 09:39, "Alexandre Santos" <alexandresantosbr@yahoo.com.br> escreveu:
Bom dia pessoal,
Estou querendo reduzir o tempo de execução de alguns cálculos utilizando o uso de vários processadores em paralelo, uma vez que o R utiliza somente um núcleo. Pesquisei na internet e encontrei vários pacotes como: multicore, parallel, foreach, doMC e outros, no entanto, eles tem apenas algumas funções em paralelo, como por exemplo o pacote foreach e o doMC, onde você substitui o for{} dos loops por foreach{} e consegue obter especificando o numero de núcleos que deseja utilizar(registerDoMC(cores=4)), cálculos mais rápidos. No entanto, gostaria de saber se existe uma maneira de especificar o número de núcleos que deseja utilizar e o R trabalhar em paralelo para todas as funções, mesmo a for{}? Meu pc é um core i5 com 8MB de RAM com SO Ubuntu 11.04.
Obrigado, Alexandre
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Pedro, Obrigado, mas este não atende ao proposito de utilizar múltiplos processadores com a função for(){}, o dosnow utiliza %dopar% junto com o pacote foreach, utilizando múltiplos núcleos só na função foreach() %dopar%{} que não se aplica ao que quero fazer, Alexandre Em 12/02/2013 19:25, Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil escreveu:
Package dosnow
Pedro Brasil via Android (:)=
Em 12/02/2013 09:39, "Alexandre Santos" <alexandresantosbr@yahoo.com.br <mailto:alexandresantosbr@yahoo.com.br>> escreveu:
Bom dia pessoal,
Estou querendo reduzir o tempo de execução de alguns cálculos utilizando o uso de vários processadores em paralelo, uma vez que o R utiliza somente um núcleo. Pesquisei na internet e encontrei vários pacotes como: multicore, parallel, foreach, doMC e outros, no entanto, eles tem apenas algumas funções em paralelo, como por exemplo o pacote foreach e o doMC, onde você substitui o for{} dos loops por foreach{} e consegue obter especificando o numero de núcleos que deseja utilizar(registerDoMC(cores=4)), cálculos mais rápidos. No entanto, gostaria de saber se existe uma maneira de especificar o número de núcleos que deseja utilizar e o R trabalhar em paralelo para todas as funções, mesmo a for{}? Meu pc é um core i5 com 8MB de RAM com SO Ubuntu 11.04.
Obrigado, Alexandre
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal Coordenador do curso Técnico em Florestas Vice Coordenador do curso de Engenharia Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos@cas.ifmt.edu.br ======================================================================
Alexandre, o que vc está pedindo já foi discutido aqui há algum tempo. A resposta é: não há nada automágico que paralelizará todas as suas tarefas. Para remediar isso, vc pode instalar versões paralelas do BLAS e ATLAS e linka-los à sua instalação do R (veja no histórico da lista os detalhes de como fazê-lo). Isso te dará um tanto de coisas em paralelo (operações matriciais, por exemplo ), mas nem de longe é tudo. Alternativamente, pegue um Windows e instale o Revolutions R (produto pago, se não for utilizado em ambiente acadêmico). Eu não sei se a versão Linux dele provê os mesmos recursos que a Windows, algo a ser perguntado prata o suporte deles. b On Feb 13, 2013 8:42 AM, "ASANTOS" <alexandresantosbr@yahoo.com.br> wrote:
Pedro,
Obrigado, mas este não atende ao proposito de utilizar múltiplos processadores com a função for(){}, o dosnow utiliza %dopar% junto com o pacote foreach, utilizando múltiplos núcleos só na função foreach() %dopar%{} que não se aplica ao que quero fazer,
Alexandre
Em 12/02/2013 19:25, Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil escreveu:
Package dosnow
Pedro Brasil via Android (:)= Em 12/02/2013 09:39, "Alexandre Santos" <alexandresantosbr@yahoo.com.br> escreveu:
Bom dia pessoal,
Estou querendo reduzir o tempo de execução de alguns cálculos utilizando o uso de vários processadores em paralelo, uma vez que o R utiliza somente um núcleo. Pesquisei na internet e encontrei vários pacotes como: multicore, parallel, foreach, doMC e outros, no entanto, eles tem apenas algumas funções em paralelo, como por exemplo o pacote foreach e o doMC, onde você substitui o for{} dos loops por foreach{} e consegue obter especificando o numero de núcleos que deseja utilizar(registerDoMC(cores=4)), cálculos mais rápidos. No entanto, gostaria de saber se existe uma maneira de especificar o número de núcleos que deseja utilizar e o R trabalhar em paralelo para todas as funções, mesmo a for{}? Meu pc é um core i5 com 8MB de RAM com SO Ubuntu 11.04.
Obrigado, Alexandre
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing listR-br@listas.c3sl.ufpr.brhttps://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal Coordenador do curso Técnico em Florestas Vice Coordenador do curso de Engenharia Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO)e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos@cas.ifmt.edu.br ======================================================================
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Benilton, Obrigado pela sugestões vou utiliza-las e procurar este tópico das discussões sobre o assunto, Alexandre Em 13/02/2013 08:05, Benilton Carvalho escreveu:
Alexandre,
o que vc está pedindo já foi discutido aqui há algum tempo. A resposta é: não há nada automágico que paralelizará todas as suas tarefas.
Para remediar isso, vc pode instalar versões paralelas do BLAS e ATLAS e linka-los à sua instalação do R (veja no histórico da lista os detalhes de como fazê-lo). Isso te dará um tanto de coisas em paralelo (operações matriciais, por exemplo ), mas nem de longe é tudo.
Alternativamente, pegue um Windows e instale o Revolutions R (produto pago, se não for utilizado em ambiente acadêmico). Eu não sei se a versão Linux dele provê os mesmos recursos que a Windows, algo a ser perguntado prata o suporte deles.
b
On Feb 13, 2013 8:42 AM, "ASANTOS" <alexandresantosbr@yahoo.com.br <mailto:alexandresantosbr@yahoo.com.br>> wrote:
Pedro,
Obrigado, mas este não atende ao proposito de utilizar múltiplos processadores com a função for(){}, o dosnow utiliza %dopar% junto com o pacote foreach, utilizando múltiplos núcleos só na função foreach() %dopar%{} que não se aplica ao que quero fazer,
Alexandre
Em 12/02/2013 19:25, Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil escreveu:
Package dosnow
Pedro Brasil via Android (:)=
Em 12/02/2013 09:39, "Alexandre Santos" <alexandresantosbr@yahoo.com.br <mailto:alexandresantosbr@yahoo.com.br>> escreveu:
Bom dia pessoal,
Estou querendo reduzir o tempo de execução de alguns cálculos utilizando o uso de vários processadores em paralelo, uma vez que o R utiliza somente um núcleo. Pesquisei na internet e encontrei vários pacotes como: multicore, parallel, foreach, doMC e outros, no entanto, eles tem apenas algumas funções em paralelo, como por exemplo o pacote foreach e o doMC, onde você substitui o for{} dos loops por foreach{} e consegue obter especificando o numero de núcleos que deseja utilizar(registerDoMC(cores=4)), cálculos mais rápidos. No entanto, gostaria de saber se existe uma maneira de especificar o número de núcleos que deseja utilizar e o R trabalhar em paralelo para todas as funções, mesmo a for{}? Meu pc é um core i5 com 8MB de RAM com SO Ubuntu 11.04.
Obrigado, Alexandre
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal Coordenador do curso Técnico em Florestas Vice Coordenador do curso de Engenharia Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone:(+55) 65 8132-8112 <tel:%28%2B55%29%2065%208132-8112> (TIM)(+55) 65 9686-6970 <tel:%28%2B55%29%2065%209686-6970> (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br <mailto:e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br> alexandre.santos@cas.ifmt.edu.br <mailto:alexandre.santos@cas.ifmt.edu.br> ======================================================================
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal Coordenador do curso Técnico em Florestas Vice Coordenador do curso de Engenharia Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos@cas.ifmt.edu.br ======================================================================
Alexandre, Desconheço solução para usar processamento paralelo sem que o usuário 'solicite' explicitamente. Porque você não pode 'solicitar' em cada loop? [], Elias On Wed, 2013-02-13 at 07:41 -0300, ASANTOS wrote:
Pedro,
Obrigado, mas este não atende ao proposito de utilizar múltiplos processadores com a função for(){}, o dosnow utiliza %dopar% junto com o pacote foreach, utilizando múltiplos núcleos só na função foreach() %dopar%{} que não se aplica ao que quero fazer,
Alexandre
Em 12/02/2013 19:25, Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil escreveu:
Package dosnow
Pedro Brasil via Android (:)=
Em 12/02/2013 09:39, "Alexandre Santos" <alexandresantosbr@yahoo.com.br> escreveu: Bom dia pessoal,
Estou querendo reduzir o tempo de execução de alguns cálculos utilizando o uso de vários processadores em paralelo, uma vez que o R utiliza somente um núcleo. Pesquisei na internet e encontrei vários pacotes como: multicore, parallel, foreach, doMC e outros, no entanto, eles tem apenas algumas funções em paralelo, como por exemplo o pacote foreach e o doMC, onde você substitui o for{} dos loops por foreach{} e consegue obter especificando o numero de núcleos que deseja utilizar(registerDoMC(cores=4)), cálculos mais rápidos. No entanto, gostaria de saber se existe uma maneira de especificar o número de núcleos que deseja utilizar e o R trabalhar em paralelo para todas as funções, mesmo a for{}? Meu pc é um core i5 com 8MB de RAM com SO Ubuntu 11.04.
Obrigado, Alexandre
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal Coordenador do curso Técnico em Florestas Vice Coordenador do curso de Engenharia Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos@cas.ifmt.edu.br ====================================================================== _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Ou melhor, usando ATLAS as operações da BLAS serão paralelizadas e algumas da LAPACK. Ainda estou aprendendo esse assunto e, até o momento, prefiro paralelizar apenas no nível mais alto... é mais fácil. On Wed, 2013-02-13 at 12:15 +0100, Elias Teixeira Krainski wrote:
Alexandre,
Desconheço solução para usar processamento paralelo sem que o usuário 'solicite' explicitamente. Porque você não pode 'solicitar' em cada loop?
[], Elias
On Wed, 2013-02-13 at 07:41 -0300, ASANTOS wrote:
Pedro,
Obrigado, mas este não atende ao proposito de utilizar múltiplos processadores com a função for(){}, o dosnow utiliza %dopar% junto com o pacote foreach, utilizando múltiplos núcleos só na função foreach() %dopar%{} que não se aplica ao que quero fazer,
Alexandre
Em 12/02/2013 19:25, Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil escreveu:
Package dosnow
Pedro Brasil via Android (:)=
Em 12/02/2013 09:39, "Alexandre Santos" <alexandresantosbr@yahoo.com.br> escreveu: Bom dia pessoal,
Estou querendo reduzir o tempo de execução de alguns cálculos utilizando o uso de vários processadores em paralelo, uma vez que o R utiliza somente um núcleo. Pesquisei na internet e encontrei vários pacotes como: multicore, parallel, foreach, doMC e outros, no entanto, eles tem apenas algumas funções em paralelo, como por exemplo o pacote foreach e o doMC, onde você substitui o for{} dos loops por foreach{} e consegue obter especificando o numero de núcleos que deseja utilizar(registerDoMC(cores=4)), cálculos mais rápidos. No entanto, gostaria de saber se existe uma maneira de especificar o número de núcleos que deseja utilizar e o R trabalhar em paralelo para todas as funções, mesmo a for{}? Meu pc é um core i5 com 8MB de RAM com SO Ubuntu 11.04.
Obrigado, Alexandre
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal Coordenador do curso Técnico em Florestas Vice Coordenador do curso de Engenharia Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos@cas.ifmt.edu.br ====================================================================== _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
participantes (5)
-
Alexandre Santos -
ASANTOS
-
Benilton Carvalho -
Elias Teixeira Krainski -
Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil