[OFF] Biblioteca C para matrizes.
Pessoal gostaria de saber qual uma boa biblioteca livre de C para trabalhar com operações matriciais como inversas e produtos de matrizes. Qualquer dica será interessante. [ ] Pedro Rafael Diniz Marinho.
Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, entao vc esta' fazendo algo errado"... Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a oferecer. b 2012/8/9 Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com>:
Pessoal gostaria de saber qual uma boa biblioteca livre de C para trabalhar com operações matriciais como inversas e produtos de matrizes. Qualquer dica será interessante.
[ ] Pedro Rafael Diniz Marinho. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo computacional bastante elevado. Atualmente programo em C e programei muito pouco em C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em C++ perdem muito desempenho em comparação à C considerando que a programação em ambas as linguagens sejam eficientes? Você tem boas experiências na utilização de C++ para programação estatística e para uso em simulações? Gostei bastante dessa biblioteca que você me passou, muito interessante. Não conhecia. A única biblioteca para álgebra linear livre que eu conhecia era a GSL. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655810h87@n4.nabble.com> escreveu:
Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, entao vc esta' fazendo algo errado"...
Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a oferecer.
b
2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>:
Pessoal gostaria de saber qual uma boa biblioteca livre de C para trabalhar com operações matriciais como inversas e produtos de matrizes. Qualquer dica será interessante.
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Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de matrizes é fato mas infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar com modelos de regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo de inversas de matrizes para o cálculo da estrutura de covariância de tal estimador. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo computacional bastante elevado. Atualmente programo em C e programei muito pouco em C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em C++ perdem muito desempenho em comparação à C considerando que a programação em ambas as linguagens sejam eficientes? Você tem boas experiências na utilização de C++ para programação estatística e para uso em simulações?
Gostei bastante dessa biblioteca que você me passou, muito interessante. Não conhecia. A única biblioteca para álgebra linear livre que eu conhecia era a GSL.
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655810h87@n4.nabble.com> escreveu:
Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, entao vc esta' fazendo algo errado"...
Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a oferecer.
b
2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>:
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Pedro quando se diz em evitar inverter matrizes é porque muitas contas podem ser feitas sem a inversao explícita Por exemplo, a conta X'V^{-1}X pode ser feita evitando inversao a partir da cholesky de V que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma vez que já deve ter sido calculada antes para obter as estimativas No exemplo cV <- chol(V) crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T)) isto é ***muito*** mais rapido (compare com system.time()) do que t(X) %*% solve(V) %*% X On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote:
Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de matrizes é fato mas infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar com modelos de regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo de inversas de matrizes para o cálculo da estrutura de covariância de tal estimador. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo computacional bastante elevado. Atualmente programo em C e programei muito pouco em C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em C++ perdem muito desempenho em comparação à C considerando que a programação em ambas as linguagens sejam eficientes? Você tem boas experiências na utilização de C++ para programação estatística e para uso em simulações?
Gostei bastante dessa biblioteca que você me passou, muito interessante. Não conhecia. A única biblioteca para álgebra linear livre que eu conhecia era a GSL.
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655810h87@n4.nabble.com> escreveu:
Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, entao vc esta' fazendo algo errado"...
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b
2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>:
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Pedro, Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais <escolha o adjetivo> para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar qualquer linguagem que se mostre util e nao me force a reinventar a roda. Dito isso, nao vejo la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que algum especialista em alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de contra-exemplo; mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo outros problemas. b 2012/8/10 Paulo Justiniano <paulojus@leg.ufpr.br>:
Pedro
quando se diz em evitar inverter matrizes é porque muitas contas podem ser feitas sem a inversao explícita
Por exemplo, a conta
X'V^{-1}X
pode ser feita evitando inversao a partir da cholesky de V que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma vez que já deve ter sido calculada antes para obter as estimativas
No exemplo
cV <- chol(V) crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T))
isto é ***muito*** mais rapido (compare com system.time()) do que
t(X) %*% solve(V) %*% X
On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote:
Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de matrizes é fato mas infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar com modelos de regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo de inversas de matrizes para o cálculo da estrutura de covariância de tal estimador. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo computacional bastante elevado. Atualmente programo em C e programei muito pouco em C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em C++ perdem muito desempenho em comparação à C considerando que a programação em ambas as linguagens sejam eficientes? Você tem boas experiências na utilização de C++ para programação estatística e para uso em simulações?
Gostei bastante dessa biblioteca que você me passou, muito interessante. Não conhecia. A única biblioteca para álgebra linear livre que eu conhecia era a GSL.
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655810h87@n4.nabble.com> escreveu:
Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, entao vc esta' fazendo algo errado"...
Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a oferecer.
b
2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>:
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Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou bastante. Eu gostei muito Benilton da biblioteca de álgebra linear "armadillo". Muito mais fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos C. O problema que quando escrevo algum código matemático em C++ sempre tem uma estrutura procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo usando quase nada de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, acho interessante a facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e alocação dinâmica utilizando C++. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655826h83@n4.nabble.com> escreveu:
Pedro,
Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais <escolha o adjetivo> para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar qualquer linguagem que se mostre util e nao me force a reinventar a roda. Dito isso, nao vejo la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que algum especialista em alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de contra-exemplo; mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo outros problemas.
b
2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>:
Pedro
quando se diz em evitar inverter matrizes é porque muitas contas podem ser feitas sem a inversao explícita
Por exemplo, a conta
X'V^{-1}X
pode ser feita evitando inversao a partir da cholesky de V que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma vez que já deve ter sido calculada antes para obter as estimativas
No exemplo
cV <- chol(V) crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T))
isto é ***muito*** mais rapido (compare com system.time()) do que
t(X) %*% solve(V) %*% X
On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote:
Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de matrizes é fato mas infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar com modelos de regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo de inversas de matrizes para o cálculo da estrutura de covariância de tal estimador. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu:
Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo computacional bastante elevado. Atualmente programo em C e programei muito pouco em C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em C++ perdem muito desempenho em comparação à C considerando que a programação em ambas as linguagens sejam eficientes? Você tem boas experiências na utilização de C++ para programação estatística e para uso em simulações?
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[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, entao vc esta' fazendo algo errado"...
Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a oferecer.
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2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>:
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Se vc gostou do Armadillo, divirta-se com o pacote RcppArmadillo. b 2012/8/11 Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com>:
Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou bastante. Eu gostei muito Benilton da biblioteca de álgebra linear "armadillo". Muito mais fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos C. O problema que quando escrevo algum código matemático em C++ sempre tem uma estrutura procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo usando quase nada de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, acho interessante a facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e alocação dinâmica utilizando C++. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655826h83@n4.nabble.com> escreveu:
Pedro,
Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais <escolha o adjetivo> para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar qualquer linguagem que se mostre util e nao me force a reinventar a roda. Dito isso, nao vejo la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que algum especialista em alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de contra-exemplo; mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo outros problemas.
b
2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>:
Pedro
quando se diz em evitar inverter matrizes é porque muitas contas podem ser feitas sem a inversao explícita
Por exemplo, a conta
X'V^{-1}X
pode ser feita evitando inversao a partir da cholesky de V que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma vez que já deve ter sido calculada antes para obter as estimativas
No exemplo
cV <- chol(V) crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T))
isto é ***muito*** mais rapido (compare com system.time()) do que
t(X) %*% solve(V) %*% X
On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote:
Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de matrizes é fato mas infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar com modelos de regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo de inversas de matrizes para o cálculo da estrutura de covariância de tal estimador. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu:
Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo computacional bastante elevado. Atualmente programo em C e programei muito pouco em C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em C++ perdem muito desempenho em comparação à C considerando que a programação em ambas as linguagens sejam eficientes? Você tem boas experiências na utilização de C++ para programação estatística e para uso em simulações?
Gostei bastante dessa biblioteca que você me passou, muito interessante. Não conhecia. A única biblioteca para álgebra linear livre que eu conhecia era a GSL.
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, entao vc esta' fazendo algo errado"...
Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a oferecer.
b
2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>:
> Pessoal gostaria de saber qual uma boa biblioteca livre de C para > trabalhar com operações matriciais como inversas e produtos de > matrizes. Qualquer dica será interessante. > > [ ] Pedro Rafael Diniz Marinho. > _______________________________________________ > R-br mailing list > [hidden email] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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Que legal Benilton, vou olhar bem esse pacote. Muito obrigado pelas informações. Vou brincar um pouco com esse pacote. Procurei na web outros pacotes de álgebra linear para C++ mas me parece que esse é o pacote livre mais completo. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 10 de agosto de 2012 21:31, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655830h7@n4.nabble.com> escreveu:
Se vc gostou do Armadillo, divirta-se com o pacote RcppArmadillo. b
2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>:
Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou bastante. Eu gostei muito Benilton da biblioteca de álgebra linear "armadillo". Muito mais fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos C. O problema que quando escrevo algum código matemático em C++ sempre tem uma estrutura procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo usando quase nada de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, acho interessante a facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e alocação dinâmica utilizando C++. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
Pedro,
Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais <escolha o adjetivo> para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar qualquer linguagem que se mostre util e nao me force a reinventar a roda. Dito isso, nao vejo la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que algum especialista em alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de contra-exemplo; mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo outros problemas.
b
2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>:
Pedro
quando se diz em evitar inverter matrizes é porque muitas contas podem ser feitas sem a inversao explícita
Por exemplo, a conta
X'V^{-1}X
pode ser feita evitando inversao a partir da cholesky de V que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma vez que já deve ter sido calculada antes para obter as estimativas
No exemplo
cV <- chol(V) crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T))
isto é ***muito*** mais rapido (compare com system.time()) do que
t(X) %*% solve(V) %*% X
On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote:
Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de matrizes é fato mas infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar com modelos de regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo de inversas de matrizes para o cálculo da estrutura de covariância de tal estimador. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu:
Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo computacional bastante elevado. Atualmente programo em C e programei muito pouco em C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em C++ perdem muito desempenho em comparação à C considerando que a programação em ambas as linguagens sejam eficientes? Você tem boas experiências na utilização de C++ para programação estatística e para uso em simulações?
Gostei bastante dessa biblioteca que você me passou, muito interessante. Não conhecia. A única biblioteca para álgebra linear livre que eu conhecia era a GSL.
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu: > > Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, entao vc esta' > fazendo algo errado"... > > Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a oferecer. > > b > > 2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>: > >> Pessoal gostaria de saber qual uma boa biblioteca livre de C para >> trabalhar com operações matriciais como inversas e produtos de >> matrizes. Qualquer dica será interessante. >> >> [ ] Pedro Rafael Diniz Marinho. >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [hidden email] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código > mínimo reproduzível. > > > ________________________________ > If you reply to this email, your message will be added to the > discussion > below: > > > > http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... > To unsubscribe from R-br, click here. > NAML
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Uma última dúvida. É fácil integrar códigos C++ com o R? Utilizei as funções .C() e .Call() para chamar comandos em C para R. Nunca tentei utilizando C++. A construção de pacotes R feitos utilizando funções escritas em C++ também é tranquila? Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 10 de agosto de 2012 22:04, Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
Que legal Benilton, vou olhar bem esse pacote. Muito obrigado pelas informações. Vou brincar um pouco com esse pacote. Procurei na web outros pacotes de álgebra linear para C++ mas me parece que esse é o pacote livre mais completo. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 21:31, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655830h7@n4.nabble.com> escreveu:
Se vc gostou do Armadillo, divirta-se com o pacote RcppArmadillo. b
2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>:
Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou bastante. Eu gostei muito Benilton da biblioteca de álgebra linear "armadillo". Muito mais fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos C. O problema que quando escrevo algum código matemático em C++ sempre tem uma estrutura procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo usando quase nada de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, acho interessante a facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e alocação dinâmica utilizando C++. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
Pedro,
Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais <escolha o adjetivo> para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar qualquer linguagem que se mostre util e nao me force a reinventar a roda. Dito isso, nao vejo la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que algum especialista em alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de contra-exemplo; mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo outros problemas.
b
2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>:
Pedro
quando se diz em evitar inverter matrizes é porque muitas contas podem ser feitas sem a inversao explícita
Por exemplo, a conta
X'V^{-1}X
pode ser feita evitando inversao a partir da cholesky de V que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma vez que já deve ter sido calculada antes para obter as estimativas
No exemplo
cV <- chol(V) crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T))
isto é ***muito*** mais rapido (compare com system.time()) do que
t(X) %*% solve(V) %*% X
On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote:
Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de matrizes é fato mas infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar com modelos de regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo de inversas de matrizes para o cálculo da estrutura de covariância de tal estimador. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu: > > Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo computacional > bastante elevado. Atualmente programo em C e programei muito pouco em > C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em C++ perdem muito > desempenho em comparação à C considerando que a programação em ambas > as linguagens sejam eficientes? Você tem boas experiências na > utilização de C++ para programação estatística e para uso em > simulações? > > Gostei bastante dessa biblioteca que você me passou, muito > interessante. Não conhecia. A única biblioteca para álgebra linear > livre que eu conhecia era a GSL. > > [ ], > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via R-br] > <[hidden email]> escreveu: >> >> Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, entao vc esta' >> fazendo algo errado"... >> >> Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a oferecer. >> >> b >> >> 2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>: >> >>> Pessoal gostaria de saber qual uma boa biblioteca livre de C para >>> trabalhar com operações matriciais como inversas e produtos de >>> matrizes. Qualquer dica será interessante. >>> >>> [ ] Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> [hidden email] >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>> código mínimo reproduzível. >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código >> mínimo reproduzível. >> >> >> ________________________________ >> If you reply to this email, your message will be added to the >> discussion >> below: >> >> >> >> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... >> To unsubscribe from R-br, click here. >> NAML
_______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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Sim. Mas antes de qualquer coisa, veja o pacote RcppArmadillo e os documentos de ajuda associados. b 2012/8/11 Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com>:
Uma última dúvida. É fácil integrar códigos C++ com o R? Utilizei as funções .C() e .Call() para chamar comandos em C para R. Nunca tentei utilizando C++. A construção de pacotes R feitos utilizando funções escritas em C++ também é tranquila?
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 22:04, Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
Que legal Benilton, vou olhar bem esse pacote. Muito obrigado pelas informações. Vou brincar um pouco com esse pacote. Procurei na web outros pacotes de álgebra linear para C++ mas me parece que esse é o pacote livre mais completo. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 21:31, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655830h7@n4.nabble.com> escreveu:
Se vc gostou do Armadillo, divirta-se com o pacote RcppArmadillo. b
2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>:
Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou bastante. Eu gostei muito Benilton da biblioteca de álgebra linear "armadillo". Muito mais fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos C. O problema que quando escrevo algum código matemático em C++ sempre tem uma estrutura procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo usando quase nada de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, acho interessante a facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e alocação dinâmica utilizando C++. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
Pedro,
Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais <escolha o adjetivo> para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar qualquer linguagem que se mostre util e nao me force a reinventar a roda. Dito isso, nao vejo la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que algum especialista em alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de contra-exemplo; mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo outros problemas.
b
2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>:
Pedro
quando se diz em evitar inverter matrizes é porque muitas contas podem ser feitas sem a inversao explícita
Por exemplo, a conta
X'V^{-1}X
pode ser feita evitando inversao a partir da cholesky de V que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma vez que já deve ter sido calculada antes para obter as estimativas
No exemplo
cV <- chol(V) crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T))
isto é ***muito*** mais rapido (compare com system.time()) do que
t(X) %*% solve(V) %*% X
On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote:
> Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de matrizes é fato mas > infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar com modelos de > regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo de inversas de > matrizes para o cálculo da estrutura de covariância de tal estimador. > [ ], > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael > <[hidden email]> escreveu: >> >> Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo computacional >> bastante elevado. Atualmente programo em C e programei muito pouco em >> C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em C++ perdem muito >> desempenho em comparação à C considerando que a programação em ambas >> as linguagens sejam eficientes? Você tem boas experiências na >> utilização de C++ para programação estatística e para uso em >> simulações? >> >> Gostei bastante dessa biblioteca que você me passou, muito >> interessante. Não conhecia. A única biblioteca para álgebra linear >> livre que eu conhecia era a GSL. >> >> [ ], >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >> Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via R-br] >> <[hidden email]> escreveu: >>> >>> Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, entao vc esta' >>> fazendo algo errado"... >>> >>> Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a oferecer. >>> >>> b >>> >>> 2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>: >>> >>>> Pessoal gostaria de saber qual uma boa biblioteca livre de C para >>>> trabalhar com operações matriciais como inversas e produtos de >>>> matrizes. Qualquer dica será interessante. >>>> >>>> [ ] Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>> _______________________________________________ >>>> R-br mailing list >>>> [hidden email] >>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>>> código mínimo reproduzível. >>> >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> [hidden email] >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>> código >>> mínimo reproduzível. >>> >>> >>> ________________________________ >>> If you reply to this email, your message will be added to the >>> discussion >>> below: >>> >>> >>> >>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... >>> To unsubscribe from R-br, click here. >>> NAML > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [hidden email] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
R-br mailing list [hidden email] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
________________________________ If you reply to this email, your message will be added to the discussion below:
http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... To unsubscribe from R-br, click here. NAML
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________________________________ If you reply to this email, your message will be added to the discussion below: http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... To unsubscribe from R-br, click here. NAML
R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Interessante. Com o comando RcppArmadillo.package.skeleton é possível criar a estrutura de diretórios de um pacote R. Digamos que eu tenha um código C++ e queria arrumar ele para fazer um pacote para o R. Eu queria entender como se da essa comunicação. Só a filosofia mesmo. Eu entendo como criar um pacote do R utilizando o sistema de orientação à objeto S3 e sei que existe outras como S4 e R5. O que não consigo entender bem é como comunicar o código C/C++ com o R e como se dá a comunicação desses códigos (C/C++) com o R. Vi que posso chamar códigos do R para o C++ mas acho que o mais interessante é o contrário. Como chamar um código otimizado de C++ para R e criar um pacote caso seja conveniente. Alguém poderia me dar um exemplo com uma função bem simplória só para entender por alto como funciona? Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 10 de agosto de 2012 22:23, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655833h0@n4.nabble.com> escreveu:
Sim. Mas antes de qualquer coisa, veja o pacote RcppArmadillo e os documentos de ajuda associados. b
2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>:
Uma última dúvida. É fácil integrar códigos C++ com o R? Utilizei as funções .C() e .Call() para chamar comandos em C para R. Nunca tentei utilizando C++. A construção de pacotes R feitos utilizando funções escritas em C++ também é tranquila?
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 22:04, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu:
Que legal Benilton, vou olhar bem esse pacote. Muito obrigado pelas informações. Vou brincar um pouco com esse pacote. Procurei na web outros pacotes de álgebra linear para C++ mas me parece que esse é o pacote livre mais completo. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 21:31, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
Se vc gostou do Armadillo, divirta-se com o pacote RcppArmadillo. b
2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>:
Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou bastante. Eu gostei muito Benilton da biblioteca de álgebra linear "armadillo". Muito mais fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos C. O problema que quando escrevo algum código matemático em C++ sempre tem uma estrutura procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo usando quase nada de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, acho interessante a facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e alocação dinâmica utilizando C++. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
Pedro,
Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais <escolha o adjetivo> para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar qualquer linguagem que se mostre util e nao me force a reinventar a roda. Dito isso, nao vejo la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que algum especialista em alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de contra-exemplo; mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo outros problemas.
b
2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>:
> Pedro > > quando se diz em evitar inverter matrizes é porque muitas contas > podem > ser > feitas sem a inversao explícita > > Por exemplo, a conta > > X'V^{-1}X > > pode ser feita evitando inversao a partir da cholesky de V > que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma vez que já deve > ter > sido > calculada antes para obter as estimativas > > No exemplo > > cV <- chol(V) > crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T)) > > isto é ***muito*** mais rapido (compare com system.time()) > do que > > t(X) %*% solve(V) %*% X > > > > > On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote: > >> Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de matrizes é fato >> mas >> infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar com modelos de >> regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo de inversas de >> matrizes para o cálculo da estrutura de covariância de tal >> estimador. >> [ ], >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >> Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael >> <[hidden email]> escreveu: >>> >>> Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo computacional >>> bastante elevado. Atualmente programo em C e programei muito pouco >>> em >>> C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em C++ perdem muito >>> desempenho em comparação à C considerando que a programação em >>> ambas >>> as linguagens sejam eficientes? Você tem boas experiências na >>> utilização de C++ para programação estatística e para uso em >>> simulações? >>> >>> Gostei bastante dessa biblioteca que você me passou, muito >>> interessante. Não conhecia. A única biblioteca para álgebra linear >>> livre que eu conhecia era a GSL. >>> >>> [ ], >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>> >>> Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via R-br] >>> <[hidden email]> escreveu: >>>> >>>> Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, entao vc >>>> esta' >>>> fazendo algo errado"... >>>> >>>> Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a oferecer. >>>> >>>> b >>>> >>>> 2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>: >>>> >>>>> Pessoal gostaria de saber qual uma boa biblioteca livre de C para >>>>> trabalhar com operações matriciais como inversas e produtos de >>>>> matrizes. Qualquer dica será interessante. >>>>> >>>>> [ ] Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>> _______________________________________________ >>>>> R-br mailing list >>>>> [hidden email] >>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>> forneça >>>>> código mínimo reproduzível. >>>> >>>> _______________________________________________ >>>> R-br mailing list >>>> [hidden email] >>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>> forneça >>>> código >>>> mínimo reproduzível. >>>> >>>> >>>> ________________________________ >>>> If you reply to this email, your message will be added to the >>>> discussion >>>> below: >>>> >>>> >>>> >>>> >>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... >>>> To unsubscribe from R-br, click here. >>>> NAML >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [hidden email] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código > mínimo reproduzível. _______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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R-br mailing list [hidden email] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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Exemplos no pacote Rcpp. Sent from a mobile device On Aug 11, 2012 2:42 AM, "Pedro Rafael" <pedro.rafael.marinho@gmail.com> wrote:
Interessante. Com o comando RcppArmadillo.package.skeleton é possível criar a estrutura de diretórios de um pacote R. Digamos que eu tenha um código C++ e queria arrumar ele para fazer um pacote para o R. Eu queria entender como se da essa comunicação. Só a filosofia mesmo. Eu entendo como criar um pacote do R utilizando o sistema de orientação à objeto S3 e sei que existe outras como S4 e R5. O que não consigo entender bem é como comunicar o código C/C++ com o R e como se dá a comunicação desses códigos (C/C++) com o R. Vi que posso chamar códigos do R para o C++ mas acho que o mais interessante é o contrário. Como chamar um código otimizado de C++ para R e criar um pacote caso seja conveniente. Alguém poderia me dar um exemplo com uma função bem simplória só para entender por alto como funciona?
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 22:23, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655833h0@n4.nabble.com> escreveu:
Sim. Mas antes de qualquer coisa, veja o pacote RcppArmadillo e os documentos de ajuda associados. b
2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>:
Uma última dúvida. É fácil integrar códigos C++ com o R? Utilizei as funções .C() e .Call() para chamar comandos em C para R. Nunca tentei utilizando C++. A construção de pacotes R feitos utilizando funções escritas em C++ também é tranquila?
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 22:04, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu:
Que legal Benilton, vou olhar bem esse pacote. Muito obrigado pelas informações. Vou brincar um pouco com esse pacote. Procurei na web outros pacotes de álgebra linear para C++ mas me parece que esse é o pacote livre mais completo. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 21:31, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
Se vc gostou do Armadillo, divirta-se com o pacote RcppArmadillo. b
2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>:
Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou bastante. Eu gostei muito Benilton da biblioteca de álgebra linear "armadillo". Muito mais fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos C. O problema que quando escrevo algum código matemático em C++ sempre tem uma estrutura procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo usando quase nada de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, acho interessante a facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e alocação dinâmica utilizando C++. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu: > Pedro, > > Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais <escolha o adjetivo> > para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar qualquer linguagem que > se mostre util e nao me force a reinventar a roda. Dito isso, nao vejo > la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que algum especialista em > alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de contra-exemplo; > mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo outros problemas. > > b > > 2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>: > >> Pedro >> >> quando se diz em evitar inverter matrizes é porque muitas contas >> podem >> ser >> feitas sem a inversao explícita >> >> Por exemplo, a conta >> >> X'V^{-1}X >> >> pode ser feita evitando inversao a partir da cholesky de V >> que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma vez que já deve >> ter >> sido >> calculada antes para obter as estimativas >> >> No exemplo >> >> cV <- chol(V) >> crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T)) >> >> isto é ***muito*** mais rapido (compare com system.time()) >> do que >> >> t(X) %*% solve(V) %*% X >> >> >> >> >> On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote: >> >>> Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de matrizes é fato >>> mas >>> infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar com modelos de >>> regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo de inversas de >>> matrizes para o cálculo da estrutura de covariância de tal >>> estimador. >>> [ ], >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>> >>> Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael >>> <[hidden email]> escreveu: >>>> >>>> Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo computacional >>>> bastante elevado. Atualmente programo em C e programei muito pouco >>>> em >>>> C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em C++ perdem muito >>>> desempenho em comparação à C considerando que a programação em >>>> ambas >>>> as linguagens sejam eficientes? Você tem boas experiências na >>>> utilização de C++ para programação estatística e para uso em >>>> simulações? >>>> >>>> Gostei bastante dessa biblioteca que você me passou, muito >>>> interessante. Não conhecia. A única biblioteca para álgebra linear >>>> livre que eu conhecia era a GSL. >>>> >>>> [ ], >>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>> >>>> >>>> Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via R-br] >>>> <[hidden email]> escreveu: >>>>> >>>>> Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, entao vc >>>>> esta' >>>>> fazendo algo errado"... >>>>> >>>>> Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a oferecer. >>>>> >>>>> b >>>>> >>>>> 2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>: >>>>> >>>>>> Pessoal gostaria de saber qual uma boa biblioteca livre de C para >>>>>> trabalhar com operações matriciais como inversas e produtos de >>>>>> matrizes. Qualquer dica será interessante. >>>>>> >>>>>> [ ] Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>>> _______________________________________________ >>>>>> R-br mailing list >>>>>> [hidden email] >>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>>> forneça >>>>>> código mínimo reproduzível. >>>>> >>>>> _______________________________________________ >>>>> R-br mailing list >>>>> [hidden email] >>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>> forneça >>>>> código >>>>> mínimo reproduzível. >>>>> >>>>> >>>>> ________________________________ >>>>> If you reply to this email, your message will be added to the >>>>> discussion >>>>> below: >>>>> >>>>> >>>>> >>>>> >>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... >>>>> To unsubscribe from R-br, click here. >>>>> NAML >>> >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> [hidden email] >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>> código mínimo reproduzível. >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código >> mínimo reproduzível. > _______________________________________________ > R-br mailing list > [hidden email] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código > mínimo reproduzível. > > > ________________________________ > If you reply to this email, your message will be added to the > discussion > below: > > > http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... > To unsubscribe from R-br, click here. > NAML _______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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No básico do basico... Envolva sua função em um extern. Dai use o .Call Sent from a mobile device On Aug 11, 2012 2:42 AM, "Pedro Rafael" <pedro.rafael.marinho@gmail.com> wrote:
Interessante. Com o comando RcppArmadillo.package.skeleton é possível criar a estrutura de diretórios de um pacote R. Digamos que eu tenha um código C++ e queria arrumar ele para fazer um pacote para o R. Eu queria entender como se da essa comunicação. Só a filosofia mesmo. Eu entendo como criar um pacote do R utilizando o sistema de orientação à objeto S3 e sei que existe outras como S4 e R5. O que não consigo entender bem é como comunicar o código C/C++ com o R e como se dá a comunicação desses códigos (C/C++) com o R. Vi que posso chamar códigos do R para o C++ mas acho que o mais interessante é o contrário. Como chamar um código otimizado de C++ para R e criar um pacote caso seja conveniente. Alguém poderia me dar um exemplo com uma função bem simplória só para entender por alto como funciona?
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 22:23, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655833h0@n4.nabble.com> escreveu:
Sim. Mas antes de qualquer coisa, veja o pacote RcppArmadillo e os documentos de ajuda associados. b
2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>:
Uma última dúvida. É fácil integrar códigos C++ com o R? Utilizei as funções .C() e .Call() para chamar comandos em C para R. Nunca tentei utilizando C++. A construção de pacotes R feitos utilizando funções escritas em C++ também é tranquila?
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 22:04, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu:
Que legal Benilton, vou olhar bem esse pacote. Muito obrigado pelas informações. Vou brincar um pouco com esse pacote. Procurei na web outros pacotes de álgebra linear para C++ mas me parece que esse é o pacote livre mais completo. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 21:31, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
Se vc gostou do Armadillo, divirta-se com o pacote RcppArmadillo. b
2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>:
Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou bastante. Eu gostei muito Benilton da biblioteca de álgebra linear "armadillo". Muito mais fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos C. O problema que quando escrevo algum código matemático em C++ sempre tem uma estrutura procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo usando quase nada de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, acho interessante a facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e alocação dinâmica utilizando C++. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu: > Pedro, > > Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais <escolha o adjetivo> > para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar qualquer linguagem que > se mostre util e nao me force a reinventar a roda. Dito isso, nao vejo > la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que algum especialista em > alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de contra-exemplo; > mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo outros problemas. > > b > > 2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>: > >> Pedro >> >> quando se diz em evitar inverter matrizes é porque muitas contas >> podem >> ser >> feitas sem a inversao explícita >> >> Por exemplo, a conta >> >> X'V^{-1}X >> >> pode ser feita evitando inversao a partir da cholesky de V >> que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma vez que já deve >> ter >> sido >> calculada antes para obter as estimativas >> >> No exemplo >> >> cV <- chol(V) >> crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T)) >> >> isto é ***muito*** mais rapido (compare com system.time()) >> do que >> >> t(X) %*% solve(V) %*% X >> >> >> >> >> On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote: >> >>> Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de matrizes é fato >>> mas >>> infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar com modelos de >>> regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo de inversas de >>> matrizes para o cálculo da estrutura de covariância de tal >>> estimador. >>> [ ], >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>> >>> Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael >>> <[hidden email]> escreveu: >>>> >>>> Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo computacional >>>> bastante elevado. Atualmente programo em C e programei muito pouco >>>> em >>>> C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em C++ perdem muito >>>> desempenho em comparação à C considerando que a programação em >>>> ambas >>>> as linguagens sejam eficientes? Você tem boas experiências na >>>> utilização de C++ para programação estatística e para uso em >>>> simulações? >>>> >>>> Gostei bastante dessa biblioteca que você me passou, muito >>>> interessante. Não conhecia. A única biblioteca para álgebra linear >>>> livre que eu conhecia era a GSL. >>>> >>>> [ ], >>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>> >>>> >>>> Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via R-br] >>>> <[hidden email]> escreveu: >>>>> >>>>> Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, entao vc >>>>> esta' >>>>> fazendo algo errado"... >>>>> >>>>> Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a oferecer. >>>>> >>>>> b >>>>> >>>>> 2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>: >>>>> >>>>>> Pessoal gostaria de saber qual uma boa biblioteca livre de C para >>>>>> trabalhar com operações matriciais como inversas e produtos de >>>>>> matrizes. Qualquer dica será interessante. >>>>>> >>>>>> [ ] Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>>> _______________________________________________ >>>>>> R-br mailing list >>>>>> [hidden email] >>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>>> forneça >>>>>> código mínimo reproduzível. >>>>> >>>>> _______________________________________________ >>>>> R-br mailing list >>>>> [hidden email] >>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>> forneça >>>>> código >>>>> mínimo reproduzível. >>>>> >>>>> >>>>> ________________________________ >>>>> If you reply to this email, your message will be added to the >>>>> discussion >>>>> below: >>>>> >>>>> >>>>> >>>>> >>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... >>>>> To unsubscribe from R-br, click here. >>>>> NAML >>> >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> [hidden email] >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>> código mínimo reproduzível. >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código >> mínimo reproduzível. > _______________________________________________ > R-br mailing list > [hidden email] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código > mínimo reproduzível. > > > ________________________________ > If you reply to this email, your message will be added to the > discussion > below: > > > http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... > To unsubscribe from R-br, click here. > NAML _______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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Não compreendi os exemplos. Vou dar uma lida maior e buscar mais coisas na net. Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 10 de agosto de 2012 23:04, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655836h93@n4.nabble.com> escreveu:
No básico do basico... Envolva sua função em um extern. Dai use o .Call
Sent from a mobile device
On Aug 11, 2012 2:42 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote:
Interessante. Com o comando RcppArmadillo.package.skeleton é possível criar a estrutura de diretórios de um pacote R. Digamos que eu tenha um código C++ e queria arrumar ele para fazer um pacote para o R. Eu queria entender como se da essa comunicação. Só a filosofia mesmo. Eu entendo como criar um pacote do R utilizando o sistema de orientação à objeto S3 e sei que existe outras como S4 e R5. O que não consigo entender bem é como comunicar o código C/C++ com o R e como se dá a comunicação desses códigos (C/C++) com o R. Vi que posso chamar códigos do R para o C++ mas acho que o mais interessante é o contrário. Como chamar um código otimizado de C++ para R e criar um pacote caso seja conveniente. Alguém poderia me dar um exemplo com uma função bem simplória só para entender por alto como funciona?
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 22:23, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
Sim. Mas antes de qualquer coisa, veja o pacote RcppArmadillo e os documentos de ajuda associados. b
2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>:
Uma última dúvida. É fácil integrar códigos C++ com o R? Utilizei as funções .C() e .Call() para chamar comandos em C para R. Nunca tentei utilizando C++. A construção de pacotes R feitos utilizando funções escritas em C++ também é tranquila?
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 22:04, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu:
Que legal Benilton, vou olhar bem esse pacote. Muito obrigado pelas informações. Vou brincar um pouco com esse pacote. Procurei na web outros pacotes de álgebra linear para C++ mas me parece que esse é o pacote livre mais completo. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 21:31, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
Se vc gostou do Armadillo, divirta-se com o pacote RcppArmadillo. b
2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>:
> Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou bastante. Eu gostei > muito Benilton da biblioteca de álgebra linear "armadillo". Muito > mais > fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos C. O problema que > quando escrevo algum código matemático em C++ sempre tem uma > estrutura > procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo usando quase nada > de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, acho interessante > a > facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e alocação dinâmica > utilizando C++. > [ ], > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho [via R-br] > <[hidden email]> escreveu: >> Pedro, >> >> Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais <escolha o adjetivo> >> para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar qualquer linguagem >> que >> se mostre util e nao me force a reinventar a roda. Dito isso, nao >> vejo >> la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que algum especialista >> em >> alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de >> contra-exemplo; >> mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo outros >> problemas. >> >> b >> >> 2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>: >> >>> Pedro >>> >>> quando se diz em evitar inverter matrizes é porque muitas contas >>> podem >>> ser >>> feitas sem a inversao explícita >>> >>> Por exemplo, a conta >>> >>> X'V^{-1}X >>> >>> pode ser feita evitando inversao a partir da cholesky de V >>> que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma vez que já >>> deve >>> ter >>> sido >>> calculada antes para obter as estimativas >>> >>> No exemplo >>> >>> cV <- chol(V) >>> crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T)) >>> >>> isto é ***muito*** mais rapido (compare com system.time()) >>> do que >>> >>> t(X) %*% solve(V) %*% X >>> >>> >>> >>> >>> On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote: >>> >>>> Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de matrizes é >>>> fato >>>> mas >>>> infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar com modelos de >>>> regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo de inversas de >>>> matrizes para o cálculo da estrutura de covariância de tal >>>> estimador. >>>> [ ], >>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>> >>>> >>>> Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael >>>> <[hidden email]> escreveu: >>>>> >>>>> Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo computacional >>>>> bastante elevado. Atualmente programo em C e programei muito >>>>> pouco >>>>> em >>>>> C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em C++ perdem >>>>> muito >>>>> desempenho em comparação à C considerando que a programação em >>>>> ambas >>>>> as linguagens sejam eficientes? Você tem boas experiências na >>>>> utilização de C++ para programação estatística e para uso em >>>>> simulações? >>>>> >>>>> Gostei bastante dessa biblioteca que você me passou, muito >>>>> interessante. Não conhecia. A única biblioteca para álgebra >>>>> linear >>>>> livre que eu conhecia era a GSL. >>>>> >>>>> [ ], >>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>> >>>>> >>>>> Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via R-br] >>>>> <[hidden email]> escreveu: >>>>>> >>>>>> Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, entao vc >>>>>> esta' >>>>>> fazendo algo errado"... >>>>>> >>>>>> Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a oferecer. >>>>>> >>>>>> b >>>>>> >>>>>> 2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>: >>>>>> >>>>>>> Pessoal gostaria de saber qual uma boa biblioteca livre de C >>>>>>> para >>>>>>> trabalhar com operações matriciais como inversas e produtos de >>>>>>> matrizes. Qualquer dica será interessante. >>>>>>> >>>>>>> [ ] Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>> R-br mailing list >>>>>>> [hidden email] >>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>>>> forneça >>>>>>> código mínimo reproduzível. >>>>>> >>>>>> _______________________________________________ >>>>>> R-br mailing list >>>>>> [hidden email] >>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>>> forneça >>>>>> código >>>>>> mínimo reproduzível. >>>>>> >>>>>> >>>>>> ________________________________ >>>>>> If you reply to this email, your message will be added to the >>>>>> discussion >>>>>> below: >>>>>> >>>>>> >>>>>> >>>>>> >>>>>> >>>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... >>>>>> To unsubscribe from R-br, click here. >>>>>> NAML >>>> >>>> _______________________________________________ >>>> R-br mailing list >>>> [hidden email] >>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>> forneça >>>> código mínimo reproduzível. >>> >>> >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> [hidden email] >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>> forneça >>> código >>> mínimo reproduzível. >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >> forneça >> código >> mínimo reproduzível. >> >> >> ________________________________ >> If you reply to this email, your message will be added to the >> discussion >> below: >> >> >> >> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... >> To unsubscribe from R-br, click here. >> NAML > _______________________________________________ > R-br mailing list > [hidden email] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. _______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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Pessoal estou tendo um problema com a biblioteca armadillo no linux fedora. Quando vou calcular o determinante de uma matriz muito pequena funciona mas quando a minha matriz é grande ocorre o seguinte erro: error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled Já instalei as bibliotecas cmake, blas-devel, lapack-devel, atlas-devel, boost-devel mas o erro permanece. Alguém já teve isso ou poderia dar uma dica de como corrigir esse problema? Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 10 de agosto de 2012 23:58, Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
Não compreendi os exemplos. Vou dar uma lida maior e buscar mais coisas na net.
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 23:04, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655836h93@n4.nabble.com> escreveu:
No básico do basico... Envolva sua função em um extern. Dai use o .Call
Sent from a mobile device
On Aug 11, 2012 2:42 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote:
Interessante. Com o comando RcppArmadillo.package.skeleton é possível criar a estrutura de diretórios de um pacote R. Digamos que eu tenha um código C++ e queria arrumar ele para fazer um pacote para o R. Eu queria entender como se da essa comunicação. Só a filosofia mesmo. Eu entendo como criar um pacote do R utilizando o sistema de orientação à objeto S3 e sei que existe outras como S4 e R5. O que não consigo entender bem é como comunicar o código C/C++ com o R e como se dá a comunicação desses códigos (C/C++) com o R. Vi que posso chamar códigos do R para o C++ mas acho que o mais interessante é o contrário. Como chamar um código otimizado de C++ para R e criar um pacote caso seja conveniente. Alguém poderia me dar um exemplo com uma função bem simplória só para entender por alto como funciona?
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 22:23, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
Sim. Mas antes de qualquer coisa, veja o pacote RcppArmadillo e os documentos de ajuda associados. b
2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>:
Uma última dúvida. É fácil integrar códigos C++ com o R? Utilizei as funções .C() e .Call() para chamar comandos em C para R. Nunca tentei utilizando C++. A construção de pacotes R feitos utilizando funções escritas em C++ também é tranquila?
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 22:04, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu:
Que legal Benilton, vou olhar bem esse pacote. Muito obrigado pelas informações. Vou brincar um pouco com esse pacote. Procurei na web outros pacotes de álgebra linear para C++ mas me parece que esse é o pacote livre mais completo. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 21:31, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu: > Se vc gostou do Armadillo, divirta-se com o pacote RcppArmadillo. b > > 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: > >> Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou bastante. Eu gostei >> muito Benilton da biblioteca de álgebra linear "armadillo". Muito >> mais >> fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos C. O problema que >> quando escrevo algum código matemático em C++ sempre tem uma >> estrutura >> procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo usando quase nada >> de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, acho interessante >> a >> facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e alocação dinâmica >> utilizando C++. >> [ ], >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >> Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho [via R-br] >> <[hidden email]> escreveu: >>> Pedro, >>> >>> Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais <escolha o adjetivo> >>> para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar qualquer linguagem >>> que >>> se mostre util e nao me force a reinventar a roda. Dito isso, nao >>> vejo >>> la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que algum especialista >>> em >>> alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de >>> contra-exemplo; >>> mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo outros >>> problemas. >>> >>> b >>> >>> 2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>: >>> >>>> Pedro >>>> >>>> quando se diz em evitar inverter matrizes é porque muitas contas >>>> podem >>>> ser >>>> feitas sem a inversao explícita >>>> >>>> Por exemplo, a conta >>>> >>>> X'V^{-1}X >>>> >>>> pode ser feita evitando inversao a partir da cholesky de V >>>> que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma vez que já >>>> deve >>>> ter >>>> sido >>>> calculada antes para obter as estimativas >>>> >>>> No exemplo >>>> >>>> cV <- chol(V) >>>> crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T)) >>>> >>>> isto é ***muito*** mais rapido (compare com system.time()) >>>> do que >>>> >>>> t(X) %*% solve(V) %*% X >>>> >>>> >>>> >>>> >>>> On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote: >>>> >>>>> Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de matrizes é >>>>> fato >>>>> mas >>>>> infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar com modelos de >>>>> regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo de inversas de >>>>> matrizes para o cálculo da estrutura de covariância de tal >>>>> estimador. >>>>> [ ], >>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>> >>>>> >>>>> Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael >>>>> <[hidden email]> escreveu: >>>>>> >>>>>> Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo computacional >>>>>> bastante elevado. Atualmente programo em C e programei muito >>>>>> pouco >>>>>> em >>>>>> C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em C++ perdem >>>>>> muito >>>>>> desempenho em comparação à C considerando que a programação em >>>>>> ambas >>>>>> as linguagens sejam eficientes? Você tem boas experiências na >>>>>> utilização de C++ para programação estatística e para uso em >>>>>> simulações? >>>>>> >>>>>> Gostei bastante dessa biblioteca que você me passou, muito >>>>>> interessante. Não conhecia. A única biblioteca para álgebra >>>>>> linear >>>>>> livre que eu conhecia era a GSL. >>>>>> >>>>>> [ ], >>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>>> >>>>>> >>>>>> Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via R-br] >>>>>> <[hidden email]> escreveu: >>>>>>> >>>>>>> Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, entao vc >>>>>>> esta' >>>>>>> fazendo algo errado"... >>>>>>> >>>>>>> Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a oferecer. >>>>>>> >>>>>>> b >>>>>>> >>>>>>> 2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>: >>>>>>> >>>>>>>> Pessoal gostaria de saber qual uma boa biblioteca livre de C >>>>>>>> para >>>>>>>> trabalhar com operações matriciais como inversas e produtos de >>>>>>>> matrizes. Qualquer dica será interessante. >>>>>>>> >>>>>>>> [ ] Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>>> R-br mailing list >>>>>>>> [hidden email] >>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>>>>> forneça >>>>>>>> código mínimo reproduzível. >>>>>>> >>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>> R-br mailing list >>>>>>> [hidden email] >>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>>>> forneça >>>>>>> código >>>>>>> mínimo reproduzível. >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> ________________________________ >>>>>>> If you reply to this email, your message will be added to the >>>>>>> discussion >>>>>>> below: >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... >>>>>>> To unsubscribe from R-br, click here. >>>>>>> NAML >>>>> >>>>> _______________________________________________ >>>>> R-br mailing list >>>>> [hidden email] >>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>> forneça >>>>> código mínimo reproduzível. >>>> >>>> >>>> _______________________________________________ >>>> R-br mailing list >>>> [hidden email] >>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>> forneça >>>> código >>>> mínimo reproduzível. >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> [hidden email] >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>> forneça >>> código >>> mínimo reproduzível. >>> >>> >>> ________________________________ >>> If you reply to this email, your message will be added to the >>> discussion >>> below: >>> >>> >>> >>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... >>> To unsubscribe from R-br, click here. >>> NAML >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. > _______________________________________________ > R-br mailing list > [hidden email] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código > mínimo reproduzível. > > > ________________________________ > If you reply to this email, your message will be added to the > discussion > below: > > > http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... > To unsubscribe from R-br, click here. > NAML
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Vc precisa linkar p lapack blas g++ -O2 -lapack -lblas programa.cpp Obvio, não testado. Adicionalmente, p matriz grande vc deveria usar log_det. Sent from a mobile device On Aug 13, 2012 12:44 AM, "Pedro Rafael" <pedro.rafael.marinho@gmail.com> wrote:
Pessoal estou tendo um problema com a biblioteca armadillo no linux fedora. Quando vou calcular o determinante de uma matriz muito pequena funciona mas quando a minha matriz é grande ocorre o seguinte erro:
error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled
Já instalei as bibliotecas cmake, blas-devel, lapack-devel, atlas-devel, boost-devel mas o erro permanece. Alguém já teve isso ou poderia dar uma dica de como corrigir esse problema?
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 23:58, Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
Não compreendi os exemplos. Vou dar uma lida maior e buscar mais coisas na net.
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 23:04, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655836h93@n4.nabble.com> escreveu:
No básico do basico... Envolva sua função em um extern. Dai use o .Call
Sent from a mobile device
On Aug 11, 2012 2:42 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote:
Interessante. Com o comando RcppArmadillo.package.skeleton é possível criar a estrutura de diretórios de um pacote R. Digamos que eu tenha um código C++ e queria arrumar ele para fazer um pacote para o R. Eu queria entender como se da essa comunicação. Só a filosofia mesmo. Eu entendo como criar um pacote do R utilizando o sistema de orientação à objeto S3 e sei que existe outras como S4 e R5. O que não consigo entender bem é como comunicar o código C/C++ com o R e como se dá a comunicação desses códigos (C/C++) com o R. Vi que posso chamar códigos do R para o C++ mas acho que o mais interessante é o contrário. Como chamar um código otimizado de C++ para R e criar um pacote caso seja conveniente. Alguém poderia me dar um exemplo com uma função bem simplória só para entender por alto como funciona?
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 22:23, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
Sim. Mas antes de qualquer coisa, veja o pacote RcppArmadillo e os documentos de ajuda associados. b
2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>:
Uma última dúvida. É fácil integrar códigos C++ com o R? Utilizei as funções .C() e .Call() para chamar comandos em C para R. Nunca
tentei
utilizando C++. A construção de pacotes R feitos utilizando funções escritas em C++ também é tranquila?
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 22:04, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu: > Que legal Benilton, vou olhar bem esse pacote. Muito obrigado pelas > informações. Vou brincar um pouco com esse pacote. Procurei na web > outros pacotes de álgebra linear para C++ mas me parece que esse é o > pacote livre mais completo. > [ ], > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 10 de agosto de 2012 21:31, beniltoncarvalho [via R-br] > <[hidden email]> escreveu: >> Se vc gostou do Armadillo, divirta-se com o pacote RcppArmadillo. b >> >> 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: >> >>> Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou bastante. Eu gostei >>> muito Benilton da biblioteca de álgebra linear "armadillo". Muito >>> mais >>> fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos C. O problema que >>> quando escrevo algum código matemático em C++ sempre tem uma >>> estrutura >>> procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo usando quase nada >>> de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, acho interessante >>> a >>> facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e alocação dinâmica >>> utilizando C++. >>> [ ], >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>> >>> Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho [via R-br] >>> <[hidden email]> escreveu: >>>> Pedro, >>>> >>>> Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais <escolha o adjetivo> >>>> para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar qualquer linguagem >>>> que >>>> se mostre util e nao me force a reinventar a roda. Dito isso, nao >>>> vejo >>>> la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que algum especialista >>>> em >>>> alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de >>>> contra-exemplo; >>>> mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo outros >>>> problemas. >>>> >>>> b >>>> >>>> 2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>: >>>> >>>>> Pedro >>>>> >>>>> quando se diz em evitar inverter matrizes é porque muitas contas >>>>> podem >>>>> ser >>>>> feitas sem a inversao explícita >>>>> >>>>> Por exemplo, a conta >>>>> >>>>> X'V^{-1}X >>>>> >>>>> pode ser feita evitando inversao a partir da cholesky de V >>>>> que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma vez que já >>>>> deve >>>>> ter >>>>> sido >>>>> calculada antes para obter as estimativas >>>>> >>>>> No exemplo >>>>> >>>>> cV <- chol(V) >>>>> crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T)) >>>>> >>>>> isto é ***muito*** mais rapido (compare com system.time()) >>>>> do que >>>>> >>>>> t(X) %*% solve(V) %*% X >>>>> >>>>> >>>>> >>>>> >>>>> On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote: >>>>> >>>>>> Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de matrizes é >>>>>> fato >>>>>> mas >>>>>> infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar com modelos de >>>>>> regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo de inversas de >>>>>> matrizes para o cálculo da estrutura de covariância de tal >>>>>> estimador. >>>>>> [ ], >>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>>> >>>>>> >>>>>> Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael >>>>>> <[hidden email]> escreveu: >>>>>>> >>>>>>> Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo computacional >>>>>>> bastante elevado. Atualmente programo em C e programei muito >>>>>>> pouco >>>>>>> em >>>>>>> C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em C++ perdem >>>>>>> muito >>>>>>> desempenho em comparação à C considerando que a programação em >>>>>>> ambas >>>>>>> as linguagens sejam eficientes? Você tem boas experiências na >>>>>>> utilização de C++ para programação estatística e para uso em >>>>>>> simulações? >>>>>>> >>>>>>> Gostei bastante dessa biblioteca que você me passou, muito >>>>>>> interessante. Não conhecia. A única biblioteca para álgebra >>>>>>> linear >>>>>>> livre que eu conhecia era a GSL. >>>>>>> >>>>>>> [ ], >>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via R-br] >>>>>>> <[hidden email]> escreveu: >>>>>>>> >>>>>>>> Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, entao vc >>>>>>>> esta' >>>>>>>> fazendo algo errado"... >>>>>>>> >>>>>>>> Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a oferecer. >>>>>>>> >>>>>>>> b >>>>>>>> >>>>>>>> 2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>: >>>>>>>> >>>>>>>>> Pessoal gostaria de saber qual uma boa biblioteca livre de C >>>>>>>>> para >>>>>>>>> trabalhar com operações matriciais como inversas e produtos de >>>>>>>>> matrizes. Qualquer dica será interessante. >>>>>>>>> >>>>>>>>> [ ] Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>>>> R-br mailing list >>>>>>>>> [hidden email] >>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>>>>>> forneça >>>>>>>>> código mínimo reproduzível. >>>>>>>> >>>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>>> R-br mailing list >>>>>>>> [hidden email] >>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>>>>> forneça >>>>>>>> código >>>>>>>> mínimo reproduzível. >>>>>>>> >>>>>>>> >>>>>>>> ________________________________ >>>>>>>> If you reply to this email, your message will be added to the >>>>>>>> discussion >>>>>>>> below: >>>>>>>> >>>>>>>> >>>>>>>> >>>>>>>> >>>>>>>> >>>>>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... >>>>>>>> To unsubscribe from R-br, click here. >>>>>>>> NAML >>>>>> >>>>>> _______________________________________________ >>>>>> R-br mailing list >>>>>> [hidden email] >>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>>> forneça >>>>>> código mínimo reproduzível. >>>>> >>>>> >>>>> _______________________________________________ >>>>> R-br mailing list >>>>> [hidden email] >>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>> forneça >>>>> código >>>>> mínimo reproduzível. >>>> _______________________________________________ >>>> R-br mailing list >>>> [hidden email] >>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>> forneça >>>> código >>>> mínimo reproduzível. >>>> >>>> >>>> ________________________________ >>>> If you reply to this email, your message will be added to the >>>> discussion >>>> below: >>>> >>>> >>>> >>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... >>>> To unsubscribe from R-br, click here. >>>> NAML >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> [hidden email] >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>> código mínimo reproduzível. >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código >> mínimo reproduzível. >> >> >> ________________________________ >> If you reply to this email, your message will be added to the >> discussion >> below: >> >> >> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... >> To unsubscribe from R-br, click here. >> NAML _______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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Olá Benilton, como vai? O programa que estou testando é bem simples. Na verdade a matriz é pequena, 5 por 5. Veja: #include<iostream> #include"armadillo" using namespace arma; int main() { mat A = randu<mat>(5,5); double x = det(A); return 0; } Compilei como você me indicou e obtive o seguinte erro. /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:117:6: warning: #warning "*** Detected GCC 4.7.0 / 4.7.1, which has a regression (bug)" [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:118:6: warning: #warning "*** See http://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=53549 " [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:119:6: warning: #warning "*** A partial workaround for the bug has been activated, " [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:120:6: warning: #warning "*** which reduces some functionality in fixed-size matrices " [-Wcpp] /usr/bin/ld: cannot find -lapack collect2: error: ld returned 1 exit status [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 12 de agosto de 2012 22:06, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655841h48@n4.nabble.com> escreveu:
Vc precisa linkar p lapack blas
g++ -O2 -lapack -lblas programa.cpp
Obvio, não testado. Adicionalmente, p matriz grande vc deveria usar log_det.
Sent from a mobile device
On Aug 13, 2012 12:44 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote:
Pessoal estou tendo um problema com a biblioteca armadillo no linux fedora. Quando vou calcular o determinante de uma matriz muito pequena funciona mas quando a minha matriz é grande ocorre o seguinte erro:
error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled
Já instalei as bibliotecas cmake, blas-devel, lapack-devel, atlas-devel, boost-devel mas o erro permanece. Alguém já teve isso ou poderia dar uma dica de como corrigir esse problema?
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 23:58, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu:
Não compreendi os exemplos. Vou dar uma lida maior e buscar mais coisas na net.
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 23:04, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
No básico do basico... Envolva sua função em um extern. Dai use o .Call
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On Aug 11, 2012 2:42 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote:
Interessante. Com o comando RcppArmadillo.package.skeleton é possível criar a estrutura de diretórios de um pacote R. Digamos que eu tenha um código C++ e queria arrumar ele para fazer um pacote para o R. Eu queria entender como se da essa comunicação. Só a filosofia mesmo. Eu entendo como criar um pacote do R utilizando o sistema de orientação à objeto S3 e sei que existe outras como S4 e R5. O que não consigo entender bem é como comunicar o código C/C++ com o R e como se dá a comunicação desses códigos (C/C++) com o R. Vi que posso chamar códigos do R para o C++ mas acho que o mais interessante é o contrário. Como chamar um código otimizado de C++ para R e criar um pacote caso seja conveniente. Alguém poderia me dar um exemplo com uma função bem simplória só para entender por alto como funciona?
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 22:23, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
Sim. Mas antes de qualquer coisa, veja o pacote RcppArmadillo e os documentos de ajuda associados. b
2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>:
> Uma última dúvida. É fácil integrar códigos C++ com o R? Utilizei > as > funções .C() e .Call() para chamar comandos em C para R. Nunca > tentei > utilizando C++. A construção de pacotes R feitos utilizando funções > escritas em C++ também é tranquila? > > > Obrigado, > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 10 de agosto de 2012 22:04, Pedro Rafael > <[hidden email]> escreveu: >> Que legal Benilton, vou olhar bem esse pacote. Muito obrigado >> pelas >> informações. Vou brincar um pouco com esse pacote. Procurei na >> web >> outros pacotes de álgebra linear para C++ mas me parece que esse é >> o >> pacote livre mais completo. >> [ ], >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >> Em 10 de agosto de 2012 21:31, beniltoncarvalho [via R-br] >> <[hidden email]> escreveu: >>> Se vc gostou do Armadillo, divirta-se com o pacote RcppArmadillo. >>> b >>> >>> 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: >>> >>>> Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou bastante. Eu >>>> gostei >>>> muito Benilton da biblioteca de álgebra linear "armadillo". >>>> Muito >>>> mais >>>> fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos C. O problema >>>> que >>>> quando escrevo algum código matemático em C++ sempre tem uma >>>> estrutura >>>> procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo usando quase >>>> nada >>>> de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, acho >>>> interessante >>>> a >>>> facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e alocação >>>> dinâmica >>>> utilizando C++. >>>> [ ], >>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>> >>>> >>>> Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho [via R-br] >>>> <[hidden email]> escreveu: >>>>> Pedro, >>>>> >>>>> Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais <escolha o >>>>> adjetivo> >>>>> para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar qualquer >>>>> linguagem >>>>> que >>>>> se mostre util e nao me force a reinventar a roda. Dito isso, >>>>> nao >>>>> vejo >>>>> la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que algum >>>>> especialista >>>>> em >>>>> alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de >>>>> contra-exemplo; >>>>> mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo outros >>>>> problemas. >>>>> >>>>> b >>>>> >>>>> 2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>: >>>>> >>>>>> Pedro >>>>>> >>>>>> quando se diz em evitar inverter matrizes é porque muitas >>>>>> contas >>>>>> podem >>>>>> ser >>>>>> feitas sem a inversao explícita >>>>>> >>>>>> Por exemplo, a conta >>>>>> >>>>>> X'V^{-1}X >>>>>> >>>>>> pode ser feita evitando inversao a partir da cholesky de V >>>>>> que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma vez que já >>>>>> deve >>>>>> ter >>>>>> sido >>>>>> calculada antes para obter as estimativas >>>>>> >>>>>> No exemplo >>>>>> >>>>>> cV <- chol(V) >>>>>> crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T)) >>>>>> >>>>>> isto é ***muito*** mais rapido (compare com system.time()) >>>>>> do que >>>>>> >>>>>> t(X) %*% solve(V) %*% X >>>>>> >>>>>> >>>>>> >>>>>> >>>>>> On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote: >>>>>> >>>>>>> Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de matrizes é >>>>>>> fato >>>>>>> mas >>>>>>> infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar com modelos >>>>>>> de >>>>>>> regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo de >>>>>>> inversas de >>>>>>> matrizes para o cálculo da estrutura de covariância de tal >>>>>>> estimador. >>>>>>> [ ], >>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael >>>>>>> <[hidden email]> escreveu: >>>>>>>> >>>>>>>> Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo >>>>>>>> computacional >>>>>>>> bastante elevado. Atualmente programo em C e programei muito >>>>>>>> pouco >>>>>>>> em >>>>>>>> C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em C++ >>>>>>>> perdem >>>>>>>> muito >>>>>>>> desempenho em comparação à C considerando que a programação >>>>>>>> em >>>>>>>> ambas >>>>>>>> as linguagens sejam eficientes? Você tem boas experiências >>>>>>>> na >>>>>>>> utilização de C++ para programação estatística e para uso em >>>>>>>> simulações? >>>>>>>> >>>>>>>> Gostei bastante dessa biblioteca que você me passou, muito >>>>>>>> interessante. Não conhecia. A única biblioteca para álgebra >>>>>>>> linear >>>>>>>> livre que eu conhecia era a GSL. >>>>>>>> >>>>>>>> [ ], >>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>>>>> >>>>>>>> >>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via R-br] >>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: >>>>>>>>> >>>>>>>>> Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, entao >>>>>>>>> vc >>>>>>>>> esta' >>>>>>>>> fazendo algo errado"... >>>>>>>>> >>>>>>>>> Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a oferecer. >>>>>>>>> >>>>>>>>> b >>>>>>>>> >>>>>>>>> 2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>: >>>>>>>>> >>>>>>>>>> Pessoal gostaria de saber qual uma boa biblioteca livre de >>>>>>>>>> C >>>>>>>>>> para >>>>>>>>>> trabalhar com operações matriciais como inversas e >>>>>>>>>> produtos de >>>>>>>>>> matrizes. Qualquer dica será interessante. >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> [ ] Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>>>>> R-br mailing list >>>>>>>>>> [hidden email] >>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) >>>>>>>>>> e >>>>>>>>>> forneça >>>>>>>>>> código mínimo reproduzível. >>>>>>>>> >>>>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>>>> R-br mailing list >>>>>>>>> [hidden email] >>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) >>>>>>>>> e >>>>>>>>> forneça >>>>>>>>> código >>>>>>>>> mínimo reproduzível. >>>>>>>>> >>>>>>>>> >>>>>>>>> ________________________________ >>>>>>>>> If you reply to this email, your message will be added to >>>>>>>>> the >>>>>>>>> discussion >>>>>>>>> below: >>>>>>>>> >>>>>>>>> >>>>>>>>> >>>>>>>>> >>>>>>>>> >>>>>>>>> >>>>>>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... >>>>>>>>> To unsubscribe from R-br, click here. >>>>>>>>> NAML >>>>>>> >>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>> R-br mailing list >>>>>>> [hidden email] >>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>>>> forneça >>>>>>> código mínimo reproduzível. >>>>>> >>>>>> >>>>>> _______________________________________________ >>>>>> R-br mailing list >>>>>> [hidden email] >>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>>> forneça >>>>>> código >>>>>> mínimo reproduzível. >>>>> _______________________________________________ >>>>> R-br mailing list >>>>> [hidden email] >>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>> forneça >>>>> código >>>>> mínimo reproduzível. >>>>> >>>>> >>>>> ________________________________ >>>>> If you reply to this email, your message will be added to the >>>>> discussion >>>>> below: >>>>> >>>>> >>>>> >>>>> >>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... >>>>> To unsubscribe from R-br, click here. >>>>> NAML >>>> _______________________________________________ >>>> R-br mailing list >>>> [hidden email] >>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>> forneça >>>> código mínimo reproduzível. >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> [hidden email] >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>> forneça >>> código >>> mínimo reproduzível. >>> >>> >>> ________________________________ >>> If you reply to this email, your message will be added to the >>> discussion >>> below: >>> >>> >>> >>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... >>> To unsubscribe from R-br, click here. >>> NAML > _______________________________________________ > R-br mailing list > [hidden email] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e > forneça > código mínimo reproduzível. _______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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auto correct fail -llapack -lblas Sent from a mobile device On Aug 13, 2012 2:11 AM, "Pedro Rafael" <pedro.rafael.marinho@gmail.com> wrote:
Olá Benilton, como vai? O programa que estou testando é bem simples. Na verdade a matriz é pequena, 5 por 5. Veja:
#include<iostream> #include"armadillo"
using namespace arma;
int main() { mat A = randu<mat>(5,5); double x = det(A); return 0; }
Compilei como você me indicou e obtive o seguinte erro.
/usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:117:6: warning: #warning "*** Detected GCC 4.7.0 / 4.7.1, which has a regression (bug)" [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:118:6: warning: #warning "*** See http://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=53549 " [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:119:6: warning: #warning "*** A partial workaround for the bug has been activated, " [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:120:6: warning: #warning "*** which reduces some functionality in fixed-size matrices " [-Wcpp] /usr/bin/ld: cannot find -lapack collect2: error: ld returned 1 exit status
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 12 de agosto de 2012 22:06, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655841h48@n4.nabble.com> escreveu:
Vc precisa linkar p lapack blas
g++ -O2 -lapack -lblas programa.cpp
Obvio, não testado. Adicionalmente, p matriz grande vc deveria usar log_det.
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On Aug 13, 2012 12:44 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote:
Pessoal estou tendo um problema com a biblioteca armadillo no linux fedora. Quando vou calcular o determinante de uma matriz muito pequena funciona mas quando a minha matriz é grande ocorre o seguinte erro:
error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled
Já instalei as bibliotecas cmake, blas-devel, lapack-devel, atlas-devel, boost-devel mas o erro permanece. Alguém já teve isso ou poderia dar uma dica de como corrigir esse problema?
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 23:58, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu:
Não compreendi os exemplos. Vou dar uma lida maior e buscar mais
coisas
na net.
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 23:04, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
No básico do basico... Envolva sua função em um extern. Dai use o .Call
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On Aug 11, 2012 2:42 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote:
Interessante. Com o comando RcppArmadillo.package.skeleton é
possível
criar a estrutura de diretórios de um pacote R. Digamos que eu tenha um código C++ e queria arrumar ele para fazer um pacote para o R. Eu queria entender como se da essa comunicação. Só a filosofia mesmo. Eu entendo como criar um pacote do R utilizando o sistema de orientação à objeto S3 e sei que existe outras como S4 e R5. O que não consigo entender bem é como comunicar o código C/C++ com o R e como se dá a comunicação desses códigos (C/C++) com o R. Vi que posso chamar códigos do R para o C++ mas acho que o mais interessante é o contrário. Como chamar um código otimizado de C++ para R e criar um pacote caso seja conveniente. Alguém poderia me dar um exemplo com uma função bem simplória só para entender por alto como funciona?
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 22:23, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
> Sim. Mas antes de qualquer coisa, veja o pacote RcppArmadillo e os > documentos de ajuda associados. b > > 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: > >> Uma última dúvida. É fácil integrar códigos C++ com o R? Utilizei >> as >> funções .C() e .Call() para chamar comandos em C para R. Nunca >> tentei >> utilizando C++. A construção de pacotes R feitos utilizando funções >> escritas em C++ também é tranquila? >> >> >> Obrigado, >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >> Em 10 de agosto de 2012 22:04, Pedro Rafael >> <[hidden email]> escreveu: >>> Que legal Benilton, vou olhar bem esse pacote. Muito obrigado >>> pelas >>> informações. Vou brincar um pouco com esse pacote. Procurei na >>> web >>> outros pacotes de álgebra linear para C++ mas me parece que esse é >>> o >>> pacote livre mais completo. >>> [ ], >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>> >>> Em 10 de agosto de 2012 21:31, beniltoncarvalho [via R-br] >>> <[hidden email]> escreveu: >>>> Se vc gostou do Armadillo, divirta-se com o pacote RcppArmadillo. >>>> b >>>> >>>> 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: >>>> >>>>> Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou bastante. Eu >>>>> gostei >>>>> muito Benilton da biblioteca de álgebra linear "armadillo". >>>>> Muito >>>>> mais >>>>> fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos C. O problema >>>>> que >>>>> quando escrevo algum código matemático em C++ sempre tem uma >>>>> estrutura >>>>> procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo usando quase >>>>> nada >>>>> de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, acho >>>>> interessante >>>>> a >>>>> facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e alocação >>>>> dinâmica >>>>> utilizando C++. >>>>> [ ], >>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>> >>>>> >>>>> Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho [via R-br] >>>>> <[hidden email]> escreveu: >>>>>> Pedro, >>>>>> >>>>>> Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais <escolha o >>>>>> adjetivo> >>>>>> para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar qualquer >>>>>> linguagem >>>>>> que >>>>>> se mostre util e nao me force a reinventar a roda. Dito isso, >>>>>> nao >>>>>> vejo >>>>>> la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que algum >>>>>> especialista >>>>>> em >>>>>> alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de >>>>>> contra-exemplo; >>>>>> mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo outros >>>>>> problemas. >>>>>> >>>>>> b >>>>>> >>>>>> 2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>: >>>>>> >>>>>>> Pedro >>>>>>> >>>>>>> quando se diz em evitar inverter matrizes é porque muitas >>>>>>> contas >>>>>>> podem >>>>>>> ser >>>>>>> feitas sem a inversao explícita >>>>>>> >>>>>>> Por exemplo, a conta >>>>>>> >>>>>>> X'V^{-1}X >>>>>>> >>>>>>> pode ser feita evitando inversao a partir da cholesky de V >>>>>>> que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma vez que já >>>>>>> deve >>>>>>> ter >>>>>>> sido >>>>>>> calculada antes para obter as estimativas >>>>>>> >>>>>>> No exemplo >>>>>>> >>>>>>> cV <- chol(V) >>>>>>> crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T)) >>>>>>> >>>>>>> isto é ***muito*** mais rapido (compare com system.time()) >>>>>>> do que >>>>>>> >>>>>>> t(X) %*% solve(V) %*% X >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote: >>>>>>> >>>>>>>> Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de matrizes é >>>>>>>> fato >>>>>>>> mas >>>>>>>> infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar com modelos >>>>>>>> de >>>>>>>> regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo de >>>>>>>> inversas de >>>>>>>> matrizes para o cálculo da estrutura de covariância de tal >>>>>>>> estimador. >>>>>>>> [ ], >>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>>>>> >>>>>>>> >>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael >>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: >>>>>>>>> >>>>>>>>> Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo >>>>>>>>> computacional >>>>>>>>> bastante elevado. Atualmente programo em C e programei muito >>>>>>>>> pouco >>>>>>>>> em >>>>>>>>> C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em C++ >>>>>>>>> perdem >>>>>>>>> muito >>>>>>>>> desempenho em comparação à C considerando que a programação >>>>>>>>> em >>>>>>>>> ambas >>>>>>>>> as linguagens sejam eficientes? Você tem boas experiências >>>>>>>>> na >>>>>>>>> utilização de C++ para programação estatística e para uso em >>>>>>>>> simulações? >>>>>>>>> >>>>>>>>> Gostei bastante dessa biblioteca que você me passou, muito >>>>>>>>> interessante. Não conhecia. A única biblioteca para álgebra >>>>>>>>> linear >>>>>>>>> livre que eu conhecia era a GSL. >>>>>>>>> >>>>>>>>> [ ], >>>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>>>>>> >>>>>>>>> >>>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via R-br] >>>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, entao >>>>>>>>>> vc >>>>>>>>>> esta' >>>>>>>>>> fazendo algo errado"... >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a oferecer. >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> b >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> 2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>: >>>>>>>>>> >>>>>>>>>>> Pessoal gostaria de saber qual uma boa biblioteca livre de >>>>>>>>>>> C >>>>>>>>>>> para >>>>>>>>>>> trabalhar com operações matriciais como inversas e >>>>>>>>>>> produtos de >>>>>>>>>>> matrizes. Qualquer dica será interessante. >>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>> [ ] Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>>>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>>>>>> R-br mailing list >>>>>>>>>>> [hidden email] >>>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>>>>>>> Leia o guia de postagem ( http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) >>>>>>>>>>> e >>>>>>>>>>> forneça >>>>>>>>>>> código mínimo reproduzível. >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>>>>> R-br mailing list >>>>>>>>>> [hidden email] >>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>>>>>> Leia o guia de postagem ( http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) >>>>>>>>>> e >>>>>>>>>> forneça >>>>>>>>>> código >>>>>>>>>> mínimo reproduzível. >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> ________________________________ >>>>>>>>>> If you reply to this email, your message will be added to >>>>>>>>>> the >>>>>>>>>> discussion >>>>>>>>>> below: >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... >>>>>>>>>> To unsubscribe from R-br, click here. >>>>>>>>>> NAML >>>>>>>> >>>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>>> R-br mailing list >>>>>>>> [hidden email] >>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>>>>> forneça >>>>>>>> código mínimo reproduzível. >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>> R-br mailing list >>>>>>> [hidden email] >>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>>>> forneça >>>>>>> código >>>>>>> mínimo reproduzível. >>>>>> _______________________________________________ >>>>>> R-br mailing list >>>>>> [hidden email] >>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>>> forneça >>>>>> código >>>>>> mínimo reproduzível. >>>>>> >>>>>> >>>>>> ________________________________ >>>>>> If you reply to this email, your message will be added to the >>>>>> discussion >>>>>> below: >>>>>> >>>>>> >>>>>> >>>>>> >>>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... >>>>>> To unsubscribe from R-br, click here. >>>>>> NAML >>>>> _______________________________________________ >>>>> R-br mailing list >>>>> [hidden email] >>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>> forneça >>>>> código mínimo reproduzível. >>>> _______________________________________________ >>>> R-br mailing list >>>> [hidden email] >>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>> forneça >>>> código >>>> mínimo reproduzível. >>>> >>>> >>>> ________________________________ >>>> If you reply to this email, your message will be added to the >>>> discussion >>>> below: >>>> >>>> >>>> >>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... >>>> To unsubscribe from R-br, click here. >>>> NAML >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >> forneça >> código mínimo reproduzível. > _______________________________________________ > R-br mailing list > [hidden email] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código > mínimo reproduzível. > > > ________________________________ > If you reply to this email, your message will be added to the > discussion > below: > > > http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... > To unsubscribe from R-br, click here. > NAML _______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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Valeu Benilton. O problema da compilação n ocorre. Possivelmente as bibliotecas necessárias estão instaladas. Ocorre erro na hora de executar o programa. O erro é: error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled terminate called after throwing an instance of 'std::logic_error' what(): Abortado (imagem do núcleo gravada) [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 12 de agosto de 2012 22:29, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655843h10@n4.nabble.com> escreveu:
auto correct fail
-llapack -lblas
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On Aug 13, 2012 2:11 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote:
Olá Benilton, como vai? O programa que estou testando é bem simples. Na verdade a matriz é pequena, 5 por 5. Veja:
#include<iostream> #include"armadillo"
using namespace arma;
int main() { mat A = randu<mat>(5,5); double x = det(A); return 0; }
Compilei como você me indicou e obtive o seguinte erro.
/usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:117:6: warning: #warning "*** Detected GCC 4.7.0 / 4.7.1, which has a regression (bug)" [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:118:6: warning: #warning "*** See http://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=53549 " [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:119:6: warning: #warning "*** A partial workaround for the bug has been activated, " [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:120:6: warning: #warning "*** which reduces some functionality in fixed-size matrices " [-Wcpp] /usr/bin/ld: cannot find -lapack collect2: error: ld returned 1 exit status
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 12 de agosto de 2012 22:06, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
Vc precisa linkar p lapack blas
g++ -O2 -lapack -lblas programa.cpp
Obvio, não testado. Adicionalmente, p matriz grande vc deveria usar log_det.
Sent from a mobile device
On Aug 13, 2012 12:44 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote:
Pessoal estou tendo um problema com a biblioteca armadillo no linux fedora. Quando vou calcular o determinante de uma matriz muito pequena funciona mas quando a minha matriz é grande ocorre o seguinte erro:
error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled
Já instalei as bibliotecas cmake, blas-devel, lapack-devel, atlas-devel, boost-devel mas o erro permanece. Alguém já teve isso ou poderia dar uma dica de como corrigir esse problema?
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 23:58, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu:
Não compreendi os exemplos. Vou dar uma lida maior e buscar mais coisas na net.
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 23:04, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
No básico do basico... Envolva sua função em um extern. Dai use o .Call
Sent from a mobile device
On Aug 11, 2012 2:42 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote: > > Interessante. Com o comando RcppArmadillo.package.skeleton é > possível > criar a estrutura de diretórios de um pacote R. Digamos que eu > tenha > um código C++ e queria arrumar ele para fazer um pacote para o R. > Eu > queria entender como se da essa comunicação. Só a filosofia mesmo. > Eu > entendo como criar um pacote do R utilizando o sistema de > orientação à > objeto S3 e sei que existe outras como S4 e R5. O que não consigo > entender bem é como comunicar o código C/C++ com o R e como se dá a > comunicação desses códigos (C/C++) com o R. Vi que posso chamar > códigos do R para o C++ mas acho que o mais interessante é o > contrário. Como chamar um código otimizado de C++ para R e criar > um > pacote caso seja conveniente. Alguém poderia me dar um exemplo com > uma > função bem simplória só para entender por alto como funciona? > > Obrigado, > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 10 de agosto de 2012 22:23, beniltoncarvalho [via R-br] > <[hidden email]> escreveu: > > > Sim. Mas antes de qualquer coisa, veja o pacote RcppArmadillo e > > os > > documentos de ajuda associados. b > > > > 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: > > > >> Uma última dúvida. É fácil integrar códigos C++ com o R? > >> Utilizei > >> as > >> funções .C() e .Call() para chamar comandos em C para R. Nunca > >> tentei > >> utilizando C++. A construção de pacotes R feitos utilizando > >> funções > >> escritas em C++ também é tranquila? > >> > >> > >> Obrigado, > >> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >> > >> > >> Em 10 de agosto de 2012 22:04, Pedro Rafael > >> <[hidden email]> escreveu: > >>> Que legal Benilton, vou olhar bem esse pacote. Muito obrigado > >>> pelas > >>> informações. Vou brincar um pouco com esse pacote. Procurei na > >>> web > >>> outros pacotes de álgebra linear para C++ mas me parece que > >>> esse é > >>> o > >>> pacote livre mais completo. > >>> [ ], > >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >>> > >>> > >>> Em 10 de agosto de 2012 21:31, beniltoncarvalho [via R-br] > >>> <[hidden email]> escreveu: > >>>> Se vc gostou do Armadillo, divirta-se com o pacote > >>>> RcppArmadillo. > >>>> b > >>>> > >>>> 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: > >>>> > >>>>> Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou bastante. Eu > >>>>> gostei > >>>>> muito Benilton da biblioteca de álgebra linear "armadillo". > >>>>> Muito > >>>>> mais > >>>>> fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos C. O > >>>>> problema > >>>>> que > >>>>> quando escrevo algum código matemático em C++ sempre tem uma > >>>>> estrutura > >>>>> procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo usando > >>>>> quase > >>>>> nada > >>>>> de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, acho > >>>>> interessante > >>>>> a > >>>>> facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e alocação > >>>>> dinâmica > >>>>> utilizando C++. > >>>>> [ ], > >>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >>>>> > >>>>> > >>>>> Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho [via R-br] > >>>>> <[hidden email]> escreveu: > >>>>>> Pedro, > >>>>>> > >>>>>> Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais <escolha o > >>>>>> adjetivo> > >>>>>> para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar qualquer > >>>>>> linguagem > >>>>>> que > >>>>>> se mostre util e nao me force a reinventar a roda. Dito > >>>>>> isso, > >>>>>> nao > >>>>>> vejo > >>>>>> la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que algum > >>>>>> especialista > >>>>>> em > >>>>>> alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de > >>>>>> contra-exemplo; > >>>>>> mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo outros > >>>>>> problemas. > >>>>>> > >>>>>> b > >>>>>> > >>>>>> 2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>: > >>>>>> > >>>>>>> Pedro > >>>>>>> > >>>>>>> quando se diz em evitar inverter matrizes é porque muitas > >>>>>>> contas > >>>>>>> podem > >>>>>>> ser > >>>>>>> feitas sem a inversao explícita > >>>>>>> > >>>>>>> Por exemplo, a conta > >>>>>>> > >>>>>>> X'V^{-1}X > >>>>>>> > >>>>>>> pode ser feita evitando inversao a partir da cholesky de V > >>>>>>> que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma vez que > >>>>>>> já > >>>>>>> deve > >>>>>>> ter > >>>>>>> sido > >>>>>>> calculada antes para obter as estimativas > >>>>>>> > >>>>>>> No exemplo > >>>>>>> > >>>>>>> cV <- chol(V) > >>>>>>> crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T)) > >>>>>>> > >>>>>>> isto é ***muito*** mais rapido (compare com system.time()) > >>>>>>> do que > >>>>>>> > >>>>>>> t(X) %*% solve(V) %*% X > >>>>>>> > >>>>>>> > >>>>>>> > >>>>>>> > >>>>>>> On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote: > >>>>>>> > >>>>>>>> Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de > >>>>>>>> matrizes é > >>>>>>>> fato > >>>>>>>> mas > >>>>>>>> infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar com > >>>>>>>> modelos > >>>>>>>> de > >>>>>>>> regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo de > >>>>>>>> inversas de > >>>>>>>> matrizes para o cálculo da estrutura de covariância de tal > >>>>>>>> estimador. > >>>>>>>> [ ], > >>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >>>>>>>> > >>>>>>>> > >>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael > >>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: > >>>>>>>>> > >>>>>>>>> Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo > >>>>>>>>> computacional > >>>>>>>>> bastante elevado. Atualmente programo em C e programei > >>>>>>>>> muito > >>>>>>>>> pouco > >>>>>>>>> em > >>>>>>>>> C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em C++ > >>>>>>>>> perdem > >>>>>>>>> muito > >>>>>>>>> desempenho em comparação à C considerando que a > >>>>>>>>> programação > >>>>>>>>> em > >>>>>>>>> ambas > >>>>>>>>> as linguagens sejam eficientes? Você tem boas > >>>>>>>>> experiências > >>>>>>>>> na > >>>>>>>>> utilização de C++ para programação estatística e para uso > >>>>>>>>> em > >>>>>>>>> simulações? > >>>>>>>>> > >>>>>>>>> Gostei bastante dessa biblioteca que você me passou, > >>>>>>>>> muito > >>>>>>>>> interessante. Não conhecia. A única biblioteca para > >>>>>>>>> álgebra > >>>>>>>>> linear > >>>>>>>>> livre que eu conhecia era a GSL. > >>>>>>>>> > >>>>>>>>> [ ], > >>>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >>>>>>>>> > >>>>>>>>> > >>>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via R-br] > >>>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, > >>>>>>>>>> entao > >>>>>>>>>> vc > >>>>>>>>>> esta' > >>>>>>>>>> fazendo algo errado"... > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a > >>>>>>>>>> oferecer. > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> b > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> 2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>: > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>>> Pessoal gostaria de saber qual uma boa biblioteca livre > >>>>>>>>>>> de > >>>>>>>>>>> C > >>>>>>>>>>> para > >>>>>>>>>>> trabalhar com operações matriciais como inversas e > >>>>>>>>>>> produtos de > >>>>>>>>>>> matrizes. Qualquer dica será interessante. > >>>>>>>>>>> > >>>>>>>>>>> [ ] Pedro Rafael Diniz Marinho. > >>>>>>>>>>> _______________________________________________ > >>>>>>>>>>> R-br mailing list > >>>>>>>>>>> [hidden email] > >>>>>>>>>>> > >>>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>>>>>>>>>> Leia o guia de postagem > >>>>>>>>>>> (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) > >>>>>>>>>>> e > >>>>>>>>>>> forneça > >>>>>>>>>>> código mínimo reproduzível. > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> _______________________________________________ > >>>>>>>>>> R-br mailing list > >>>>>>>>>> [hidden email] > >>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>>>>>>>>> Leia o guia de postagem > >>>>>>>>>> (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) > >>>>>>>>>> e > >>>>>>>>>> forneça > >>>>>>>>>> código > >>>>>>>>>> mínimo reproduzível. > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> ________________________________ > >>>>>>>>>> If you reply to this email, your message will be added > >>>>>>>>>> to > >>>>>>>>>> the > >>>>>>>>>> discussion > >>>>>>>>>> below: > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> > >>>>>>>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... > >>>>>>>>>> To unsubscribe from R-br, click here. > >>>>>>>>>> NAML > >>>>>>>> > >>>>>>>> _______________________________________________ > >>>>>>>> R-br mailing list > >>>>>>>> [hidden email] > >>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) > >>>>>>>> e > >>>>>>>> forneça > >>>>>>>> código mínimo reproduzível. > >>>>>>> > >>>>>>> > >>>>>>> _______________________________________________ > >>>>>>> R-br mailing list > >>>>>>> [hidden email] > >>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) > >>>>>>> e > >>>>>>> forneça > >>>>>>> código > >>>>>>> mínimo reproduzível. > >>>>>> _______________________________________________ > >>>>>> R-br mailing list > >>>>>> [hidden email] > >>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e > >>>>>> forneça > >>>>>> código > >>>>>> mínimo reproduzível. > >>>>>> > >>>>>> > >>>>>> ________________________________ > >>>>>> If you reply to this email, your message will be added to > >>>>>> the > >>>>>> discussion > >>>>>> below: > >>>>>> > >>>>>> > >>>>>> > >>>>>> > >>>>>> > >>>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... > >>>>>> To unsubscribe from R-br, click here. > >>>>>> NAML > >>>>> _______________________________________________ > >>>>> R-br mailing list > >>>>> [hidden email] > >>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e > >>>>> forneça > >>>>> código mínimo reproduzível. > >>>> _______________________________________________ > >>>> R-br mailing list > >>>> [hidden email] > >>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e > >>>> forneça > >>>> código > >>>> mínimo reproduzível. > >>>> > >>>> > >>>> ________________________________ > >>>> If you reply to this email, your message will be added to the > >>>> discussion > >>>> below: > >>>> > >>>> > >>>> > >>>> > >>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... > >>>> To unsubscribe from R-br, click here. > >>>> NAML > >> _______________________________________________ > >> R-br mailing list > >> [hidden email] > >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e > >> forneça > >> código mínimo reproduzível. > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > [hidden email] > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e > > forneça > > código > > mínimo reproduzível. > > > > > > ________________________________ > > If you reply to this email, your message will be added to the > > discussion > > below: > > > > > > > > http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... > > To unsubscribe from R-br, click here. > > NAML > _______________________________________________ > R-br mailing list > [hidden email] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e > forneça > código mínimo reproduzível.
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Tentei remover a biblioteca armadillo e instalar as dependências necessárias e no final reinstalei. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 12 de agosto de 2012 22:34, Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
Valeu Benilton. O problema da compilação n ocorre. Possivelmente as bibliotecas necessárias estão instaladas. Ocorre erro na hora de executar o programa. O erro é:
error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled terminate called after throwing an instance of 'std::logic_error' what(): Abortado (imagem do núcleo gravada)
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 12 de agosto de 2012 22:29, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655843h10@n4.nabble.com> escreveu:
auto correct fail
-llapack -lblas
Sent from a mobile device
On Aug 13, 2012 2:11 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote:
Olá Benilton, como vai? O programa que estou testando é bem simples. Na verdade a matriz é pequena, 5 por 5. Veja:
#include<iostream> #include"armadillo"
using namespace arma;
int main() { mat A = randu<mat>(5,5); double x = det(A); return 0; }
Compilei como você me indicou e obtive o seguinte erro.
/usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:117:6: warning: #warning "*** Detected GCC 4.7.0 / 4.7.1, which has a regression (bug)" [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:118:6: warning: #warning "*** See http://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=53549 " [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:119:6: warning: #warning "*** A partial workaround for the bug has been activated, " [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:120:6: warning: #warning "*** which reduces some functionality in fixed-size matrices " [-Wcpp] /usr/bin/ld: cannot find -lapack collect2: error: ld returned 1 exit status
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 12 de agosto de 2012 22:06, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
Vc precisa linkar p lapack blas
g++ -O2 -lapack -lblas programa.cpp
Obvio, não testado. Adicionalmente, p matriz grande vc deveria usar log_det.
Sent from a mobile device
On Aug 13, 2012 12:44 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote:
Pessoal estou tendo um problema com a biblioteca armadillo no linux fedora. Quando vou calcular o determinante de uma matriz muito pequena funciona mas quando a minha matriz é grande ocorre o seguinte erro:
error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled
Já instalei as bibliotecas cmake, blas-devel, lapack-devel, atlas-devel, boost-devel mas o erro permanece. Alguém já teve isso ou poderia dar uma dica de como corrigir esse problema?
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 23:58, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu:
Não compreendi os exemplos. Vou dar uma lida maior e buscar mais coisas na net.
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 23:04, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
> No básico do basico... Envolva sua função em um extern. Dai use o > .Call > > Sent from a mobile device > > On Aug 11, 2012 2:42 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote: >> >> Interessante. Com o comando RcppArmadillo.package.skeleton é >> possível >> criar a estrutura de diretórios de um pacote R. Digamos que eu >> tenha >> um código C++ e queria arrumar ele para fazer um pacote para o R. >> Eu >> queria entender como se da essa comunicação. Só a filosofia mesmo. >> Eu >> entendo como criar um pacote do R utilizando o sistema de >> orientação à >> objeto S3 e sei que existe outras como S4 e R5. O que não consigo >> entender bem é como comunicar o código C/C++ com o R e como se dá a >> comunicação desses códigos (C/C++) com o R. Vi que posso chamar >> códigos do R para o C++ mas acho que o mais interessante é o >> contrário. Como chamar um código otimizado de C++ para R e criar >> um >> pacote caso seja conveniente. Alguém poderia me dar um exemplo com >> uma >> função bem simplória só para entender por alto como funciona? >> >> Obrigado, >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >> Em 10 de agosto de 2012 22:23, beniltoncarvalho [via R-br] >> <[hidden email]> escreveu: >> >> > Sim. Mas antes de qualquer coisa, veja o pacote RcppArmadillo e >> > os >> > documentos de ajuda associados. b >> > >> > 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: >> > >> >> Uma última dúvida. É fácil integrar códigos C++ com o R? >> >> Utilizei >> >> as >> >> funções .C() e .Call() para chamar comandos em C para R. Nunca >> >> tentei >> >> utilizando C++. A construção de pacotes R feitos utilizando >> >> funções >> >> escritas em C++ também é tranquila? >> >> >> >> >> >> Obrigado, >> >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >> >> >> >> Em 10 de agosto de 2012 22:04, Pedro Rafael >> >> <[hidden email]> escreveu: >> >>> Que legal Benilton, vou olhar bem esse pacote. Muito obrigado >> >>> pelas >> >>> informações. Vou brincar um pouco com esse pacote. Procurei na >> >>> web >> >>> outros pacotes de álgebra linear para C++ mas me parece que >> >>> esse é >> >>> o >> >>> pacote livre mais completo. >> >>> [ ], >> >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >>> >> >>> >> >>> Em 10 de agosto de 2012 21:31, beniltoncarvalho [via R-br] >> >>> <[hidden email]> escreveu: >> >>>> Se vc gostou do Armadillo, divirta-se com o pacote >> >>>> RcppArmadillo. >> >>>> b >> >>>> >> >>>> 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: >> >>>> >> >>>>> Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou bastante. Eu >> >>>>> gostei >> >>>>> muito Benilton da biblioteca de álgebra linear "armadillo". >> >>>>> Muito >> >>>>> mais >> >>>>> fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos C. O >> >>>>> problema >> >>>>> que >> >>>>> quando escrevo algum código matemático em C++ sempre tem uma >> >>>>> estrutura >> >>>>> procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo usando >> >>>>> quase >> >>>>> nada >> >>>>> de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, acho >> >>>>> interessante >> >>>>> a >> >>>>> facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e alocação >> >>>>> dinâmica >> >>>>> utilizando C++. >> >>>>> [ ], >> >>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >>>>> >> >>>>> >> >>>>> Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho [via R-br] >> >>>>> <[hidden email]> escreveu: >> >>>>>> Pedro, >> >>>>>> >> >>>>>> Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais <escolha o >> >>>>>> adjetivo> >> >>>>>> para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar qualquer >> >>>>>> linguagem >> >>>>>> que >> >>>>>> se mostre util e nao me force a reinventar a roda. Dito >> >>>>>> isso, >> >>>>>> nao >> >>>>>> vejo >> >>>>>> la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que algum >> >>>>>> especialista >> >>>>>> em >> >>>>>> alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de >> >>>>>> contra-exemplo; >> >>>>>> mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo outros >> >>>>>> problemas. >> >>>>>> >> >>>>>> b >> >>>>>> >> >>>>>> 2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>: >> >>>>>> >> >>>>>>> Pedro >> >>>>>>> >> >>>>>>> quando se diz em evitar inverter matrizes é porque muitas >> >>>>>>> contas >> >>>>>>> podem >> >>>>>>> ser >> >>>>>>> feitas sem a inversao explícita >> >>>>>>> >> >>>>>>> Por exemplo, a conta >> >>>>>>> >> >>>>>>> X'V^{-1}X >> >>>>>>> >> >>>>>>> pode ser feita evitando inversao a partir da cholesky de V >> >>>>>>> que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma vez que >> >>>>>>> já >> >>>>>>> deve >> >>>>>>> ter >> >>>>>>> sido >> >>>>>>> calculada antes para obter as estimativas >> >>>>>>> >> >>>>>>> No exemplo >> >>>>>>> >> >>>>>>> cV <- chol(V) >> >>>>>>> crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T)) >> >>>>>>> >> >>>>>>> isto é ***muito*** mais rapido (compare com system.time()) >> >>>>>>> do que >> >>>>>>> >> >>>>>>> t(X) %*% solve(V) %*% X >> >>>>>>> >> >>>>>>> >> >>>>>>> >> >>>>>>> >> >>>>>>> On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote: >> >>>>>>> >> >>>>>>>> Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de >> >>>>>>>> matrizes é >> >>>>>>>> fato >> >>>>>>>> mas >> >>>>>>>> infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar com >> >>>>>>>> modelos >> >>>>>>>> de >> >>>>>>>> regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo de >> >>>>>>>> inversas de >> >>>>>>>> matrizes para o cálculo da estrutura de covariância de tal >> >>>>>>>> estimador. >> >>>>>>>> [ ], >> >>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >>>>>>>> >> >>>>>>>> >> >>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael >> >>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: >> >>>>>>>>> >> >>>>>>>>> Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo >> >>>>>>>>> computacional >> >>>>>>>>> bastante elevado. Atualmente programo em C e programei >> >>>>>>>>> muito >> >>>>>>>>> pouco >> >>>>>>>>> em >> >>>>>>>>> C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em C++ >> >>>>>>>>> perdem >> >>>>>>>>> muito >> >>>>>>>>> desempenho em comparação à C considerando que a >> >>>>>>>>> programação >> >>>>>>>>> em >> >>>>>>>>> ambas >> >>>>>>>>> as linguagens sejam eficientes? Você tem boas >> >>>>>>>>> experiências >> >>>>>>>>> na >> >>>>>>>>> utilização de C++ para programação estatística e para uso >> >>>>>>>>> em >> >>>>>>>>> simulações? >> >>>>>>>>> >> >>>>>>>>> Gostei bastante dessa biblioteca que você me passou, >> >>>>>>>>> muito >> >>>>>>>>> interessante. Não conhecia. A única biblioteca para >> >>>>>>>>> álgebra >> >>>>>>>>> linear >> >>>>>>>>> livre que eu conhecia era a GSL. >> >>>>>>>>> >> >>>>>>>>> [ ], >> >>>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >>>>>>>>> >> >>>>>>>>> >> >>>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via R-br] >> >>>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: >> >>>>>>>>>> >> >>>>>>>>>> Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, >> >>>>>>>>>> entao >> >>>>>>>>>> vc >> >>>>>>>>>> esta' >> >>>>>>>>>> fazendo algo errado"... >> >>>>>>>>>> >> >>>>>>>>>> Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a >> >>>>>>>>>> oferecer. >> >>>>>>>>>> >> >>>>>>>>>> b >> >>>>>>>>>> >> >>>>>>>>>> 2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>: >> >>>>>>>>>> >> >>>>>>>>>>> Pessoal gostaria de saber qual uma boa biblioteca livre >> >>>>>>>>>>> de >> >>>>>>>>>>> C >> >>>>>>>>>>> para >> >>>>>>>>>>> trabalhar com operações matriciais como inversas e >> >>>>>>>>>>> produtos de >> >>>>>>>>>>> matrizes. Qualquer dica será interessante. >> >>>>>>>>>>> >> >>>>>>>>>>> [ ] Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >>>>>>>>>>> _______________________________________________ >> >>>>>>>>>>> R-br mailing list >> >>>>>>>>>>> [hidden email] >> >>>>>>>>>>> >> >>>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> >>>>>>>>>>> Leia o guia de postagem >> >>>>>>>>>>> (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) >> >>>>>>>>>>> e >> >>>>>>>>>>> forneça >> >>>>>>>>>>> código mínimo reproduzível. >> >>>>>>>>>> >> >>>>>>>>>> _______________________________________________ >> >>>>>>>>>> R-br mailing list >> >>>>>>>>>> [hidden email] >> >>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> >>>>>>>>>> Leia o guia de postagem >> >>>>>>>>>> (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) >> >>>>>>>>>> e >> >>>>>>>>>> forneça >> >>>>>>>>>> código >> >>>>>>>>>> mínimo reproduzível. >> >>>>>>>>>> >> >>>>>>>>>> >> >>>>>>>>>> ________________________________ >> >>>>>>>>>> If you reply to this email, your message 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Será que é alguma coisa com o sistema operacional? [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 12 de agosto de 2012 22:36, Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
Tentei remover a biblioteca armadillo e instalar as dependências necessárias e no final reinstalei. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 12 de agosto de 2012 22:34, Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
Valeu Benilton. O problema da compilação n ocorre. Possivelmente as bibliotecas necessárias estão instaladas. Ocorre erro na hora de executar o programa. O erro é:
error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled terminate called after throwing an instance of 'std::logic_error' what(): Abortado (imagem do núcleo gravada)
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 12 de agosto de 2012 22:29, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655843h10@n4.nabble.com> escreveu:
auto correct fail
-llapack -lblas
Sent from a mobile device
On Aug 13, 2012 2:11 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote:
Olá Benilton, como vai? O programa que estou testando é bem simples. Na verdade a matriz é pequena, 5 por 5. Veja:
#include<iostream> #include"armadillo"
using namespace arma;
int main() { mat A = randu<mat>(5,5); double x = det(A); return 0; }
Compilei como você me indicou e obtive o seguinte erro.
/usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:117:6: warning: #warning "*** Detected GCC 4.7.0 / 4.7.1, which has a regression (bug)" [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:118:6: warning: #warning "*** See http://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=53549 " [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:119:6: warning: #warning "*** A partial workaround for the bug has been activated, " [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:120:6: warning: #warning "*** which reduces some functionality in fixed-size matrices " [-Wcpp] /usr/bin/ld: cannot find -lapack collect2: error: ld returned 1 exit status
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 12 de agosto de 2012 22:06, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
Vc precisa linkar p lapack blas
g++ -O2 -lapack -lblas programa.cpp
Obvio, não testado. Adicionalmente, p matriz grande vc deveria usar log_det.
Sent from a mobile device
On Aug 13, 2012 12:44 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote:
Pessoal estou tendo um problema com a biblioteca armadillo no linux fedora. Quando vou calcular o determinante de uma matriz muito pequena funciona mas quando a minha matriz é grande ocorre o seguinte erro:
error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled
Já instalei as bibliotecas cmake, blas-devel, lapack-devel, atlas-devel, boost-devel mas o erro permanece. Alguém já teve isso ou poderia dar uma dica de como corrigir esse problema?
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 23:58, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu:
> Não compreendi os exemplos. Vou dar uma lida maior e buscar mais > coisas > na net. > > Obrigado, > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 10 de agosto de 2012 23:04, beniltoncarvalho [via R-br] > <[hidden email]> escreveu:
>> No básico do basico... Envolva sua função em um extern. Dai use o >> .Call >> >> Sent from a mobile device >> >> On Aug 11, 2012 2:42 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote: >>> >>> Interessante. Com o comando RcppArmadillo.package.skeleton é >>> possível >>> criar a estrutura de diretórios de um pacote R. Digamos que eu >>> tenha >>> um código C++ e queria arrumar ele para fazer um pacote para o R. >>> Eu >>> queria entender como se da essa comunicação. Só a filosofia mesmo. >>> Eu >>> entendo como criar um pacote do R utilizando o sistema de >>> orientação à >>> objeto S3 e sei que existe outras como S4 e R5. O que não consigo >>> entender bem é como comunicar o código C/C++ com o R e como se dá a >>> comunicação desses códigos (C/C++) com o R. Vi que posso chamar >>> códigos do R para o C++ mas acho que o mais interessante é o >>> contrário. Como chamar um código otimizado de C++ para R e criar >>> um >>> pacote caso seja conveniente. Alguém poderia me dar um exemplo com >>> uma >>> função bem simplória só para entender por alto como funciona? >>> >>> Obrigado, >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>> >>> Em 10 de agosto de 2012 22:23, beniltoncarvalho [via R-br] >>> <[hidden email]> escreveu: >>> >>> > Sim. Mas antes de qualquer coisa, veja o pacote RcppArmadillo e >>> > os >>> > documentos de ajuda associados. b >>> > >>> > 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: >>> > >>> >> Uma última dúvida. É fácil integrar códigos C++ com o R? >>> >> Utilizei >>> >> as >>> >> funções .C() e .Call() para chamar comandos em C para R. Nunca >>> >> tentei >>> >> utilizando C++. A construção de pacotes R feitos utilizando >>> >> funções >>> >> escritas em C++ também é tranquila? >>> >> >>> >> >>> >> Obrigado, >>> >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >> >>> >> >>> >> Em 10 de agosto de 2012 22:04, Pedro Rafael >>> >> <[hidden email]> escreveu: >>> >>> Que legal Benilton, vou olhar bem esse pacote. Muito obrigado >>> >>> pelas >>> >>> informações. Vou brincar um pouco com esse pacote. Procurei na >>> >>> web >>> >>> outros pacotes de álgebra linear para C++ mas me parece que >>> >>> esse é >>> >>> o >>> >>> pacote livre mais completo. >>> >>> [ ], >>> >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>> >>> >>> >>> >>> Em 10 de agosto de 2012 21:31, beniltoncarvalho [via R-br] >>> >>> <[hidden email]> escreveu: >>> >>>> Se vc gostou do Armadillo, divirta-se com o pacote >>> >>>> RcppArmadillo. >>> >>>> b >>> >>>> >>> >>>> 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: >>> >>>> >>> >>>>> Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou bastante. Eu >>> >>>>> gostei >>> >>>>> muito Benilton da biblioteca de álgebra linear "armadillo". >>> >>>>> Muito >>> >>>>> mais >>> >>>>> fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos C. O >>> >>>>> problema >>> >>>>> que >>> >>>>> quando escrevo algum código matemático em C++ sempre tem uma >>> >>>>> estrutura >>> >>>>> procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo usando >>> >>>>> quase >>> >>>>> nada >>> >>>>> de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, acho >>> >>>>> interessante >>> >>>>> a >>> >>>>> facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e alocação >>> >>>>> dinâmica >>> >>>>> utilizando C++. >>> >>>>> [ ], >>> >>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>>>> >>> >>>>> >>> >>>>> Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho [via R-br] >>> >>>>> <[hidden email]> escreveu: >>> >>>>>> Pedro, >>> >>>>>> >>> >>>>>> Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais <escolha o >>> >>>>>> adjetivo> >>> >>>>>> para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar qualquer >>> >>>>>> linguagem >>> >>>>>> que >>> >>>>>> se mostre util e nao me force a reinventar a roda. Dito >>> >>>>>> isso, >>> >>>>>> nao >>> >>>>>> vejo >>> >>>>>> la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que algum >>> >>>>>> especialista >>> >>>>>> em >>> >>>>>> alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de >>> >>>>>> contra-exemplo; >>> >>>>>> mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo outros >>> >>>>>> problemas. >>> >>>>>> >>> >>>>>> b >>> >>>>>> >>> >>>>>> 2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>: >>> >>>>>> >>> >>>>>>> Pedro >>> >>>>>>> >>> >>>>>>> quando se diz em evitar inverter matrizes é porque muitas >>> >>>>>>> contas >>> >>>>>>> podem >>> >>>>>>> ser >>> >>>>>>> feitas sem a inversao explícita >>> >>>>>>> >>> >>>>>>> Por exemplo, a conta >>> >>>>>>> >>> >>>>>>> X'V^{-1}X >>> >>>>>>> >>> >>>>>>> pode ser feita evitando inversao a partir da cholesky de V >>> >>>>>>> que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma vez que >>> >>>>>>> já >>> >>>>>>> deve >>> >>>>>>> ter >>> >>>>>>> sido >>> >>>>>>> calculada antes para obter as estimativas >>> >>>>>>> >>> >>>>>>> No exemplo >>> >>>>>>> >>> >>>>>>> cV <- chol(V) >>> >>>>>>> crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T)) >>> >>>>>>> >>> >>>>>>> isto é ***muito*** mais rapido (compare com system.time()) >>> >>>>>>> do que >>> >>>>>>> >>> >>>>>>> t(X) %*% solve(V) %*% X >>> >>>>>>> >>> >>>>>>> >>> >>>>>>> >>> >>>>>>> >>> >>>>>>> On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote: >>> >>>>>>> >>> >>>>>>>> Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de >>> >>>>>>>> matrizes é >>> >>>>>>>> fato >>> >>>>>>>> mas >>> >>>>>>>> infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar com >>> >>>>>>>> modelos >>> >>>>>>>> de >>> >>>>>>>> regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo de >>> >>>>>>>> inversas de >>> >>>>>>>> matrizes para o cálculo da estrutura de covariância de tal >>> >>>>>>>> estimador. >>> >>>>>>>> [ ], >>> >>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>>>>>>> >>> >>>>>>>> >>> >>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael >>> >>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: >>> >>>>>>>>> >>> >>>>>>>>> Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo >>> >>>>>>>>> computacional >>> >>>>>>>>> bastante elevado. Atualmente programo em C e programei >>> >>>>>>>>> muito >>> >>>>>>>>> pouco >>> >>>>>>>>> em >>> >>>>>>>>> C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em C++ >>> >>>>>>>>> perdem >>> >>>>>>>>> muito >>> >>>>>>>>> desempenho em comparação à C considerando que a >>> >>>>>>>>> programação >>> >>>>>>>>> em >>> >>>>>>>>> ambas >>> >>>>>>>>> as linguagens sejam eficientes? Você tem boas >>> >>>>>>>>> experiências >>> >>>>>>>>> na >>> >>>>>>>>> utilização de C++ para programação estatística e para uso >>> >>>>>>>>> em >>> >>>>>>>>> simulações? >>> >>>>>>>>> >>> >>>>>>>>> Gostei bastante dessa biblioteca que você me passou, >>> >>>>>>>>> muito >>> >>>>>>>>> interessante. Não conhecia. A única biblioteca para >>> >>>>>>>>> álgebra >>> >>>>>>>>> linear >>> >>>>>>>>> livre que eu conhecia era a GSL. >>> >>>>>>>>> >>> >>>>>>>>> [ ], >>> >>>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>>>>>>>> >>> >>>>>>>>> >>> >>>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via R-br] >>> >>>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: >>> >>>>>>>>>> >>> >>>>>>>>>> Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, >>> >>>>>>>>>> entao >>> >>>>>>>>>> vc >>> >>>>>>>>>> esta' >>> >>>>>>>>>> fazendo algo errado"... >>> >>>>>>>>>> >>> >>>>>>>>>> Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a >>> >>>>>>>>>> oferecer. >>> >>>>>>>>>> >>> >>>>>>>>>> b >>> >>>>>>>>>> >>> >>>>>>>>>> 2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>: >>> >>>>>>>>>> >>> >>>>>>>>>>> Pessoal gostaria de saber qual uma boa biblioteca livre >>> >>>>>>>>>>> de >>> >>>>>>>>>>> C >>> >>>>>>>>>>> para >>> >>>>>>>>>>> trabalhar com operações matriciais como inversas e >>> >>>>>>>>>>> produtos de >>> >>>>>>>>>>> matrizes. Qualquer dica será interessante. >>> >>>>>>>>>>> >>> >>>>>>>>>>> [ ] Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>>>>>>>>>> _______________________________________________ >>> >>>>>>>>>>> R-br mailing list >>> >>>>>>>>>>> [hidden email] >>> >>>>>>>>>>> >>> >>>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> >>>>>>>>>>> Leia o guia de postagem >>> >>>>>>>>>>> (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) >>> >>>>>>>>>>> e >>> >>>>>>>>>>> forneça >>> >>>>>>>>>>> código mínimo reproduzível. >>> >>>>>>>>>> >>> >>>>>>>>>> _______________________________________________ >>> >>>>>>>>>> R-br mailing list >>> >>>>>>>>>> [hidden email] >>> >>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> >>>>>>>>>> Leia o guia de postagem >>> >>>>>>>>>> (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) >>> >>>>>>>>>> e >>> >>>>>>>>>> forneça >>> >>>>>>>>>> código >>> >>>>>>>>>> mínimo reproduzível. >>> >>>>>>>>>> >>> >>>>>>>>>> >>> >>>>>>>>>> ________________________________ >>> >>>>>>>>>> If you reply to 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mais provavel vc nao ter habilitado LAPACK/BLAS durante a compilacao do Armadillo... ja' nao lembro exatamente o arquivo, mas ha' um q vc precisa modificar manualmente (caso esteja fazendo a instalacao manual) e deixar algo como define ARMA_USE_LAPACK define ARMA_USE_BLAS b 2012/8/13 Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com>:
Será que é alguma coisa com o sistema operacional? [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 12 de agosto de 2012 22:36, Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
Tentei remover a biblioteca armadillo e instalar as dependências necessárias e no final reinstalei. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 12 de agosto de 2012 22:34, Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
Valeu Benilton. O problema da compilação n ocorre. Possivelmente as bibliotecas necessárias estão instaladas. Ocorre erro na hora de executar o programa. O erro é:
error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled terminate called after throwing an instance of 'std::logic_error' what(): Abortado (imagem do núcleo gravada)
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 12 de agosto de 2012 22:29, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655843h10@n4.nabble.com> escreveu:
auto correct fail
-llapack -lblas
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On Aug 13, 2012 2:11 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote:
Olá Benilton, como vai? O programa que estou testando é bem simples. Na verdade a matriz é pequena, 5 por 5. Veja:
#include<iostream> #include"armadillo"
using namespace arma;
int main() { mat A = randu<mat>(5,5); double x = det(A); return 0; }
Compilei como você me indicou e obtive o seguinte erro.
/usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:117:6: warning: #warning "*** Detected GCC 4.7.0 / 4.7.1, which has a regression (bug)" [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:118:6: warning: #warning "*** See http://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=53549 " [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:119:6: warning: #warning "*** A partial workaround for the bug has been activated, " [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:120:6: warning: #warning "*** which reduces some functionality in fixed-size matrices " [-Wcpp] /usr/bin/ld: cannot find -lapack collect2: error: ld returned 1 exit status
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 12 de agosto de 2012 22:06, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
Vc precisa linkar p lapack blas
g++ -O2 -lapack -lblas programa.cpp
Obvio, não testado. Adicionalmente, p matriz grande vc deveria usar log_det.
Sent from a mobile device
On Aug 13, 2012 12:44 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote: > > Pessoal estou tendo um problema com a biblioteca armadillo no linux > fedora. Quando vou calcular o determinante de uma matriz muito pequena > funciona mas quando a minha matriz é grande ocorre o seguinte erro: > > error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled > > Já instalei as bibliotecas cmake, blas-devel, lapack-devel, > atlas-devel, boost-devel mas o erro permanece. Alguém já teve isso ou > poderia dar uma dica de como corrigir esse problema? > > Obrigado, > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 10 de agosto de 2012 23:58, Pedro Rafael > <[hidden email]> escreveu: > > > Não compreendi os exemplos. Vou dar uma lida maior e buscar mais > > coisas > > na net. > > > > Obrigado, > > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > > > > Em 10 de agosto de 2012 23:04, beniltoncarvalho [via R-br] > > <[hidden email]> escreveu: > > >> No básico do basico... Envolva sua função em um extern. Dai use o > >> .Call > >> > >> Sent from a mobile device > >> > >> On Aug 11, 2012 2:42 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote: > >>> > >>> Interessante. Com o comando RcppArmadillo.package.skeleton é > >>> possível > >>> criar a estrutura de diretórios de um pacote R. Digamos que eu > >>> tenha > >>> um código C++ e queria arrumar ele para fazer um pacote para o R. > >>> Eu > >>> queria entender como se da essa comunicação. Só a filosofia mesmo. > >>> Eu > >>> entendo como criar um pacote do R utilizando o sistema de > >>> orientação à > >>> objeto S3 e sei que existe outras como S4 e R5. O que não consigo > >>> entender bem é como comunicar o código C/C++ com o R e como se dá a > >>> comunicação desses códigos (C/C++) com o R. Vi que posso chamar > >>> códigos do R para o C++ mas acho que o mais interessante é o > >>> contrário. Como chamar um código otimizado de C++ para R e criar > >>> um > >>> pacote caso seja conveniente. Alguém poderia me dar um exemplo com > >>> uma > >>> função bem simplória só para entender por alto como funciona? > >>> > >>> Obrigado, > >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >>> > >>> > >>> Em 10 de agosto de 2012 22:23, beniltoncarvalho [via R-br] > >>> <[hidden email]> escreveu: > >>> > >>> > Sim. Mas antes de qualquer coisa, veja o pacote RcppArmadillo e > >>> > os > >>> > documentos de ajuda associados. b > >>> > > >>> > 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: > >>> > > >>> >> Uma última dúvida. É fácil integrar códigos C++ com o R? > >>> >> Utilizei > >>> >> as > >>> >> funções .C() e .Call() para chamar comandos em C para R. Nunca > >>> >> tentei > >>> >> utilizando C++. A construção de pacotes R feitos utilizando > >>> >> funções > >>> >> escritas em C++ também é tranquila? > >>> >> > >>> >> > >>> >> Obrigado, > >>> >> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >>> >> > >>> >> > >>> >> Em 10 de agosto de 2012 22:04, Pedro Rafael > >>> >> <[hidden email]> escreveu: > >>> >>> Que legal Benilton, vou olhar bem esse pacote. Muito obrigado > >>> >>> pelas > >>> >>> informações. Vou brincar um pouco com esse pacote. Procurei na > >>> >>> web > >>> >>> outros pacotes de álgebra linear para C++ mas me parece que > >>> >>> esse é > >>> >>> o > >>> >>> pacote livre mais completo. > >>> >>> [ ], > >>> >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >>> >>> > >>> >>> > >>> >>> Em 10 de agosto de 2012 21:31, beniltoncarvalho [via R-br] > >>> >>> <[hidden email]> escreveu: > >>> >>>> Se vc gostou do Armadillo, divirta-se com o pacote > >>> >>>> RcppArmadillo. > >>> >>>> b > >>> >>>> > >>> >>>> 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: > >>> >>>> > >>> >>>>> Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou bastante. Eu > >>> >>>>> gostei > >>> >>>>> muito Benilton da biblioteca de álgebra linear "armadillo". > >>> >>>>> Muito > >>> >>>>> mais > >>> >>>>> fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos C. O > >>> >>>>> problema > >>> >>>>> que > >>> >>>>> quando escrevo algum código matemático em C++ sempre tem uma > >>> >>>>> estrutura > >>> >>>>> procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo usando > >>> >>>>> quase > >>> >>>>> nada > >>> >>>>> de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, acho > >>> >>>>> interessante > >>> >>>>> a > >>> >>>>> facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e alocação > >>> >>>>> dinâmica > >>> >>>>> utilizando C++. > >>> >>>>> [ ], > >>> >>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >>> >>>>> > >>> >>>>> > >>> >>>>> Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho [via R-br] > >>> >>>>> <[hidden email]> escreveu: > >>> >>>>>> Pedro, > >>> >>>>>> > >>> >>>>>> Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais <escolha o > >>> >>>>>> adjetivo> > >>> >>>>>> para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar qualquer > >>> >>>>>> linguagem > >>> >>>>>> que > >>> >>>>>> se mostre util e nao me force a reinventar a roda. Dito > >>> >>>>>> isso, > >>> >>>>>> nao > >>> >>>>>> vejo > >>> >>>>>> la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que algum > >>> >>>>>> especialista > >>> >>>>>> em > >>> >>>>>> alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de > >>> >>>>>> contra-exemplo; > >>> >>>>>> mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo outros > >>> >>>>>> problemas. > >>> >>>>>> > >>> >>>>>> b > >>> >>>>>> > >>> >>>>>> 2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>: > >>> >>>>>> > >>> >>>>>>> Pedro > >>> >>>>>>> > >>> >>>>>>> quando se diz em evitar inverter matrizes é porque muitas > >>> >>>>>>> contas > >>> >>>>>>> podem > >>> >>>>>>> ser > >>> >>>>>>> feitas sem a inversao explícita > >>> >>>>>>> > >>> >>>>>>> Por exemplo, a conta > >>> >>>>>>> > >>> >>>>>>> X'V^{-1}X > >>> >>>>>>> > >>> >>>>>>> pode ser feita evitando inversao a partir da cholesky de V > >>> >>>>>>> que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma vez que > >>> >>>>>>> já > >>> >>>>>>> deve > >>> >>>>>>> ter > >>> >>>>>>> sido > >>> >>>>>>> calculada antes para obter as estimativas > >>> >>>>>>> > >>> >>>>>>> No exemplo > >>> >>>>>>> > >>> >>>>>>> cV <- chol(V) > >>> >>>>>>> crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T)) > >>> >>>>>>> > >>> >>>>>>> isto é ***muito*** mais rapido (compare com system.time()) > >>> >>>>>>> do que > >>> >>>>>>> > >>> >>>>>>> t(X) %*% solve(V) %*% X > >>> >>>>>>> > >>> >>>>>>> > >>> >>>>>>> > >>> >>>>>>> > >>> >>>>>>> On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote: > >>> >>>>>>> > >>> >>>>>>>> Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de > >>> >>>>>>>> matrizes é > >>> >>>>>>>> fato > >>> >>>>>>>> mas > >>> >>>>>>>> infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar com > >>> >>>>>>>> modelos > >>> >>>>>>>> de > >>> >>>>>>>> regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo de > >>> >>>>>>>> inversas de > >>> >>>>>>>> matrizes para o cálculo da estrutura de covariância de tal > >>> >>>>>>>> estimador. > >>> >>>>>>>> [ ], > >>> >>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >>> >>>>>>>> > >>> >>>>>>>> > >>> >>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael > >>> >>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: > >>> >>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>> Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo > >>> >>>>>>>>> computacional > >>> >>>>>>>>> bastante elevado. Atualmente programo em C e programei > >>> >>>>>>>>> muito > >>> >>>>>>>>> pouco > >>> >>>>>>>>> em > >>> >>>>>>>>> C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em C++ > >>> >>>>>>>>> perdem > >>> >>>>>>>>> muito > >>> >>>>>>>>> desempenho em comparação à C considerando que a > >>> >>>>>>>>> programação > >>> >>>>>>>>> em > >>> >>>>>>>>> ambas > >>> >>>>>>>>> as linguagens sejam eficientes? Você tem boas > >>> >>>>>>>>> experiências > >>> >>>>>>>>> na > >>> >>>>>>>>> utilização de C++ para programação estatística e para uso > >>> >>>>>>>>> em > >>> >>>>>>>>> simulações? > >>> >>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>> Gostei bastante dessa biblioteca que você me passou, > >>> >>>>>>>>> muito > >>> >>>>>>>>> interessante. Não conhecia. A única biblioteca para > >>> >>>>>>>>> álgebra > >>> >>>>>>>>> linear > >>> >>>>>>>>> livre que eu conhecia era a GSL. > >>> >>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>> [ ], > >>> >>>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >>> >>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via R-br] > >>> >>>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: > >>> >>>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>>> Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, > >>> >>>>>>>>>> entao > >>> >>>>>>>>>> vc > >>> >>>>>>>>>> esta' > >>> >>>>>>>>>> fazendo algo errado"... > >>> >>>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>>> Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a > >>> >>>>>>>>>> oferecer. > >>> >>>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>>> b > >>> >>>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>>> 2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>: > >>> >>>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>>>> Pessoal gostaria de saber qual uma boa biblioteca livre > >>> >>>>>>>>>>> de > >>> >>>>>>>>>>> C > >>> >>>>>>>>>>> para > >>> >>>>>>>>>>> trabalhar com operações matriciais como inversas e > >>> >>>>>>>>>>> produtos de > >>> >>>>>>>>>>> matrizes. Qualquer dica será interessante. > >>> >>>>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>>>> [ ] Pedro Rafael Diniz Marinho. > >>> >>>>>>>>>>> _______________________________________________ > >>> >>>>>>>>>>> R-br mailing list > >>> >>>>>>>>>>> [hidden email] > >>> >>>>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>> >>>>>>>>>>> Leia o guia de postagem > >>> >>>>>>>>>>> (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) > >>> >>>>>>>>>>> e > >>> >>>>>>>>>>> forneça > >>> >>>>>>>>>>> código mínimo reproduzível. > >>> >>>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>>> _______________________________________________ > >>> >>>>>>>>>> R-br mailing list > >>> >>>>>>>>>> [hidden email] > >>> >>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>> >>>>>>>>>> Leia o guia de postagem > >>> >>>>>>>>>> (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) > >>> >>>>>>>>>> e > >>> >>>>>>>>>> forneça > >>> >>>>>>>>>> código > >>> >>>>>>>>>> mínimo reproduzível. > >>> >>>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>>> > >>> >>>>>>>>>> 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Vou tentar procurar qual o arquivo que devo fazer essa alteração que você me informou. Obrigado. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 13 de agosto de 2012 05:53, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655847h34@n4.nabble.com> escreveu:
mais provavel vc nao ter habilitado LAPACK/BLAS durante a compilacao do Armadillo... ja' nao lembro exatamente o arquivo, mas ha' um q vc precisa modificar manualmente (caso esteja fazendo a instalacao manual) e deixar algo como
define ARMA_USE_LAPACK define ARMA_USE_BLAS
b
2012/8/13 Pedro Rafael <[hidden email]>:
Será que é alguma coisa com o sistema operacional? [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 12 de agosto de 2012 22:36, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu:
Tentei remover a biblioteca armadillo e instalar as dependências necessárias e no final reinstalei. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 12 de agosto de 2012 22:34, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu:
Valeu Benilton. O problema da compilação n ocorre. Possivelmente as bibliotecas necessárias estão instaladas. Ocorre erro na hora de executar o programa. O erro é:
error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled terminate called after throwing an instance of 'std::logic_error' what(): Abortado (imagem do núcleo gravada)
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 12 de agosto de 2012 22:29, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
auto correct fail
-llapack -lblas
Sent from a mobile device
On Aug 13, 2012 2:11 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote:
Olá Benilton, como vai? O programa que estou testando é bem simples. Na verdade a matriz é pequena, 5 por 5. Veja:
#include<iostream> #include"armadillo"
using namespace arma;
int main() { mat A = randu<mat>(5,5); double x = det(A); return 0; }
Compilei como você me indicou e obtive o seguinte erro.
/usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:117:6: warning: #warning "*** Detected GCC 4.7.0 / 4.7.1, which has a regression (bug)" [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:118:6: warning: #warning "*** See http://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=53549 " [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:119:6: warning: #warning "*** A partial workaround for the bug has been activated, " [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:120:6: warning: #warning "*** which reduces some functionality in fixed-size matrices " [-Wcpp] /usr/bin/ld: cannot find -lapack collect2: error: ld returned 1 exit status
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 12 de agosto de 2012 22:06, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
> Vc precisa linkar p lapack blas > > g++ -O2 -lapack -lblas programa.cpp > > Obvio, não testado. Adicionalmente, p matriz grande vc deveria usar > log_det. > > Sent from a mobile device > > On Aug 13, 2012 12:44 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote: >> >> Pessoal estou tendo um problema com a biblioteca armadillo no >> linux >> fedora. Quando vou calcular o determinante de uma matriz muito >> pequena >> funciona mas quando a minha matriz é grande ocorre o seguinte erro: >> >> error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled >> >> Já instalei as bibliotecas cmake, blas-devel, lapack-devel, >> atlas-devel, boost-devel mas o erro permanece. Alguém já teve isso >> ou >> poderia dar uma dica de como corrigir esse problema? >> >> Obrigado, >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >> Em 10 de agosto de 2012 23:58, Pedro Rafael >> <[hidden email]> escreveu: >> >> > Não compreendi os exemplos. Vou dar uma lida maior e buscar mais >> > coisas >> > na net. >> > >> > Obrigado, >> > Pedro Rafael Diniz Marinho. >> > >> > >> > Em 10 de agosto de 2012 23:04, beniltoncarvalho [via R-br] >> > <[hidden email]> escreveu: >> >> >> No básico do basico... Envolva sua função em um extern. Dai use >> >> o >> >> .Call >> >> >> >> Sent from a mobile device >> >> >> >> On Aug 11, 2012 2:42 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote: >> >>> >> >>> Interessante. Com o comando RcppArmadillo.package.skeleton é >> >>> possível >> >>> criar a estrutura de diretórios de um pacote R. Digamos que eu >> >>> tenha >> >>> um código C++ e queria arrumar ele para fazer um pacote para o >> >>> R. >> >>> Eu >> >>> queria entender como se da essa comunicação. Só a filosofia >> >>> mesmo. >> >>> Eu >> >>> entendo como criar um pacote do R utilizando o sistema de >> >>> orientação à >> >>> objeto S3 e sei que existe outras como S4 e R5. O que não >> >>> consigo >> >>> entender bem é como comunicar o código C/C++ com o R e como se >> >>> dá a >> >>> comunicação desses códigos (C/C++) com o R. Vi que posso chamar >> >>> códigos do R para o C++ mas acho que o mais interessante é o >> >>> contrário. Como chamar um código otimizado de C++ para R e >> >>> criar >> >>> um >> >>> pacote caso seja conveniente. Alguém poderia me dar um exemplo >> >>> com >> >>> uma >> >>> função bem simplória só para entender por alto como funciona? >> >>> >> >>> Obrigado, >> >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >>> >> >>> >> >>> Em 10 de agosto de 2012 22:23, beniltoncarvalho [via R-br] >> >>> <[hidden email]> escreveu: >> >>> >> >>> > Sim. Mas antes de qualquer coisa, veja o pacote RcppArmadillo >> >>> > e >> >>> > os >> >>> > documentos de ajuda associados. b >> >>> > >> >>> > 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: >> >>> > >> >>> >> Uma última dúvida. É fácil integrar códigos C++ com o R? >> >>> >> Utilizei >> >>> >> as >> >>> >> funções .C() e .Call() para chamar comandos em C para R. >> >>> >> Nunca >> >>> >> tentei >> >>> >> utilizando C++. A construção de pacotes R feitos utilizando >> >>> >> funções >> >>> >> escritas em C++ também é tranquila? >> >>> >> >> >>> >> >> >>> >> Obrigado, >> >>> >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >>> >> >> >>> >> >> >>> >> Em 10 de agosto de 2012 22:04, Pedro Rafael >> >>> >> <[hidden email]> escreveu: >> >>> >>> Que legal Benilton, vou olhar bem esse pacote. Muito >> >>> >>> obrigado >> >>> >>> pelas >> >>> >>> informações. Vou brincar um pouco com esse pacote. >> >>> >>> Procurei na >> >>> >>> web >> >>> >>> outros pacotes de álgebra linear para C++ mas me parece que >> >>> >>> esse é >> >>> >>> o >> >>> >>> pacote livre mais completo. >> >>> >>> [ ], >> >>> >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >>> >>> >> >>> >>> >> >>> >>> Em 10 de agosto de 2012 21:31, beniltoncarvalho [via R-br] >> >>> >>> <[hidden email]> escreveu: >> >>> >>>> Se vc gostou do Armadillo, divirta-se com o pacote >> >>> >>>> RcppArmadillo. >> >>> >>>> b >> >>> >>>> >> >>> >>>> 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: >> >>> >>>> >> >>> >>>>> Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou bastante. >> >>> >>>>> Eu >> >>> >>>>> gostei >> >>> >>>>> muito Benilton da biblioteca de álgebra linear >> >>> >>>>> "armadillo". >> >>> >>>>> Muito >> >>> >>>>> mais >> >>> >>>>> fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos C. O >> >>> >>>>> problema >> >>> >>>>> que >> >>> >>>>> quando escrevo algum código matemático em C++ sempre tem >> >>> >>>>> uma >> >>> >>>>> estrutura >> >>> >>>>> procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo usando >> >>> >>>>> quase >> >>> >>>>> nada >> >>> >>>>> de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, acho >> >>> >>>>> interessante >> >>> >>>>> a >> >>> >>>>> facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e >> >>> >>>>> alocação >> >>> >>>>> dinâmica >> >>> >>>>> utilizando C++. >> >>> >>>>> [ ], >> >>> >>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >>> >>>>> >> >>> >>>>> >> >>> >>>>> Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho [via >> >>> >>>>> R-br] >> >>> >>>>> <[hidden email]> escreveu: >> >>> >>>>>> Pedro, >> >>> >>>>>> >> >>> >>>>>> Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais <escolha o >> >>> >>>>>> adjetivo> >> >>> >>>>>> para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar qualquer >> >>> >>>>>> linguagem >> >>> >>>>>> que >> >>> >>>>>> se mostre util e nao me force a reinventar a roda. Dito >> >>> >>>>>> isso, >> >>> >>>>>> nao >> >>> >>>>>> vejo >> >>> >>>>>> la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que algum >> >>> >>>>>> especialista >> >>> >>>>>> em >> >>> >>>>>> alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de >> >>> >>>>>> contra-exemplo; >> >>> >>>>>> mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo >> >>> >>>>>> outros >> >>> >>>>>> problemas. >> >>> >>>>>> >> >>> >>>>>> b >> >>> >>>>>> >> >>> >>>>>> 2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>: >> >>> >>>>>> >> >>> >>>>>>> Pedro >> >>> >>>>>>> >> >>> >>>>>>> quando se diz em evitar inverter matrizes é porque >> >>> >>>>>>> muitas >> >>> >>>>>>> contas >> >>> >>>>>>> podem >> >>> >>>>>>> ser >> >>> >>>>>>> feitas sem a inversao explícita >> >>> >>>>>>> >> >>> >>>>>>> Por exemplo, a conta >> >>> >>>>>>> >> >>> >>>>>>> X'V^{-1}X >> >>> >>>>>>> >> >>> >>>>>>> pode ser feita evitando inversao a partir da cholesky >> >>> >>>>>>> de V >> >>> >>>>>>> que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma vez >> >>> >>>>>>> que >> >>> >>>>>>> já >> >>> >>>>>>> deve >> >>> >>>>>>> ter >> >>> >>>>>>> sido >> >>> >>>>>>> calculada antes para obter as estimativas >> >>> >>>>>>> >> >>> >>>>>>> No exemplo >> >>> >>>>>>> >> >>> >>>>>>> cV <- chol(V) >> >>> >>>>>>> crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T)) >> >>> >>>>>>> >> >>> >>>>>>> isto é ***muito*** mais rapido (compare com >> >>> >>>>>>> system.time()) >> >>> >>>>>>> do que >> >>> >>>>>>> >> >>> >>>>>>> t(X) %*% solve(V) %*% X >> >>> >>>>>>> >> >>> >>>>>>> >> >>> >>>>>>> >> >>> >>>>>>> >> >>> >>>>>>> On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote: >> >>> >>>>>>> >> >>> >>>>>>>> Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de >> >>> >>>>>>>> matrizes é >> >>> >>>>>>>> fato >> >>> >>>>>>>> mas >> >>> >>>>>>>> infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar com >> >>> >>>>>>>> modelos >> >>> >>>>>>>> de >> >>> >>>>>>>> regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo de >> >>> >>>>>>>> inversas de >> >>> >>>>>>>> matrizes para o cálculo da estrutura de covariância de >> >>> >>>>>>>> tal >> >>> >>>>>>>> estimador. >> >>> >>>>>>>> [ ], >> >>> >>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >>> >>>>>>>> >> >>> >>>>>>>> >> >>> >>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael >> >>> >>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: >> >>> >>>>>>>>> >> >>> >>>>>>>>> Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo >> >>> >>>>>>>>> computacional >> >>> >>>>>>>>> bastante elevado. Atualmente programo em C e >> >>> >>>>>>>>> programei >> >>> >>>>>>>>> muito >> >>> >>>>>>>>> pouco >> >>> >>>>>>>>> em >> >>> >>>>>>>>> C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em >> >>> >>>>>>>>> C++ >> >>> >>>>>>>>> perdem >> >>> >>>>>>>>> muito >> >>> >>>>>>>>> desempenho em comparação à C considerando que a >> >>> >>>>>>>>> programação >> >>> >>>>>>>>> em >> >>> >>>>>>>>> ambas >> >>> >>>>>>>>> as linguagens sejam eficientes? Você tem boas >> >>> >>>>>>>>> experiências >> >>> >>>>>>>>> na >> >>> >>>>>>>>> utilização de C++ para programação estatística e para >> >>> >>>>>>>>> uso >> >>> >>>>>>>>> em >> >>> >>>>>>>>> simulações? >> >>> >>>>>>>>> >> >>> >>>>>>>>> Gostei bastante dessa biblioteca que você me passou, >> >>> >>>>>>>>> muito >> >>> >>>>>>>>> interessante. Não conhecia. A única biblioteca para >> >>> >>>>>>>>> álgebra >> >>> >>>>>>>>> linear >> >>> >>>>>>>>> livre que eu conhecia era a GSL. >> >>> >>>>>>>>> >> >>> >>>>>>>>> [ ], >> >>> >>>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >>> >>>>>>>>> >> >>> >>>>>>>>> >> >>> >>>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via >> >>> >>>>>>>>> R-br] >> >>> >>>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: >> >>> >>>>>>>>>> >> >>> >>>>>>>>>> Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, >> >>> >>>>>>>>>> entao >> >>> >>>>>>>>>> vc >> >>> >>>>>>>>>> esta' >> >>> >>>>>>>>>> fazendo algo errado"... >> >>> >>>>>>>>>> >> >>> >>>>>>>>>> Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a >> >>> >>>>>>>>>> oferecer. >> >>> >>>>>>>>>> >> >>> >>>>>>>>>> b >> >>> >>>>>>>>>> >> >>> >>>>>>>>>> 2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>: >> >>> >>>>>>>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> Pessoal gostaria de saber qual uma boa biblioteca >> >>> >>>>>>>>>>> livre >> >>> >>>>>>>>>>> de >> >>> >>>>>>>>>>> C >> >>> >>>>>>>>>>> para >> >>> >>>>>>>>>>> trabalhar com operações matriciais como inversas e >> >>> >>>>>>>>>>> produtos de >> >>> >>>>>>>>>>> matrizes. 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eh algum config... Sent from a mobile device On Aug 13, 2012 7:17 PM, "Pedro Rafael" <pedro.rafael.marinho@gmail.com> wrote:
Vou tentar procurar qual o arquivo que devo fazer essa alteração que você me informou. Obrigado. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 13 de agosto de 2012 05:53, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655847h34@n4.nabble.com> escreveu:
mais provavel vc nao ter habilitado LAPACK/BLAS durante a compilacao do Armadillo... ja' nao lembro exatamente o arquivo, mas ha' um q vc precisa modificar manualmente (caso esteja fazendo a instalacao manual) e deixar algo como
define ARMA_USE_LAPACK define ARMA_USE_BLAS
b
2012/8/13 Pedro Rafael <[hidden email]>:
Será que é alguma coisa com o sistema operacional? [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 12 de agosto de 2012 22:36, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu:
Tentei remover a biblioteca armadillo e instalar as dependências necessárias e no final reinstalei. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 12 de agosto de 2012 22:34, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu:
Valeu Benilton. O problema da compilação n ocorre. Possivelmente as bibliotecas necessárias estão instaladas. Ocorre erro na hora de executar o programa. O erro é:
error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled terminate called after throwing an instance of 'std::logic_error' what(): Abortado (imagem do núcleo gravada)
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 12 de agosto de 2012 22:29, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
auto correct fail
-llapack -lblas
Sent from a mobile device
On Aug 13, 2012 2:11 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote: > > Olá Benilton, como vai? O programa que estou testando é bem simples. > Na verdade a matriz é pequena, 5 por 5. Veja: > > #include<iostream> > #include"armadillo" > > using namespace arma; > > int main() > { > mat A = randu<mat>(5,5); > double x = det(A); > return 0; > } > > Compilei como você me indicou e obtive o seguinte erro. > > /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:117:6: warning: > #warning "*** Detected GCC 4.7.0 / 4.7.1, which has a regression > (bug)" [-Wcpp] > /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:118:6: warning: > #warning "*** See http://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=53549 > " [-Wcpp] > /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:119:6: warning: > #warning "*** A partial workaround for the bug has been activated, > " [-Wcpp] > /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:120:6: warning: > #warning "*** which reduces some functionality in fixed-size matrices > " [-Wcpp] > /usr/bin/ld: cannot find -lapack > collect2: error: ld returned 1 exit status > > > [ ], > Pedro Rafael Diniz Marinho. > Em 12 de agosto de 2012 22:06, beniltoncarvalho [via R-br] > <[hidden email]> escreveu: > > > Vc precisa linkar p lapack blas > > > > g++ -O2 -lapack -lblas programa.cpp > > > > Obvio, não testado. Adicionalmente, p matriz grande vc deveria usar > > log_det. > > > > Sent from a mobile device > > > > On Aug 13, 2012 12:44 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote: > >> > >> Pessoal estou tendo um problema com a biblioteca armadillo no > >> linux > >> fedora. Quando vou calcular o determinante de uma matriz muito > >> pequena > >> funciona mas quando a minha matriz é grande ocorre o seguinte erro: > >> > >> error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled > >> > >> Já instalei as bibliotecas cmake, blas-devel, lapack-devel, > >> atlas-devel, boost-devel mas o erro permanece. Alguém já teve isso > >> ou > >> poderia dar uma dica de como corrigir esse problema? > >> > >> Obrigado, > >> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >> > >> > >> Em 10 de agosto de 2012 23:58, Pedro Rafael > >> <[hidden email]> escreveu: > >> > >> > Não compreendi os exemplos. Vou dar uma lida maior e buscar mais > >> > coisas > >> > na net. > >> > > >> > Obrigado, > >> > Pedro Rafael Diniz Marinho. > >> > > >> > > >> > Em 10 de agosto de 2012 23:04, beniltoncarvalho [via R-br] > >> > <[hidden email]> escreveu: > >> > >> >> No básico do basico... Envolva sua função em um extern. Dai use > >> >> o > >> >> .Call > >> >> > >> >> Sent from a mobile device > >> >> > >> >> On Aug 11, 2012 2:42 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote: > >> >>> > >> >>> Interessante. Com o comando RcppArmadillo.package.skeleton é > >> >>> possível > >> >>> criar a estrutura de diretórios de um pacote R. Digamos que eu > >> >>> tenha > >> >>> um código C++ e queria arrumar ele para fazer um pacote para o > >> >>> R. > >> >>> Eu > >> >>> queria entender como se da essa comunicação. Só a filosofia > >> >>> mesmo. > >> >>> Eu > >> >>> entendo como criar um pacote do R utilizando o sistema de > >> >>> orientação à > >> >>> objeto S3 e sei que existe outras como S4 e R5. O que não > >> >>> consigo > >> >>> entender bem é como comunicar o código C/C++ com o R e como se > >> >>> dá a > >> >>> comunicação desses códigos (C/C++) com o R. Vi que posso chamar > >> >>> códigos do R para o C++ mas acho que o mais interessante é o > >> >>> contrário. Como chamar um código otimizado de C++ para R e > >> >>> criar > >> >>> um > >> >>> pacote caso seja conveniente. Alguém poderia me dar um exemplo > >> >>> com > >> >>> uma > >> >>> função bem simplória só para entender por alto como funciona? > >> >>> > >> >>> Obrigado, > >> >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >> >>> > >> >>> > >> >>> Em 10 de agosto de 2012 22:23, beniltoncarvalho [via R-br] > >> >>> <[hidden email]> escreveu: > >> >>> > >> >>> > Sim. Mas antes de qualquer coisa, veja o pacote RcppArmadillo > >> >>> > e > >> >>> > os > >> >>> > documentos de ajuda associados. b > >> >>> > > >> >>> > 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: > >> >>> > > >> >>> >> Uma última dúvida. É fácil integrar códigos C++ com o R? > >> >>> >> Utilizei > >> >>> >> as > >> >>> >> funções .C() e .Call() para chamar comandos em C para R. > >> >>> >> Nunca > >> >>> >> tentei > >> >>> >> utilizando C++. A construção de pacotes R feitos utilizando > >> >>> >> funções > >> >>> >> escritas em C++ também é tranquila? > >> >>> >> > >> >>> >> > >> >>> >> Obrigado, > >> >>> >> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >> >>> >> > >> >>> >> > >> >>> >> Em 10 de agosto de 2012 22:04, Pedro Rafael > >> >>> >> <[hidden email]> escreveu: > >> >>> >>> Que legal Benilton, vou olhar bem esse pacote. Muito > >> >>> >>> obrigado > >> >>> >>> pelas > >> >>> >>> informações. Vou brincar um pouco com esse pacote. > >> >>> >>> Procurei na > >> >>> >>> web > >> >>> >>> outros pacotes de álgebra linear para C++ mas me parece que > >> >>> >>> esse é > >> >>> >>> o > >> >>> >>> pacote livre mais completo. > >> >>> >>> [ ], > >> >>> >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >> >>> >>> > >> >>> >>> > >> >>> >>> Em 10 de agosto de 2012 21:31, beniltoncarvalho [via R-br] > >> >>> >>> <[hidden email]> escreveu: > >> >>> >>>> Se vc gostou do Armadillo, divirta-se com o pacote > >> >>> >>>> RcppArmadillo. > >> >>> >>>> b > >> >>> >>>> > >> >>> >>>> 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: > >> >>> >>>> > >> >>> >>>>> Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou bastante. > >> >>> >>>>> Eu > >> >>> >>>>> gostei > >> >>> >>>>> muito Benilton da biblioteca de álgebra linear > >> >>> >>>>> "armadillo". > >> >>> >>>>> Muito > >> >>> >>>>> mais > >> >>> >>>>> fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos C. O > >> >>> >>>>> problema > >> >>> >>>>> que > >> >>> >>>>> quando escrevo algum código matemático em C++ sempre tem > >> >>> >>>>> uma > >> >>> >>>>> estrutura > >> >>> >>>>> procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo usando > >> >>> >>>>> quase > >> >>> >>>>> nada > >> >>> >>>>> de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, acho > >> >>> >>>>> interessante > >> >>> >>>>> a > >> >>> >>>>> facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e > >> >>> >>>>> alocação > >> >>> >>>>> dinâmica > >> >>> >>>>> utilizando C++. > >> >>> >>>>> [ ], > >> >>> >>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >> >>> >>>>> > >> >>> >>>>> > >> >>> >>>>> Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho [via > >> >>> >>>>> R-br] > >> >>> >>>>> <[hidden email]> escreveu: > >> >>> >>>>>> Pedro, > >> >>> >>>>>> > >> >>> >>>>>> Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais <escolha o > >> >>> >>>>>> adjetivo> > >> >>> >>>>>> para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar qualquer > >> >>> >>>>>> linguagem > >> >>> >>>>>> que > >> >>> >>>>>> se mostre util e nao me force a reinventar a roda. Dito > >> >>> >>>>>> isso, > >> >>> >>>>>> nao > >> >>> >>>>>> vejo > >> >>> >>>>>> la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que algum > >> >>> >>>>>> especialista > >> >>> >>>>>> em > >> >>> >>>>>> alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de > >> >>> >>>>>> contra-exemplo; > >> >>> >>>>>> mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo > >> >>> >>>>>> outros > >> >>> >>>>>> problemas. > >> >>> >>>>>> > >> >>> >>>>>> b > >> >>> >>>>>> > >> >>> >>>>>> 2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>: > >> >>> >>>>>> > >> >>> >>>>>>> Pedro > >> >>> >>>>>>> > >> >>> >>>>>>> quando se diz em evitar inverter matrizes é porque > >> >>> >>>>>>> muitas > >> >>> >>>>>>> contas > >> >>> >>>>>>> podem > >> >>> >>>>>>> ser > >> >>> >>>>>>> feitas sem a inversao explícita > >> >>> >>>>>>> > >> >>> >>>>>>> Por exemplo, a conta > >> >>> >>>>>>> > >> >>> >>>>>>> X'V^{-1}X > >> >>> >>>>>>> > >> >>> >>>>>>> pode ser feita evitando inversao a partir da cholesky > >> >>> >>>>>>> de V > >> >>> >>>>>>> que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma vez > >> >>> >>>>>>> que > >> >>> >>>>>>> já > >> >>> >>>>>>> deve > >> >>> >>>>>>> ter > >> >>> >>>>>>> sido > >> >>> >>>>>>> calculada antes para obter as estimativas > >> >>> >>>>>>> > >> >>> >>>>>>> No exemplo > >> >>> >>>>>>> > >> >>> >>>>>>> cV <- chol(V) > >> >>> >>>>>>> crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T)) > >> >>> >>>>>>> > >> >>> >>>>>>> isto é ***muito*** mais rapido (compare com > >> >>> >>>>>>> system.time()) > >> >>> >>>>>>> do que > >> >>> >>>>>>> > >> >>> >>>>>>> t(X) %*% solve(V) %*% X > >> >>> >>>>>>> > >> >>> >>>>>>> > >> >>> >>>>>>> > >> >>> >>>>>>> > >> >>> >>>>>>> On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote: > >> >>> >>>>>>> > >> >>> >>>>>>>> Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de > >> >>> >>>>>>>> matrizes é > >> >>> >>>>>>>> fato > >> >>> >>>>>>>> mas > >> >>> >>>>>>>> infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar com > >> >>> >>>>>>>> modelos > >> >>> >>>>>>>> de > >> >>> >>>>>>>> regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo de > >> >>> >>>>>>>> inversas de > >> >>> >>>>>>>> matrizes para o cálculo da estrutura de covariância de > >> >>> >>>>>>>> tal > >> >>> >>>>>>>> estimador. > >> >>> >>>>>>>> [ ], > >> >>> >>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >> >>> >>>>>>>> > >> >>> >>>>>>>> > >> >>> >>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael > >> >>> >>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: > >> >>> >>>>>>>>> > >> >>> >>>>>>>>> Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo > >> >>> >>>>>>>>> computacional > >> >>> >>>>>>>>> bastante elevado. Atualmente programo em C e > >> >>> >>>>>>>>> programei > >> >>> >>>>>>>>> muito > >> >>> >>>>>>>>> pouco > >> >>> >>>>>>>>> em > >> >>> >>>>>>>>> C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em > >> >>> >>>>>>>>> C++ > >> >>> >>>>>>>>> perdem > >> >>> >>>>>>>>> muito > >> >>> >>>>>>>>> desempenho em comparação à C considerando que a > >> >>> >>>>>>>>> programação > >> >>> >>>>>>>>> em > >> >>> >>>>>>>>> ambas > >> >>> >>>>>>>>> as linguagens sejam eficientes? Você tem boas > >> >>> >>>>>>>>> experiências > >> >>> >>>>>>>>> na > >> >>> >>>>>>>>> utilização de C++ para programação estatística e para > >> >>> >>>>>>>>> uso > >> >>> >>>>>>>>> em > >> >>> >>>>>>>>> simulações? > >> >>> >>>>>>>>> > >> >>> >>>>>>>>> Gostei bastante dessa biblioteca que você me passou, > >> >>> >>>>>>>>> muito > >> >>> >>>>>>>>> interessante. Não conhecia. A única biblioteca para > >> >>> >>>>>>>>> álgebra > >> >>> >>>>>>>>> linear > >> >>> >>>>>>>>> livre que eu conhecia era a GSL. > >> >>> >>>>>>>>> > >> >>> >>>>>>>>> [ ], > >> >>> >>>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. > >> >>> >>>>>>>>> > >> >>> >>>>>>>>> > >> >>> >>>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via > >> >>> >>>>>>>>> R-br] > >> >>> >>>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: > >> >>> >>>>>>>>>> > >> >>> >>>>>>>>>> Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, > >> >>> >>>>>>>>>> entao > >> >>> >>>>>>>>>> vc > >> >>> >>>>>>>>>> esta' > >> >>> >>>>>>>>>> fazendo algo errado"... > >> >>> >>>>>>>>>> > >> >>> >>>>>>>>>> Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a > >> >>> >>>>>>>>>> oferecer. > >> >>> >>>>>>>>>> > >> >>> >>>>>>>>>> b > >> >>> >>>>>>>>>> > >> >>> >>>>>>>>>> 2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>: > >> >>> >>>>>>>>>> > >> >>> >>>>>>>>>>> Pessoal gostaria de saber qual uma boa biblioteca > >> >>> >>>>>>>>>>> livre > >> >>> >>>>>>>>>>> de > >> >>> >>>>>>>>>>> C > >> >>> >>>>>>>>>>> para > >> >>> >>>>>>>>>>> trabalhar com operações matriciais como inversas e > >> >>> >>>>>>>>>>> produtos de > >> >>> >>>>>>>>>>> matrizes. Qualquer dica será interessante. > >> >>> >>>>>>>>>>> > >> >>> >>>>>>>>>>> [ ] Pedro Rafael Diniz Marinho. > >> >>> >>>>>>>>>>> _______________________________________________ > >> >>> >>>>>>>>>>> R-br mailing list > >> >>> >>>>>>>>>>> [hidden email] > >> >>> >>>>>>>>>>> > >> >>> >>>>>>>>>>> > >> >>> >>>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> >>> >>>>>>>>>>> Leia o guia de postagem > >> >>> >>>>>>>>>>> (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) > >> >>> >>>>>>>>>>> e > >> >>> >>>>>>>>>>> forneça > >> >>> >>>>>>>>>>> código mínimo reproduzível. > >> >>> >>>>>>>>>> > >> >>> >>>>>>>>>> _______________________________________________ > >> >>> >>>>>>>>>> R-br mailing list > >> >>> >>>>>>>>>> [hidden email] > >> >>> >>>>>>>>>> > >> >>> >>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> >>> >>>>>>>>>> Leia o guia de postagem > >> >>> >>>>>>>>>> (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) > >> >>> >>>>>>>>>> e > >> >>> >>>>>>>>>> forneça > >> >>> >>>>>>>>>> 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Eu rodei o programa em um ubuntu, instalei o cmake via apt-get e compilei o fonte do armadiilo. O programa rodou sem nenhum problema. Não sei porque no Fedora 17 ele não configurou o arquivo automaticamente. Eu compilei o programa no ubuntu usando: g++ -o programa programa.cpp -larmadillo. Obrigado aí Benilton pela ajuda, Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 13 de agosto de 2012 15:32, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655857h44@n4.nabble.com> escreveu:
eh algum config...
Sent from a mobile device
On Aug 13, 2012 7:17 PM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote:
Vou tentar procurar qual o arquivo que devo fazer essa alteração que você me informou. Obrigado. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 13 de agosto de 2012 05:53, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
mais provavel vc nao ter habilitado LAPACK/BLAS durante a compilacao do Armadillo... ja' nao lembro exatamente o arquivo, mas ha' um q vc precisa modificar manualmente (caso esteja fazendo a instalacao manual) e deixar algo como
define ARMA_USE_LAPACK define ARMA_USE_BLAS
b
2012/8/13 Pedro Rafael <[hidden email]>:
Será que é alguma coisa com o sistema operacional? [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 12 de agosto de 2012 22:36, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu:
Tentei remover a biblioteca armadillo e instalar as dependências necessárias e no final reinstalei. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 12 de agosto de 2012 22:34, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu:
Valeu Benilton. O problema da compilação n ocorre. Possivelmente as bibliotecas necessárias estão instaladas. Ocorre erro na hora de executar o programa. O erro é:
error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled terminate called after throwing an instance of 'std::logic_error' what(): Abortado (imagem do núcleo gravada)
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 12 de agosto de 2012 22:29, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu: > auto correct fail > > -llapack -lblas > > Sent from a mobile device > > On Aug 13, 2012 2:11 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote: >> >> Olá Benilton, como vai? O programa que estou testando é bem >> simples. >> Na verdade a matriz é pequena, 5 por 5. Veja: >> >> #include<iostream> >> #include"armadillo" >> >> using namespace arma; >> >> int main() >> { >> mat A = randu<mat>(5,5); >> double x = det(A); >> return 0; >> } >> >> Compilei como você me indicou e obtive o seguinte erro. >> >> /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:117:6: warning: >> #warning "*** Detected GCC 4.7.0 / 4.7.1, which has a regression >> (bug)" [-Wcpp] >> /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:118:6: warning: >> #warning "*** See http://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=53549 >> " [-Wcpp] >> /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:119:6: warning: >> #warning "*** A partial workaround for the bug has been activated, >> " [-Wcpp] >> /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:120:6: warning: >> #warning "*** which reduces some functionality in fixed-size >> matrices >> " [-Wcpp] >> /usr/bin/ld: cannot find -lapack >> collect2: error: ld returned 1 exit status >> >> >> [ ], >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> Em 12 de agosto de 2012 22:06, beniltoncarvalho [via R-br] >> <[hidden email]> escreveu: >> >> > Vc precisa linkar p lapack blas >> > >> > g++ -O2 -lapack -lblas programa.cpp >> > >> > Obvio, não testado. Adicionalmente, p matriz grande vc deveria >> > usar >> > log_det. >> > >> > Sent from a mobile device >> > >> > On Aug 13, 2012 12:44 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote: >> >> >> >> Pessoal estou tendo um problema com a biblioteca armadillo no >> >> linux >> >> fedora. Quando vou calcular o determinante de uma matriz muito >> >> pequena >> >> funciona mas quando a minha matriz é grande ocorre o seguinte >> >> erro: >> >> >> >> error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled >> >> >> >> Já instalei as bibliotecas cmake, blas-devel, lapack-devel, >> >> atlas-devel, boost-devel mas o erro permanece. Alguém já teve >> >> isso >> >> ou >> >> poderia dar uma dica de como corrigir esse problema? >> >> >> >> Obrigado, >> >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >> >> >> >> Em 10 de agosto de 2012 23:58, Pedro Rafael >> >> <[hidden email]> escreveu: >> >> >> >> > Não compreendi os exemplos. Vou dar uma lida maior e buscar >> >> > mais >> >> > coisas >> >> > na net. >> >> > >> >> > Obrigado, >> >> > Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> > >> >> > >> >> > Em 10 de agosto de 2012 23:04, beniltoncarvalho [via R-br] >> >> > <[hidden email]> escreveu: >> >> >> >> >> No básico do basico... Envolva sua função em um extern. Dai >> >> >> use >> >> >> o >> >> >> .Call >> >> >> >> >> >> Sent from a mobile device >> >> >> >> >> >> On Aug 11, 2012 2:42 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> >> >> >> wrote: >> >> >>> >> >> >>> Interessante. Com o comando RcppArmadillo.package.skeleton é >> >> >>> possível >> >> >>> criar a estrutura de diretórios de um pacote R. Digamos que >> >> >>> eu >> >> >>> tenha >> >> >>> um código C++ e queria arrumar ele para fazer um pacote para >> >> >>> o >> >> >>> R. >> >> >>> Eu >> >> >>> queria entender como se da essa comunicação. Só a filosofia >> >> >>> mesmo. >> >> >>> Eu >> >> >>> entendo como criar um pacote do R utilizando o sistema de >> >> >>> orientação à >> >> >>> objeto S3 e sei que existe outras como S4 e R5. O que não >> >> >>> consigo >> >> >>> entender bem é como comunicar o código C/C++ com o R e como >> >> >>> se >> >> >>> dá a >> >> >>> comunicação desses códigos (C/C++) com o R. Vi que posso >> >> >>> chamar >> >> >>> códigos do R para o C++ mas acho que o mais interessante é o >> >> >>> contrário. Como chamar um código otimizado de C++ para R e >> >> >>> criar >> >> >>> um >> >> >>> pacote caso seja conveniente. Alguém poderia me dar um >> >> >>> exemplo >> >> >>> com >> >> >>> uma >> >> >>> função bem simplória só para entender por alto como >> >> >>> funciona? >> >> >>> >> >> >>> Obrigado, >> >> >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >>> >> >> >>> >> >> >>> Em 10 de agosto de 2012 22:23, beniltoncarvalho [via R-br] >> >> >>> <[hidden email]> escreveu: >> >> >>> >> >> >>> > Sim. Mas antes de qualquer coisa, veja o pacote >> >> >>> > RcppArmadillo >> >> >>> > e >> >> >>> > os >> >> >>> > documentos de ajuda associados. b >> >> >>> > >> >> >>> > 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: >> >> >>> > >> >> >>> >> Uma última dúvida. É fácil integrar códigos C++ com o R? >> >> >>> >> Utilizei >> >> >>> >> as >> >> >>> >> funções .C() e .Call() para chamar comandos em C para R. >> >> >>> >> Nunca >> >> >>> >> tentei >> >> >>> >> utilizando C++. A construção de pacotes R feitos >> >> >>> >> utilizando >> >> >>> >> funções >> >> >>> >> escritas em C++ também é tranquila? >> >> >>> >> >> >> >>> >> >> >> >>> >> Obrigado, >> >> >>> >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >>> >> >> >> >>> >> >> >> >>> >> Em 10 de agosto de 2012 22:04, Pedro Rafael >> >> >>> >> <[hidden email]> escreveu: >> >> >>> >>> Que legal Benilton, vou olhar bem esse pacote. Muito >> >> >>> >>> obrigado >> >> >>> >>> pelas >> >> >>> >>> informações. Vou brincar um pouco com esse pacote. >> >> >>> >>> Procurei na >> >> >>> >>> web >> >> >>> >>> outros pacotes de álgebra linear para C++ mas me parece >> >> >>> >>> que >> >> >>> >>> esse é >> >> >>> >>> o >> >> >>> >>> pacote livre mais completo. >> >> >>> >>> [ ], >> >> >>> >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >>> >>> >> >> >>> >>> >> >> >>> >>> Em 10 de agosto de 2012 21:31, beniltoncarvalho [via >> >> >>> >>> R-br] >> >> >>> >>> <[hidden email]> escreveu: >> >> >>> >>>> Se vc gostou do Armadillo, divirta-se com o pacote >> >> >>> >>>> RcppArmadillo. >> >> >>> >>>> b >> >> >>> >>>> >> >> >>> >>>> 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: >> >> >>> >>>> >> >> >>> >>>>> Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou >> >> >>> >>>>> bastante. >> >> >>> >>>>> Eu >> >> >>> >>>>> gostei >> >> >>> >>>>> muito Benilton da biblioteca de álgebra linear >> >> >>> >>>>> "armadillo". >> >> >>> >>>>> Muito >> >> >>> >>>>> mais >> >> >>> >>>>> fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos C. O >> >> >>> >>>>> problema >> >> >>> >>>>> que >> >> >>> >>>>> quando escrevo algum código matemático em C++ sempre >> >> >>> >>>>> tem >> >> >>> >>>>> uma >> >> >>> >>>>> estrutura >> >> >>> >>>>> procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo >> >> >>> >>>>> usando >> >> >>> >>>>> quase >> >> >>> >>>>> nada >> >> >>> >>>>> de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, acho >> >> >>> >>>>> interessante >> >> >>> >>>>> a >> >> >>> >>>>> facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e >> >> >>> >>>>> alocação >> >> >>> >>>>> dinâmica >> >> >>> >>>>> utilizando C++. >> >> >>> >>>>> [ ], >> >> >>> >>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >>> >>>>> >> >> >>> >>>>> >> >> >>> >>>>> Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho [via >> >> >>> >>>>> R-br] >> >> >>> >>>>> <[hidden email]> escreveu: >> >> >>> >>>>>> Pedro, >> >> >>> >>>>>> >> >> >>> >>>>>> Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais >> >> >>> >>>>>> <escolha o >> >> >>> >>>>>> adjetivo> >> >> >>> >>>>>> para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar >> >> >>> >>>>>> qualquer >> >> >>> >>>>>> linguagem >> >> >>> >>>>>> que >> >> >>> >>>>>> se mostre util e nao me force a reinventar a roda. >> >> >>> >>>>>> Dito >> >> >>> >>>>>> isso, >> >> >>> >>>>>> nao >> >> >>> >>>>>> vejo >> >> >>> >>>>>> la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que >> >> >>> >>>>>> algum >> >> >>> >>>>>> especialista >> >> >>> >>>>>> em >> >> >>> >>>>>> alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de >> >> >>> >>>>>> contra-exemplo; >> >> >>> >>>>>> mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo >> >> >>> >>>>>> outros >> >> >>> >>>>>> problemas. >> >> >>> >>>>>> >> >> >>> >>>>>> b >> >> >>> >>>>>> >> >> >>> >>>>>> 2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>: >> >> >>> >>>>>> >> >> >>> >>>>>>> Pedro >> >> >>> >>>>>>> >> >> >>> >>>>>>> quando se diz em evitar inverter matrizes é porque >> >> >>> >>>>>>> muitas >> >> >>> >>>>>>> contas >> >> >>> >>>>>>> podem >> >> >>> >>>>>>> ser >> >> >>> >>>>>>> feitas sem a inversao explícita >> >> >>> >>>>>>> >> >> >>> >>>>>>> Por exemplo, a conta >> >> >>> >>>>>>> >> >> >>> >>>>>>> X'V^{-1}X >> >> >>> >>>>>>> >> >> >>> >>>>>>> pode ser feita evitando inversao a partir da >> >> >>> >>>>>>> cholesky >> >> >>> >>>>>>> de V >> >> >>> >>>>>>> que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma >> >> >>> >>>>>>> vez >> >> >>> >>>>>>> que >> >> >>> >>>>>>> já >> >> >>> >>>>>>> deve >> >> >>> >>>>>>> ter >> >> >>> >>>>>>> sido >> >> >>> >>>>>>> calculada antes para obter as estimativas >> >> >>> >>>>>>> >> >> >>> >>>>>>> No exemplo >> >> >>> >>>>>>> >> >> >>> >>>>>>> cV <- chol(V) >> >> >>> >>>>>>> crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T)) >> >> >>> >>>>>>> >> >> >>> >>>>>>> isto é ***muito*** mais rapido (compare com >> >> >>> >>>>>>> system.time()) >> >> >>> >>>>>>> do que >> >> >>> >>>>>>> >> >> >>> >>>>>>> t(X) %*% solve(V) %*% X >> >> >>> >>>>>>> >> >> >>> >>>>>>> >> >> >>> >>>>>>> >> >> >>> >>>>>>> >> >> >>> >>>>>>> On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote: >> >> >>> >>>>>>> >> >> >>> >>>>>>>> Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de >> >> >>> >>>>>>>> matrizes é >> >> >>> >>>>>>>> fato >> >> >>> >>>>>>>> mas >> >> >>> >>>>>>>> infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar >> >> >>> >>>>>>>> com >> >> >>> >>>>>>>> modelos >> >> >>> >>>>>>>> de >> >> >>> >>>>>>>> regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo >> >> >>> >>>>>>>> de >> >> >>> >>>>>>>> inversas de >> >> >>> >>>>>>>> matrizes para o cálculo da estrutura de covariância >> >> >>> >>>>>>>> de >> >> >>> >>>>>>>> tal >> >> >>> >>>>>>>> estimador. >> >> >>> >>>>>>>> [ ], >> >> >>> >>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >>> >>>>>>>> >> >> >>> >>>>>>>> >> >> >>> >>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael >> >> >>> >>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: >> >> >>> >>>>>>>>> >> >> >>> >>>>>>>>> Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo >> >> >>> >>>>>>>>> computacional >> >> >>> >>>>>>>>> bastante elevado. Atualmente programo em C e >> >> >>> >>>>>>>>> programei >> >> >>> >>>>>>>>> muito >> >> >>> >>>>>>>>> pouco >> >> >>> >>>>>>>>> em >> >> >>> >>>>>>>>> C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em >> >> >>> >>>>>>>>> C++ >> >> >>> >>>>>>>>> perdem >> >> >>> >>>>>>>>> muito >> >> >>> >>>>>>>>> desempenho em comparação à C considerando que a >> >> >>> >>>>>>>>> programação >> >> >>> >>>>>>>>> em >> >> >>> >>>>>>>>> ambas >> >> >>> >>>>>>>>> as linguagens sejam eficientes? Você tem boas >> >> >>> >>>>>>>>> experiências >> >> >>> >>>>>>>>> na >> >> >>> >>>>>>>>> utilização de C++ para programação estatística e >> >> >>> >>>>>>>>> para >> >> >>> >>>>>>>>> uso >> >> >>> >>>>>>>>> em >> >> >>> >>>>>>>>> simulações? >> >> >>> >>>>>>>>> >> >> >>> >>>>>>>>> Gostei bastante dessa biblioteca que você me >> >> >>> >>>>>>>>> passou, >> >> >>> >>>>>>>>> muito >> >> >>> >>>>>>>>> interessante. Não conhecia. A única biblioteca >> >> >>> >>>>>>>>> para >> >> >>> >>>>>>>>> álgebra >> >> >>> >>>>>>>>> linear >> >> >>> >>>>>>>>> livre que eu conhecia era a GSL. >> >> >>> >>>>>>>>> >> >> >>> >>>>>>>>> [ ], >> >> >>> >>>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >>> >>>>>>>>> >> >> >>> >>>>>>>>> >> >> >>> >>>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho >> >> >>> >>>>>>>>> [via >> >> >>> >>>>>>>>> R-br] >> >> >>> >>>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: >> >> >>> >>>>>>>>>> >> >> >>> >>>>>>>>>> Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo >> >> >>> >>>>>>>>>> matriz, >> >> >>> >>>>>>>>>> entao >> >> >>> >>>>>>>>>> vc >> >> >>> >>>>>>>>>> esta' >> >> >>> >>>>>>>>>> fazendo algo errado"... >> >> >>> >>>>>>>>>> >> >> >>> >>>>>>>>>> Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a >> >> >>> >>>>>>>>>> oferecer. >> >> >>> >>>>>>>>>> >> >> >>> >>>>>>>>>> b >> >> >>> >>>>>>>>>> >> >> >>> >>>>>>>>>> 2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>: >> >> >>> >>>>>>>>>> >> >> >>> >>>>>>>>>>> Pessoal gostaria de saber qual uma boa >> >> >>> >>>>>>>>>>> biblioteca >> >> >>> >>>>>>>>>>> livre >> >> >>> >>>>>>>>>>> de >> >> >>> >>>>>>>>>>> C >> >> >>> >>>>>>>>>>> para >> >> >>> >>>>>>>>>>> trabalhar com operações matriciais como inversas >> >> >>> >>>>>>>>>>> e >> >> >>> >>>>>>>>>>> produtos de >> >> >>> >>>>>>>>>>> matrizes. Qualquer dica será interessante. >> >> >>> >>>>>>>>>>> >> >> >>> >>>>>>>>>>> [ ] Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >>> >>>>>>>>>>> _______________________________________________ >> >> >>> >>>>>>>>>>> R-br mailing list >> >> >>> >>>>>>>>>>> [hidden email] >> >> >>> >>>>>>>>>>> >> >> >>> >>>>>>>>>>> >> >> >>> >>>>>>>>>>> >> >> >>> >>>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> >> >>> >>>>>>>>>>> Leia o guia de postagem >> >> >>> >>>>>>>>>>> (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) >> >> >>> >>>>>>>>>>> e >> >> >>> >>>>>>>>>>> forneça >> >> >>> >>>>>>>>>>> código mínimo reproduzível. >> >> >>> >>>>>>>>>> >> >> >>> >>>>>>>>>> _______________________________________________ >> >> >>> >>>>>>>>>> R-br mailing list >> >> >>> >>>>>>>>>> [hidden email] >> >> >>> >>>>>>>>>> >> >> >>> >>>>>>>>>> >> >> >>> >>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> >> >>> >>>>>>>>>> Leia o guia de postagem >> >> >>> >>>>>>>>>> (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) >> >> 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Benilton, você conhece alguma biblioteca boa de C++ para trabalhar com cálculo diferencial e integral, alguma semelhante à GSL? Obrigado [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 13 de agosto de 2012 16:09, Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
Eu rodei o programa em um ubuntu, instalei o cmake via apt-get e compilei o fonte do armadiilo. O programa rodou sem nenhum problema. Não sei porque no Fedora 17 ele não configurou o arquivo automaticamente. Eu compilei o programa no ubuntu usando: g++ -o programa programa.cpp -larmadillo.
Obrigado aí Benilton pela ajuda, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 13 de agosto de 2012 15:32, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655857h44@n4.nabble.com> escreveu:
eh algum config...
Sent from a mobile device
On Aug 13, 2012 7:17 PM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote:
Vou tentar procurar qual o arquivo que devo fazer essa alteração que você me informou. Obrigado. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 13 de agosto de 2012 05:53, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
mais provavel vc nao ter habilitado LAPACK/BLAS durante a compilacao do Armadillo... ja' nao lembro exatamente o arquivo, mas ha' um q vc precisa modificar manualmente (caso esteja fazendo a instalacao manual) e deixar algo como
define ARMA_USE_LAPACK define ARMA_USE_BLAS
b
2012/8/13 Pedro Rafael <[hidden email]>:
Será que é alguma coisa com o sistema operacional? [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 12 de agosto de 2012 22:36, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu:
Tentei remover a biblioteca armadillo e instalar as dependências necessárias e no final reinstalei. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 12 de agosto de 2012 22:34, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu: > Valeu Benilton. O problema da compilação n ocorre. Possivelmente as > bibliotecas necessárias estão instaladas. Ocorre erro na hora de > executar o programa. O erro é: > > error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled > terminate called after throwing an instance of 'std::logic_error' > what(): > Abortado (imagem do núcleo gravada) > > > [ ], > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 12 de agosto de 2012 22:29, beniltoncarvalho [via R-br] > <[hidden email]> escreveu: >> auto correct fail >> >> -llapack -lblas >> >> Sent from a mobile device >> >> On Aug 13, 2012 2:11 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote: >>> >>> Olá Benilton, como vai? O programa que estou testando é bem >>> simples. >>> Na verdade a matriz é pequena, 5 por 5. Veja: >>> >>> #include<iostream> >>> #include"armadillo" >>> >>> using namespace arma; >>> >>> int main() >>> { >>> mat A = randu<mat>(5,5); >>> double x = det(A); >>> return 0; >>> } >>> >>> Compilei como você me indicou e obtive o seguinte erro. >>> >>> /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:117:6: warning: >>> #warning "*** Detected GCC 4.7.0 / 4.7.1, which has a regression >>> (bug)" [-Wcpp] >>> /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:118:6: warning: >>> #warning "*** See http://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=53549 >>> " [-Wcpp] >>> /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:119:6: warning: >>> #warning "*** A partial workaround for the bug has been activated, >>> " [-Wcpp] >>> /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:120:6: warning: >>> #warning "*** which reduces some functionality in fixed-size >>> matrices >>> " [-Wcpp] >>> /usr/bin/ld: cannot find -lapack >>> collect2: error: ld returned 1 exit status >>> >>> >>> [ ], >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> Em 12 de agosto de 2012 22:06, beniltoncarvalho [via R-br] >>> <[hidden email]> escreveu: >>> >>> > Vc precisa linkar p lapack blas >>> > >>> > g++ -O2 -lapack -lblas programa.cpp >>> > >>> > Obvio, não testado. Adicionalmente, p matriz grande vc deveria >>> > usar >>> > log_det. >>> > >>> > Sent from a mobile device >>> > >>> > On Aug 13, 2012 12:44 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote: >>> >> >>> >> Pessoal estou tendo um problema com a biblioteca armadillo no >>> >> linux >>> >> fedora. Quando vou calcular o determinante de uma matriz muito >>> >> pequena >>> >> funciona mas quando a minha matriz é grande ocorre o seguinte >>> >> erro: >>> >> >>> >> error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled >>> >> >>> >> Já instalei as bibliotecas cmake, blas-devel, lapack-devel, >>> >> atlas-devel, boost-devel mas o erro permanece. Alguém já teve >>> >> isso >>> >> ou >>> >> poderia dar uma dica de como corrigir esse problema? >>> >> >>> >> Obrigado, >>> >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >> >>> >> >>> >> Em 10 de agosto de 2012 23:58, Pedro Rafael >>> >> <[hidden email]> escreveu: >>> >> >>> >> > Não compreendi os exemplos. Vou dar uma lida maior e buscar >>> >> > mais >>> >> > coisas >>> >> > na net. >>> >> > >>> >> > Obrigado, >>> >> > Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >> > >>> >> > >>> >> > Em 10 de agosto de 2012 23:04, beniltoncarvalho [via R-br] >>> >> > <[hidden email]> escreveu: >>> >> >>> >> >> No básico do basico... Envolva sua função em um extern. Dai >>> >> >> use >>> >> >> o >>> >> >> .Call >>> >> >> >>> >> >> Sent from a mobile device >>> >> >> >>> >> >> On Aug 11, 2012 2:42 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> >>> >> >> wrote: >>> >> >>> >>> >> >>> Interessante. Com o comando RcppArmadillo.package.skeleton é >>> >> >>> possível >>> >> >>> criar a estrutura de diretórios de um pacote R. Digamos que >>> >> >>> eu >>> >> >>> tenha >>> >> >>> um código C++ e queria arrumar ele para fazer um pacote para >>> >> >>> o >>> >> >>> R. >>> >> >>> Eu >>> >> >>> queria entender como se da essa comunicação. Só a filosofia >>> >> >>> mesmo. >>> >> >>> Eu >>> >> >>> entendo como criar um pacote do R utilizando o sistema de >>> >> >>> orientação à >>> >> >>> objeto S3 e sei que existe outras como S4 e R5. O que não >>> >> >>> consigo >>> >> >>> entender bem é como comunicar o código C/C++ com o R e como >>> >> >>> se >>> >> >>> dá a >>> >> >>> comunicação desses códigos (C/C++) com o R. Vi que posso >>> >> >>> chamar >>> >> >>> códigos do R para o C++ mas acho que o mais interessante é o >>> >> >>> contrário. Como chamar um código otimizado de C++ para R e >>> >> >>> criar >>> >> >>> um >>> >> >>> pacote caso seja conveniente. Alguém poderia me dar um >>> >> >>> exemplo >>> >> >>> com >>> >> >>> uma >>> >> >>> função bem simplória só para entender por alto como >>> >> >>> funciona? >>> >> >>> >>> >> >>> Obrigado, >>> >> >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >> >>> >>> >> >>> >>> >> >>> Em 10 de agosto de 2012 22:23, beniltoncarvalho [via R-br] >>> >> >>> <[hidden email]> escreveu: >>> >> >>> >>> >> >>> > Sim. Mas antes de qualquer coisa, veja o pacote >>> >> >>> > RcppArmadillo >>> >> >>> > e >>> >> >>> > os >>> >> >>> > documentos de ajuda associados. b >>> >> >>> > >>> >> >>> > 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: >>> >> >>> > >>> >> >>> >> Uma última dúvida. É fácil integrar códigos C++ com o R? >>> >> >>> >> Utilizei >>> >> >>> >> as >>> >> >>> >> funções .C() e .Call() para chamar comandos em C para R. >>> >> >>> >> Nunca >>> >> >>> >> tentei >>> >> >>> >> utilizando C++. A construção de pacotes R feitos >>> >> >>> >> utilizando >>> >> >>> >> funções >>> >> >>> >> escritas em C++ também é tranquila? >>> >> >>> >> >>> >> >>> >> >>> >> >>> >> Obrigado, >>> >> >>> >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >> >>> >> >>> >> >>> >> >>> >> >>> >> Em 10 de agosto de 2012 22:04, Pedro Rafael >>> >> >>> >> <[hidden email]> escreveu: >>> >> >>> >>> Que legal Benilton, vou olhar bem esse pacote. Muito >>> >> >>> >>> obrigado >>> >> >>> >>> pelas >>> >> >>> >>> informações. Vou brincar um pouco com esse pacote. >>> >> >>> >>> Procurei na >>> >> >>> >>> web >>> >> >>> >>> outros pacotes de álgebra linear para C++ mas me parece >>> >> >>> >>> que >>> >> >>> >>> esse é >>> >> >>> >>> o >>> >> >>> >>> pacote livre mais completo. >>> >> >>> >>> [ ], >>> >> >>> >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >> >>> >>> >>> >> >>> >>> >>> >> >>> >>> Em 10 de agosto de 2012 21:31, beniltoncarvalho [via >>> >> >>> >>> R-br] >>> >> >>> >>> <[hidden email]> escreveu: >>> >> >>> >>>> Se vc gostou do Armadillo, divirta-se com o pacote >>> >> >>> >>>> RcppArmadillo. >>> >> >>> >>>> b >>> >> >>> >>>> >>> >> >>> >>>> 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: >>> >> >>> >>>> >>> >> >>> >>>>> Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou >>> >> >>> >>>>> bastante. >>> >> >>> >>>>> Eu >>> >> >>> >>>>> gostei >>> >> >>> >>>>> muito Benilton da biblioteca de álgebra linear >>> >> >>> >>>>> "armadillo". >>> >> >>> >>>>> Muito >>> >> >>> >>>>> mais >>> >> >>> >>>>> fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos C. O >>> >> >>> >>>>> problema >>> >> >>> >>>>> que >>> >> >>> >>>>> quando escrevo algum código matemático em C++ sempre >>> >> >>> >>>>> tem >>> >> >>> >>>>> uma >>> >> >>> >>>>> estrutura >>> >> >>> >>>>> procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo >>> >> >>> >>>>> usando >>> >> >>> >>>>> quase >>> >> >>> >>>>> nada >>> >> >>> >>>>> de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, acho >>> >> >>> >>>>> interessante >>> >> >>> >>>>> a >>> >> >>> >>>>> facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e >>> >> >>> >>>>> alocação >>> >> >>> >>>>> dinâmica >>> >> >>> >>>>> utilizando C++. >>> >> >>> >>>>> [ ], >>> >> >>> >>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >> >>> >>>>> >>> >> >>> >>>>> >>> >> >>> >>>>> Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho [via >>> >> >>> >>>>> R-br] >>> >> >>> >>>>> <[hidden email]> escreveu: >>> >> >>> >>>>>> Pedro, >>> >> >>> >>>>>> >>> >> >>> >>>>>> Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais >>> >> >>> >>>>>> <escolha o >>> >> >>> >>>>>> adjetivo> >>> >> >>> >>>>>> para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar >>> >> >>> >>>>>> qualquer >>> >> >>> >>>>>> linguagem >>> >> >>> >>>>>> que >>> >> >>> >>>>>> se mostre util e nao me force a reinventar a roda. >>> >> >>> >>>>>> Dito >>> >> >>> >>>>>> isso, >>> >> >>> >>>>>> nao >>> >> >>> >>>>>> vejo >>> >> >>> >>>>>> la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que >>> >> >>> >>>>>> algum >>> >> >>> >>>>>> especialista >>> >> >>> >>>>>> em >>> >> >>> >>>>>> alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de >>> >> >>> >>>>>> contra-exemplo; >>> >> >>> >>>>>> mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo >>> >> >>> >>>>>> outros >>> >> >>> >>>>>> problemas. >>> >> >>> >>>>>> >>> >> >>> >>>>>> b >>> >> >>> >>>>>> >>> >> >>> >>>>>> 2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>: >>> >> >>> >>>>>> >>> >> >>> >>>>>>> Pedro >>> >> >>> >>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>> quando se diz em evitar inverter matrizes é porque >>> >> >>> >>>>>>> muitas >>> >> >>> >>>>>>> contas >>> >> >>> >>>>>>> podem >>> >> >>> >>>>>>> ser >>> >> >>> >>>>>>> feitas sem a inversao explícita >>> >> >>> >>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>> Por exemplo, a conta >>> >> >>> >>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>> X'V^{-1}X >>> >> >>> >>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>> pode ser feita evitando inversao a partir da >>> >> >>> >>>>>>> cholesky >>> >> >>> >>>>>>> de V >>> >> >>> >>>>>>> que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma >>> >> >>> >>>>>>> vez >>> >> >>> >>>>>>> que >>> >> >>> >>>>>>> já >>> >> >>> >>>>>>> deve >>> >> >>> >>>>>>> ter >>> >> >>> >>>>>>> sido >>> >> >>> >>>>>>> calculada antes para obter as estimativas >>> >> >>> >>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>> No exemplo >>> >> >>> >>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>> cV <- chol(V) >>> >> >>> >>>>>>> crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T)) >>> >> >>> >>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>> isto é ***muito*** mais rapido (compare com >>> >> >>> >>>>>>> system.time()) >>> >> >>> >>>>>>> do que >>> >> >>> >>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>> t(X) %*% solve(V) %*% X >>> >> >>> >>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>> On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote: >>> >> >>> >>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>>> Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de >>> >> >>> >>>>>>>> matrizes é >>> >> >>> >>>>>>>> fato >>> >> >>> >>>>>>>> mas >>> >> >>> >>>>>>>> infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar >>> >> >>> >>>>>>>> com >>> >> >>> >>>>>>>> modelos >>> >> >>> >>>>>>>> de >>> >> >>> >>>>>>>> regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo >>> >> >>> >>>>>>>> de >>> >> >>> >>>>>>>> inversas de >>> >> >>> >>>>>>>> matrizes para o cálculo da estrutura de covariância >>> >> >>> >>>>>>>> de >>> >> >>> >>>>>>>> tal >>> >> >>> >>>>>>>> estimador. >>> >> >>> >>>>>>>> [ ], >>> >> >>> >>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >> >>> >>>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael >>> >> >>> >>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: >>> >> >>> >>>>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>>>> Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo >>> >> >>> >>>>>>>>> computacional >>> >> >>> >>>>>>>>> bastante elevado. Atualmente programo em C e >>> >> >>> >>>>>>>>> programei >>> >> >>> >>>>>>>>> muito >>> >> >>> >>>>>>>>> pouco >>> >> >>> >>>>>>>>> em >>> >> >>> >>>>>>>>> C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em >>> >> >>> >>>>>>>>> C++ >>> >> >>> >>>>>>>>> perdem >>> >> >>> >>>>>>>>> muito >>> >> >>> >>>>>>>>> desempenho em comparação à C considerando que a >>> >> >>> >>>>>>>>> programação >>> >> >>> >>>>>>>>> em >>> >> >>> >>>>>>>>> ambas >>> >> >>> >>>>>>>>> as linguagens sejam eficientes? Você tem boas >>> >> >>> >>>>>>>>> experiências >>> >> >>> >>>>>>>>> na >>> >> >>> >>>>>>>>> utilização de C++ para programação estatística e >>> >> >>> >>>>>>>>> para >>> >> >>> >>>>>>>>> uso >>> >> >>> >>>>>>>>> em >>> >> >>> >>>>>>>>> simulações? >>> >> >>> >>>>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>>>> Gostei bastante dessa biblioteca que você me >>> >> >>> >>>>>>>>> passou, >>> >> >>> >>>>>>>>> muito >>> >> >>> >>>>>>>>> interessante. Não conhecia. A única biblioteca >>> >> >>> >>>>>>>>> para >>> >> >>> >>>>>>>>> álgebra >>> >> >>> >>>>>>>>> linear >>> >> >>> >>>>>>>>> livre que eu conhecia era a GSL. >>> >> >>> >>>>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>>>> [ ], >>> >> >>> >>>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >> >>> >>>>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho >>> >> >>> >>>>>>>>> [via >>> >> >>> >>>>>>>>> R-br] >>> >> >>> >>>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: >>> >> >>> >>>>>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>>>>> Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo >>> >> >>> >>>>>>>>>> matriz, >>> >> >>> >>>>>>>>>> entao >>> >> >>> >>>>>>>>>> vc >>> >> >>> >>>>>>>>>> esta' >>> >> >>> >>>>>>>>>> fazendo algo errado"... >>> >> >>> >>>>>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>>>>> Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a >>> >> >>> >>>>>>>>>> oferecer. >>> >> >>> >>>>>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>>>>> b >>> >> >>> >>>>>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>>>>> 2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>: >>> >> >>> >>>>>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>>>>>> Pessoal gostaria de saber qual uma boa >>> >> >>> >>>>>>>>>>> biblioteca >>> >> >>> >>>>>>>>>>> livre >>> >> >>> >>>>>>>>>>> de >>> >> >>> >>>>>>>>>>> C >>> >> >>> >>>>>>>>>>> para >>> >> >>> >>>>>>>>>>> trabalhar com operações matriciais como inversas >>> >> >>> >>>>>>>>>>> e >>> >> >>> >>>>>>>>>>> produtos de >>> >> >>> >>>>>>>>>>> matrizes. Qualquer dica será interessante. >>> >> >>> >>>>>>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>>>>>> [ ] Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >> >>> >>>>>>>>>>> _______________________________________________ >>> >> >>> >>>>>>>>>>> R-br mailing list >>> >> >>> >>>>>>>>>>> [hidden email] >>> >> >>> >>>>>>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> >> >>> >>>>>>>>>>> Leia o guia de postagem >>> >> >>> >>>>>>>>>>> (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) >>> >> >>> >>>>>>>>>>> e >>> >> >>> >>>>>>>>>>> forneça >>> >> >>> >>>>>>>>>>> código mínimo reproduzível. >>> >> >>> >>>>>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>>>>> _______________________________________________ >>> >> >>> >>>>>>>>>> R-br mailing list >>> >> >>> >>>>>>>>>> [hidden email] >>> >> >>> >>>>>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>>>>> >>> >> >>> >>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> >> >>> >>>>>>>>>> Leia o guia de postagem >>> >> >>> >>>>>>>>>> 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pq nao a propria GSL? 2012/8/15 Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com>:
Benilton, você conhece alguma biblioteca boa de C++ para trabalhar com cálculo diferencial e integral, alguma semelhante à GSL?
Obrigado [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 13 de agosto de 2012 16:09, Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
Eu rodei o programa em um ubuntu, instalei o cmake via apt-get e compilei o fonte do armadiilo. O programa rodou sem nenhum problema. Não sei porque no Fedora 17 ele não configurou o arquivo automaticamente. Eu compilei o programa no ubuntu usando: g++ -o programa programa.cpp -larmadillo.
Obrigado aí Benilton pela ajuda, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 13 de agosto de 2012 15:32, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655857h44@n4.nabble.com> escreveu:
eh algum config...
Sent from a mobile device
On Aug 13, 2012 7:17 PM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote:
Vou tentar procurar qual o arquivo que devo fazer essa alteração que você me informou. Obrigado. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 13 de agosto de 2012 05:53, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
mais provavel vc nao ter habilitado LAPACK/BLAS durante a compilacao do Armadillo... ja' nao lembro exatamente o arquivo, mas ha' um q vc precisa modificar manualmente (caso esteja fazendo a instalacao manual) e deixar algo como
define ARMA_USE_LAPACK define ARMA_USE_BLAS
b
2012/8/13 Pedro Rafael <[hidden email]>:
Será que é alguma coisa com o sistema operacional? [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 12 de agosto de 2012 22:36, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu: > Tentei remover a biblioteca armadillo e instalar as dependências > necessárias e no final reinstalei. > [ ], > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 12 de agosto de 2012 22:34, Pedro Rafael > <[hidden email]> escreveu: >> Valeu Benilton. O problema da compilação n ocorre. Possivelmente as >> bibliotecas necessárias estão instaladas. Ocorre erro na hora de >> executar o programa. O erro é: >> >> error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled >> terminate called after throwing an instance of 'std::logic_error' >> what(): >> Abortado (imagem do núcleo gravada) >> >> >> [ ], >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >> Em 12 de agosto de 2012 22:29, beniltoncarvalho [via R-br] >> <[hidden email]> escreveu: >>> auto correct fail >>> >>> -llapack -lblas >>> >>> Sent from a mobile device >>> >>> On Aug 13, 2012 2:11 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote: >>>> >>>> Olá Benilton, como vai? O programa que estou testando é bem >>>> simples. >>>> Na verdade a matriz é pequena, 5 por 5. Veja: >>>> >>>> #include<iostream> >>>> #include"armadillo" >>>> >>>> using namespace arma; >>>> >>>> int main() >>>> { >>>> mat A = randu<mat>(5,5); >>>> double x = det(A); >>>> return 0; >>>> } >>>> >>>> Compilei como você me indicou e obtive o seguinte erro. >>>> >>>> /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:117:6: warning: >>>> #warning "*** Detected GCC 4.7.0 / 4.7.1, which has a regression >>>> (bug)" [-Wcpp] >>>> /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:118:6: warning: >>>> #warning "*** See http://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=53549 >>>> " [-Wcpp] >>>> /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:119:6: warning: >>>> #warning "*** A partial workaround for the bug has been activated, >>>> " [-Wcpp] >>>> /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:120:6: warning: >>>> #warning "*** which reduces some functionality in fixed-size >>>> matrices >>>> " [-Wcpp] >>>> /usr/bin/ld: cannot find -lapack >>>> collect2: error: ld returned 1 exit status >>>> >>>> >>>> [ ], >>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>> Em 12 de agosto de 2012 22:06, beniltoncarvalho [via R-br] >>>> <[hidden email]> escreveu: >>>> >>>> > Vc precisa linkar p lapack blas >>>> > >>>> > g++ -O2 -lapack -lblas programa.cpp >>>> > >>>> > Obvio, não testado. Adicionalmente, p matriz grande vc deveria >>>> > usar >>>> > log_det. >>>> > >>>> > Sent from a mobile device >>>> > >>>> > On Aug 13, 2012 12:44 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote: >>>> >> >>>> >> Pessoal estou tendo um problema com a biblioteca armadillo no >>>> >> linux >>>> >> fedora. Quando vou calcular o determinante de uma matriz muito >>>> >> pequena >>>> >> funciona mas quando a minha matriz é grande ocorre o seguinte >>>> >> erro: >>>> >> >>>> >> error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled >>>> >> >>>> >> Já instalei as bibliotecas cmake, blas-devel, lapack-devel, >>>> >> atlas-devel, boost-devel mas o erro permanece. Alguém já teve >>>> >> isso >>>> >> ou >>>> >> poderia dar uma dica de como corrigir esse problema? >>>> >> >>>> >> Obrigado, >>>> >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>> >> >>>> >> >>>> >> Em 10 de agosto de 2012 23:58, Pedro Rafael >>>> >> <[hidden email]> escreveu: >>>> >> >>>> >> > Não compreendi os exemplos. Vou dar uma lida maior e buscar >>>> >> > mais >>>> >> > coisas >>>> >> > na net. >>>> >> > >>>> >> > Obrigado, >>>> >> > Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>> >> > >>>> >> > >>>> >> > Em 10 de agosto de 2012 23:04, beniltoncarvalho [via R-br] >>>> >> > <[hidden email]> escreveu: >>>> >> >>>> >> >> No básico do basico... Envolva sua função em um extern. Dai >>>> >> >> use >>>> >> >> o >>>> >> >> .Call >>>> >> >> >>>> >> >> Sent from a mobile device >>>> >> >> >>>> >> >> On Aug 11, 2012 2:42 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> >>>> >> >> wrote: >>>> >> >>> >>>> >> >>> Interessante. Com o comando RcppArmadillo.package.skeleton é >>>> >> >>> possível >>>> >> >>> criar a estrutura de diretórios de um pacote R. Digamos que >>>> >> >>> eu >>>> >> >>> tenha >>>> >> >>> um código C++ e queria arrumar ele para fazer um pacote para >>>> >> >>> o >>>> >> >>> R. >>>> >> >>> Eu >>>> >> >>> queria entender como se da essa comunicação. Só a filosofia >>>> >> >>> mesmo. >>>> >> >>> Eu >>>> >> >>> entendo como criar um pacote do R utilizando o sistema de >>>> >> >>> orientação à >>>> >> >>> objeto S3 e sei que existe outras como S4 e R5. O que não >>>> >> >>> consigo >>>> >> >>> entender bem é como comunicar o código C/C++ com o R e como >>>> >> >>> se >>>> >> >>> dá a >>>> >> >>> comunicação desses códigos (C/C++) com o R. Vi que posso >>>> >> >>> chamar >>>> >> >>> códigos do R para o C++ mas acho que o mais interessante é o >>>> >> >>> contrário. Como chamar um código otimizado de C++ para R e >>>> >> >>> criar >>>> >> >>> um >>>> >> >>> pacote caso seja conveniente. Alguém poderia me dar um >>>> >> >>> exemplo >>>> >> >>> com >>>> >> >>> uma >>>> >> >>> função bem simplória só para entender por alto como >>>> >> >>> funciona? >>>> >> >>> >>>> >> >>> Obrigado, >>>> >> >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>> >> >>> >>>> >> >>> >>>> >> >>> Em 10 de agosto de 2012 22:23, beniltoncarvalho [via R-br] >>>> >> >>> <[hidden email]> escreveu: >>>> >> >>> >>>> >> >>> > Sim. Mas antes de qualquer coisa, veja o pacote >>>> >> >>> > RcppArmadillo >>>> >> >>> > e >>>> >> >>> > os >>>> >> >>> > documentos de ajuda associados. b >>>> >> >>> > >>>> >> >>> > 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: >>>> >> >>> > >>>> >> >>> >> Uma última dúvida. É fácil integrar códigos C++ com o R? >>>> >> >>> >> Utilizei >>>> >> >>> >> as >>>> >> >>> >> funções .C() e .Call() para chamar comandos em C para R. >>>> >> >>> >> Nunca >>>> >> >>> >> tentei >>>> >> >>> >> utilizando C++. A construção de pacotes R feitos >>>> >> >>> >> utilizando >>>> >> >>> >> funções >>>> >> >>> >> escritas em C++ também é tranquila? >>>> >> >>> >> >>>> >> >>> >> >>>> >> >>> >> Obrigado, >>>> >> >>> >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>> >> >>> >> >>>> >> >>> >> >>>> >> >>> >> Em 10 de agosto de 2012 22:04, Pedro Rafael >>>> >> >>> >> <[hidden email]> escreveu: >>>> >> >>> >>> Que legal Benilton, vou olhar bem esse pacote. Muito >>>> >> >>> >>> obrigado >>>> >> >>> >>> pelas >>>> >> >>> >>> informações. Vou brincar um pouco com esse pacote. >>>> >> >>> >>> Procurei na >>>> >> >>> >>> web >>>> >> >>> >>> outros pacotes de álgebra linear para C++ mas me parece >>>> >> >>> >>> que >>>> >> >>> >>> esse é >>>> >> >>> >>> o >>>> >> >>> >>> pacote livre mais completo. >>>> >> >>> >>> [ ], >>>> >> >>> >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>> >> >>> >>> >>>> >> >>> >>> >>>> >> >>> >>> Em 10 de agosto de 2012 21:31, beniltoncarvalho [via >>>> >> >>> >>> R-br] >>>> >> >>> >>> <[hidden email]> escreveu: >>>> >> >>> >>>> Se vc gostou do Armadillo, divirta-se com o pacote >>>> >> >>> >>>> RcppArmadillo. >>>> >> >>> >>>> b >>>> >> >>> >>>> >>>> >> >>> >>>> 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: >>>> >> >>> >>>> >>>> >> >>> >>>>> Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou >>>> >> >>> >>>>> bastante. >>>> >> >>> >>>>> Eu >>>> >> >>> >>>>> gostei >>>> >> >>> >>>>> muito Benilton da biblioteca de álgebra linear >>>> >> >>> >>>>> "armadillo". >>>> >> >>> >>>>> Muito >>>> >> >>> >>>>> mais >>>> >> >>> >>>>> fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos C. O >>>> >> >>> >>>>> problema >>>> >> >>> >>>>> que >>>> >> >>> >>>>> quando escrevo algum código matemático em C++ sempre >>>> >> >>> >>>>> tem >>>> >> >>> >>>>> uma >>>> >> >>> >>>>> estrutura >>>> >> >>> >>>>> procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo >>>> >> >>> >>>>> usando >>>> >> >>> >>>>> quase >>>> >> >>> >>>>> nada >>>> >> >>> >>>>> de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, acho >>>> >> >>> >>>>> interessante >>>> >> >>> >>>>> a >>>> >> >>> >>>>> facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e >>>> >> >>> >>>>> alocação >>>> >> >>> >>>>> dinâmica >>>> >> >>> >>>>> utilizando C++. >>>> >> >>> >>>>> [ ], >>>> >> >>> >>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>> >> >>> >>>>> >>>> >> >>> >>>>> >>>> >> >>> >>>>> Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho [via >>>> >> >>> >>>>> R-br] >>>> >> >>> >>>>> <[hidden email]> escreveu: >>>> >> >>> >>>>>> Pedro, >>>> >> >>> >>>>>> >>>> >> >>> >>>>>> Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais >>>> >> >>> >>>>>> <escolha o >>>> >> >>> >>>>>> adjetivo> >>>> >> >>> >>>>>> para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar >>>> >> >>> >>>>>> qualquer >>>> >> >>> >>>>>> linguagem >>>> >> >>> >>>>>> que >>>> >> >>> >>>>>> se mostre util e nao me force a reinventar a roda. >>>> >> >>> >>>>>> Dito >>>> >> >>> >>>>>> isso, >>>> >> >>> >>>>>> nao >>>> >> >>> >>>>>> vejo >>>> >> >>> >>>>>> la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que >>>> >> >>> >>>>>> algum >>>> >> >>> >>>>>> especialista >>>> >> >>> >>>>>> em >>>> >> >>> >>>>>> alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de >>>> >> >>> >>>>>> contra-exemplo; >>>> >> >>> >>>>>> mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo >>>> >> >>> >>>>>> outros >>>> >> >>> >>>>>> problemas. >>>> >> >>> >>>>>> >>>> >> >>> >>>>>> b >>>> >> >>> >>>>>> >>>> >> >>> >>>>>> 2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>: >>>> >> >>> >>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>> Pedro >>>> >> >>> >>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>> quando se diz em evitar inverter matrizes é porque >>>> >> >>> >>>>>>> muitas >>>> >> >>> >>>>>>> contas >>>> >> >>> >>>>>>> podem >>>> >> >>> >>>>>>> ser >>>> >> >>> >>>>>>> feitas sem a inversao explícita >>>> >> >>> >>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>> Por exemplo, a conta >>>> >> >>> >>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>> X'V^{-1}X >>>> >> >>> >>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>> pode ser feita evitando inversao a partir da >>>> >> >>> >>>>>>> cholesky >>>> >> >>> >>>>>>> de V >>>> >> >>> >>>>>>> que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma >>>> >> >>> >>>>>>> vez >>>> >> >>> >>>>>>> que >>>> >> >>> >>>>>>> já >>>> >> >>> >>>>>>> deve >>>> >> >>> >>>>>>> ter >>>> >> >>> >>>>>>> sido >>>> >> >>> >>>>>>> calculada antes para obter as estimativas >>>> >> >>> >>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>> No exemplo >>>> >> >>> >>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>> cV <- chol(V) >>>> >> >>> >>>>>>> crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T)) >>>> >> >>> >>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>> isto é ***muito*** mais rapido (compare com >>>> >> >>> >>>>>>> system.time()) >>>> >> >>> >>>>>>> do que >>>> >> >>> >>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>> t(X) %*% solve(V) %*% X >>>> >> >>> >>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>> On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote: >>>> >> >>> >>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>>> Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de >>>> >> >>> >>>>>>>> matrizes é >>>> >> >>> >>>>>>>> fato >>>> >> >>> >>>>>>>> mas >>>> >> >>> >>>>>>>> infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar >>>> >> >>> >>>>>>>> com >>>> >> >>> >>>>>>>> modelos >>>> >> >>> >>>>>>>> de >>>> >> >>> >>>>>>>> regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo >>>> >> >>> >>>>>>>> de >>>> >> >>> >>>>>>>> inversas de >>>> >> >>> >>>>>>>> matrizes para o cálculo da estrutura de covariância >>>> >> >>> >>>>>>>> de >>>> >> >>> >>>>>>>> tal >>>> >> >>> >>>>>>>> estimador. >>>> >> >>> >>>>>>>> [ ], >>>> >> >>> >>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>> >> >>> >>>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael >>>> >> >>> >>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: >>>> >> >>> >>>>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>>>> Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo >>>> >> >>> >>>>>>>>> computacional >>>> >> >>> >>>>>>>>> bastante elevado. Atualmente programo em C e >>>> >> >>> >>>>>>>>> programei >>>> >> >>> >>>>>>>>> muito >>>> >> >>> >>>>>>>>> pouco >>>> >> >>> >>>>>>>>> em >>>> >> >>> >>>>>>>>> C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em >>>> >> >>> >>>>>>>>> C++ >>>> >> >>> >>>>>>>>> perdem >>>> >> >>> >>>>>>>>> muito >>>> >> >>> >>>>>>>>> desempenho em comparação à C considerando que a >>>> >> >>> >>>>>>>>> programação >>>> >> >>> >>>>>>>>> em >>>> >> >>> >>>>>>>>> ambas >>>> >> >>> >>>>>>>>> as linguagens sejam eficientes? Você tem boas >>>> >> >>> >>>>>>>>> experiências >>>> >> >>> >>>>>>>>> na >>>> >> >>> >>>>>>>>> utilização de C++ para programação estatística e >>>> >> >>> >>>>>>>>> para >>>> >> >>> >>>>>>>>> uso >>>> >> >>> >>>>>>>>> em >>>> >> >>> >>>>>>>>> simulações? >>>> >> >>> >>>>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>>>> Gostei bastante dessa biblioteca que você me >>>> >> >>> >>>>>>>>> passou, >>>> >> >>> >>>>>>>>> muito >>>> >> >>> >>>>>>>>> interessante. Não conhecia. A única biblioteca >>>> >> >>> >>>>>>>>> para >>>> >> >>> >>>>>>>>> álgebra >>>> >> >>> >>>>>>>>> linear >>>> >> >>> >>>>>>>>> livre que eu conhecia era a GSL. >>>> >> >>> >>>>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>>>> [ ], >>>> >> >>> >>>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>> >> >>> >>>>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho >>>> >> >>> >>>>>>>>> [via >>>> >> >>> >>>>>>>>> R-br] >>>> >> >>> >>>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: >>>> >> >>> >>>>>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>>>>> Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo >>>> >> >>> >>>>>>>>>> matriz, >>>> >> >>> >>>>>>>>>> entao >>>> >> >>> >>>>>>>>>> vc >>>> >> >>> >>>>>>>>>> esta' >>>> >> >>> >>>>>>>>>> fazendo algo errado"... >>>> >> >>> >>>>>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>>>>> Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a >>>> >> >>> >>>>>>>>>> oferecer. >>>> >> >>> >>>>>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>>>>> b >>>> >> >>> >>>>>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>>>>> 2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>: >>>> >> >>> >>>>>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>>>>>> Pessoal gostaria de saber qual uma boa >>>> >> >>> >>>>>>>>>>> biblioteca >>>> >> >>> >>>>>>>>>>> livre >>>> >> >>> >>>>>>>>>>> de >>>> >> >>> >>>>>>>>>>> C >>>> >> >>> >>>>>>>>>>> para >>>> >> >>> >>>>>>>>>>> trabalhar com operações matriciais como inversas >>>> >> >>> >>>>>>>>>>> e >>>> >> >>> >>>>>>>>>>> produtos de >>>> >> >>> >>>>>>>>>>> matrizes. Qualquer dica será interessante. >>>> >> >>> >>>>>>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>>>>>> [ ] Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>> >> >>> >>>>>>>>>>> _______________________________________________ >>>> >> >>> >>>>>>>>>>> R-br mailing list >>>> >> >>> >>>>>>>>>>> [hidden email] >>>> >> >>> >>>>>>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>> >> >>> >>>>>>>>>>> Leia o guia de postagem >>>> >> >>> >>>>>>>>>>> (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) >>>> >> >>> >>>>>>>>>>> e >>>> >> >>> >>>>>>>>>>> forneça >>>> >> >>> >>>>>>>>>>> código mínimo reproduzível. >>>> >> >>> >>>>>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>>>>> _______________________________________________ >>>> >> >>> >>>>>>>>>> R-br mailing list >>>> >> >>> >>>>>>>>>> [hidden email] >>>> >> >>> >>>>>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>>>>> >>>> >> >>> >>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>> >> >>> >>>>>>>>>> Leia o guia de postagem >>>> >> >>> 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Eu pensei que poderia ter algo mais novo sendo desenvolvido disponível para C++. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 14 de agosto de 2012 20:50, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655884h81@n4.nabble.com> escreveu:
pq nao a propria GSL?
2012/8/15 Pedro Rafael <[hidden email]>:
Benilton, você conhece alguma biblioteca boa de C++ para trabalhar com cálculo diferencial e integral, alguma semelhante à GSL?
Obrigado [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 13 de agosto de 2012 16:09, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu:
Eu rodei o programa em um ubuntu, instalei o cmake via apt-get e compilei o fonte do armadiilo. O programa rodou sem nenhum problema. Não sei porque no Fedora 17 ele não configurou o arquivo automaticamente. Eu compilei o programa no ubuntu usando: g++ -o programa programa.cpp -larmadillo.
Obrigado aí Benilton pela ajuda, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 13 de agosto de 2012 15:32, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
eh algum config...
Sent from a mobile device
On Aug 13, 2012 7:17 PM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote:
Vou tentar procurar qual o arquivo que devo fazer essa alteração que você me informou. Obrigado. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 13 de agosto de 2012 05:53, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
mais provavel vc nao ter habilitado LAPACK/BLAS durante a compilacao do Armadillo... ja' nao lembro exatamente o arquivo, mas ha' um q vc precisa modificar manualmente (caso esteja fazendo a instalacao manual) e deixar algo como
define ARMA_USE_LAPACK define ARMA_USE_BLAS
b
2012/8/13 Pedro Rafael <[hidden email]>:
> Será que é alguma coisa com o sistema operacional? > [ ], > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 12 de agosto de 2012 22:36, Pedro Rafael > <[hidden email]> escreveu: >> Tentei remover a biblioteca armadillo e instalar as dependências >> necessárias e no final reinstalei. >> [ ], >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >> Em 12 de agosto de 2012 22:34, Pedro Rafael >> <[hidden email]> escreveu: >>> Valeu Benilton. O problema da compilação n ocorre. Possivelmente >>> as >>> bibliotecas necessárias estão instaladas. Ocorre erro na hora de >>> executar o programa. O erro é: >>> >>> error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled >>> terminate called after throwing an instance of 'std::logic_error' >>> what(): >>> Abortado (imagem do núcleo gravada) >>> >>> >>> [ ], >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>> >>> Em 12 de agosto de 2012 22:29, beniltoncarvalho [via R-br] >>> <[hidden email]> escreveu: >>>> auto correct fail >>>> >>>> -llapack -lblas >>>> >>>> Sent from a mobile device >>>> >>>> On Aug 13, 2012 2:11 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote: >>>>> >>>>> Olá Benilton, como vai? O programa que estou testando é bem >>>>> simples. >>>>> Na verdade a matriz é pequena, 5 por 5. Veja: >>>>> >>>>> #include<iostream> >>>>> #include"armadillo" >>>>> >>>>> using namespace arma; >>>>> >>>>> int main() >>>>> { >>>>> mat A = randu<mat>(5,5); >>>>> double x = det(A); >>>>> return 0; >>>>> } >>>>> >>>>> Compilei como você me indicou e obtive o seguinte erro. >>>>> >>>>> /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:117:6: warning: >>>>> #warning "*** Detected GCC 4.7.0 / 4.7.1, which has a regression >>>>> (bug)" [-Wcpp] >>>>> /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:118:6: warning: >>>>> #warning "*** See >>>>> http://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=53549 >>>>> " [-Wcpp] >>>>> /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:119:6: warning: >>>>> #warning "*** A partial workaround for the bug has been >>>>> activated, >>>>> " [-Wcpp] >>>>> /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:120:6: warning: >>>>> #warning "*** which reduces some functionality in fixed-size >>>>> matrices >>>>> " [-Wcpp] >>>>> /usr/bin/ld: cannot find -lapack >>>>> collect2: error: ld returned 1 exit status >>>>> >>>>> >>>>> [ ], >>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>> Em 12 de agosto de 2012 22:06, beniltoncarvalho [via R-br] >>>>> <[hidden email]> escreveu: >>>>> >>>>> > Vc precisa linkar p lapack blas >>>>> > >>>>> > g++ -O2 -lapack -lblas programa.cpp >>>>> > >>>>> > Obvio, não testado. Adicionalmente, p matriz grande vc deveria >>>>> > usar >>>>> > log_det. >>>>> > >>>>> > Sent from a mobile device >>>>> > >>>>> > On Aug 13, 2012 12:44 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> >>>>> > wrote: >>>>> >> >>>>> >> Pessoal estou tendo um problema com a biblioteca armadillo >>>>> >> no >>>>> >> linux >>>>> >> fedora. Quando vou calcular o determinante de uma matriz >>>>> >> muito >>>>> >> pequena >>>>> >> funciona mas quando a minha matriz é grande ocorre o seguinte >>>>> >> erro: >>>>> >> >>>>> >> error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled >>>>> >> >>>>> >> Já instalei as bibliotecas cmake, blas-devel, lapack-devel, >>>>> >> atlas-devel, boost-devel mas o erro permanece. Alguém já teve >>>>> >> isso >>>>> >> ou >>>>> >> poderia dar uma dica de como corrigir esse problema? >>>>> >> >>>>> >> Obrigado, >>>>> >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>> >> >>>>> >> >>>>> >> Em 10 de agosto de 2012 23:58, Pedro Rafael >>>>> >> <[hidden email]> escreveu: >>>>> >> >>>>> >> > Não compreendi os exemplos. Vou dar uma lida maior e buscar >>>>> >> > mais >>>>> >> > coisas >>>>> >> > na net. >>>>> >> > >>>>> >> > Obrigado, >>>>> >> > Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>> >> > >>>>> >> > >>>>> >> > Em 10 de agosto de 2012 23:04, beniltoncarvalho [via R-br] >>>>> >> > <[hidden email]> escreveu: >>>>> >> >>>>> >> >> No básico do basico... Envolva sua função em um extern. >>>>> >> >> Dai >>>>> >> >> use >>>>> >> >> o >>>>> >> >> .Call >>>>> >> >> >>>>> >> >> Sent from a mobile device >>>>> >> >> >>>>> >> >> On Aug 11, 2012 2:42 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> >>>>> >> >> wrote: >>>>> >> >>> >>>>> >> >>> Interessante. Com o comando >>>>> >> >>> RcppArmadillo.package.skeleton é >>>>> >> >>> possível >>>>> >> >>> criar a estrutura de diretórios de um pacote R. Digamos >>>>> >> >>> que >>>>> >> >>> eu >>>>> >> >>> tenha >>>>> >> >>> um código C++ e queria arrumar ele para fazer um pacote >>>>> >> >>> para >>>>> >> >>> o >>>>> >> >>> R. >>>>> >> >>> Eu >>>>> >> >>> queria entender como se da essa comunicação. Só a >>>>> >> >>> filosofia >>>>> >> >>> mesmo. >>>>> >> >>> Eu >>>>> >> >>> entendo como criar um pacote do R utilizando o sistema de >>>>> >> >>> orientação à >>>>> >> >>> objeto S3 e sei que existe outras como S4 e R5. O que não >>>>> >> >>> consigo >>>>> >> >>> entender bem é como comunicar o código C/C++ com o R e >>>>> >> >>> como >>>>> >> >>> se >>>>> >> >>> dá a >>>>> >> >>> comunicação desses códigos (C/C++) com o R. Vi que posso >>>>> >> >>> chamar >>>>> >> >>> códigos do R para o C++ mas acho que o mais interessante >>>>> >> >>> é o >>>>> >> >>> contrário. Como chamar um código otimizado de C++ para R >>>>> >> >>> e >>>>> >> >>> criar >>>>> >> >>> um >>>>> >> >>> pacote caso seja conveniente. Alguém poderia me dar um >>>>> >> >>> exemplo >>>>> >> >>> com >>>>> >> >>> uma >>>>> >> >>> função bem simplória só para entender por alto como >>>>> >> >>> funciona? >>>>> >> >>> >>>>> >> >>> Obrigado, >>>>> >> >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>> >> >>> >>>>> >> >>> >>>>> >> >>> Em 10 de agosto de 2012 22:23, beniltoncarvalho [via >>>>> >> >>> R-br] >>>>> >> >>> <[hidden email]> escreveu: >>>>> >> >>> >>>>> >> >>> > Sim. Mas antes de qualquer coisa, veja o pacote >>>>> >> >>> > RcppArmadillo >>>>> >> >>> > e >>>>> >> >>> > os >>>>> >> >>> > documentos de ajuda associados. b >>>>> >> >>> > >>>>> >> >>> > 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: >>>>> >> >>> > >>>>> >> >>> >> Uma última dúvida. É fácil integrar códigos C++ com o >>>>> >> >>> >> R? >>>>> >> >>> >> Utilizei >>>>> >> >>> >> as >>>>> >> >>> >> funções .C() e .Call() para chamar comandos em C para >>>>> >> >>> >> R. >>>>> >> >>> >> Nunca >>>>> >> >>> >> tentei >>>>> >> >>> >> utilizando C++. A construção de pacotes R feitos >>>>> >> >>> >> utilizando >>>>> >> >>> >> funções >>>>> >> >>> >> escritas em C++ também é tranquila? >>>>> >> >>> >> >>>>> >> >>> >> >>>>> >> >>> >> Obrigado, >>>>> >> >>> >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>> >> >>> >> >>>>> >> >>> >> >>>>> >> >>> >> Em 10 de agosto de 2012 22:04, Pedro Rafael >>>>> >> >>> >> <[hidden email]> escreveu: >>>>> >> >>> >>> Que legal Benilton, vou olhar bem esse pacote. Muito >>>>> >> >>> >>> obrigado >>>>> >> >>> >>> pelas >>>>> >> >>> >>> informações. Vou brincar um pouco com esse pacote. >>>>> >> >>> >>> Procurei na >>>>> >> >>> >>> web >>>>> >> >>> >>> outros pacotes de álgebra linear para C++ mas me >>>>> >> >>> >>> parece >>>>> >> >>> >>> que >>>>> >> >>> >>> esse é >>>>> >> >>> >>> o >>>>> >> >>> >>> pacote livre mais completo. >>>>> >> >>> >>> [ ], >>>>> >> >>> >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>> >> >>> >>> >>>>> >> >>> >>> >>>>> >> >>> >>> Em 10 de agosto de 2012 21:31, beniltoncarvalho [via >>>>> >> >>> >>> R-br] >>>>> >> >>> >>> <[hidden email]> escreveu: >>>>> >> >>> >>>> Se vc gostou do Armadillo, divirta-se com o pacote >>>>> >> >>> >>>> RcppArmadillo. >>>>> >> >>> >>>> b >>>>> >> >>> >>>> >>>>> >> >>> >>>> 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: >>>>> >> >>> >>>> >>>>> >> >>> >>>>> Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou >>>>> >> >>> >>>>> bastante. >>>>> >> >>> >>>>> Eu >>>>> >> >>> >>>>> gostei >>>>> >> >>> >>>>> muito Benilton da biblioteca de álgebra linear >>>>> >> >>> >>>>> "armadillo". >>>>> >> >>> >>>>> Muito >>>>> >> >>> >>>>> mais >>>>> >> >>> >>>>> fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos >>>>> >> >>> >>>>> C. O >>>>> >> >>> >>>>> problema >>>>> >> >>> >>>>> que >>>>> >> >>> >>>>> quando escrevo algum código matemático em C++ >>>>> >> >>> >>>>> sempre >>>>> >> >>> >>>>> tem >>>>> >> >>> >>>>> uma >>>>> >> >>> >>>>> estrutura >>>>> >> >>> >>>>> procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo >>>>> >> >>> >>>>> usando >>>>> >> >>> >>>>> quase >>>>> >> >>> >>>>> nada >>>>> >> >>> >>>>> de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, >>>>> >> >>> >>>>> acho >>>>> >> >>> >>>>> interessante >>>>> >> >>> >>>>> a >>>>> >> >>> >>>>> facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e >>>>> >> >>> >>>>> alocação >>>>> >> >>> >>>>> dinâmica >>>>> >> >>> >>>>> utilizando C++. >>>>> >> >>> >>>>> [ ], >>>>> >> >>> >>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>> >> >>> >>>>> >>>>> >> >>> >>>>> >>>>> >> >>> >>>>> Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho >>>>> >> >>> >>>>> [via >>>>> >> >>> >>>>> R-br] >>>>> >> >>> >>>>> <[hidden email]> escreveu: >>>>> >> >>> >>>>>> Pedro, >>>>> >> >>> >>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>> Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais >>>>> >> >>> >>>>>> <escolha o >>>>> >> >>> >>>>>> adjetivo> >>>>> >> >>> >>>>>> para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar >>>>> >> >>> >>>>>> qualquer >>>>> >> >>> >>>>>> linguagem >>>>> >> >>> >>>>>> que >>>>> >> >>> >>>>>> se mostre util e nao me force a reinventar a roda. >>>>> >> >>> >>>>>> Dito >>>>> >> >>> >>>>>> isso, >>>>> >> >>> >>>>>> nao >>>>> >> >>> >>>>>> vejo >>>>> >> >>> >>>>>> la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que >>>>> >> >>> >>>>>> algum >>>>> >> >>> >>>>>> especialista >>>>> >> >>> >>>>>> em >>>>> >> >>> >>>>>> alguma delas encontrara' inumeros casos que servem >>>>> >> >>> >>>>>> de >>>>> >> >>> >>>>>> contra-exemplo; >>>>> >> >>> >>>>>> mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo >>>>> >> >>> >>>>>> outros >>>>> >> >>> >>>>>> problemas. >>>>> >> >>> >>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>> b >>>>> >> >>> >>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>> 2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>: >>>>> >> >>> >>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>> Pedro >>>>> >> >>> >>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>> quando se diz em evitar inverter matrizes é >>>>> >> >>> >>>>>>> porque >>>>> >> >>> >>>>>>> muitas >>>>> >> >>> >>>>>>> contas >>>>> >> >>> >>>>>>> podem >>>>> >> >>> >>>>>>> ser >>>>> >> >>> >>>>>>> feitas sem a inversao explícita >>>>> >> >>> >>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>> Por exemplo, a conta >>>>> >> >>> >>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>> X'V^{-1}X >>>>> >> >>> >>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>> pode ser feita evitando inversao a partir da >>>>> >> >>> >>>>>>> cholesky >>>>> >> >>> >>>>>>> de V >>>>> >> >>> >>>>>>> que pode ser aproveitada de calculos anteriores >>>>> >> >>> >>>>>>> uma >>>>> >> >>> >>>>>>> vez >>>>> >> >>> >>>>>>> que >>>>> >> >>> >>>>>>> já >>>>> >> >>> >>>>>>> deve >>>>> >> >>> >>>>>>> ter >>>>> >> >>> >>>>>>> sido >>>>> >> >>> >>>>>>> calculada antes para obter as estimativas >>>>> >> >>> >>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>> No exemplo >>>>> >> >>> >>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>> cV <- chol(V) >>>>> >> >>> >>>>>>> crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T)) >>>>> >> >>> >>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>> isto é ***muito*** mais rapido (compare com >>>>> >> >>> >>>>>>> system.time()) >>>>> >> >>> >>>>>>> do que >>>>> >> >>> >>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>> t(X) %*% solve(V) %*% X >>>>> >> >>> >>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>> On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote: >>>>> >> >>> >>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>>> Com respeito a evitar de trabalhar com inversas >>>>> >> >>> >>>>>>>> de >>>>> >> >>> >>>>>>>> matrizes é >>>>> >> >>> >>>>>>>> fato >>>>> >> >>> >>>>>>>> mas >>>>> >> >>> >>>>>>>> infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar >>>>> >> >>> >>>>>>>> com >>>>> >> >>> >>>>>>>> modelos >>>>> >> >>> >>>>>>>> de >>>>> >> >>> >>>>>>>> regressão heterocedásticos vou precisar de >>>>> >> >>> >>>>>>>> cálculo >>>>> >> >>> >>>>>>>> de >>>>> >> >>> >>>>>>>> inversas de >>>>> >> >>> >>>>>>>> matrizes para o cálculo da estrutura de >>>>> >> >>> >>>>>>>> covariância >>>>> >> >>> >>>>>>>> de >>>>> >> >>> >>>>>>>> tal >>>>> >> >>> >>>>>>>> estimador. >>>>> >> >>> >>>>>>>> [ ], >>>>> >> >>> >>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>> >> >>> >>>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael >>>>> >> >>> >>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: >>>>> >> >>> >>>>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>>>> Verdade Benilton inverter matrizes requer um >>>>> >> >>> >>>>>>>>> custo >>>>> >> >>> >>>>>>>>> computacional >>>>> >> >>> >>>>>>>>> bastante elevado. Atualmente programo em C e >>>>> >> >>> >>>>>>>>> programei >>>>> >> >>> >>>>>>>>> muito >>>>> >> >>> >>>>>>>>> pouco >>>>> >> >>> >>>>>>>>> em >>>>> >> >>> >>>>>>>>> C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos >>>>> >> >>> >>>>>>>>> em >>>>> >> >>> >>>>>>>>> C++ >>>>> >> >>> >>>>>>>>> perdem >>>>> >> >>> >>>>>>>>> muito >>>>> >> >>> >>>>>>>>> desempenho em comparação à C considerando que a >>>>> >> >>> >>>>>>>>> programação >>>>> >> >>> >>>>>>>>> em >>>>> >> >>> >>>>>>>>> ambas >>>>> >> >>> >>>>>>>>> as linguagens sejam eficientes? Você tem boas >>>>> >> >>> >>>>>>>>> experiências >>>>> >> >>> >>>>>>>>> na >>>>> >> >>> >>>>>>>>> utilização de C++ para programação estatística >>>>> >> >>> >>>>>>>>> e >>>>> >> >>> >>>>>>>>> para >>>>> >> >>> >>>>>>>>> uso >>>>> >> >>> >>>>>>>>> em >>>>> >> >>> >>>>>>>>> simulações? >>>>> >> >>> >>>>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>>>> Gostei bastante dessa biblioteca que você me >>>>> >> >>> >>>>>>>>> passou, >>>>> >> >>> >>>>>>>>> muito >>>>> >> >>> >>>>>>>>> interessante. Não conhecia. A única biblioteca >>>>> >> >>> >>>>>>>>> para >>>>> >> >>> >>>>>>>>> álgebra >>>>> >> >>> >>>>>>>>> linear >>>>> >> >>> >>>>>>>>> livre que eu conhecia era a GSL. >>>>> >> >>> >>>>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>>>> [ ], >>>>> >> >>> >>>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>> >> >>> >>>>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho >>>>> >> >>> >>>>>>>>> [via >>>>> >> >>> >>>>>>>>> R-br] >>>>> >> >>> >>>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: >>>>> >> >>> >>>>>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>>>>> Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo >>>>> >> >>> >>>>>>>>>> matriz, >>>>> >> >>> >>>>>>>>>> entao >>>>> >> >>> >>>>>>>>>> vc >>>>> >> >>> >>>>>>>>>> esta' >>>>> >> >>> >>>>>>>>>> fazendo algo errado"... >>>>> >> >>> >>>>>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>>>>> Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo >>>>> >> >>> >>>>>>>>>> tem a >>>>> >> >>> >>>>>>>>>> oferecer. >>>>> >> >>> >>>>>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>>>>> b >>>>> >> >>> >>>>>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>>>>> 2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>: >>>>> >> >>> >>>>>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> Pessoal gostaria de saber qual uma boa >>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> biblioteca >>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> livre >>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> de >>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> C >>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> para >>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> trabalhar com operações matriciais como >>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> inversas >>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> e >>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> produtos de >>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> matrizes. Qualquer dica será interessante. >>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> [ ] Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> _______________________________________________ >>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> R-br mailing list >>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> [hidden email] >>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> Leia o guia de postagem >>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) >>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> e >>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> forneça >>>>> >> >>> >>>>>>>>>>> código mínimo reproduzível. >>>>> >> >>> >>>>>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>>>>> _______________________________________________ >>>>> >> >>> >>>>>>>>>> R-br mailing list >>>>> >> >>> >>>>>>>>>> [hidden email] >>>>> >> >>> >>>>>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>>>>> >>>>> >> >>> >>>>>>>>>> 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participantes (3)
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Benilton Carvalho -
Paulo Justiniano -
Pedro Rafael