Caros Listeiros, Eu estava tentando adaptar uma rotina do Walmes para geração de uma matriz de combinação de níveis para ajustes de modelos GLM, só que para PERMANOVA, criados pela função adonis () do pacote vegan, sem sucesso, na minha tentativa a rotina já não funciona na geração da LSmatrix do pacote doBy e gostria de saber se alguém poderia olhar o meu CRM abaixo e dar uma luz? #Pacotes require(vegan) require(doBy) require(wzRfun) require(multcomp) #Dados artificiais data(mite) A = c(rep(c(0), 30), rep(c(1), 30)) B = rep(c(rep(c(0), 15), rep(c(1), 15)), 2) A <- as.factor(A) B <- as.factor(B) species <- mite[1:60,] # Ajuste da PERMANOVA com índice de Jaccard man.com<-adonis(species ~ A * B, method = "jaccard",permutations=999) man.com #Criação da interação entre os fatores A_B<- interaction(A, B) levels(A_B) do.call(rbind, strsplit(levels(A_B), "\\.")) #Novos ajustes g0 <- adonis(species ~ A * B, method = "jaccard",permutations=999) g1 <- adonis(species ~ A_B, method = "jaccard",permutations=999) #Criação da matriz de comparação M <- LSmatrix(g0, effect=c("A","B")) data.frame(g0=M%*%coef(g0), g1=coef(g1)) str(M) grid <- attr(M, "grid") #Matriz de contrastes B <- "b" A <- "a" spl <- interaction(grid[,2]) i <- 1:nrow(grid) l <- split(i, f=spl) contr <- lapply(l, function(row){ ## Contrast matrix parwise a <- apc(M[row,], lev=levels(d[,2])) rownames(a) <- paste(spl[row[1]], rownames(a), sep="/") return(a) }) contr <- do.call(rbind, contr) contr #Contrastes com pacote multcomp summary(glht(g0, linfct=contr), test=adjusted(type="fdr")) Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos@cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 Researchgate: https://www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn: https://br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 ======================================================================