Olá. Pessoal estou tentando analisar uma característica de OPG, utilizando o pacote MCMCglmm, no entanto o mesmo requer uma matriz de parentesco. Quando tento calcular a matriz 9a partir de um pedigree) utilizando a função kin.morgan do pacote "gap" o programa R para e fecha. Creio que seja o número de animais existente no pedigree (2011 animais), pois quando utilizo um pedigree com menos animais (até 1000 animais) consigo calcular. setwd("D:\\ANALISES\\Alencariano J. S. Falcão - LINDENBERG") dados=read.table("dados.txt",h=T) dim(dados) ped=read.table("gre.txt") colnames(ped)=c("ani","pai","mae") dim(ped) outersect = function(x, y) {sort(c(setdiff(x, y), setdiff(y, x)))} out=outersect(dados[,1],ped[,1]) length(out) int=merge(dados,ped,by=intersect("ani","ani")) dim(int) library("gap") # pacote para calcular matriz de parentesco A0=kin.morgan(ped) #funcao do pacote A=2*A0$kin.matrix Como posso calcular essa matriz? -- GLEYSON VIEIRA DOS SANTOS ZOOTECNISTA - UFPI DOUTORANDO EM CIÊNCIA ANIMAL-UFPI TEL: (89) 9985-5488
Gleyson, 1. Envie mensagem com assunto (subject) que descreva sua dúvida. Em post anterior você já recebeu essa recomendação de outro listeiro. Não deixe em branco e nem use coisa genérica como "help", "ajuda em", etc. 2. Seu exemplo não é reproduzível, não temos como reproduzir o seu erro para tentar indicar soluções. A menos que tenha alguém na lista que tenha passado por exatamente a mesma situação, você não terá nada satisfatório sem oferecer boas condições de partida. Inclua o require(pacotes_que_uso), link para download ou leitura direta dos dados, comente as linhas do seu código para orientar os colaboradores. Essas são boas práticas mínimas que você deve considerar. Existe um link para o guia de postagem no rodapé de todas as mensagens. Minha sugestão é de que você tome conhecimento do guia de postagem. À disposição. Walmes.
Pode fornecer este arquivo para rodar? Olá. Pessoal estou tentando analisar uma característica de OPG, utilizando o pacote MCMCglmm, no entanto o mesmo requer uma matriz de parentesco. Quando tento calcular a matriz 9a partir de um pedigree) utilizando a função kin.morgan do pacote "gap" o programa R para e fecha. Creio que seja o número de animais existente no pedigree (2011 animais), pois quando utilizo um pedigree com menos animais (até 1000 animais) consigo calcular. setwd("D:\\ANALISES\\Alencariano J. S. Falcão - LINDENBERG") dados=read.table("dados.txt",h=T) dim(dados) ped=read.table("gre.txt") colnames(ped)=c("ani","pai","mae") dim(ped) outersect = function(x, y) {sort(c(setdiff(x, y), setdiff(y, x)))} out=outersect(dados[,1],ped[,1]) length(out) int=merge(dados,ped,by=intersect("ani","ani")) dim(int) library("gap") # pacote para calcular matriz de parentesco A0=kin.morgan(ped) #funcao do pacote A=2*A0$kin.matrix Como posso calcular essa matriz? -- GLEYSON VIEIRA DOS SANTOS ZOOTECNISTA - UFPI DOUTORANDO EM CIÊNCIA ANIMAL-UFPI TEL: (89) 9985-5488 . --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. https://www.avast.com/antivirus
participantes (3)
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Gleyson Vieira dos Santos -
Mauro Sznelwar -
Walmes Zeviani