Re: [R-br] Intervalo de Confiança da Predição

3 Abr 2012


      Perfeito! Deu certo, mto obrigado Walmes!

Danilo

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  8. Re: Matriz de proximidade (Wagner bonat)
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Message: 1
Date: Mon, 2 Apr 2012 12:07:08 -0700 (PDT)
From: Gilbert Queiroz <gilbert_queiroz@yahoo.com.br>
To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: [R-br] Matriz de proximidade
Message-ID:
       <1333393628.70157.YahooMailNeo@web160603.mail.bf1.yahoo.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Amigos,
É possível gerar a matriz de proximidade no R, sem ter que importar de um
outro software, como o GeoDA ou ArcGis?
Quais os comandos?
Abs.
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...
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Message: 2
Date: Mon, 02 Apr 2012 16:26:47 -0300
From: Paulo J Ribeiro Jr <paulojus@leg.ufpr.br>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br, Gilbert Queiroz
       <gilbert_queiroz@yahoo.com.br>
Subject: Re: [R-br] Matriz de proximidade
Message-ID: <1333394807.16481.2.camel@atikum>
Content-Type: text/plain; charset="UTF-8"
de uma olhada no pacote spdep e em particular em
poly2nb()
nb2listw()
Em Seg, 2012-04-02 às 12:07 -0700, Gilbert Queiroz escreveu:
...
Amigos,
É possível gerar a matriz de proximidade no R, sem ter que importar de
um outro software, como o GeoDA ou ArcGis?
Quais os comandos?
Abs.
_______________________________________________
R-br mailing list
R-br@listas.c3sl.ufpr.br
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
código mínimo reproduzível.
--
Paulo Justiniano Ribeiro Jr
LEG (Laboratorio de Estatistica e Geoinformacao)
Universidade Federal do Parana
Caixa Postal 19.081
CEP 81.531-990
Curitiba, PR  -  Brasil
Tel: (+55) 41 3361 3573
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http://www.leg.ufpr.br/~paulojus
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Message: 3
Date: Mon, 2 Apr 2012 12:25:52 -0700 (PDT)
From: Gilbert Queiroz <gilbert_queiroz@yahoo.com.br>
To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: [R-br] Matriz de proximidade
Message-ID:
       <1333394752.69772.YahooMailNeo@web160604.mail.bf1.yahoo.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Amigos,
É possível gerar a matriz de proximidade no R, sem ter que importar de um
outro software, como o GeoDA ou ArcGis?
Quais os comandos?
Abs.
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Message: 4
Date: Mon, 2 Apr 2012 17:37:35 -0300
From: Danilo Scorzoni Ré <danilo.scorzoni@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: [R-br] Intervalo de Confiança da Predição
Message-ID:
       <CA+bJVrd5TuHhwPPjEYWngLKG7b+VaxFj20MHge4MUrDky0js-w@mail.gmail.com
...
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Prezados,
Estou ajustando um conjunto de dados ao modelo não-linear de Gompertz (G ~
a * exp(b * exp(c * Idade))), onde a, b e c são parâmetros.
Consegui realizar o ajuste pelo comando nls() sem problema algum. O que eu
gostaria de obter agora são os intervalos de confiança da predição. Sei que
nos modelos lineares, eu consigo obter através da função predict(),
passando a informação para o parâmetro interval="prediction", no entanto,
ao que me parece, essa opção ainda não está implementada para o comando
nls(), pois quando eu faço o comando
ic = predict(model2, newdata=g, interval="prediction", level=0.95)
Ele me retorna apenas a resposta média, e não os intervalos de confiança da
predição. Testei a mesma sequência de comandos com o lm() e funcionou
corretamente.
Alguém sabe se existe outra maneira de estimar esses intervalos?
Segue o comando mínimo reproduzível:
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
# Código Mínimo Reproduzível
x = seq(0,15,0.1)
erros = rnorm(151, 0, 3)
y = 22 * exp(-3 * exp(-0.3 * x)) + erros
plot(y ~ x) # Comportamento não-linear
# Predição e Intervalos de Confiança no Modelo Linear
model.linear = lm(y ~ x + I(x^2))
summary(model.linear)
xest = as.data.frame(seq(0,15,1))
colnames(xest) = "x"
pred = as.data.frame(predict(model.linear, newdata=xest,
interval="prediction"))
lines(pred$fit ~ xest$x, lwd=2)
lines(pred$lwr ~ xest$x, lty=2, col=2)
lines(pred$upr ~ xest$x, lty=2, col=2)
# Predição e Intervalos de Confiança no Modelo Não-Linear
model.nlinear = nls(y ~ a * exp(b * exp(c * x)), start=list(a=25, b=-4,
c=-0.3))
summary(model1)
plot(y ~ x)
xest = as.data.frame(seq(0,15,1))
colnames(xest) = "x"
pred = predict(model.nlinear, newdata=xest, interval="prediction")
str(pred)
lines(pred ~ xest$x, lwd=2)
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Desde já agradeço o empenho!
Abraços,
--
Danilo Scorzoni Ré
Engenheiro Florestal
Mestre em Ciência Florestal
(14) 8180-2494
http://about.me/dscorzoni
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Message: 5
Date: Mon, 2 Apr 2012 19:07:26 -0300
From: Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Intervalo de Confiança da Predição
Message-ID:
       <CAFU=EkZ+3nrxZjTuOmXLbkzsKuQJXxyzBXiR9Oc6GB6C=8r2Mw@mail.gmail.com
...
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Veja se isso pode ser útil
http://ridiculas.wordpress.com/2011/05/19/bandas-de-confianca-para-modelo-de...
À disposição.
Walmes.
==========================================================================
Walmes Marques Zeviani
LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)
Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná
fone: (+55) 41 3361 3573
VoIP: (3361 3600) 1053 1173
e-mail: walmes@ufpr.br
twitter: @walmeszeviani
homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes
linux user number: 531218
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Message: 6
Date: Mon, 2 Apr 2012 22:08:08 -0300
From: "Mauro Sznelwar" <sznelwar@uol.com.br>
To: <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: Re: [R-br] Problemas com fixed breaks
Message-ID: <C90D1BEEB10647F8A610AB827EBF250D@ACER4520>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Tentei rodar de novo, mas deu dois problemas:
library(maptools)
Carregando pacotes exigidos: foreign
Carregando pacotes exigidos: lattice
Checking rgeos availability: FALSE
       Note: when rgeos is not available, polygon geometry
computations in maptools depend on gpclib,
       which has a restricted licence. It is disabled by default;
       to enable gpclib, type gpclibPermit()
e depois
mapa = readShapePoly("saudemapa.shp")
Erro em getinfo.shape(filen) : Error opening SHP file
E ainda faltou disponibilizar o arquivo
logo_pb.png
Em 1 de abril de 2012 21:05, Mauro Sznelwar <sznelwar@uol.com.br>
escreveuo:
Estava tentando rodar este código, e vi que falta este
arquivoc:/users/Julianna/Documents/SecSaude/saudemapa.shp
   Daria para enviar?.
Mensagem abaixo em nome da Julianna... (dados disponiveis via
datafilehost)
====
E quando fui conferir os breaks, os intervalos estavam certos,mas o
mapa resultante estava errado.
     Porque quando eu não importo o csv e uso o dataframe resultante da
função, os breaks ficam ok(da maneira que eu especifico em FixedBreaks) e,
do contrario, não???
segue o código:
#######################################################
     # CONSTRUINDO MAPAS
     #######################################################
     ##Code (Comments are preceded by ##)
     ## Load required packages
# Limpando memoria.
     rm(list=ls(all=TRUE))
library(maps)
     library(sp)
     library(maptools)
     library(spdep)
     library(classInt)
     library(RColorBrewer)
     library(shape)
     library(SDMTools)
     library(latticeExtra)
     library(ReadImages)
     library(png)
rosa_dos_ventos = function(loc=c(-34.5, -8), size = 0.15, bearing=0,
cols=1, cex=0.6,...)
     {
       cols <- rep(c("white","black"),8)
       radii <- rep(size/c(1,4,2,4),4)
       x <- radii[(0:15)+1]*cos((0:15)*pi/8+bearing)+loc[1]
       y <- radii[(0:15)+1]*sin((0:15)*pi/8+bearing)+loc[2]
       for (i in 1:15)
       {
         x1 <- c(x[i],x[i+1],loc[1])
         y1 <- c(y[i],y[i+1],loc[2])
         polygon(x1,y1,col=cols[i])
       }
       polygon(c(x[16],x[1],loc[1]),c(y[16],y[1],loc[2]),col=cols[16])
       b <- c("O","S","L","N")
       for (i in 0:3)
text((size+par("cxy")[1]-0.40)*cos(bearing+i*pi/2)+loc[1],
(size+par("cxy")[2]-0.42)*sin(bearing+i*pi/2)+loc[2],b[i+1],cex=cex)
     }
## Lendo dados
     ## http://www.datafilehost.com/download-e5cb7e86.html
     dados = read.table("dadosJulianna.csv", sep = ",", header = TRUE)
# Lendo mapa.
     mapa =
readShapePoly("c:/users/Julianna/Documents/SecSaude/saudemapa.shp")
     proj4string(mapa) <- CRS("+init=epsg:4291")
     scaleXY(mapa, 1836656)
# arquivo png
     #img <- readPNG("c:/users/Julianna/Documents/SecSaude/logo_pb.png") #
seu arquivo png aqui
     #set.seed(123)
     #par(xpd = TRUE)
colors <- brewer.pal(7, "Reds")
     brks <- classIntervals(dados$ano_2006, n = 7,style="fixed",
intervalClosure="right",
                            fixedBreaks=c(-2, -0.5, 0, 20, 40, 60, 80,
10000), main="Fixed")
     brks<- brks$brks
ID =
match(substr(mapa$CODIGO,1,6),dados$t_indicadores_municipio.f_municipio)
     dados = dados[ID,]
png(filename="c:/mif2006.png", height=750, width=1500)
plot(mapa, col = colors[findInterval(dados$ano_2006,
brks,all.inside=TRUE)], axes = TRUE, cex = 1.5, mar=5)
     ##, xlim=c(-39.7, -34.7), ylim=c(-8.5, -6)
##invisible(text(getSpPPolygonsLabptSlots(mapa),
labels=as.character(mapa$NOMEMUN_1), cex=0.65))
title(main = "PORCENTAGEM DE Ã BITOS INVESTIGADOS\ntipo: mulheres em
idade fÃ©rtil",
           font.main = 2, cex.main = 1.8)
text(-35.7, -6.2, "ANO: 2006", cex = 1.8)
legend(-39.6,-7.6, c("Sem informaÃ§Ã£o", "0", "]0,20]", "]20,40]",
"]40,60]", "]60,80]","Acima de 80"),
            fill = colors, bty="n", x.intersp = 1.1, y.intersp = 1.1, cex
= 1.6)
rosa_dos_ventos(loc=c(-34.5,-8),size=0.17,cex=1.20, bearing=0, cols=1)
SpatialPolygonsRescale(layout.scale.bar(), offset = c(-35,-8.30),
                            scale = 1, fill = c("transparent", "black"),
                            plot.grid= FALSE)
text(-34.5, -8.35, "110.3 KM", cex= 1.3)
#rasterImage(img, xleft = -39.5, ybottom = -6.25, xright = -38.9 ,
ytop = -6)
dev.off()
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Message: 7
Date: Tue, 3 Apr 2012 11:42:26 -0300
From: Wagner bonat <wbonat@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Tobit espacial
Message-ID:
       <CANt=4MietnxFQRVKX2FWTXnvNFVRt4NXrjtnBMLkPFMDFKb4=w@mail.gmail.com
...
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Que tipo de dependência espacial vc quer modelar ? Onde encontrou este
modelo ? Pode não ter programado, mas com certeza pode ser programado.
--
Wagner Hugo Bonat
LEG - Laboratório de Estatística e Geoinformação
UFPR - Universidade Federal do Paraná
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Message: 8
Date: Tue, 3 Apr 2012 11:43:55 -0300
From: Wagner bonat <wbonat@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br, Gilbert Queiroz
       <gilbert_queiroz@yahoo.com.br>
Subject: Re: [R-br] Matriz de proximidade
Message-ID:
       <CANt=4MhG4Gug6tLEJLX-7PKb+_VP0SsQsYDi4B6iP_SjPK0JiA@mail.gmail.com
...
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Sim, o pacote spdep tem várias funções para montar matrizes de vizinhança
seguinte diveros critérios e de acordo com o tipo de dados que vc lê.
--
Wagner Hugo Bonat
LEG - Laboratório de Estatística e Geoinformação
UFPR - Universidade Federal do Paraná
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R-br mailing list
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Fim da Digest R-br, volume 14, assunto 3
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Danilo Scorzoni Ré
Engenheiro Florestal
Mestre em Ciência Florestal
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