Como ja falaram, o X no começo dos nomes é pq o R não aceita colunas (e variaveis) que o nome comecem com numeros.
O summary(dados) ta simplesmente dando uma frequencia de cada variavel. Teus dados estão sendo lidos como texto por causa do % no final deles, e não como números. Aqui a gente pode ver bem isso:
dados <- read.table(text='Clinica 2008 2009 2010 2011 2012
PBarca 70% 72% 72% 76% 77%
Braga 74% 75% 78% 76% 73%
Fafe 74% 75% 74% 72% 76%
Maia 70% 75% 71% 76% 80%
VNGaia 80% 83% 84% 84% 81%
SMFeira 73% 75% 74% 78% 75%',header=T)
summary(dados)
Clinica X2008 X2009 X2010 X2011 X2012
Braga :1 70%:2 72%:1 71%:1 72%:1 73%:1
Fafe :1 73%:1 75%:4 72%:1 76%:3 75%:1
Maia :1 74%:2 83%:1 74%:2 78%:1 76%:1
PBarca :1 80%:1 78%:1 84%:1 77%:1
SMFeira:1 84%:1 80%:1
VNGaia :1 81%:1
Cada nome aparece 1 vez, e em 2008 temos 70% e 74%, duas vezes, 80% e 73% uma vez, e assim vai...