Olá Marie

O erro: " double 'row.names' are not allowed" , significa que não é permitido duplicatas no row.names.
Sugiro você editar o nomes das estações amostrais numerando ou adicionando a data de coleta
No seu exemplo de tabela adicionei AS-B-D e o read.csv2 me deu o mesmo erro, quando acrescentei os números( AS-B-D6, AS-B-D7) carregou novamente.
Observe o row.names em aravo$spe , AR01, AR02,...,AR59



Abu sp Abu vai Aca bi
AS-A-C1 0 0 0
AS-A-D2 1 0 0
AS-B-A3 1 0 1
AS-B-B4 0 0 0
AS-B-C5 0 0 0
AS-B-D6 0 0 0
AS-B-D7 0 0 0


O erro para read.xls: perl executable not found
ele não encontrou o executável perl, supondo que você esteja usando windows

## arquivo no formato XLSX
dados = read.xls("C://endereço//nomeArquivo.xlsx", sheet = 1, row.names = 1, perl = "C://endereço//perl.exe")


saudações

Em 15/02/2016 19:14, Marie-Christine . escreveu:
 double 'row.names' are not allowed