Você tem que usar as posições das barras no seu plot.
Veja que as posições das barras estão salvas no grafico.
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barras <- 1:10
linhas <- 1/barras
grafico<- barplot(barras, beside = T, xaxt = 'n', ylim = c(0,20), las = 2,
ylab = expression (Harvested~area~(x~10^{6}~ha)), xlab = "years")
axis(1, at = grafico, labels = 1990:1999, las = 3)
par(new = T)
with(dados, plot(grafico,linhas, ty = 'l', lwd = 2, axes = F, ann = F, ylim = c(0,1)))
mtext('test number', side = 4, line = 3)
x = seq(0,1, 0.1)
axis(4,x, las = 2)
veja que alterei o plot ali, tenta isso, ve se da certo.