Olá Ana,
O comando "points" adiciona pontos a um gráfico previamente existente. Por isso, quando você fecha o R e não plota o boxplot antes, ocorre o erro que você verificou.
Você pode usar os comandos plot.new() ou frame() para criar uma nova área de plotagem. Veja o exemplo abaixo.
Sobre seus e-mails no grupo, seria legal se você fornecesse, além do código e dos erros uma amostra (real ou simulada) de dados para que seus códigos sejam minimamente reprodutíveis.
abraço,
Rogério
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#cria um conjunto de dados
medias_x=-10:-1
medias_y=1:10
plot.new()
plot.window(xlim=c(-10,10), ylim=c(-10,10), log = "", asp = NA)
points(x=medias_x,y=medias_y,col="red",pch=17)
grid() #adiciona linhas de grade...
box() #adiciona as bordas...
title("Título") # adiciona título
axis(2, -10:10, col.axis="red", las=2) # adiciona um eixo y...
#etc...