Essa matéria é para dois tratamentos adicionais, mas facilmente é adaptada para um apenas

https://ridiculas.wordpress.com/2012/12/03/fatorial-duplo-com-dois-tratamentos-adicionais/

Além do mais, veja a documentação do pacote ExpDes. Acredito que antes de debruçar sobre qualquer código é mais importante ter suas hipóteses definidas. A análise dos dados deve ser sempre que possível guiada pelos objetivos da pesquisa. A matéria é uma sugestão de análise.

À disposição.
Walmes.