Bom dia Wellington,
Você pode utilizar o pacote gmodels, que tem um conjunto de operações de cruzamento. Caso você queira uma tabela cruzada, é só usar o comando
CrossTable(data$Sex,data$X1)
Com relação aos missings, você pode manipulá-los com os comandos listados abaixo. Eles funcionam como parâmetros dos comandos dos pacotes.
- na.omit and na.exclude: returns the object with observations removed if they contain any missing values; differences between omitting and excluding NAs can be seen in some prediction and residual functions
- na.pass: returns the object unchanged
- na.fail: returns the object only if it contains no missing values
Atenciosamente