O problema é sort() e ordem() ordenam um vetor, olham para uma dimensão. Você não pode sisplesmente usar order() nas linhas e depois nas colunas porque se fizer isso vai bagungar com as ligações fora da diagonal. Então a tarefa é mais complicada porque você tem que ordenar as linhas e colunas sem estragar a estrutura de p-valores. Uma vez eu, uns 5 anos atrás, eu fiz uma função para ordenar uma matriz de contrastes. Tinha na diagonal a média de cada tratamento, na diagonal de cima o contraste entre duas médias e na debaixo o p-valor do teste de hipótese sobre o contraste. Levei dias para construir e não consegui. Meu código se perdeu. Lembro que eu resolvi mudando a ordem dos níveis do fator antes de começar a análise, ao invés de ser alfabética, eu ordenei pela média amostral (ou média ajustada de uma análise).

Walmes.

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