Thiago,

Não sei o que a função runs.test() faz, de que pacote ela é? Tem um exemplo reproduzível para que possamos saber o que está sendo feito? Se você tem repetições de y para um mesmo valor de x, você pode empregar um simples teste de falta de ajuste. Na minha dissertação tenho o procedimento no anexo (procure no banco de dissertações da biblioteca da UFLA). De forma simples e reproduzível é isso

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# dados

x <- rep(1:8, each=4); y <- 10*x/(2+x)+rnorm(x); plot(y~x)

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# ajuste do modelo não linear

n0 <- nls(y~A*x/(B+x), start=c(A=10, B=2))

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# ajuste no modelo linear de médias de categorias

m0 <- lm(y~factor(x))

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# teste da falta de ajuste para o modelo de regressão não linear

anova(n0, m0)

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Procure livros de regressão para melhor fundamentar o seu entendimento.

À disposição.
Walmes.

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