Procure especificar um modelo aos seus dados baseado no plano amostral/experimental adotado para levantamento dos dados. Na especificação do modelo acomode a dependência entre estratos. Talvez um modelo misto (unidades experimentais, UE) para dados longitudinais (níveis de estrato dentro da mesma UE) já esteja na medida certa para o seu caso.
À disposição.
Walmes.