André, bom dia!

Eu utilizo o RStudio/Windows, mas consigo reproduzir um "erro" que considero similar ao seu. Observe que há duas seleções de texto na figura abaixo. Elas são ligeiramente diferentes pela segunda forma incluir o line feed (CRLF/LF). Copiando a primeira forma e executando o read.table() obtenho o mesmo aviso. Nesse caso não há maiores problemas, pois sendo um aviso, o comando mesmo assim é executado e retorna os valores.

Se você copiar o texto entre aspas de uma mensagem da lista R-br, p. ex., pra utilizar através do "clipboard", deve obter o mesmo aviso. Se for esse o caso, teria que copiar, colar o texto antes de utilizar, dar um enter na última linha, recopiar e aí então utilizar no "clipboard". Na verdade, se você só colar e recopiar no próprio editor de script do RStudio deverá funcionar, porque o line feed já deve estar presente na linha onde você cola.