Semelhança no perfil.

O perfil de cada acesso é descrito por 101 marcadores moleculares.

Pensando, agora, na sugestão do Leonardo, e pensando no seu questionamento, talvez avaliar a proporção de marcadores iguais fosse uma boa análise deste perfil.  Não tinha pensado nisto...

Luiz Roberto.


Luiz Roberto Martins Pinto
Prof. Pleno/DCET/UESC
Laboratório de Estatística Computacional
Universidade Estadual de Santa Cruz
Ilhéus-Bahia-Brasil

luizroberto.uesc@gmail.com
skype: lrmpinto

Em 19 de agosto de 2015 18:36, Cesar Rabak <cesar.rabak@gmail.com> escreveu:
Luiz Roberto,

Frente a sua resposta para o Leonardo, é imperioso propor-lhe a questão:

Qual seria a definição de semelhança entre os dois acessos?

Com essa informação podemos tentar encontrar um teste estatístico com mais potência para a comparação...

HTH
--
Cesar Rabak


2015-08-19 16:10 GMT-03:00 Luiz Roberto Martins Pinto <luizroberto.uesc@gmail.com>:
Leonardo,

Agradeço a sugestão. Mas é possível que as proporções sejam as mesmas entre dois acessos diferentes, se os marcadores estiverem em posições diferentes.

Luiz Roberto.

Luiz Roberto Martins Pinto
Prof. Pleno/DCET/UESC
Laboratório de Estatística Computacional
Universidade Estadual de Santa Cruz
Ilhéus-Bahia-Brasil

luizroberto.uesc@gmail.com
skype: lrmpinto

Em 19 de agosto de 2015 15:07, Leonardo Ferreira Fontenelle <leonardof@leonardof.med.br> escreveu:
Luiz Roberto, como estou sem R ao alcance vou fornecer uma solução aproximada.
 
Em primeiro lugar, você vai querer transformar esses vetores de texto em vetores de números inteiros, utilizando a função as.integer(). Quanto à comparação dos vetores propriamente dita, a solução mais simples é com a função prop.test(). Utilize sum(x, na.rm = TRUE) para calcular o número de sucessos em cada vetor, e length(na.omit(x)) ou length(x[!is.na(x)]) para calcular o número de tentativas em cada vetor. Então utilize a função prop.test, informando como primeiro argumento c(sucessosA1, sucessosA2) e segundo argumento c(tentativasA1, tentativasA2).
 
 
 
Em Qua 19 ago. 2015, às 14:46, Luiz Roberto Martins Pinto escreveu:
Caros companheiros da Lista R,
 
#  Os dados abaixo referem-se a 2 acessos de mandioca (A1 e A2), e 101 marcadores RAPD (1=presença da marca; 0=ausência da marca; NA=dado perdido); portanto os dados são binários.
 
# Preciso de uma função que me retorne a probabilidade (p-value) do acesso A1 ser semelhante ao acesso A2.
 
A1=c("1",NA,"1","0","1","0","1","1","0","1","1","0","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1",NA,"1",NA,"0","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","0","1","0","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","0")
A2=c("1","1","1","0","1","0","1","1","0","1","1","0","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"1","0","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","0","1","0","1",NA,NA,"1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1")
 
Agradeço a boa-vontade de quem puder ajudar.
 
Abraços,
 
Luiz Roberto.
 
Luiz Roberto Martins Pinto
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