Estava tentando rodar os comandos, e deu problema a partir deste:

with(subset(y, Linhagens == "L1"), HSD.test(Peso,Proteína, df, MSError))
Erro em qtukey(p, nranges, nmeans, df, lower.tail, log.p) :
Argumento não-numérico para função matemática

Se entendi bem, o exemplo abaixo pode ajudar.

Proteína

Linhagens

Peso

p1

L1

1.6

p1

L1

1.7

p1

L2

2.3

p1

L2

2.2

p2

L1

1.9

p2

L1

2

p2

L2

2.2

p2

L2

2.3

p3

L1

2.3

p3

L1

2.4

p3

L2

2.3

p3

L2

2.3

y=read.table("clipboard", h=T)

attach(y)

resultado=aov(Peso~Proteína+Linhagens+Proteína*Linhagens )

anova(resultado)

require(agricolae)

cv.model(resultado)

df=6

MSError=0.004167

#Melhor teor de proteína dentro da linhagem 1

with(subset(y, Linhagens == "L1"), HSD.test(Peso,Proteína, df, MSError))

#Melhor teor de proteína dentro da linhagem 2

with(subset(y, Linhagens == "L2"), HSD.test(Peso,Proteína, df, MSError))

#Melhor linhagem dentro do teor de proteína de 14%

with(subset(y, Proteína == "p1"), HSD.test(Peso,Linhagens, df, MSError))

#Melhor linhagem dentro do teor de proteína de 16%

with(subset(y, Proteína == "p2"), HSD.test(Peso,Linhagens, df, MSError))

#Melhor linhagem dentro do teor de proteína de 18%

with(subset(y, Proteína == "p3"), HSD.test(Peso,Linhagens, df, MSError))

Proteína

Linhagem

D.M.S.(5%) Linha

L1

L2

14%

1,65 cB

2,25 aA

0,1580

16%

1,95 bB

2,25 aA

18%

2,35 aA

2,30 aA

D.M.S.(5%) Coluna

0,1981

Médias seguidas de uma mesma letra maiúscula (em uma mesma linha) e minúscula (em uma mesma coluna), são estatisticamente iguais pelo teste de Tukey ao nível de 5% de probabilidade.