eu pretendo obter o gráfico das médias dos meus dados Clínica 1s09 1s10 1s11 1s12 1s13 1 Arcos de Valdevez 70.5 73.9 75.7 81.0 77.9 2 Braga 72.5 79.9 77.3 73.4 81.8 3 Fafe 74.7 74.7 71.1 80.0 80.0 4 Maia 76.7 72.7 77.3 78.1 80.5 5 VNGaia 84.6 84.3 83.4 81.8 73.3 6 SMFeira 73.0 73.8 76.7 79.4 68.5 7 Viseu 67.4 75.7 75.6 74.5 76.7 8 Guarda 70.6 65.4 68.7 78.9 81.7 9 Covilhã 76.7 76.0 76.4 81.3 79.4 10 Coimbra 77.5 77.9 77.0 77.7 80.6 11 Abrantes 84.0 81.2 82.9 79.1 80.0 12 Entroncamento 74.4 73.5 74.1 72.0 72.7 13 Santarém 75.2 69.0 80.6 83.3 78.9 14 TVedras 70.6 74.1 81.1 78.5 83.3 15 VFXira 70.7 76.7 78.3 79.7 80.3 16 Alverca 74.3 80.9 84.4 80.2 81.4 17 Amadora 69.5 70.5 74.7 75.5 69.8 18 Lumiar 71.4 72.3 73.2 76.9 77.0 19 Restelo 71.2 69.7 72.5 74.0 78.1 20 CUF 64.2 65.5 71.6 66.5 66.7 21 SAMS 78.8 82.9 84.0 82.3 83.5 22 Montijo 77.3 71.4 69.8 84.3 77.0 23 Barreiro 78.6 78.6 77.8 77.6 74.4 24 Almada 76.5 73.1 74.8 78.2 75.8 25 Seixal 78.6 75.4 80.9 80.0 80.2 26 Setúbal 76.3 79.8 78.2 74.8 73.5 27 Portalegre 77.0 80.0 80.1 77.7 74.7 28 Évora 81.2 79.6 80.9 81.8 83.6 29 Grândola 75.9 78.4 80.2 78.8 79.4 30 Beja 73.9 76.4 75.0 67.8 73.3 31 Tavira 73.0 66.5 66.9 75.1 74.3 32 Faro 70.6 78.5 79.1 77.6 74.5 33 Portimão 71.9 80.2 79.0 80.6 79.0 Média 74.52 75.41 76.95 77.83 77.33 eu com o seguinte codigo quero desenhar o gráfico: medias<-apply(dados[,-1],2,mean,na.rm=TRUE) # Calcula as médias points(medias,col="red",pch=17) # Adiciona os pontos das médias no boxplot que me esta a dar um erro e não desenha o grafico Error in plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) : plot.new has not been called yet obrigada Ana Quoting r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br:
Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br@listas.c3sl.ufpr.br
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Tópicos de Hoje:
1. [OFF-TOPIC] Meetup sobre Visualização de Dados (Fabrício Tavares) 2. Re: geoestatistica (Marcelo Albuquerque) 3. Pacote ltm (Felipe Buchbinder) 4. Re: Selecionar variáveis conforme linhas (Roney Fraga Souza) 5. Escolha da estrutura de correlação gnls (Fernando Antonio de souza) 6. Re: geoestatistica (Elias Teixeira Krainski) 7. Re: Selecionar variáveis conforme linhas (Rogério Barbosa) 8. Re: Selecionar variáveis conforme linhas (Éder Comunello) 9. Re: Arquivos hdf (Tito Conte) 10. gráfico ggplot2 (geovane barbosa) 11. Re: geoestatistica (Marcelo Albuquerque) 12. gráfico de médias (alanarocha@sapo.pt)
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Message: 1 Date: Tue, 27 Aug 2013 15:10:59 -0300 From: Fabrício Tavares <fabriciotavareso@gmail.com> To: Lista R-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] [OFF-TOPIC] Meetup sobre Visualização de Dados Message-ID: <CA+ygYG3GmtAk_MFrMW5ZvKhQd1HOJ1o_tBXN-QKixajXHYuDSA@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
Olá pessoal,
estou organizando o primeiro meetup sobre visualização de dados, com foco no d3js (uma biblioteca em js similar ? mas mais "low level" ? ao pacote ggplot2), aqui em Belo Horizonte.
Quem tiver interesse, pode acessar o evento em: http://www.meetup.com/d3js-BH/events/128766152/
Se você trabalha bastante com visualizações, principalmente interativas (algo como o Shiny), ou se deseja conhecer um pouco mais sobre visualizações de dados na web, tente comparecer!
Obs.: Não é necessário ter conhecimento de JavaScript para participar.
Abs,
Fabrício fabriciotav.org -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130827/ea7b204d/attachment-0001.html>
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Message: 2 Date: Tue, 27 Aug 2013 16:01:10 -0300 From: Marcelo Albuquerque <marceloralbuquerque@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] geoestatistica Message-ID: <CANUCDOnqaybDPYfiKtWFfN-Wjjs6qGeRR21yiuRstLAjwyje3w@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Interessante! Por acaso você conhece algum artigo em que se aplique esta abordagem Bayesiana da geostatística a um reservatório de petróleo ou a uma jazida mineral?
Abs, marcelo
Em 27 de agosto de 2013 04:20, Elias T Krainski <eliaskrainski@yahoo.com.br>escreveu:
Alem desses materiais de abordagem classica sugeridos, se vc e' estatistica, consulte livros com a abordagem 'Model Based': 1 - verossimilhantista: http://www.springer.com/earth+sciences+and+geography/book/978-0-387-32907-9 2 - bayesiana:
http://www.amazon.com/Hierarchical-Modeling-Monographs-Statistics-Probabilit...
Att. Elias
On 08/27/2013 03:07 AM, Helder Gramacho wrote:
Anderson Medeiros tem postagem onde informa material didático sobre o tema:
http://andersonmedeiros.com/apostilas-geoestatistica/
att,
Em 26 de agosto de 2013 19:57, Gilbert Queiroz < gilbert_queiroz@yahoo.com.br> escreveu:
Vai no site do INPE - DPI e baixa o livro do Gilberto Câmara. Abs.
------------------------------ *De:* Hélio Gallo Rocha <heliogallorocha@gmail.com> *Para:* r-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> *Enviadas:* Segunda-feira, 26 de Agosto de 2013 15:09 *Assunto:* [R-br] geoestatistica
Quem poderia prestar ajudapara Geoestatística, não para comandos do R, mas conceitualmente?
-- Hélio Gallo Rocha IFSULDEMINAS - Câmpus Muzambinho
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-- Hélder Gramacho dos Santos Engenheiro Agrônomo Mestrando Ciênc. Geod. Tec. Geoinformação-UFPE * agrohelder@gmail.com <agrohelder@hotmail.com> *
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Message: 3 Date: Tue, 27 Aug 2013 16:52:27 -0300 From: Felipe Buchbinder <felbuch@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Pacote ltm Message-ID: <CAA9iaD0vBW0gAcrAHD_XzhgS6x0HhKQ-RH1_RBW43GqgYS47Aw@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Professores,
Estou tentando ganhar familiaridade com a função rmvordlogis do pacote ltm, de Teoria de Resposta ao Item.
Para isto, tentei gerar a função tal qual descrita no arquivo de ajuda do pacote. A única diferença é que eu inclui o parâmetro model = "grm''
thetas <- lapply(1:5, function(u) c(seq(-1, 1, len = 2), 1.2)) x <- rmvordlogis(10,thetas,model = "grm")
A resposta que eu obtive foi a seguinte:
Erro em sample(ncatg[j], 1, prob = probs[[j]][i, ]) : probabilidade não positiva
O que pode estar ocasionando este problema e como eu poderia gerar resposas para o caso GRM?
Desde já obrigado!
Felipe Buchbinder -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130827/5c98431f/attachment-0001.html>
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Message: 4 Date: Tue, 27 Aug 2013 16:01:35 -0400 From: Roney Fraga Souza <roneyfraga@gmail.com> To: R-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Selecionar variáveis conforme linhas Message-ID: <ACA13B38-1BE0-456A-85AF-86473872A27A@gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Éder Comunello,
Muito, muito obrigado! Estava empacado nesse cálculo.
Roney -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130827/cda82077/attachment-0001.html>
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Message: 5 Date: Tue, 27 Aug 2013 17:18:34 -0300 From: Fernando Antonio de souza <nandodesouza@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Escolha da estrutura de correlação gnls Message-ID: <CAFrWFsmoT5q4W2rSAO964YL-gc7=YOK1Y88NmuQJ8nLeeETrwQ@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
Caros colegas
Estou trabalhando com dados de produção de gases em vitro no qual estou ajustando um modelo de produção cumulativa de gases ao longo do tempo.
Neste tipo de dados as medidas de produção de gases em tempos p?oximos estão correlacionados e esta correlação é reduzida pela distância entre as medidas.
No pacote nlme (pinheiro e Bates) fornece diversas estruturas de correlação para modelar esta dependência entre as medidas.
Estou seguindo o livro do Pinheiro e Bates "Mixed-Effects Models in S and S-Plus" e neste livro ele utiliza a função ACF(função de autocorrelação empirica) para obter a correlação entre respostas a diferentes distancias (lag's) e a observação desse comportamento ajuda na escolha da estrutura a utilizar.
Este procedimento, me pareceu simples para definir a estrutura AR1() , mas não para outras estruturas como ARMA1(), CAR1().
Minha dúvida é a seguinte: Como definir a melhor estrutura de correlação e como avaliar a efetividade da estrutura escolhida. P.ex:quando a correlação não reduz com o aumento da distância entre observações, ou quando ela reduz e volta a elevar-se, como definir a melhor estrutura.
atenciosamente -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130827/263fb13d/attachment-0001.html>
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Message: 6 Date: Tue, 27 Aug 2013 23:11:59 +0200 From: Elias Teixeira Krainski <eliaskrainski@yahoo.com.br> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] geoestatistica Message-ID: <521D161F.4020106@yahoo.com.br> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"; Format="flowed"
Especificamente sobre petróleo, veja http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/summary?doi=10.1.1.30.4850 e mais coisas em http://www.math.ntnu.no/ure/refs.html
Certa vez vi uma apresentação num congresso de alguem que trabalhava numa petrolífera. O grande problema era a necessidade de predição em alta resolução. Nesta direção há três abordagens desenvolvidas recentemente 1 - process convolution models (Higdon, 1998; Xia and Gelfand, 2005) 2 - predictive process, or fixed-rank Kriging, models (Banerjee et al., 2008; Cressie and Johannesson, 2008), 3 - stochastic partial differential equation models of Lindgren et al. (2011).
D. Higdon. A process-convolution approach to modelling temperatures in the North Atlantic Ocean. Environmental and Ecological Statistics, 5(2):173--190, 1998
G. Xia and A. Gelfand. Stationary process approximation for the analysis of large spatial datasets. ISDS Discussion Paper 2005-24, Duke University, Durham, NC, 2005
S. Banerjee, A. E. Gelfand, A. O. Finley, and H. Sang. Gaussian predictive process models for large spatial datasets. Journal of the Royal Statistical Society, Series B, 70(4):825--848, 2008.
N. A. C. Cressie and G. Johannesson. Fixed rank kriging for very large spatial data sets. Journal ofthe Royal Statistical Society, Series B, 70(1):209--226, 2008
Lindgren, H. Rue, and J. Lindstr ?om. An explicit link between Gaussian fields and Gaussian Markov random fields: The stochastic partial differential equation approach (with discussion).Journal of the Royal Statistical Society. Series B. Statistical Methodology, 73(4):423--498, September 2011.
Att. Elias
On 27/08/13 21:01, Marcelo Albuquerque wrote:
Interessante! Por acaso você conhece algum artigo em que se aplique esta abordagem Bayesiana da geostatística a um reservatório de petróleo ou a uma jazida mineral?
Abs, marcelo
Em 27 de agosto de 2013 04:20, Elias T Krainski <eliaskrainski@yahoo.com.br <mailto:eliaskrainski@yahoo.com.br>> escreveu:
Alem desses materiais de abordagem classica sugeridos, se vc e' estatistica, consulte livros com a abordagem 'Model Based': 1 - verossimilhantista:
http://www.springer.com/earth+sciences+and+geography/book/978-0-387-32907-9 2 - bayesiana:
http://www.amazon.com/Hierarchical-Modeling-Monographs-Statistics-Probabilit...
Att. Elias
On 08/27/2013 03:07 AM, Helder Gramacho wrote:
Anderson Medeiros tem postagem onde informa material didático sobre o tema:
http://andersonmedeiros.com/apostilas-geoestatistica/
att,
Em 26 de agosto de 2013 19:57, Gilbert Queiroz <gilbert_queiroz@yahoo.com.br <mailto:gilbert_queiroz@yahoo.com.br>> escreveu:
Vai no site do INPE - DPI e baixa o livro do Gilberto Câmara. Abs.
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Message: 7 Date: Tue, 27 Aug 2013 18:58:39 -0300 From: Rogério Barbosa <antrologos@gmail.com> To: r-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Selecionar variáveis conforme linhas Message-ID: <CAM+NV=0otnRExvGkfROtuy_HFRvYvrQidL7gagdsF4WNiCu+-w@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Olás, Roney e Éder,
Caso o banco de dados seja grande, um procedimento com um loop (for) pode acabar demorando. Aqui embaixo segue um código, apenas com atribuições simples (menos "elegante"...), mas que pode funcionar mais rápido,
abraços, Rogério
##################################################
# Número de relações dentro do próprio grupo data$rel.grupo =NA data$rel.grupo[data$pessoa.grupo == 1]=data$g.1[data$pessoa.grupo == 1] data$rel.grupo[data$pessoa.grupo == 2]=data$g.2[data$pessoa.grupo == 2] data$rel.grupo[data$pessoa.grupo == 3]=data$g.3[data$pessoa.grupo == 3] data$rel.grupo[data$pessoa.grupo == 4]=data$g.4[data$pessoa.grupo == 4]
# Calculo da proporção de relações dentro do próprio grupo data$prop.rel.grupo = data$rel.grupo/rowSums(data[,3:6], na.rm = TRUE, dims = 1)
# Média de relações (desconsiderando o valor zero) data$rel.media = rowSums(data[,3:6], na.rm = TRUE)/rowSums(data[,3:6]>0)
data #resultado
2013/8/27 Roney Fraga Souza <roneyfraga@gmail.com>
Éder Comunello,
Muito, muito obrigado! Estava empacado nesse cálculo.
Roney
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Message: 8 Date: Tue, 27 Aug 2013 20:39:19 -0400 From: Éder Comunello <comunello.eder@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Selecionar variáveis conforme linhas Message-ID: <CABmC8gko-WpF2fS6qz4kZqEarFMKnTrSAvXhVuh2ChyAkDBBHw@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Senhores, boa noite!
Muito legal as dicas do colega Rogério. E acabei achando um outro porém no código que passei. Usei a coluna 'data$tc' como total, ao invés de calcular e pude observar que ela está incorreta nas duas últimas observações do exemplo (u e v).
Se optar por utilizar o código que passei, tem que corrigir a coluna 'tc". Tem várias formas de fazer isso, mas aproveitando as dicas do colega Rogério, sugiro rodar o comando abaixo antes do loop (for).
data[,7] = rowSums(data[,3:6]) # recalcula data$tc
Outra opção é partir diretamente pro código que ele forneceu.
Até mais,
-- Éder Comunello <c <comunello.eder@gmail.com>omunello.eder@gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W] -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130827/e63a9c9f/attachment-0001.html>
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Message: 9 Date: Wed, 28 Aug 2013 08:52:46 -0300 From: Tito Conte <tito.conte@gmail.com> To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Arquivos hdf Message-ID: <CACqq46zPsV4Xrpw9ZnO=GtdhAieokyzGhO5x-5qb-T4LSzMj3Q@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Thiago, sua solução foi MUITO BOA! OBRIGADO!
Tito Conte
2013/8/13 Eder Comunello <ecomunel@gmail.com>
Caro Tito, bom dia!
Apenas cogitando... Os arquivos podem ser HDF4 e não HDF5. Não sei se foi corrigido, mas no passado o pacote hdf5() não abria arquivos HDF4 diretamente e era necessário convertê-los primeiro.
No endereço que segue abaixo tem inclusive o link pra um conversor:
[R] hdf files https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2010-January/225901.html
-- Éder Comunello <e <comunello.eder@gmail.com>comunel@gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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Message: 10 Date: Wed, 28 Aug 2013 06:07:04 -0700 (PDT) From: geovane barbosa <geovanecb@yahoo.com.br> To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] gráfico ggplot2 Message-ID: <1377695224.60588.YahooMailNeo@web121502.mail.ne1.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Olá pessoal bom dia. Como eu faço para gerar um gráfico no ggplot com esse tipo de dados.
RR LBRR UBRR Lag0 1,0097 -1,0360 1,0578 Lag1 1,0477 -1,0003 1,0980 Lag2 1,0583 1,0100 1,1089 MA01 1,0420 -1,0547 1,1029 MA02 1,0806 1,0103 1,1557 MA03 1,0603 -1,0167 1,1432 MA04 1,0657 -1,0182 1,1568 MA05 1,0971 1,0033 1,1995
abraços pessoal -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130828/5d2ecb35/attachment-0001.html>
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Message: 11 Date: Wed, 28 Aug 2013 11:02:18 -0300 From: Marcelo Albuquerque <marceloralbuquerque@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] geoestatistica Message-ID: <CANUCDOk0dRiZ5F6qZCq6BZqzvOUD-Uwd4cAFit-BOtVbUaU2MQ@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
Ok, Obrigado Elias! Já vi estudos utilizando o Ensemble Kalman Filter, liderados pelo Emerick ( https://sites.google.com/site/aemerick/) que, pelo que me lembro, utilizam dados dinâmicos de produção para obter uma distribuição a posteriori de propriedades de reservatório. Mas não tenho familiaridade suficiente com o trabalho dele para saber se ou como ele inclui dados estáticos, amostras de testemunhos e perfis de poço, normalmente utilizados na geostatística clássica.
Abs
Em 27 de agosto de 2013 18:11, Elias Teixeira Krainski < eliaskrainski@yahoo.com.br> escreveu:
Especificamente sobre petróleo, veja http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/summary?doi=10.1.1.30.4850 e mais coisas em http://www.math.ntnu.no/ure/refs.html
Certa vez vi uma apresentação num congresso de alguem que trabalhava numa petrolífera. O grande problema era a necessidade de predição em alta resolução. Nesta direção há três abordagens desenvolvidas recentemente 1 - process convolution models (Higdon, 1998; Xia and Gelfand, 2005) 2 - predictive process, or fixed-rank Kriging, models (Banerjee et al., 2008; Cressie and Johannesson, 2008), 3 - stochastic partial differential equation models of Lindgren et al. (2011).
D. Higdon. A process-convolution approach to modelling temperatures in the North Atlantic Ocean. Environmental and Ecological Statistics, 5(2):173?190, 1998
G. Xia and A. Gelfand. Stationary process approximation for the analysis of large spatial datasets. ISDS Discussion Paper 2005-24, Duke University, Durham, NC, 2005
S. Banerjee, A. E. Gelfand, A. O. Finley, and H. Sang. Gaussian predictive process models for large spatial datasets. Journal of the Royal Statistical Society, Series B, 70(4):825?848, 2008.
N. A. C. Cressie and G. Johannesson. Fixed rank kriging for very large spatial data sets. Journal ofthe Royal Statistical Society, Series B, 70(1):209?226, 2008
Lindgren, H. Rue, and J. Lindstr ?om. An explicit link between Gaussian fields and Gaussian Markov random fields: The stochastic partial differential equation approach (with discussion).Journal of the Royal Statistical Society. Series B. Statistical Methodology, 73(4):423?498, September 2011.
Att. Elias
On 27/08/13 21:01, Marcelo Albuquerque wrote:
Interessante! Por acaso você conhece algum artigo em que se aplique esta abordagem Bayesiana da geostatística a um reservatório de petróleo ou a uma jazida mineral?
Abs, marcelo
Em 27 de agosto de 2013 04:20, Elias T Krainski < eliaskrainski@yahoo.com.br> escreveu:
Alem desses materiais de abordagem classica sugeridos, se vc e' estatistica, consulte livros com a abordagem 'Model Based': 1 - verossimilhantista:
http://www.springer.com/earth+sciences+and+geography/book/978-0-387-32907-9 2 - bayesiana:
http://www.amazon.com/Hierarchical-Modeling-Monographs-Statistics-Probabilit...
Att. Elias
On 08/27/2013 03:07 AM, Helder Gramacho wrote:
Anderson Medeiros tem postagem onde informa material didático sobre o tema:
http://andersonmedeiros.com/apostilas-geoestatistica/
att,
Em 26 de agosto de 2013 19:57, Gilbert Queiroz < gilbert_queiroz@yahoo.com.br> escreveu:
Vai no site do INPE - DPI e baixa o livro do Gilberto Câmara. Abs.
------------------------------ *De:* Hélio Gallo Rocha <heliogallorocha@gmail.com> *Para:* r-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> *Enviadas:* Segunda-feira, 26 de Agosto de 2013 15:09 *Assunto:* [R-br] geoestatistica
Quem poderia prestar ajudapara Geoestatística, não para comandos do R, mas conceitualmente?
-- Hélio Gallo Rocha IFSULDEMINAS - Câmpus Muzambinho
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-- Hélder Gramacho dos Santos Engenheiro Agrônomo Mestrando Ciênc. Geod. Tec. Geoinformação-UFPE * agrohelder@gmail.com <agrohelder@hotmail.com> *
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Message: 12 Date: Wed, 28 Aug 2013 15:32:07 +0100 From: alanarocha@sapo.pt To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] gráfico de médias Message-ID: <20130828153207.Horde.MsOEfx3HAoJSHgnnvRmQRsA@mail.sapo.pt> Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed; DelSp=Yes
alguém me pode esplicar porque este codigo não me esta a devolver o grafico das médias? medias<-apply(dados[,-1],2,mean,na.rm=TRUE) # Calcula as médias points(medias,col="red",pch=17) # Adiciona os pontos das médias no boxplot Error in plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) : plot.new has not been called yet
obrigada. aqui fica tambem o meu script: https://dl.dropboxusercontent.com/u/9337305/teste_hgb.R Ana Quoting r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br:
Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br@listas.c3sl.ufpr.br
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Message: 1 Date: Mon, 26 Aug 2013 15:09:28 -0300 From: Hélio Gallo Rocha <heliogallorocha@gmail.com> To: r-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] geoestatistica Message-ID: <CA+ppPW6jup_0b9Aff7OyBZyVHTmsiu2HhaykLQMiFB0vqtkLQw@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Quem poderia prestar ajudapara Geoestatística, não para comandos do R, mas conceitualmente?
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Message: 2 Date: Mon, 26 Aug 2013 19:17:11 +0000 (UTC) From: Iago Carvalho Cunha via LinkedIn <member@linkedin.com> To: Fábio C. <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] Fábio, let's connect on LinkedIn Message-ID: <886206432.29600108.1377544631383.JavaMail.app@ela4-app3746.prod> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
LinkedIn ------------
Iago Carvalho Cunha requested to add you as a connection on LinkedIn:
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I'd like to add you to my professional network on LinkedIn.
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Message: 3 Date: Mon, 26 Aug 2013 15:57:18 -0700 (PDT) From: Gilbert Queiroz <gilbert_queiroz@yahoo.com.br> To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] geoestatistica Message-ID: <1377557838.5243.YahooMailNeo@web162705.mail.bf1.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
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________________________________ De: Hélio Gallo Rocha <heliogallorocha@gmail.com> Para: r-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Enviadas: Segunda-feira, 26 de Agosto de 2013 15:09 Assunto: [R-br] geoestatistica
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Message: 4 Date: Mon, 26 Aug 2013 22:07:17 -0300 From: Helder Gramacho <agrohelder@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br, Gilbert Queiroz <gilbert_queiroz@yahoo.com.br> Subject: Re: [R-br] geoestatistica Message-ID: <CAM0Q+6iir4LbAdS-1WW46-Bzqf0zd_qO6mNMB1kxvVPi=Qss=Q@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Anderson Medeiros tem postagem onde informa material didático sobre o tema:
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att,
Em 26 de agosto de 2013 19:57, Gilbert Queiroz <gilbert_queiroz@yahoo.com.br
escreveu:
Vai no site do INPE - DPI e baixa o livro do Gilberto Câmara. Abs.
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Message: 5 Date: Mon, 26 Aug 2013 22:50:25 -0300 From: Heloíse Pavanato <helopavanato@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] path analysis - pacote agricolae Message-ID: <CAPw23dHezYd1i4Rk8HfoyLA2MQenq8=HZY=qBMJvRR+A_MAAMA@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Boa noite,
Estou com uma dúvida sobre path analysis no pacote agricolae.
No exemplo do manual do pacote se usa a correlação de Pearson para depois computar os coeficientes da análise.
Minha dúvida é se posso utliizar correlação de Spearman ao invés, já que meus dados não são normais, gostaria de saber se isso bastaria. Se alguém tiver alguma outra sugestão será muito bem-vinda.
O CRM segue abaixo:
# dados: y <- c(77, 92, 94, 95, 79, 87, 91, 70, 65, 69, 68, 56, 71, 67, 62, 95, 91, 78, 90, 85, 83, 78, 65, 77, 87, 43, 55, 63, 66, 87, 67, 70, 69, 30, 28, 44, 67, 89, 82, 36, 60, 52, 14, 19, 51, 22, 37, 15, 86, 79, 31, 35, 15, 96, 89, 88, 92, 90, 18, 15, 13, 93, 95, 83, 95, 100, 100, 84, 90, 93, 74, 78, 73, 69, 75, 67, 68, 100, 95, 94, 94, 88, 93, 83, 73, 88, 95, 71, 69, 71, 74, 100, 71, 77, 73, 56, 52, 62, 75, 93, 88, 44, 72, 60, 27, 33, 69, 35, 44, 27, 93, 87, 56, 52, 27, 98, 94, 90, 96, 95, 26, 20, 16, 94, 97, 100)
temp <- c(26.26, 26.26, 26.26, 26.26, 26.26, 26.26, 26.26, 25.83, 25.83, 25.83, 25.83, 25.83, 25.83, 25.83, 25.83, 26.40, 26.40, 26.40, 26.40, 26.40, 26.40, 26.40, 26.40, 26.13, 26.13, 26.13, 26.13, 26.13, 26.13, 26.13, 26.13, 25.60, 25.60, 25.60, 25.60, 25.60, 25.60, 25.60, 25.60, 24.96, 24.96, 24.96, 24.96, 24.96, 24.96, 24.96, 24.96, 25.30, 25.30, 25.30, 25.30, 25.30, 25.30, 25.30, 25.30, 26.76, 26.76, 26.76, 26.76, 26.76, 26.76, 26.76, 26.76, 24.36, 24.36, 24.36, 24.36, 24.36, 24.36, 24.36, 23.80, 23.80, 23.80, 23.80, 23.80, 23.80, 23.80, 24.26, 24.26, 24.26, 24.26, 24.26, 24.26, 24.26, 24.26, 23.70, 23.70, 23.70, 23.70, 23.70, 23.70, 23.70, 23.70, 23.06, 23.06, 23.06, 23.06, 23.06, 23.06, 23.06, 23.06, 21.93, 21.93, 21.93, 21.93, 21.93, 21.93, 21.93, 21.93, 22.30, 22.30, 22.30, 22.30, 22.30, 22.30, 22.30, 22.30, 24.00, 24.00, 24.00, 24.00, 24.00, 24.00, 24.00, 24.00, 24.00)
pluv <- c(136.6, 136.6, 136.6, 136.6, 136.6, 136.6, 136.6, 136.0, 136.0, 136.0, 136.0, 136.0, 136.0, 136.0, 136.0, 112.3, 112.3, 112.3, 112.3, 112.3, 112.3, 112.3, 112.3, 65.3, 65.3, 65.3, 65.3, 65.3, 65.3, 65.3, 65.3, 66.0, 66.0, 66.0, 66.0, 66.0, 66.0, 66.0, 66.0, 65.0, 65.0, 65.0, 65.0, 65.0, 65.0, 65.0, 65.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 254.6, 254.6, 254.6, 254.6, 254.6, 254.6, 254.6, 256.6, 256.6, 256.6, 256.6, 256.6, 256.6, 256.6, 231.3, 231.3, 231.3, 231.3, 231.3, 231.3, 231.3, 231.3, 142.6, 142.6, 142.6, 142.6, 142.6, 142.6, 142.6, 142.6, 126.6, 126.6, 126.6, 126.6, 126.6, 126.6, 126.6, 126.6, 118.0, 118.0, 118.0, 118.0, 118.0, 118.0, 118.0, 118.0, 110.6, 110.6, 110.6, 110.6, 110.6, 110.6, 110.6, 110.6, 57.6, 57.6, 57.6, 57.6, 57.6, 57.6, 57.6, 57.6, 57.6)
# shapiro-wilk shapiro.test(y) shapiro.test(x$temperatura) # não é normal! shapiro.test(x$pluviosidade)
x <- data.frame(temp,pluv)
# path analysis require(agricolae) cor.y <- correlation(y,x)$correlation cor.x <- correlation(x)$correlation path.analysis(cor.x,cor.y)
Grata, Heloise -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130826/6d0138c9/attachment-0001.html>
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Message: 6 Date: Mon, 26 Aug 2013 23:00:08 -0300 From: "Maicon J. Galiazzi" <maicon_galiazzi@hotmail.com> To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] Manual Message-ID: <BLU171-W1095CDC97ABFB13A0029C39C4A0@phx.gbl> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Olá, estou desenvolvendo um manual de fácil utilização ao usuário, e no momento estou descrevendo a interfacedo software R Stuio 0.97.551, assim como a barra de ferramentas do mesmo.
Podem me indicar algum material no qual posso conferir?
Desde já agradeço!
Att Maicon J. Galiazzi -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130826/05874017/attachment-0001.html>
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Message: 7 Date: Mon, 26 Aug 2013 23:21:11 -0300 From: Fernando Antonio de souza <nandodesouza@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Manual Message-ID: <CAFrWFs=Hx_ULkhix6XAoEsEBhhdte=y3S51-vvnxY7q246K1Fg@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Este livro aqui http://it-ebooks.info/book/1575/, é um tutorial sobre Rstudio
abçs
Em 26 de agosto de 2013 23:00, Maicon J. Galiazzi < maicon_galiazzi@hotmail.com> escreveu:
Olá, estou desenvolvendo um manual de fácil utilização ao usuário, e no momento estou descrevendo a interface do software R Stuio 0.97.551, assim como a barra de ferramentas do mesmo.
Podem me indicar algum material no qual posso conferir?
Desde já agradeço!
Att Maicon J. Galiazzi
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130826/c36b7bfe/attachment-0001.html>
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Message: 8 Date: Tue, 27 Aug 2013 09:20:08 +0200 From: Elias T Krainski <eliaskrainski@yahoo.com.br> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] geoestatistica Message-ID: <521C5328.3030902@yahoo.com.br> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"; Format="flowed"
Alem desses materiais de abordagem classica sugeridos, se vc e' estatistica, consulte livros com a abordagem 'Model Based': 1 - verossimilhantista: http://www.springer.com/earth+sciences+and+geography/book/978-0-387-32907-9 2 - bayesiana: http://www.amazon.com/Hierarchical-Modeling-Monographs-Statistics-Probabilit...
Att. Elias
On 08/27/2013 03:07 AM, Helder Gramacho wrote:
Anderson Medeiros tem postagem onde informa material didático sobre o tema:
http://andersonmedeiros.com/apostilas-geoestatistica/
att,
Em 26 de agosto de 2013 19:57, Gilbert Queiroz <gilbert_queiroz@yahoo.com.br <mailto:gilbert_queiroz@yahoo.com.br>> escreveu:
Vai no site do INPE - DPI e baixa o livro do Gilberto Câmara. Abs.
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Quem poderia prestar ajudapara Geoestatística, não para comandos do R, mas conceitualmente?
-- Hélio Gallo Rocha IFSULDEMINAS - Câmpus Muzambinho
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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-- Hélder Gramacho dos Santos Engenheiro Agrônomo Mestrando Ciênc. Geod. Tec. Geoinformação-UFPE / /agrohelder@gmail.com <mailto:agrohelder@hotmail.com>/ /
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Message: 9 Date: Tue, 27 Aug 2013 06:40:47 -0400 From: Éder Comunello <comunello.eder@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Selecionar variáveis conforme linhas Message-ID: <CABmC8gkFBHiY8ONL=-xwo7DwsUxKyisvDg0pOPrxABxAvyuK2w@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Roney, bom dia!
Não deve ser a melhor forma, mas o código abaixo pode ser um começo...
# <BEGIN> #install.packages('repmis') library(repmis) FinURL <- paste0(" https://dl.dropboxusercontent.com/u/61883020/2013-08-25-r-br.csv")
data <- repmis::source_data(FinURL, sep = ",", header = TRUE)
dim(data); head(data)
data$new = 0; data$prop = 0; data$medlnk= 0 str(data) for (i in 1:length(data[,1])){ # para cada linha col = data[i,2]+2 # coluna do grupo dado dado = data[i,col] # dado para a coluna calculada nlink = length(data[1,3:6]>0) # núm de grupos com valor (ligações) data[i,8] = dado # aloja o dado data[i,9] = dado/(data[i,7]-dado) # total - dado do grupo data[i,10] = data[i,7]/nlink # total/núm ligações } head(data) #<END>
head(data) pessoa pessoa.grupo g.1 g.2 g.3 g.4 tc new prop medlnk 1 a 3 360 913 1407 674 3354 1407 0.7226502 838.50 2 b 2 235 693 588 384 1900 693 0.5741508 475.00 3 c 4 355 435 285 524 1599 524 0.4874419 399.75 4 e 3 37 129 258 80 504 258 1.0487805 126.00 5 f 1 317 40 14 95 466 317 2.1275168 116.50 6 g 2 17 216 88 27 348 216 1.6363636 87.00
-- Éder Comunello <c <comunello.eder@gmail.com>omunello.eder@gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W] -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130827/64bf367c/attachment-0001.html>
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Message: 10 Date: Tue, 27 Aug 2013 09:17:09 -0400 From: Éder Comunello <comunello.eder@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Selecionar variáveis conforme linhas Message-ID: <CABmC8g=qhcymTougJBpgWn-1KbGk1nQHg3W1fd54g9i0kfQnQg@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Corrigindo...
Tinha um erro no cálculo do nlink, que retornava sempre 4...
Segue a modificação.
# <BEGIN> #install.packages('repmis') library(repmis) FinURL <- paste0(" https://dl.dropboxusercontent.com/u/61883020/2013-08-25-r-br.csv")
data <- repmis::source_data(FinURL, sep = ",", header = TRUE)
dim(data); head(data)
data$new = 0; data$prop = 0; data$medlnk= 0; data$nlink=0 str(data) for (i in 1:length(data[,1])){ # para cada linha col = data[i,2]+2 # coluna do grupo dado dado = data[i,col] # dado para a coluna calculada nlink = length(which(data[i,3:6]>0)) # núm de grupos com valor (ligações) data[i,8] = dado # aloja o dado data[i,9] = dado/(data[i,7]-dado) # total - dado do grupo data[i,10] = data[i,7]/nlink # total/núm ligações data[i,11] = nlink } tail(data) #<END>
tail(data) pessoa pessoa.grupo g.1 g.2 g.3 g.4 tc new prop medlnk nlink 15 q 3 8 49 157 17 231 157 2.1216216 57.75000 4 16 r 2 27 138 33 27 225 138 1.5862069 56.25000 4 17 s 2 32 82 25 77 216 82 0.6119403 54.00000 4 18 t 3 12 16 183 3 214 183 5.9032258 53.50000 4 19 u 4 0 54 33 90 212 90 0.7377049 70.66667 3 20 v 3 0 0 135 11 211 135 1.7763158 105.50000 2
-- Éder Comunello <c <comunello.eder@gmail.com>omunello.eder@gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W] -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130827/99c14733/attachment-0001.html>
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Message: 11 Date: Tue, 27 Aug 2013 14:30:55 +0100 From: alanarocha@sapo.pt To: sandro.matos@vodafone.com, R-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] erros Message-ID: <20130827143055.Horde.GRORLQQDb4VSHKoP4OyAGAA@mail.sapo.pt> Content-Type: text/plain; charset=UTF-8; format=flowed; DelSp=Yes
estes são os erros de grafico que estou a ter como resolvo? boxplot(dados[,-1], axes=FALSE) # O parametro axes=FALSE faz com que os eixos não sejam desenhados title(col.name="blue",main= 'Indicador Hemoglobina, semestres compreendidos entre 2009 e 2013') # Acrescenta o título do gráfico Warning message: In title(col.name = "blue", main = "Indicador Hemoglobina, semestres compreendidos entre 2009 e 2013") : "col.name" is not a graphical parameter title(col.xlab="blue",xlab= 'semestres') # Acrescenta o titulo do eixo X Warning message: In title(col.xlab = "blue", xlab = "semestres") : "col.xlab" is not a graphical parameter title(col.ylab="blue",ylab= 'Percentual') # Acrescenta o titulo do eixo Y Warning message: In title(col.ylab = "blue", ylab = "Percentual") : "col.ylab" is not a graphical parameter box() # Desenha a caixa em torno do gráfico axis(2) # Coloca o eixo Y (o 2 ali representa o eixo Y) no gráfico axis(1, 1:5, c("1s09", "1s10", "1s11", "1s12", "1s13")) # Coloca no eixo X (representado pelo 1), nos pontos 1 a 5, as etiquetas dos semestres compreendidos entre 1s09 e 1s2013
medias<-apply(dados[,-1],2,mean,na.rm=TRUE) # Calcula as médias
points(medias,col="red",pch=17) # Adiciona os pontos das médias no boxplot Error in plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) : plot.new has not been called yet
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Message: 12 Date: Tue, 27 Aug 2013 11:03:47 -0300 From: Rogério Barbosa <antrologos@gmail.com> To: r-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Cc: sandro.matos@vodafone.com Subject: Re: [R-br] erros Message-ID: <CAM+NV=2OSOdRDuZWw81EZB6NJ7HKQoXLokqYCC0oA8cMe-xTeA@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Aqui vai, Alana,
Como você não compartilhou um conjunto mínimo de dados para a reprodução do seu exemplo, inventei algumas variáveis.
abs, Rogério
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rm(list=ls())
####### "Invenção" de um conjunto de dados n=500 col.1 = rep(NA,n) s1.2009 = cumsum(rnorm(n)) s1.2010 = cumsum(rnorm(n)) s1.2011 = cumsum(rnorm(n)) s1.2012 = cumsum(rnorm(n)) s1.2013 = cumsum(rnorm(n))
dados = data.frame(cbind(col.1, s1.2009,s1.2010, s1.2011,s1.2012, s1.2013))
####### Gráfico:
boxplot(dados[,-1], axes=FALSE) # O parametro axes=FALSE faz com que os eixos não sejam desenhados title(col.main="blue", main= 'Indicador Hemoglobina, \n semestres compreendidos entre 2009 e 2013') # Acrescenta o título do gráfico === o comando era col.main
title(col.lab="blue",xlab= 'semestres') # Acrescenta o titulo do eixo X ==== o comando era apenas col.lab title(col.lab="blue",ylab= 'Percentual') # Acrescenta o titulo do eixo Y
box() # Desenha a caixa em torno do gráfico axis(2) # Coloca o eixo Y (o 2 ali representa o eixo Y) no gráfico axis(1, 1:5, c("1s09", "1s10", "1s11", "1s12", "1s13")) # Coloca no eixo X (representado pelo 1), nos pontos 1 a 5, as etiquetas dos semestres compreendidos entre 1s09 e 1s2013
medias<-apply(dados[,-1],2,mean,na.rm=TRUE) # Calcula as médias points(medias,col="red",pch=17) # Adiciona os pontos das médias no boxplot === só pode ser usado se o boxplot já estiver plotado.
2013/8/27 <alanarocha@sapo.pt>
estes são os erros de grafico que estou a ter como resolvo? boxplot(dados[,-1], axes=FALSE) # O parametro axes=FALSE faz com que os eixos não sejam desenhados title(col.name="blue",main= 'Indicador Hemoglobina, semestres compreendidos entre 2009 e 2013') # Acrescenta o título do gráfico Warning message: In title(col.name = "blue", main = "Indicador Hemoglobina, semestres compreendidos entre 2009 e 2013") : "col.name" is not a graphical parameter title(col.xlab="blue",xlab= 'semestres') # Acrescenta o titulo do eixo X Warning message: In title(col.xlab = "blue", xlab = "semestres") : "col.xlab" is not a graphical parameter title(col.ylab="blue",ylab= 'Percentual') # Acrescenta o titulo do eixo Y Warning message: In title(col.ylab = "blue", ylab = "Percentual") : "col.ylab" is not a graphical parameter box() # Desenha a caixa em torno do gráfico axis(2) # Coloca o eixo Y (o 2 ali representa o eixo Y) no gráfico axis(1, 1:5, c("1s09", "1s10", "1s11", "1s12", "1s13")) # Coloca no eixo X (representado pelo 1), nos pontos 1 a 5, as etiquetas dos semestres compreendidos entre 1s09 e 1s2013
medias<-apply(dados[,-1],2,**mean,na.rm=TRUE) # Calcula as médias
points(medias,col="red",pch=**17) # Adiciona os pontos das médias no boxplot
Error in plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) : plot.new has not been called yet
______________________________**_________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/**cgi-bin/mailman/listinfo/r-br<https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-**guia<http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia>) e forneça código mínimo reproduzível.
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Subject: Legenda do Digest
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Fim da Digest R-br, volume 32, assunto 26 *****************************************
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Subject: Legenda do Digest
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Fim da Digest R-br, volume 32, assunto 27 *****************************************