Eu recorri à função que o Leonardo sugeriu... e rodei..# Sugestão do Leonardo:A1= as.integer(c("1",NA,"1","0","1","0","1","1","0","1","1","0","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1",NA,"1",NA,"0","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","0","1","0","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","0"))A2= as.integer(c("1","1","1","0","1","0","1","1","0","1","1","0","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"1","0","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","0","1","0","1",NA,NA,"1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1"))sucA1=sum(A1, na.rm = TRUE)sucA2=sum(A2, na.rm = TRUE)tenA1=length(na.omit(A1))tenA2=length(na.omit(A2))prop.test(c(sucA1,sucA2),c(tenA1,tenA2)).# De acordo com a função:smokers <- c( 83, 90, 129, 70 )patients <- c( 86, 93, 136, 82 )prop.test(smokers, patients)# Então, semelhantemente, rodei:prop.test(A1, A2)# Output:Erro em prop.test(A1, A2) : elements of 'n' must be positive.Comentário: acredito que a função não admite dados perdidos 'NA'.É isto mesmo?Luiz Roberto Martins PintoProf. Pleno/DCET/UESCLaboratório de Estatística ComputacionalUniversidade Estadual de Santa CruzEm 19 de agosto de 2015 18:57, Luiz Roberto Martins Pinto <luizroberto.uesc@gmail.com> escreveu:Semelhança no perfil.O perfil de cada acesso é descrito por 101 marcadores moleculares.Pensando, agora, na sugestão do Leonardo, e pensando no seu questionamento, talvez avaliar a proporção de marcadores iguais fosse uma boa análise deste perfil. Não tinha pensado nisto...Luiz Roberto.Luiz Roberto Martins Pinto
Prof. Pleno/DCET/UESCLaboratório de Estatística ComputacionalUniversidade Estadual de Santa CruzIlhéus-Bahia-Brasil
luizroberto.uesc@gmail.com
skype: lrmpintoEm 19 de agosto de 2015 18:36, Cesar Rabak <cesar.rabak@gmail.com> escreveu:Luiz Roberto,Frente a sua resposta para o Leonardo, é imperioso propor-lhe a questão:Qual seria a definição de semelhança entre os dois acessos?Com essa informação podemos tentar encontrar um teste estatístico com mais potência para a comparação...HTH--Cesar Rabak2015-08-19 16:10 GMT-03:00 Luiz Roberto Martins Pinto <luizroberto.uesc@gmail.com>:Leonardo,Agradeço a sugestão. Mas é possível que as proporções sejam as mesmas entre dois acessos diferentes, se os marcadores estiverem em posições diferentes.Luiz Roberto.Luiz Roberto Martins Pinto
Prof. Pleno/DCET/UESCLaboratório de Estatística ComputacionalUniversidade Estadual de Santa CruzIlhéus-Bahia-Brasil
luizroberto.uesc@gmail.com
skype: lrmpintoEm 19 de agosto de 2015 15:07, Leonardo Ferreira Fontenelle <leonardof@leonardof.med.br> escreveu:Luiz Roberto, como estou sem R ao alcance vou fornecer uma solução aproximada.Em primeiro lugar, você vai querer transformar esses vetores de texto em vetores de números inteiros, utilizando a função as.integer(). Quanto à comparação dos vetores propriamente dita, a solução mais simples é com a função prop.test(). Utilize sum(x, na.rm = TRUE) para calcular o número de sucessos em cada vetor, e length(na.omit(x)) ou length(x[!is.na(x)]) para calcular o número de tentativas em cada vetor. Então utilize a função prop.test, informando como primeiro argumento c(sucessosA1, sucessosA2) e segundo argumento c(tentativasA1, tentativasA2).Em Qua 19 ago. 2015, às 14:46, Luiz Roberto Martins Pinto escreveu:Caros companheiros da Lista R,# Os dados abaixo referem-se a 2 acessos de mandioca (A1 e A2), e 101 marcadores RAPD (1=presença da marca; 0=ausência da marca; NA=dado perdido); portanto os dados são binários.# Preciso de uma função que me retorne a probabilidade (p-value) do acesso A1 ser semelhante ao acesso A2.A1=c("1",NA,"1","0","1","0","1","1","0","1","1","0","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1",NA,"1",NA,"0","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","0","1","0","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","0")A2=c("1","1","1","0","1","0","1","1","0","1","1","0","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"1","0","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","0","1","0","1",NA,NA,"1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1")Agradeço a boa-vontade de quem puder ajudar.Abraços,Luiz Roberto.Luiz Roberto Martins PintoProf. Pleno/DCET/UESCLaboratório de Estatística ComputacionalUniversidade Estadual de Santa Cruz_______________________________________________R-br mailing listLeia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível._______________________________________________R-br mailing listLeia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível._______________________________________________R-br mailing listLeia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível._______________________________________________R-br mailing listLeia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível._______________________________________________R-br mailing listLeia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.