Tentei remover a biblioteca armadillo e instalar as dependências necessárias e no final reinstalei. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 12 de agosto de 2012 22:34, Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
Valeu Benilton. O problema da compilação n ocorre. Possivelmente as bibliotecas necessárias estão instaladas. Ocorre erro na hora de executar o programa. O erro é:
error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled terminate called after throwing an instance of 'std::logic_error' what(): Abortado (imagem do núcleo gravada)
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 12 de agosto de 2012 22:29, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655843h10@n4.nabble.com> escreveu:
auto correct fail
-llapack -lblas
Sent from a mobile device
On Aug 13, 2012 2:11 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote:
Olá Benilton, como vai? O programa que estou testando é bem simples. Na verdade a matriz é pequena, 5 por 5. Veja:
#include<iostream> #include"armadillo"
using namespace arma;
int main() { mat A = randu<mat>(5,5); double x = det(A); return 0; }
Compilei como você me indicou e obtive o seguinte erro.
/usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:117:6: warning: #warning "*** Detected GCC 4.7.0 / 4.7.1, which has a regression (bug)" [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:118:6: warning: #warning "*** See http://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=53549 " [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:119:6: warning: #warning "*** A partial workaround for the bug has been activated, " [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:120:6: warning: #warning "*** which reduces some functionality in fixed-size matrices " [-Wcpp] /usr/bin/ld: cannot find -lapack collect2: error: ld returned 1 exit status
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 12 de agosto de 2012 22:06, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
Vc precisa linkar p lapack blas
g++ -O2 -lapack -lblas programa.cpp
Obvio, não testado. Adicionalmente, p matriz grande vc deveria usar log_det.
Sent from a mobile device
On Aug 13, 2012 12:44 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote:
Pessoal estou tendo um problema com a biblioteca armadillo no linux fedora. Quando vou calcular o determinante de uma matriz muito pequena funciona mas quando a minha matriz é grande ocorre o seguinte erro:
error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled
Já instalei as bibliotecas cmake, blas-devel, lapack-devel, atlas-devel, boost-devel mas o erro permanece. Alguém já teve isso ou poderia dar uma dica de como corrigir esse problema?
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 23:58, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu:
Não compreendi os exemplos. Vou dar uma lida maior e buscar mais coisas na net.
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 23:04, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
> No básico do basico... Envolva sua função em um extern. Dai use o > .Call > > Sent from a mobile device > > On Aug 11, 2012 2:42 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote: >> >> Interessante. Com o comando RcppArmadillo.package.skeleton é >> possível >> criar a estrutura de diretórios de um pacote R. Digamos que eu >> tenha >> um código C++ e queria arrumar ele para fazer um pacote para o R. >> Eu >> queria entender como se da essa comunicação. Só a filosofia mesmo. >> Eu >> entendo como criar um pacote do R utilizando o sistema de >> orientação à >> objeto S3 e sei que existe outras como S4 e R5. O que não consigo >> entender bem é como comunicar o código C/C++ com o R e como se dá a >> comunicação desses códigos (C/C++) com o R. Vi que posso chamar >> códigos do R para o C++ mas acho que o mais interessante é o >> contrário. Como chamar um código otimizado de C++ para R e criar >> um >> pacote caso seja conveniente. Alguém poderia me dar um exemplo com >> uma >> função bem simplória só para entender por alto como funciona? >> >> Obrigado, >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >> Em 10 de agosto de 2012 22:23, beniltoncarvalho [via R-br] >> <[hidden email]> escreveu: >> >> > Sim. Mas antes de qualquer coisa, veja o pacote RcppArmadillo e >> > os >> > documentos de ajuda associados. b >> > >> > 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: >> > >> >> Uma última dúvida. É fácil integrar códigos C++ com o R? >> >> Utilizei >> >> as >> >> funções .C() e .Call() para chamar comandos em C para R. Nunca >> >> tentei >> >> utilizando C++. A construção de pacotes R feitos utilizando >> >> funções >> >> escritas em C++ também é tranquila? >> >> >> >> >> >> Obrigado, >> >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >> >> >> >> Em 10 de agosto de 2012 22:04, Pedro Rafael >> >> <[hidden email]> escreveu: >> >>> Que legal Benilton, vou olhar bem esse pacote. Muito obrigado >> >>> pelas >> >>> informações. Vou brincar um pouco com esse pacote. Procurei na >> >>> web >> >>> outros pacotes de álgebra linear para C++ mas me parece que >> >>> esse é >> >>> o >> >>> pacote livre mais completo. >> >>> [ ], >> >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >>> >> >>> >> >>> Em 10 de agosto de 2012 21:31, beniltoncarvalho [via R-br] >> >>> <[hidden email]> escreveu: >> >>>> Se vc gostou do Armadillo, divirta-se com o pacote >> >>>> RcppArmadillo. >> >>>> b >> >>>> >> >>>> 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: >> >>>> >> >>>>> Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou bastante. Eu >> >>>>> gostei >> >>>>> muito Benilton da biblioteca de álgebra linear "armadillo". >> >>>>> Muito >> >>>>> mais >> >>>>> fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos C. O >> >>>>> problema >> >>>>> que >> >>>>> quando escrevo algum código matemático em C++ sempre tem uma >> >>>>> estrutura >> >>>>> procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo usando >> >>>>> quase >> >>>>> nada >> >>>>> de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, acho >> >>>>> interessante >> >>>>> a >> >>>>> facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e alocação >> >>>>> dinâmica >> >>>>> utilizando C++. >> >>>>> [ ], >> >>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >>>>> >> >>>>> >> >>>>> Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho [via R-br] >> >>>>> <[hidden email]> escreveu: >> >>>>>> Pedro, >> >>>>>> >> >>>>>> Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais <escolha o >> >>>>>> adjetivo> >> >>>>>> para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar qualquer >> >>>>>> linguagem >> >>>>>> que >> >>>>>> se mostre util e nao me force a reinventar a roda. Dito >> >>>>>> isso, >> >>>>>> nao >> >>>>>> vejo >> >>>>>> la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que algum >> >>>>>> especialista >> >>>>>> em >> >>>>>> alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de >> >>>>>> contra-exemplo; >> >>>>>> mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo outros >> >>>>>> problemas. >> >>>>>> >> >>>>>> b >> >>>>>> >> >>>>>> 2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>: >> >>>>>> >> >>>>>>> Pedro >> >>>>>>> >> >>>>>>> quando se diz em evitar inverter matrizes é porque muitas >> >>>>>>> contas >> >>>>>>> podem >> >>>>>>> ser >> >>>>>>> feitas sem a inversao explícita >> >>>>>>> >> >>>>>>> Por exemplo, a conta >> >>>>>>> >> >>>>>>> X'V^{-1}X >> >>>>>>> >> >>>>>>> pode ser feita evitando inversao a partir da cholesky de V >> >>>>>>> que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma vez que >> >>>>>>> já >> >>>>>>> deve >> >>>>>>> ter >> >>>>>>> sido >> >>>>>>> calculada antes para obter as estimativas >> >>>>>>> >> >>>>>>> No exemplo >> >>>>>>> >> >>>>>>> cV <- chol(V) >> >>>>>>> crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T)) >> >>>>>>> >> >>>>>>> isto é ***muito*** mais rapido (compare com system.time()) >> >>>>>>> do que >> >>>>>>> >> >>>>>>> t(X) %*% solve(V) %*% X >> >>>>>>> >> >>>>>>> >> >>>>>>> >> >>>>>>> >> >>>>>>> On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote: >> >>>>>>> >> >>>>>>>> Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de >> >>>>>>>> matrizes é >> >>>>>>>> fato >> >>>>>>>> mas >> >>>>>>>> infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar com >> >>>>>>>> modelos >> >>>>>>>> de >> >>>>>>>> regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo de >> >>>>>>>> inversas de >> >>>>>>>> matrizes para o cálculo da estrutura de covariância de tal >> >>>>>>>> estimador. >> >>>>>>>> [ ], >> >>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >>>>>>>> >> >>>>>>>> >> >>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael >> >>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: >> >>>>>>>>> >> >>>>>>>>> Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo >> >>>>>>>>> computacional >> >>>>>>>>> bastante elevado. Atualmente programo em C e programei >> >>>>>>>>> muito >> >>>>>>>>> pouco >> >>>>>>>>> em >> >>>>>>>>> C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em C++ >> >>>>>>>>> perdem >> >>>>>>>>> muito >> >>>>>>>>> desempenho em comparação à C considerando que a >> >>>>>>>>> programação >> >>>>>>>>> em >> >>>>>>>>> ambas >> >>>>>>>>> as linguagens sejam eficientes? Você tem boas >> >>>>>>>>> experiências >> >>>>>>>>> na >> >>>>>>>>> utilização de C++ para programação estatística e para uso >> >>>>>>>>> em >> >>>>>>>>> simulações? >> >>>>>>>>> >> >>>>>>>>> Gostei bastante dessa biblioteca que você me passou, >> >>>>>>>>> muito >> >>>>>>>>> interessante. Não conhecia. A única biblioteca para >> >>>>>>>>> álgebra >> >>>>>>>>> linear >> >>>>>>>>> livre que eu conhecia era a GSL. >> >>>>>>>>> >> >>>>>>>>> [ ], >> >>>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >>>>>>>>> >> >>>>>>>>> >> >>>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via R-br] >> >>>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: >> >>>>>>>>>> >> >>>>>>>>>> Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, >> >>>>>>>>>> entao >> >>>>>>>>>> vc >> >>>>>>>>>> esta' >> >>>>>>>>>> fazendo algo errado"... >> >>>>>>>>>> >> >>>>>>>>>> Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a >> >>>>>>>>>> oferecer. >> >>>>>>>>>> >> >>>>>>>>>> b >> >>>>>>>>>> >> >>>>>>>>>> 2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>: >> >>>>>>>>>> >> >>>>>>>>>>> Pessoal gostaria de saber qual uma boa biblioteca livre >> >>>>>>>>>>> de >> >>>>>>>>>>> C >> >>>>>>>>>>> para >> >>>>>>>>>>> trabalhar com operações matriciais como inversas e >> >>>>>>>>>>> produtos de >> >>>>>>>>>>> matrizes. Qualquer dica será interessante. >> >>>>>>>>>>> >> >>>>>>>>>>> [ ] Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >>>>>>>>>>> _______________________________________________ >> >>>>>>>>>>> R-br mailing list >> >>>>>>>>>>> [hidden email] >> >>>>>>>>>>> >> >>>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> >>>>>>>>>>> Leia o guia de postagem >> >>>>>>>>>>> (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) >> >>>>>>>>>>> e >> >>>>>>>>>>> forneça >> >>>>>>>>>>> código mínimo reproduzível. >> >>>>>>>>>> >> >>>>>>>>>> _______________________________________________ >> >>>>>>>>>> R-br mailing list >> >>>>>>>>>> [hidden email] >> >>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> >>>>>>>>>> Leia o guia de postagem >> >>>>>>>>>> (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) >> >>>>>>>>>> e >> >>>>>>>>>> forneça >> >>>>>>>>>> código >> >>>>>>>>>> mínimo reproduzível. >> >>>>>>>>>> >> >>>>>>>>>> >> >>>>>>>>>> ________________________________ >> >>>>>>>>>> If you reply to this email, your message will be added >> >>>>>>>>>> to >> >>>>>>>>>> the >> >>>>>>>>>> discussion >> >>>>>>>>>> below: >> >>>>>>>>>> >> >>>>>>>>>> >> >>>>>>>>>> >> >>>>>>>>>> >> >>>>>>>>>> >> >>>>>>>>>> >> >>>>>>>>>> >> >>>>>>>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... >> >>>>>>>>>> To unsubscribe from R-br, click here. >> >>>>>>>>>> NAML >> >>>>>>>> >> >>>>>>>> _______________________________________________ >> >>>>>>>> R-br mailing list >> >>>>>>>> [hidden email] >> >>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> >>>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) >> >>>>>>>> e >> >>>>>>>> forneça >> >>>>>>>> código mínimo reproduzível. >> >>>>>>> >> >>>>>>> >> >>>>>>> _______________________________________________ >> >>>>>>> R-br mailing list >> >>>>>>> [hidden email] >> >>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> >>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) >> >>>>>>> e >> >>>>>>> forneça >> >>>>>>> código >> >>>>>>> mínimo reproduzível. >> >>>>>> _______________________________________________ >> >>>>>> R-br mailing list >> >>>>>> [hidden email] >> >>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> >>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >> >>>>>> forneça >> >>>>>> código >> >>>>>> mínimo reproduzível. >> >>>>>> >> >>>>>> >> >>>>>> ________________________________ >> >>>>>> If you reply to this email, your message will be added to >> >>>>>> the >> >>>>>> discussion >> >>>>>> below: >> >>>>>> >> >>>>>> >> >>>>>> >> >>>>>> >> >>>>>> >> >>>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... >> >>>>>> To unsubscribe from R-br, click here. >> >>>>>> NAML >> >>>>> _______________________________________________ >> >>>>> R-br mailing list >> >>>>> [hidden email] >> >>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> >>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >> >>>>> forneça >> >>>>> código mínimo reproduzível. >> >>>> _______________________________________________ >> >>>> R-br mailing list >> >>>> [hidden email] >> >>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> >>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >> >>>> forneça >> >>>> código >> >>>> mínimo reproduzível. >> >>>> >> >>>> >> >>>> ________________________________ >> >>>> If you reply to this email, your message will be added to the >> >>>> discussion >> >>>> below: >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... >> >>>> To unsubscribe from R-br, click here. >> >>>> NAML >> >> _______________________________________________ >> >> R-br mailing list >> >> [hidden email] >> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >> >> forneça >> >> código mínimo reproduzível. >> > _______________________________________________ >> > R-br mailing list >> > [hidden email] >> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >> > forneça >> > código >> > mínimo reproduzível. >> > >> > >> > ________________________________ >> > If you reply to this email, your message will be added to the >> > discussion >> > below: >> > >> > >> > >> > http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... >> > To unsubscribe from R-br, click here. >> > NAML >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >> forneça >> código mínimo reproduzível. > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [hidden email] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código > mínimo reproduzível. > > ________________________________ > If you reply to this email, your message will be added to the > discussion > below: > > > http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... > To unsubscribe from R-br, click here. > NAML
R-br mailing list [hidden email] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
________________________________ If you reply to this email, your message will be added to the discussion below:
http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... To unsubscribe from R-br, click here. NAML
R-br mailing list [hidden email] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
________________________________ If you reply to this email, your message will be added to the discussion below: http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OFF-Biblioteca-C-para-matrizes-tp4655... To unsubscribe from R-br, click here. NAML