Da pra conduzir de várias formas. Você deseja converter as colunas cujo conteúdo é 0 e 1, então o teste 

y <- sapply(da, function(x) all(x%in%c(0,1)))

Retornará TRUE só pra as colunas desejadas. Aí é fazer

da[,y] <- sapply(da[,y], as.factor)

Onde da é o seu data.frame.

À disposição.
Walmes.


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Walmes Marques Zeviani
LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)
Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná
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