Existe o pacote survival. Instale-o no R. require(survival) Em 21 de fevereiro de 2014 12:16, Talita andrade ferreira < tatilitazoo@gmail.com> escreveu:
Prezados gostaria de saber se tem um pacote no R para trabalhos com analise de sobrevivencia, e como faço para acessa-lo.
Obrigada Talita
Em 21 de fevereiro de 2014 12:00, <r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br>escreveu:
Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br@listas.c3sl.ufpr.br
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Message: 1 Date: Thu, 20 Feb 2014 08:05:17 -0800 (PST) From: Ari Clecius <ari072000@yahoo.com.br> To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] Rpresentation Message-ID: <1392912317.58063.YahooMailNeo@web124501.mail.ne1.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R presentations, mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem desconfiguradas, alguém saberia resolver?
Att,
Ari Clecius Alves de Lima Engenheiro Químico Me. Engenharia Civil (085)88412345 (085)33669042
Biogás ======================================================== author: Ari Clecius Alves de Lima date: 19/02/2014
Definição de Biogás ========================================================
Biogás ...
- Bullet 1 - Bullet 2 - Bullet 3
Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido ========================================================
```{r} summary(cars)
```
Slide With Plot ========================================================
```{r, echo=FALSE} plot(cars) ``` -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: < http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/18636ed0/attac...
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Message: 2 Date: Thu, 20 Feb 2014 14:25:57 -0300 From: Fernando Souza <nandodesouza@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br, Ari Clecius <ari072000@yahoo.com.br> Subject: Re: [R-br] Rpresentation Message-ID: <53063AA5.5070405@gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"; Format="flowed"
Você utiliza o editor R studio? se for vá em file-> save with enconding, e altere a sistema de codificação ASCII ou ISO deve funcionar. att
Em 20-02-2014 13:05, Ari Clecius escreveu:
Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R presentations, mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem desconfiguradas, alguém saberia resolver?
Att, Ari Clecius Alves de Lima Engenheiro Químico Me. Engenharia Civil (085)88412345 (085)33669042
*/Biogás/* */========================================================/* */author: Ari Clecius Alves de Lima/* */date: 19/02/2014/* */ /* */ /* */Definição de Biogás/* */========================================================/* */ /* */ /* */ /* */Biogás .../* */ /* */ /* */- Bullet 1/* */- Bullet 2/* */- Bullet 3/* */ /* */Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido/* */========================================================/* */ /* */```{r}/* */summary(cars)/* */ /* */```/* */ /* */Slide With Plot/* */========================================================/* */ /* */```{r, echo=FALSE}/* */plot(cars)/* *//* */```/*
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: < http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/ec7556b8/attac...
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Message: 3 Date: Thu, 20 Feb 2014 14:42:35 -0300 From: Bruno Barros <brunosoab@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Rpresentation Message-ID: < CAD5Js7hugp9+iPrJHzuWXaLKhVBObdQODSJ9RHNLbHbsDxLaQQ@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Pode tentar também usar:
source("file.r", encoding="utf-8")
abs,
Bruno Barros @brunosoab
Em 20 de fevereiro de 2014 14:25, Fernando Souza <nandodesouza@gmail.com>escreveu:
Você utiliza o editor R studio? se for vá em file-> save with enconding, e altere a sistema de codificação ASCII ou ISO deve funcionar. att
Em 20-02-2014 13:05, Ari Clecius escreveu:
Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R presentations, mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem desconfiguradas, alguém saberia resolver?
Att,
Ari Clecius Alves de Lima Engenheiro Químico Me. Engenharia Civil (085)88412345 (085)33669042
*Biogás* *========================================================* *author: Ari Clecius Alves de Lima* *date: 19/02/2014*
*Definição de Biogás* *========================================================*
*Biogás ...*
*- Bullet 1* *- Bullet 2* *- Bullet 3*
*Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido* *========================================================*
*```{r}* *summary(cars)*
*```*
*Slide With Plot* *========================================================*
*```{r, echo=FALSE}* *plot(cars)* *```*
_______________________________________________ R-br mailing listR-br@listas.c3sl.ufpr.brhttps:// listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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Message: 4 Date: Thu, 20 Feb 2014 09:57:57 -0800 (PST) From: Ari Clecius <ari072000@yahoo.com.br> To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Rpresentation Message-ID: <1392919077.12594.YahooMailNeo@web124504.mail.ne1.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Ok obrigado deu certo.
Att,
Ari Clecius Alves de Lima Engenheiro Químico Me. Engenharia Civil (085)88412345 (085)33669042
Em Quinta-feira, 20 de Fevereiro de 2014 14:42, Bruno Barros < brunosoab@gmail.com> escreveu:
Pode tentar também usar:
source("file.r",encoding="utf-8")
abs,
Bruno Barros @brunosoab
Em 20 de fevereiro de 2014 14:25, Fernando Souza <nandodesouza@gmail.com> escreveu:
Você utiliza o editor R studio? se for vá em file-> save with enconding, e altere a sistema de codificação ASCII ou ISO deve funcionar.
att
Em 20-02-2014 13:05, Ari Clecius escreveu:
Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R presentations, mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem desconfiguradas, alguém saberia resolver?
Att,
Ari Clecius Alves de Lima Engenheiro Químico Me. Engenharia Civil (085)88412345 (085)33669042
Biogás ======================================================== author: Ari Clecius Alves de Lima date: 19/02/2014
Definição de Biogás ========================================================
Biogás ...
- Bullet 1 - Bullet 2 - Bullet 3
Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido ========================================================
```{r} summary(cars)
```
Slide With Plot ========================================================
```{r, echo=FALSE} plot(cars) ```
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Message: 5 Date: Thu, 20 Feb 2014 15:00:01 -0300 From: Alisson Lucrecio <alissonluc@gmail.com> To: r-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Rpresentation Message-ID: <CAGE5b4d+BpdF8F94je9+YxUrCZT8r_SGWm= sCeWj-AFPvWc0vw@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
user encoding = "latin1"
read.csv("nomedoarquivo.csv", ...., encoding = "latin1")
att
2014-02-20 14:42 GMT-03:00 Bruno Barros <brunosoab@gmail.com>:
Pode tentar também usar:
source("file.r", encoding="utf-8")
abs,
Bruno Barros @brunosoab
Em 20 de fevereiro de 2014 14:25, Fernando Souza < nandodesouza@gmail.com>escreveu:
Você utiliza o editor R studio? se for vá em file-> save with enconding,
e altere a sistema de codificação ASCII ou ISO deve funcionar. att
Em 20-02-2014 13:05, Ari Clecius escreveu:
Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R presentations, mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem desconfiguradas, alguém saberia resolver?
Att,
Ari Clecius Alves de Lima Engenheiro Químico Me. Engenharia Civil (085)88412345 (085)33669042
*Biogás* *========================================================* *author: Ari Clecius Alves de Lima* *date: 19/02/2014*
*Definição de Biogás* *========================================================*
*Biogás ...*
*- Bullet 1* *- Bullet 2* *- Bullet 3*
*Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido* *========================================================*
*```{r}* *summary(cars)*
*```*
*Slide With Plot* *========================================================*
*```{r, echo=FALSE}* *plot(cars)* *```*
_______________________________________________ R-br mailing listR-br@listas.c3sl.ufpr.brhttps:// listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-- Alisson Lucrecio da Costa -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: < http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/61696c61/attac...
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Message: 6 Date: Thu, 20 Feb 2014 10:50:11 -0800 (PST) From: Giselle Davi <giselle_davi@yahoo.com.br> To: r-br <R-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] gpData Message-ID: <1392922211.92369.YahooMailNeo@web126102.mail.ne1.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Ao rodar esta rotina: ############################################# ## Test gpData object and regress ## ## ## author : Hans-Juergen Auinger ## date : 2011 - 11 - 30 ## ##############################################
# number of locations nLoc <- 3 # number of genotypes nEntry <- 10 # number of replications nRep <- 2 # phenotypic residuals pheno <- data.frame(ID = rep(1:nEntry, nRep*nLoc), Trait1 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=3), Trait2 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry)*2, Trait3 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=5), loc = rep(1:nLoc, each=nRep*nEntry), wdh = rep(rep(1:nRep, each=nEntry), nLoc)) head(pheno) # individual values IDvals <- matrix(c(rnorm(nEntry, sd=1),rnorm(nEntry, sd=2),rnorm(nEntry, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) head(IDvals) # location values locVals <- matrix(c(rnorm(nLoc, sd=3), rnorm(nLoc, sd=2), rnorm(nLoc, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) # replication values repVals <-matrix(c(rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) # sums Trait1 <- locVals[pheno$loc, 1] + rep(repVals[, 1], each=nEntry) + IDvals[pheno$ID, 1] Trait2 <- locVals[pheno$loc, 2] + rep(repVals[, 2], each=nEntry) + IDvals[pheno$ID, 2] Trait3 <- locVals[pheno$loc, 3] + rep(repVals[, 3], each=nEntry) + IDvals[pheno$ID, 3] pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + Trait1 pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + Trait2 pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + Trait3 pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + ceiling(abs(min(pheno$Trait1))) + 5 pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + ceiling(abs(min(pheno$Trait2))) + 2 pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + ceiling(abs(min(pheno$Trait3))) + 10 # genotypic values geno <- matrix(sample(c(0:2), 15*nEntry, replace=TRUE), nrow=nEntry, ncol=15) rownames(geno) <- 1:nEntry colnames(geno) <- paste("M", 1:15, sep="") # map infomation map <- data.frame(row.names = paste("M", 1:15, sep=""), chr = c(rep(1:2, each=6), 2, 2, 2), pos=c((1:6)*30-30, (1:9)*25-25)) head(map) # create a gpData object gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
O seguinte erro aparece :
gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh")) Error: could not find function "create.gpData"
Alguém poderia me ajudar ??? Desde já agradeço.
Att,
Giselle -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: < http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/16251a0d/attac...
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Message: 7 Date: Thu, 20 Feb 2014 17:02:05 -0300 From: André Figueiras Rutz <rutzaf@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] gpData Message-ID: <CAE7MPagSX85UdBwE-uA5rsc+7NdUM9SKc= ATReFSJ3E5B67mDQ@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Já tentou verificar se o pacote gpData está instalado?
Abs
"Do you have the patience to wait until your mud settles, and the water is clear? Can you remain unmoving until the right action arises by itself?" Lao Tzu - Tao Te Ching Em 20/02/2014 15:50, "Giselle Davi" <giselle_davi@yahoo.com.br> escreveu:
Ao rodar esta rotina: ############################################# ## Test gpData object and regress ## ## ## author : Hans-Juergen Auinger ## date : 2011 - 11 - 30 ## ##############################################
# number of locations nLoc <- 3 # number of genotypes nEntry <- 10 # number of replications nRep <- 2 # phenotypic residuals pheno <- data.frame(ID = rep(1:nEntry, nRep*nLoc), Trait1 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=3), Trait2 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry)*2, Trait3 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=5), loc = rep(1:nLoc, each=nRep*nEntry), wdh = rep(rep(1:nRep, each=nEntry), nLoc)) head(pheno) # individual values IDvals <- matrix(c(rnorm(nEntry, sd=1),rnorm(nEntry, sd=2),rnorm(nEntry, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) head(IDvals) # location values locVals <- matrix(c(rnorm(nLoc, sd=3), rnorm(nLoc, sd=2), rnorm(nLoc, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) # replication values repVals <-matrix(c(rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) # sums Trait1 <- locVals[pheno$loc, 1] + rep(repVals[, 1], each=nEntry) + IDvals[pheno$ID, 1] Trait2 <- locVals[pheno$loc, 2] + rep(repVals[, 2], each=nEntry) + IDvals[pheno$ID, 2] Trait3 <- locVals[pheno$loc, 3] + rep(repVals[, 3], each=nEntry) + IDvals[pheno$ID, 3] pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + Trait1 pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + Trait2 pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + Trait3 pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + ceiling(abs(min(pheno$Trait1))) + 5 pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + ceiling(abs(min(pheno$Trait2))) + 2 pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + ceiling(abs(min(pheno$Trait3))) + 10 # genotypic values geno <- matrix(sample(c(0:2), 15*nEntry, replace=TRUE), nrow=nEntry, ncol=15) rownames(geno) <- 1:nEntry colnames(geno) <- paste("M", 1:15, sep="") # map infomation map <- data.frame(row.names = paste("M", 1:15, sep=""), chr = c(rep(1:2, each=6), 2, 2, 2), pos=c((1:6)*30-30, (1:9)*25-25)) head(map) # create a gpData object gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
O seguinte erro aparece :
gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh")) Error: could not find function "create.gpData"
Alguém poderia me ajudar ??? Desde já agradeço.
Att,
Giselle
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-------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: < http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/7ad7cd81/attac...
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Message: 8 Date: Thu, 20 Feb 2014 12:30:09 -0800 (PST) From: Giselle Davi <giselle_davi@yahoo.com.br> To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] gpData Message-ID: <1392928209.63193.YahooMailNeo@web126106.mail.ne1.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
Sim, está !!!
Em Quinta-feira, 20 de Fevereiro de 2014 17:02, André Figueiras Rutz < rutzaf@gmail.com> escreveu:
Já tentou verificar se o pacote gpData está instalado? Abs ?Do you have the patience to wait until your mud settles, and the water is clear? Can you remain unmoving until the right action arises by itself?" Lao Tzu - Tao Te Ching Em 20/02/2014 15:50, "Giselle Davi" <giselle_davi@yahoo.com.br> escreveu:
Ao rodar esta rotina:
############################################# ## Test gpData object and regress ## ## ## author : Hans-Juergen Auinger ## date : 2011 - 11 - 30 ## ##############################################
# number of locations nLoc <- 3 # number of genotypes nEntry <- 10 # number of replications nRep <- 2 # phenotypic residuals pheno <- data.frame(ID = rep(1:nEntry, nRep*nLoc), Trait1 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=3), Trait2 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry)*2, Trait3 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=5), loc = rep(1:nLoc, each=nRep*nEntry), wdh = rep(rep(1:nRep, each=nEntry), nLoc)) head(pheno) # individual values IDvals <- matrix(c(rnorm(nEntry, sd=1),rnorm(nEntry, sd=2),rnorm(nEntry, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) head(IDvals) # location values locVals <- matrix(c(rnorm(nLoc, sd=3), rnorm(nLoc, sd=2), rnorm(nLoc, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) # replication values repVals <-matrix(c(rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) # sums Trait1 <- locVals[pheno$loc, 1] + rep(repVals[, 1], each=nEntry) + IDvals[pheno$ID, 1] Trait2 <- locVals[pheno$loc, 2] + rep(repVals[, 2], each=nEntry) + IDvals[pheno$ID, 2] Trait3 <- locVals[pheno$loc, 3] + rep(repVals[, 3], each=nEntry) + IDvals[pheno$ID, 3] pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + Trait1 pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + Trait2 pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + Trait3 pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + ceiling(abs(min(pheno$Trait1))) + 5 pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + ceiling(abs(min(pheno$Trait2))) + 2 pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + ceiling(abs(min(pheno$Trait3))) + 10 # genotypic values geno <- matrix(sample(c(0:2), 15*nEntry, replace=TRUE), nrow=nEntry, ncol=15) rownames(geno) <- 1:nEntry colnames(geno) <- paste("M", 1:15, sep="") # map infomation map <- data.frame(row.names = paste("M", 1:15, sep=""), chr = c(rep(1:2, each=6), 2, 2, 2), pos=c((1:6)*30-30, (1:9)*25-25)) head(map) # create a gpData object gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
O seguinte erro aparece :
gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh")) Error: could not find function "create.gpData"
Alguém poderia me ajudar ??? Desde já agradeço.
Att,
Giselle
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_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: < http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/d6cb18b0/attac...
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Message: 9 Date: Thu, 20 Feb 2014 17:34:54 -0300 From: André Figueiras Rutz <rutzaf@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] gpData Message-ID: < CAE7MPajUcri-EesQGEaghMia4qLuC3qXLaa5UVq_D_jW9Nrv7Q@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Vc carregou ele na sessão com o require?
"Do you have the patience to wait until your mud settles, and the water is clear? Can you remain unmoving until the right action arises by itself?" Lao Tzu - Tao Te Ching Em 20/02/2014 17:30, "Giselle Davi" <giselle_davi@yahoo.com.br> escreveu:
Sim, está !!!
Em Quinta-feira, 20 de Fevereiro de 2014 17:02, André Figueiras Rutz < rutzaf@gmail.com> escreveu: Já tentou verificar se o pacote gpData está instalado? Abs "Do you have the patience to wait until your mud settles, and the water is clear? Can you remain unmoving until the right action arises by itself?" Lao Tzu - Tao Te Ching Em 20/02/2014 15:50, "Giselle Davi" <giselle_davi@yahoo.com.br> escreveu:
Ao rodar esta rotina: ############################################# ## Test gpData object and regress ## ## ## author : Hans-Juergen Auinger ## date : 2011 - 11 - 30 ## ##############################################
# number of locations nLoc <- 3 # number of genotypes nEntry <- 10 # number of replications nRep <- 2 # phenotypic residuals pheno <- data.frame(ID = rep(1:nEntry, nRep*nLoc), Trait1 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=3), Trait2 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry)*2, Trait3 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=5), loc = rep(1:nLoc, each=nRep*nEntry), wdh = rep(rep(1:nRep, each=nEntry), nLoc)) head(pheno) # individual values IDvals <- matrix(c(rnorm(nEntry, sd=1),rnorm(nEntry, sd=2),rnorm(nEntry, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) head(IDvals) # location values locVals <- matrix(c(rnorm(nLoc, sd=3), rnorm(nLoc, sd=2), rnorm(nLoc, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) # replication values repVals <-matrix(c(rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) # sums Trait1 <- locVals[pheno$loc, 1] + rep(repVals[, 1], each=nEntry) + IDvals[pheno$ID, 1] Trait2 <- locVals[pheno$loc, 2] + rep(repVals[, 2], each=nEntry) + IDvals[pheno$ID, 2] Trait3 <- locVals[pheno$loc, 3] + rep(repVals[, 3], each=nEntry) + IDvals[pheno$ID, 3] pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + Trait1 pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + Trait2 pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + Trait3 pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + ceiling(abs(min(pheno$Trait1))) + 5 pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + ceiling(abs(min(pheno$Trait2))) + 2 pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + ceiling(abs(min(pheno$Trait3))) + 10 # genotypic values geno <- matrix(sample(c(0:2), 15*nEntry, replace=TRUE), nrow=nEntry, ncol=15) rownames(geno) <- 1:nEntry colnames(geno) <- paste("M", 1:15, sep="") # map infomation map <- data.frame(row.names = paste("M", 1:15, sep=""), chr = c(rep(1:2, each=6), 2, 2, 2), pos=c((1:6)*30-30, (1:9)*25-25)) head(map) # create a gpData object gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
O seguinte erro aparece :
gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh")) Error: could not find function "create.gpData"
Alguém poderia me ajudar ??? Desde já agradeço.
Att,
Giselle
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Message: 10 Date: Thu, 20 Feb 2014 21:09:24 -0400 From: Éder Comunello <comunello.eder@gmail.com> To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] gpData Message-ID: < CABmC8gnsy-EkSDtBAGWBzisEW4VtVpVLkwtLKdjb8JGWvi9qaw@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Boa noite!
A função create.gpData() pertence ao pacote {synbreed}.
Inicie com: require(synbreed)
-- Éder Comunello <c <comunello.eder@gmail.com>omunello.eder@gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W] -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: < http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/3121fda7/attac...
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Subject: Legenda do Digest
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Fim da Digest R-br, volume 38, assunto 18 *****************************************
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-- "Minha felicidade depende da qualidade dos meus pensamentos"