Lie a respeito deles há alguns meses, WinBugs, JAGS e Stan, não me lembro muito bem mais todos funcionam com MCMC. Tinha lido que o Rtan era mais eficiente que o WinBurgs pos tinha tido uma evolunção no amostradores de Gibbs. Entretanto, não sei se o Jags também teve essa evolução, mas todos fazem a mesma coisa, vc só tera uns 30 a 40 segundos a menos quando rodar o código.

2014-11-08 16:12 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <ml-node+s2285057n4663488h64@n4.nabble.com>:

Oi Alisson, fui experimentar o JAGS, conhece? Com os mesmos códigos de antes rodou normalmente o programa. Não sabia que o rbug era problemático, fiquei horas quebrando a cabeça para solucionar e nada.

Aparentemente está tudo ok!

O rstan não rodou de jeito nenhum aqui. Chegou a carregar o pacote pelo comando que me passou, mas na hora de rodar aquele exemplo começou a apresentar erro de funções não encontradas. Não sei se o problema foi no meu pc.

Valeu pela ajuda

Em 8 de novembro de 2014 15:54, Alisson Lucrécio <[hidden email]> escreveu:

Victor,

Minha sugestão é que vc sustituia o código rbug por rstan, o rbug é muito problemático e ineficente, mande um CMR. Vc conseguiu rodar o rstar?

Att.

2014-11-08 15:52 GMT-02:00 Alisson Lucrécio <[hidden email]>:

Victor,

Minha sugestão é que vc sustituia o código rbug por rstan, o rbug é muito problemático e ineficente, mande um CRM. Vc conseguiu rodar o rstar?

Att.

2014-11-08 15:38 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <[hidden email]>:

Não rodou aqui. =/

O erro que tinha incialmente eu consegui arrumar, só que agora surgiu outro

Error in handleRes(res) : NA

Só que não tem NA na minha base de dados

2014-11-08 14:10 GMT-02:00 Alisson Lucrécio <[hidden email]>:

Caro Victor,

Se der certo teste esse exemplo.

library(rstan)

treatment_level <- c("0", "5", "10", "15")

repetition_number <- 20

response_mean <- c(100, 94, 88, 82)

treatment <- gl(n = length(treatment_level), k = repetition_number, labels = treatment_level)

str_error <- 2

response_temp <- sapply(response_mean, function(x){

  response <- rnorm(n = repetition_number, mean = x, sd = str_error)

})

response <- c(response_temp)

plot(response ~ treatment)

summary(lm(response ~ treatment -1))

mean(response)

sd(response)

stan_data <- list(N = length(response), I = length(treatment_level), Treatment=as.numeric(treatment), Response = response)

# Bayesian method for estimate mean and standard error by treatment

stan_modelcode <- "

data {                                    // data setup

  int<lower=0> N;                         // sample size

  int<lower=1> I;                         // number of treatments

  real Response[N];                       // Response

  int<lower=1, upper=I> Treatment[N];     // Treatment

}

parameters {

  real mu[I];

  real<lower=0, upper=100> sigma[I];

}

model {

  //Priors

  mu ~ normal(0, 100);

  sigma ~ uniform(0, 100);

  //Likelihood

  for(i in 1:N) {

    Response[i] ~ normal(mu[Treatment[i]], sigma[Treatment[i]]);

  }

}

"

fit <- stan(model_code = stan_modelcode, data = stan_data, iter = 1000, chains = 3,

            verbose = TRUE)

plot(fit)

2014-11-08 14:09 GMT-02:00 Alisson Lucrécio <[hidden email]>:

Use esse código.

Sys.setenv(MAKEFLAGS = "-j4")
source('http://mc-stan.org/rstan/install.R', echo = TRUE, max.deparse.length = 2000)
install_rstan()

2014-11-08 13:41 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <[hidden email]>:

Oi Alisson, o pacote deu erro para instalar. Tanto pelo arquivo quando pelo código install.packages

Esse erro que está acontecendo comigo é no modelo? Porque aparentemente está tudo ok com ele.

Em 8 de novembro de 2014 13:01, Alisson Lucrécio <[hidden email]> escreveu:

Victor,

Boa tarde.

Use o pacote rstan.

Att.

2014-11-08 12:53 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <[hidden email]>:

Pessoal, estou rodando um modelo de regressão pelo Openbugs. Na hora de rodar ele da o seguinte erro durante o processo

Error in BRugs::samplesSet(parametersToSave) : 

  model must be initialized before monitors used

O que seria exatamente isso?  Já mexi em tudo quanto é configuração e código do meu modelo e nada até agora

Atenciosamente,

Victor Eduardo

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