Será que é alguma coisa com o sistema operacional? [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 12 de agosto de 2012 22:36, Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
Tentei remover a biblioteca armadillo e instalar as dependências necessárias e no final reinstalei. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 12 de agosto de 2012 22:34, Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
Valeu Benilton. O problema da compilação n ocorre. Possivelmente as bibliotecas necessárias estão instaladas. Ocorre erro na hora de executar o programa. O erro é:
error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled terminate called after throwing an instance of 'std::logic_error' what(): Abortado (imagem do núcleo gravada)
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 12 de agosto de 2012 22:29, beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4655843h10@n4.nabble.com> escreveu:
auto correct fail
-llapack -lblas
Sent from a mobile device
On Aug 13, 2012 2:11 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote:
Olá Benilton, como vai? O programa que estou testando é bem simples. Na verdade a matriz é pequena, 5 por 5. Veja:
#include<iostream> #include"armadillo"
using namespace arma;
int main() { mat A = randu<mat>(5,5); double x = det(A); return 0; }
Compilei como você me indicou e obtive o seguinte erro.
/usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:117:6: warning: #warning "*** Detected GCC 4.7.0 / 4.7.1, which has a regression (bug)" [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:118:6: warning: #warning "*** See http://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=53549 " [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:119:6: warning: #warning "*** A partial workaround for the bug has been activated, " [-Wcpp] /usr/include/armadillo_bits/compiler_setup.hpp:120:6: warning: #warning "*** which reduces some functionality in fixed-size matrices " [-Wcpp] /usr/bin/ld: cannot find -lapack collect2: error: ld returned 1 exit status
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 12 de agosto de 2012 22:06, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
Vc precisa linkar p lapack blas
g++ -O2 -lapack -lblas programa.cpp
Obvio, não testado. Adicionalmente, p matriz grande vc deveria usar log_det.
Sent from a mobile device
On Aug 13, 2012 12:44 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote:
Pessoal estou tendo um problema com a biblioteca armadillo no linux fedora. Quando vou calcular o determinante de uma matriz muito pequena funciona mas quando a minha matriz é grande ocorre o seguinte erro:
error: det(): use of ATLAS or LAPACK needs to be enabled
Já instalei as bibliotecas cmake, blas-devel, lapack-devel, atlas-devel, boost-devel mas o erro permanece. Alguém já teve isso ou poderia dar uma dica de como corrigir esse problema?
Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 10 de agosto de 2012 23:58, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu:
> Não compreendi os exemplos. Vou dar uma lida maior e buscar mais > coisas > na net. > > Obrigado, > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 10 de agosto de 2012 23:04, beniltoncarvalho [via R-br] > <[hidden email]> escreveu:
>> No básico do basico... Envolva sua função em um extern. Dai use o >> .Call >> >> Sent from a mobile device >> >> On Aug 11, 2012 2:42 AM, "Pedro Rafael" <[hidden email]> wrote: >>> >>> Interessante. Com o comando RcppArmadillo.package.skeleton é >>> possível >>> criar a estrutura de diretórios de um pacote R. Digamos que eu >>> tenha >>> um código C++ e queria arrumar ele para fazer um pacote para o R. >>> Eu >>> queria entender como se da essa comunicação. Só a filosofia mesmo. >>> Eu >>> entendo como criar um pacote do R utilizando o sistema de >>> orientação à >>> objeto S3 e sei que existe outras como S4 e R5. O que não consigo >>> entender bem é como comunicar o código C/C++ com o R e como se dá a >>> comunicação desses códigos (C/C++) com o R. Vi que posso chamar >>> códigos do R para o C++ mas acho que o mais interessante é o >>> contrário. Como chamar um código otimizado de C++ para R e criar >>> um >>> pacote caso seja conveniente. Alguém poderia me dar um exemplo com >>> uma >>> função bem simplória só para entender por alto como funciona? >>> >>> Obrigado, >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>> >>> Em 10 de agosto de 2012 22:23, beniltoncarvalho [via R-br] >>> <[hidden email]> escreveu: >>> >>> > Sim. Mas antes de qualquer coisa, veja o pacote RcppArmadillo e >>> > os >>> > documentos de ajuda associados. b >>> > >>> > 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: >>> > >>> >> Uma última dúvida. É fácil integrar códigos C++ com o R? >>> >> Utilizei >>> >> as >>> >> funções .C() e .Call() para chamar comandos em C para R. Nunca >>> >> tentei >>> >> utilizando C++. A construção de pacotes R feitos utilizando >>> >> funções >>> >> escritas em C++ também é tranquila? >>> >> >>> >> >>> >> Obrigado, >>> >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >> >>> >> >>> >> Em 10 de agosto de 2012 22:04, Pedro Rafael >>> >> <[hidden email]> escreveu: >>> >>> Que legal Benilton, vou olhar bem esse pacote. Muito obrigado >>> >>> pelas >>> >>> informações. Vou brincar um pouco com esse pacote. Procurei na >>> >>> web >>> >>> outros pacotes de álgebra linear para C++ mas me parece que >>> >>> esse é >>> >>> o >>> >>> pacote livre mais completo. >>> >>> [ ], >>> >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>> >>> >>> >>> >>> Em 10 de agosto de 2012 21:31, beniltoncarvalho [via R-br] >>> >>> <[hidden email]> escreveu: >>> >>>> Se vc gostou do Armadillo, divirta-se com o pacote >>> >>>> RcppArmadillo. >>> >>>> b >>> >>>> >>> >>>> 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>: >>> >>>> >>> >>>>> Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou bastante. Eu >>> >>>>> gostei >>> >>>>> muito Benilton da biblioteca de álgebra linear "armadillo". >>> >>>>> Muito >>> >>>>> mais >>> >>>>> fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos C. O >>> >>>>> problema >>> >>>>> que >>> >>>>> quando escrevo algum código matemático em C++ sempre tem uma >>> >>>>> estrutura >>> >>>>> procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo usando >>> >>>>> quase >>> >>>>> nada >>> >>>>> de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, acho >>> >>>>> interessante >>> >>>>> a >>> >>>>> facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e alocação >>> >>>>> dinâmica >>> >>>>> utilizando C++. >>> >>>>> [ ], >>> >>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>>>> >>> >>>>> >>> >>>>> Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho [via R-br] >>> >>>>> <[hidden email]> escreveu: >>> >>>>>> Pedro, >>> >>>>>> >>> >>>>>> Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais <escolha o >>> >>>>>> adjetivo> >>> >>>>>> para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar qualquer >>> >>>>>> linguagem >>> >>>>>> que >>> >>>>>> se mostre util e nao me force a reinventar a roda. Dito >>> >>>>>> isso, >>> >>>>>> nao >>> >>>>>> vejo >>> >>>>>> la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que algum >>> >>>>>> especialista >>> >>>>>> em >>> >>>>>> alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de >>> >>>>>> contra-exemplo; >>> >>>>>> mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo outros >>> >>>>>> problemas. >>> >>>>>> >>> >>>>>> b >>> >>>>>> >>> >>>>>> 2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>: >>> >>>>>> >>> >>>>>>> Pedro >>> >>>>>>> >>> >>>>>>> quando se diz em evitar inverter matrizes é porque muitas >>> >>>>>>> contas >>> >>>>>>> podem >>> >>>>>>> ser >>> >>>>>>> feitas sem a inversao explícita >>> >>>>>>> >>> >>>>>>> Por exemplo, a conta >>> >>>>>>> >>> >>>>>>> X'V^{-1}X >>> >>>>>>> >>> >>>>>>> pode ser feita evitando inversao a partir da cholesky de V >>> >>>>>>> que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma vez que >>> >>>>>>> já >>> >>>>>>> deve >>> >>>>>>> ter >>> >>>>>>> sido >>> >>>>>>> calculada antes para obter as estimativas >>> >>>>>>> >>> >>>>>>> No exemplo >>> >>>>>>> >>> >>>>>>> cV <- chol(V) >>> >>>>>>> crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T)) >>> >>>>>>> >>> >>>>>>> isto é ***muito*** mais rapido (compare com system.time()) >>> >>>>>>> do que >>> >>>>>>> >>> >>>>>>> t(X) %*% solve(V) %*% X >>> >>>>>>> >>> >>>>>>> >>> >>>>>>> >>> >>>>>>> >>> >>>>>>> On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote: >>> >>>>>>> >>> >>>>>>>> Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de >>> >>>>>>>> matrizes é >>> >>>>>>>> fato >>> >>>>>>>> mas >>> >>>>>>>> infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar com >>> >>>>>>>> modelos >>> >>>>>>>> de >>> >>>>>>>> regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo de >>> >>>>>>>> inversas de >>> >>>>>>>> matrizes para o cálculo da estrutura de covariância de tal >>> >>>>>>>> estimador. >>> >>>>>>>> [ ], >>> >>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>>>>>>> >>> >>>>>>>> >>> >>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael >>> >>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: >>> >>>>>>>>> >>> >>>>>>>>> Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo >>> >>>>>>>>> computacional >>> >>>>>>>>> bastante elevado. Atualmente programo em C e programei >>> >>>>>>>>> muito >>> >>>>>>>>> pouco >>> >>>>>>>>> em >>> >>>>>>>>> C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em C++ >>> >>>>>>>>> perdem >>> >>>>>>>>> muito >>> >>>>>>>>> desempenho em comparação à C considerando que a >>> >>>>>>>>> programação >>> >>>>>>>>> em >>> >>>>>>>>> ambas >>> >>>>>>>>> as linguagens sejam eficientes? Você tem boas >>> >>>>>>>>> experiências >>> >>>>>>>>> na >>> >>>>>>>>> utilização de C++ para programação estatística e para uso >>> >>>>>>>>> em >>> >>>>>>>>> simulações? >>> >>>>>>>>> >>> >>>>>>>>> Gostei bastante dessa biblioteca que você me passou, >>> >>>>>>>>> muito >>> >>>>>>>>> interessante. Não conhecia. A única biblioteca para >>> >>>>>>>>> álgebra >>> >>>>>>>>> linear >>> >>>>>>>>> livre que eu conhecia era a GSL. >>> >>>>>>>>> >>> >>>>>>>>> [ ], >>> >>>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>>>>>>>> >>> >>>>>>>>> >>> >>>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via R-br] >>> >>>>>>>>> <[hidden email]> escreveu: >>> >>>>>>>>>> >>> >>>>>>>>>> Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, >>> >>>>>>>>>> entao >>> >>>>>>>>>> vc >>> >>>>>>>>>> esta' >>> >>>>>>>>>> fazendo algo errado"... >>> >>>>>>>>>> >>> >>>>>>>>>> Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a >>> >>>>>>>>>> oferecer. >>> >>>>>>>>>> >>> >>>>>>>>>> b >>> >>>>>>>>>> >>> >>>>>>>>>> 2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>: >>> >>>>>>>>>> >>> >>>>>>>>>>> Pessoal gostaria de saber qual uma boa biblioteca livre >>> >>>>>>>>>>> de >>> >>>>>>>>>>> C >>> >>>>>>>>>>> para >>> >>>>>>>>>>> trabalhar com operações matriciais como inversas e >>> >>>>>>>>>>> produtos de >>> >>>>>>>>>>> matrizes. Qualquer dica será interessante. >>> >>>>>>>>>>> >>> >>>>>>>>>>> [ ] Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>>>>>>>>>> _______________________________________________ >>> >>>>>>>>>>> R-br mailing list >>> >>>>>>>>>>> [hidden email] >>> >>>>>>>>>>> >>> >>>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> >>>>>>>>>>> Leia o guia de postagem >>> >>>>>>>>>>> (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) >>> >>>>>>>>>>> e >>> >>>>>>>>>>> forneça >>> >>>>>>>>>>> código mínimo reproduzível. >>> >>>>>>>>>> >>> >>>>>>>>>> _______________________________________________ >>> >>>>>>>>>> R-br mailing list >>> >>>>>>>>>> [hidden email] >>> >>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> >>>>>>>>>> Leia o guia de postagem >>> >>>>>>>>>> (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) >>> >>>>>>>>>> e >>> >>>>>>>>>> forneça >>> >>>>>>>>>> código >>> >>>>>>>>>> mínimo reproduzível. >>> >>>>>>>>>> >>> >>>>>>>>>> >>> >>>>>>>>>> ________________________________ >>> >>>>>>>>>> If you reply to 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