Prezados,

Alguém poderia me ajudar a selecionar um dataframe, para este caso o nome é  list que corresponde à Lista de SNP's selecionados,  a partir de de outro dataframe, que para este caso corresponde ao  gen1 ( sem  precisar indicar a posição das colunas )?

Utilizei a rotina especificada abaixo, mas o comando não me disponibiliza a seleção de todas as 22894 colunas, ou seja, de todos os SNP's. Existem 7 deles que não conseguem ser selecionados por serem declarados como falsos. Alguém poderia me ajudar ? Desde já agradeço.

Att,

Giselle

ROTINA:

#1)Lendo arquivo genotipos

gen=read.table("matriz_genotipos.txt",h=T)#lendo arquivo genotipos

dim(gen)#90 x 24165. Tem que colocar o nome dos cruzamentos na primerira coluna

head(gen)

#2)Gerando o arquivo com o nome dos SNP's selecionados

nomes<- read.table("D_F_nomes.txt",h=F, sep=",",row.names=1,quote="")

dim(nomes)#90 x 0

#3)Arquivo de genótipos com os indivíduos nas linhas e com todos SNP's nas colunas

gen1<-cbind(nomes,gen)

head(gen1)#juntou !

dim(gen1)#90 x 24165

#4)Lendo o arquivo de frequência alélica

freq=read.table("chr1_alefreq.txt",h=T) #lendo arquivo freq alel

dim(freq)#22894 x 4

head(freq)

#5) Gerando o arquivo com os SNP's selecionados pela MAF

lista_SNP_sel<- freq$nun_snp_freq

head(lista_SNP_sel)#Está como fator

list<-as.character(lista_SNP_sel)

head(list)

length(list)

dim(gen1)

#6)Verificando se os SNP's selecionados são realmente os 22894 selecionados pela MAF

table(list%in%colnames(gen1))

#SURPRESA:Existem 7 SNP's lidos como falsos e por isso não completam os 22894 !

logico<-colnames(gen1)%in%list

head(logico)

head(gen1)

head(list)

gen2<- gen1[,logico]

head(gen2)

dim(gen2)#90 x 22887 ( Existem 7 snps que estão sendo declarados como falsos, por que ?)

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