Elas estão como fator porque a read.table converte durante a leitura. Se você usar read.table(..., stringsAsFactors=FALSE) tudo que for string será character. Para mudar o idioma você tem que mudar o locale na sua sessão R.

## Inglês.
x <- c("01 Jan", "01 Feb")

## Sistema em PT, passar para US.
Sys.getlocale("LC_TIME")
Sys.setlocale(category="LC_TIME", locale="en_US.UTF-8")

## Converte para classe de data.
y <- as.Date(x, format="%d %b")
class(y)
y

## Volta para PT.
Sys.setlocale(category="LC_TIME", locale="pt_BR.UTF-8")

format(y, format="%d %b")
format(y, format="%d %B")

À disposição.
Walmes.