
Ok, bom trabalho. Att. P.S. Vc precisa ler um bom material sobre o assunto, esses códigos são definidos em data, parameters e model, vc precisa sempre declarar todas essas variáveis. 2014-11-08 16:40 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] < ml-node+s2285057n4663490h26@n4.nabble.com>:
Acredito que o JAGS também seja tão eficiente quanto o stan, até porque ele é atual também. Ele rodou super rápido. Agora a luta aqui é a convergência dos parâmetros. rs
Em 8 de novembro de 2014 16:32, Alisson Lucrécio <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663490&i=0>> escreveu:
Lie a respeito deles há alguns meses, WinBugs, JAGS e Stan, não me lembro muito bem mais todos funcionam com MCMC. Tinha lido que o Rtan era mais eficiente que o WinBurgs pos tinha tido uma evolunção no amostradores de Gibbs. Entretanto, não sei se o Jags também teve essa evolução, mas todos fazem a mesma coisa, vc só tera uns 30 a 40 segundos a menos quando rodar o código.
2014-11-08 16:31 GMT-02:00 Alisson Lucrécio <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663490&i=1>>:
Lie a respeito deles há alguns meses, WinBugs, JAGS e Stan, não me lembro muito bem mais todos funcionam com MCMC. Tinha lido que o Rtan era mais eficiente que o WinBurgs pos tinha tido uma evolunção no amostradores de Gibbs. Entretanto, não sei se o Jags também teve essa evolução, mas todos fazem a mesma coisa, vc só tera uns 30 a 40 segundos a menos quando rodar o código.
2014-11-08 16:12 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663490&i=2>>:
Oi Alisson, fui experimentar o JAGS, conhece? Com os mesmos códigos de
antes rodou normalmente o programa. Não sabia que o rbug era problemático, fiquei horas quebrando a cabeça para solucionar e nada.
Aparentemente está tudo ok!
O rstan não rodou de jeito nenhum aqui. Chegou a carregar o pacote pelo comando que me passou, mas na hora de rodar aquele exemplo começou a apresentar erro de funções não encontradas. Não sei se o problema foi no meu pc.
Valeu pela ajuda
Em 8 de novembro de 2014 15:54, Alisson Lucrécio <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663488&i=0>> escreveu:
Victor,
Minha sugestão é que vc sustituia o código rbug por rstan, o rbug é muito problemático e ineficente, mande um CMR. Vc conseguiu rodar o rstar?
Att.
2014-11-08 15:52 GMT-02:00 Alisson Lucrécio <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663488&i=1>>:
Victor,
Minha sugestão é que vc sustituia o código rbug por rstan, o rbug é muito problemático e ineficente, mande um CRM. Vc conseguiu rodar o rstar? Att.
2014-11-08 15:38 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663488&i=2>>:
Não rodou aqui. =/ > > O erro que tinha incialmente eu consegui arrumar, só que agora > surgiu outro > > Error in handleRes(res) : NA > > > Só que não tem NA na minha base de dados > > 2014-11-08 14:10 GMT-02:00 Alisson Lucrécio <[hidden email] > <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=0>>: > >> Caro Victor, >> >> Se der certo teste esse exemplo. >> >> library(rstan) >> >> treatment_level <- c("0", "5", "10", "15") >> repetition_number <- 20 >> response_mean <- c(100, 94, 88, 82) >> >> treatment <- gl(n = length(treatment_level), k = repetition_number, >> labels = treatment_level) >> str_error <- 2 >> >> response_temp <- sapply(response_mean, function(x){ >> response <- rnorm(n = repetition_number, mean = x, sd = str_error) >> }) >> >> response <- c(response_temp) >> >> plot(response ~ treatment) >> >> summary(lm(response ~ treatment -1)) >> >> mean(response) >> sd(response) >> >> stan_data <- list(N = length(response), I = >> length(treatment_level), Treatment=as.numeric(treatment), Response = >> response) >> >> # Bayesian method for estimate mean and standard error by treatment >> >> stan_modelcode <- " >> data { // data setup >> int<lower=0> N; // sample size >> int<lower=1> I; // number of treatments >> real Response[N]; // Response >> int<lower=1, upper=I> Treatment[N]; // Treatment >> } >> >> parameters { >> real mu[I]; >> real<lower=0, upper=100> sigma[I]; >> } >> >> model { >> //Priors >> mu ~ normal(0, 100); >> sigma ~ uniform(0, 100); >> //Likelihood >> for(i in 1:N) { >> Response[i] ~ normal(mu[Treatment[i]], sigma[Treatment[i]]); >> } >> } >> " >> >> fit <- stan(model_code = stan_modelcode, data = stan_data, iter = >> 1000, chains = 3, >> verbose = TRUE) >> >> plot(fit) >> >> 2014-11-08 14:09 GMT-02:00 Alisson Lucrécio <[hidden email] >> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=1>>: >> >> Use esse código. >>> >>> Sys.setenv(MAKEFLAGS = "-j4") >>> source('http://mc-stan.org/rstan/install.R', echo = TRUE, >>> max.deparse.length = 2000) >>> install_rstan() >>> >>> 2014-11-08 13:41 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <[hidden >>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=2>>: >>> >>> Oi Alisson, o pacote deu erro para instalar. Tanto pelo arquivo >>>> quando pelo código install.packages >>>> >>>> >>>> Esse erro que está acontecendo comigo é no modelo? Porque >>>> aparentemente está tudo ok com ele. >>>> >>>> Em 8 de novembro de 2014 13:01, Alisson Lucrécio <[hidden email] >>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=0>> escreveu: >>>> >>>>> Victor, >>>>> >>>>> Boa tarde. >>>>> >>>>> Use o pacote rstan. >>>>> >>>>> Att. >>>>> >>>>> >>>>> 2014-11-08 12:53 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <[hidden >>>>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=1>>: >>>>> >>>>> Pessoal, estou rodando um modelo de regressão pelo Openbugs. Na >>>>>> hora de rodar ele da o seguinte erro durante o processo >>>>>> >>>>>> >>>>>> Error in BRugs::samplesSet(parametersToSave) : >>>>>> model must be initialized before monitors used >>>>>> >>>>>> >>>>>> >>>>>> >>>>>> O que seria exatamente isso? Já mexi em tudo quanto é >>>>>> configuração e código do meu modelo e nada até agora >>>>>> >>>>>> >>>>>> >>>>>> Atenciosamente, >>>>>> >>>>>> >>>>>> Victor Eduardo >>>>>> >>>>>> _______________________________________________ >>>>>> R-br mailing list >>>>>> [hidden email] >>>>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663480&i=0> >>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>>> forneça código mínimo reproduzível. >>>>>> >>>>>> ------------------------------ >>>>>> If you reply to this email, your message will be added to the >>>>>> discussion below: >>>>>> >>>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Erro-ao-rodar-Wibugs-Openbugs-tp46634... >>>>>> To unsubscribe from R-br, click here. >>>>>> NAML >>>>>> <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble%3Aemail.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble%3Aemail.naml-instant_emails%21nabble%3Aemail.naml-send_instant_email%21nabble%3Aemail.naml> >>>>>> >>>>> >>>>> >>>>> >>>>> -- >>>>> Alisson Lucrecio da Costa >>>>> >>>>> _______________________________________________ >>>>> R-br mailing list >>>>> [hidden email] >>>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=2> >>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>> forneça código mínimo reproduzível. >>>>> >>>> >>>> >>>> _______________________________________________ >>>> R-br mailing list >>>> [hidden email] >>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=3> >>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>> forneça código mínimo reproduzível. >>>> >>>> ------------------------------ >>>> If you reply to this email, your message will be added to the >>>> discussion below: >>>> >>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Erro-ao-rodar-Wibugs-Openbugs-tp46634... >>>> To unsubscribe from R-br, click here. >>>> NAML >>>> <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble%3Aemail.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble%3Aemail.naml-instant_emails%21nabble%3Aemail.naml-send_instant_email%21nabble%3Aemail.naml> >>>> >>> >>> >>> >>> -- >>> Alisson Lucrecio da Costa >>> >> >> >> >> -- >> Alisson Lucrecio da Costa >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] >> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=3> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >> forneça código mínimo reproduzível. >> > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [hidden email] > <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=4> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e > forneça código mínimo reproduzível. > > ------------------------------ > If you reply to this email, your message will be added to the > discussion below: > > http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Erro-ao-rodar-Wibugs-Openbugs-tp46634... > To unsubscribe from R-br, click here. > NAML > <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble%3Aemail.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble%3Aemail.naml-instant_emails%21nabble%3Aemail.naml-send_instant_email%21nabble%3Aemail.naml> >
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