Obrigado Delcio

Vc já me deu uma grande ajuda.

Não conhecia o OutDec, já consigo trocar as casas decimais nos valores acima do gráfico de barras quando for "," ou ".", porem o separador de milhar também seria necessário aqui. 1.998,87 ou 2.650,34

options(OutDec=".")

Aqui você definiu o valor do eixo (2), na verdade eu deixo o R carregar a variação conforme os resultados que recebo da soma, são vários gráficos de barras com resultados bem variados.
axis(side = 2, at = c(0,1998.87,2650.34), labels=c(0,1998.87,2650.34),las=1)

Portanto o que preciso é quando rodamos o exemplo usando esta linha
axis(side = 2, at = axTicks(2), labels=formatC(axTicks(2), format="d", big.mark=',', digits = 2))

A variação vai de 0, 500, 1500, 2500, 3500, porém perceba que adiciono o separador de milhar  big.mark=',' ou  big.mark='.', o que desejo neste caso é colocar as casas decimais (0  500,00  1.500,00  2.500,00  3.500,00) ou (0  500.00  1,500.00  2,500.00  3,500.00)

obrigado pelo apoio.

Marcio B.