
Boa noite Pessoal, No meu CRM abaixo utilizando o pacote vegan, eu estou tentando extrair a dissimilaridade média (por agrupamento usando o algorítimo average-linkage ) entre 4 espécies hipotéticas, causado por variabilidade das repetições (20) em três tratamentos artificiais, porém não estou conseguindo extrair a dissimilaridade média por tratamento do objeto pts.spc.clust criado, alguém teria alguma sugestão para me ajudar? Obrigado, segue CRM: require(vegan) # Matriz das espécies spdf <- matrix(NA, 60, 4, dimnames = list(1:60, c("sp1", "sp2", "sp3", "sp4"))) spdf <- as.data.frame(spdf) # Adicionado ruído eff <- sort(rep(1:6, 10)) spdf$sp1 = eff + rnorm(60, 0, 0.25) spdf$sp2 = eff + rnorm(60, 0, 0.25) spdf$sp3 = eff + rnorm(60, 0, 0.25) spdf$sp4 = eff + rnorm(60, 0, 0.25) # Tratamentos trat <- gl(3, 20, labels = paste("t", 1:3, sep="")) #Repetições rept<-rep(1:20,3) #Juntando tratamentos e repetições trat_r<-paste(trat,rept,sep="_") pts.spc<-cbind(trat_r,spdf) rownames(pts.spc) = pts.spc[,1] pts.spc<-pts.spc[,-(1)] head(pts.spc) # Calcula distância de bray-curtis entre amostras pts.spc.dist <- vegdist(pts.spc, method = "bray") #Agrupamento de comunidades usando o algorítimo average-linkage pts.spc.clust <- hclust(pts.spc.dist, method = "average") # Diagrama de cluster plot(pts.spc.clust, ylab = "Dissimilaridade") -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos@cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================