se eu entendi bem o que você quer fazer, criar uma variável (y) para receber os valores de x a cada iteração resolveria.
newtonRaphson <- function (x) {
x - ((exp(-x^2) - x^3 + 2) / (-2 * exp(-x^2) - 3 * x^2))
}
x <- 0.5 # valor inicial
old <- 0 # valor anterior
tol <- 0.0001
y <- x
while (abs(old - x) > tol) {
old <- x
x <- newtonRaphson(x) # Repetir se delta x maior tol
y <- c(y, x)
}
print(paste("Raiz: ", x))